顯示具有 antibody 標籤的文章。 顯示所有文章
顯示具有 antibody 標籤的文章。 顯示所有文章

2025年1月18日 星期六

IgG 單株抗體的開發流程

之前有寫過奈米抗體(nanobodies)是怎麼開發的,這篇來介紹目前主流的 IgG 開發流程。

其實整個流程和奈米抗體(nanobodis, VHH)差不多,主要差在用的動物不同,篩選和表達的系統不同。

IgG: 動物是用老鼠,取出老鼠 B 細胞或血液後,做成 hybridoma 後篩選,再用老鼠細胞 CHO 或人類細胞 HEK 表達。

VHH: 動物用駱馬,取出淋巴細胞後,插入噬菌體 phagemid 後篩選,再用細菌表達。

相關閱讀:Phage display 和奈米抗體製造

▋準備抗原 Antigen Preparation


抗原就是打進動物體內,讓牠產生抗體的東西,在做對抗病毒的中和抗體時,通常會用滅毒病毒(inactive viruses)或部分的病毒蛋白(recombinant proteins)。

如果不是做病毒的抗體,而是其他的,例如針對癌症腫瘤細胞的,抗原可能只有一小段胜肽,無法激起大量的免疫反應的話,會需要和其他較易引起免疫反應的東西接在一起,或是加 adjuvant,比較常見的是用在疫苗上。

▋接種 Immunization


就是把抗原打進動物體內,讓牠產生抗體,通常會打三劑,一個 primary injection 和兩個 booster injection,大概分別在第 14 天和第 28 天左右。

在接種約兩個禮拜後(大概是第 42 天時)會取老鼠血液,用 ELISA 測量抗體的產生狀況如何,如果免疫反應不高,抗體濃度低,可能需要加打 booster。如果血液中抗體夠高,會再打最後一劑不加 adjuvant 的抗原,三天後取脾細胞做融合。

▋分離 B 細胞 B cell isolation


在最後一劑接種的三、四天後,通常是血液中的抗體量達到高峰時,取出老鼠的胰臟,從中分離出淋巴細胞。

Antibody production workflow
(點圖可放大)

▋製造融合細胞瘤 Hybridoma creation


這個步驟分成兩個部分,先要準備好骨髓癌細胞(myleoma),再和 B 細胞做融合。

▍骨髓癌細胞


常用的骨髓癌細胞包括 Sp2/0 或 NS-1,為永生細胞株(mmortalized cells),將它和 B cells 融合的目的是為了要讓 B 細胞可以無限的生長和產生抗體。

這些骨髓癌細胞缺少 HGPRT (hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase),在融合前幾週會被培養在含有 8-azaguanine 的培養液中,8-azaguanine 是 purine analog,在被 HGPRT 轉變成 azaGMP (8-azaguanosine monophosphate),使細胞無法生成 purine,導致細骨髓癌細胞缺少 HGPRT,因此可以在含有 8-azaguanine 的培養液中存活,這是要確保使用的骨髓癌細胞都缺少 HGPRT。

HAT (hypoxanthine–aminopterin–thymidine) 培養液中的 HAT 在缺少 HGPRT 的情況下則無法合成 DNA,因此骨髓癌細胞無法在 HAT 培養液中存活,除非它們和 B 細胞融合,因為 B 細胞有 HGPRT。

▍細胞融合 Hybridization


把骨髓癌細胞和 B 細胞混合,加入幫助細胞融合的 PEG (polyethylene glycol),然後在 HAT 培養液中養個 10-14 天左右,通常融合的成功率為 1% - 2%。

▋篩選融合細胞瘤 Hybridoma selection


這個步驟是篩選出可以對抗抗原的抗體,由於融合細胞瘤是一群不同的細胞組成,每個細胞產生的抗體都不一樣,要怎麼從中挑出你想要的抗體?

這時候就要稀釋細胞,稀釋到你把細胞加到 96-well 培養盤中時,每個孔都只有一個融合細胞,確保每一個孔都只會有一種抗體。

由於細胞會把抗體分泌到培養液中,這時候就可以用 ELISA 去測這些培養液,看哪個孔裡面的抗體是你想要的,就是會和抗原有反應的抗體。

不過,這個方你看了可能會覺得累吧?現在比較新的技術是用 microfluid 去分細胞,例如 AbCellera 的核心技術 microfluid single-cell screening,或是和它因為這個技術互告的 Berkeley Lights 的 Beacon® Optofluidic System。(剛剛想找 Berkeley Lights 網站,發現它已經變成 Bruker Cellular Analysis,它在 2023 年年初的時候以 $57.8M 鎂買下 IsoPlexis 成為 PhenomeX,年底的時候 Bruker Corporation 則用 $$108M 鎂買下 PhenomeX,然後我剛剛看 Bruker Cellular Analysis 的網站,他們已經從 microfluid 進化成 nanofluid。)

▋繁殖融合細胞瘤 Clonal expansion


這個部分就是大量培養你要的融合細胞,大量的融合細胞才能產生大量的抗體,也可以用來保存以備後用。

到這邊就可以結束了,接著進入從陪養液中純化抗體的部分。

或者是在篩選出融合細胞瘤後,從中萃取出其抗體基因,用另一個細胞系統大量表達抗體。

▋Cloning


就是從 B cell 萃取 DNA 以取得抗體的基因序列,然後轉到 expression vector,再在老鼠或人類細胞中表達。

IgG 抗體結構可分成 heavy chain (HC) 和 light chain (LC),可以分開在兩個 vectors,或是放在同一個 vector。

IgG structure

Expression vector 通常會包含幾個要素:

  • Enhancers: 增加抗體表現
  • Promoter: SV40, CMV, EF-1
  • Kozak sequence (cap-dependent translation initiation): 放在 start codon 前面,可以促進轉譯開始。
  • Secretion signal: 讓抗體可以分泌出 B 細胞的訊號,包括 IL-2 signal peptide。
  • MCS: 用來插入抗體基因的地方,包括 HC 和 LC。
  • polyA tail
  • Selection marker: 用來挑選成功轉進細胞的 plasmid,通常是用抗生素。
  • Ori: 讓細胞可以複製 plasmid

▋抗體生產 Antibody production


主要包括幾個步驟:把帶有抗體基因的 plasmid 送入細胞,在細胞中表達抗體,然後純化抗體。

▍送入細胞 Delivery


把 plasmid 送入細胞有幾個方式:

  • LNP (lipid nanoparticle) 或其他 lipid-based 的運送系統
  • Electroporation
  • Viral infection: 如果是用 viral vector 的話
  • Calcium phasphate

▍表達細胞系統 Expression System


常用的老鼠細胞有 CHO cells,又包括 CHO-K1 和 CHO-pro3 等等。

或是人類細胞 HEK cells

▍純化抗體 Purification


就是用 FPLC 來純化抗體,常用的 column 包括 affinity (IMAC), ion exchange (IEX) 和 SEC (size exclusion column)。

▍功能測試 Functional tests


純化完之後就要測試抗體功能,因為有可能在純化的過程中,抗體沒有組合好等等情況而喪失該有的功能。

主要測試的方向包括:

  • Binding affinity: 和抗原的親和力,或是抓住病毒的效力好不好。
  • Specificity: 特異性夠不夠專一,會不會和其他不相干的蛋白結合,影響其功能。
  • Functionality & Potency: 是否能消除病毒,或抑制感染。

常用的技術則包括 ELISA, BLI, SPR, flow cytometry 等等。

如果以上其中一個不夠好,可以透過分析其結構,看是否能夠改動某個序列片段或幾個氨基酸,最佳化抗體的功效。


延伸閱讀:精準治療 — 單株抗體藥物在臨床上的應用




☕️ 如果你喜歡這篇內容,歡迎賞一杯咖啡。😊

合作邀約: nonproscience@gmail.com
📍文稿:科普文、公司文、產業文等等
📍諮詢:實驗設計、加拿大研究所、生科產業



References:

NIH | Monoclonal Antibody Production

Hybridoma Technology - Monoclonal Antibody Production

VectorBuilder | Mammalian Antibody Heavy and Light Chain Coexpression Vector











2024年12月23日 星期一

因新冠疫情一躍而起的加拿大抗體公司 AbCellera

加拿大本土的生技公司不多,藥廠可說是沒有,更別說是溫哥華了。溫哥華的生技產業生態就是 UBC 的教授出來開公司,所以校內有一個叫 adMare BioInnovations 的機構專門協助教授出來開 spin-off,這篇要介紹的 AbCellera 也是。

註:adMare 原本叫 CDRD (Centre for Drug Research and Development),2020 年的時候改名成 adMare。

AbCellera 的創立


AbCelleara 是一家加拿大專攻抗體研發的生技公司,由 UBC 物理系教授 Dr. Carl Hansen 於 2012 年成立的,是該大學的 spin-off。Dr. Hensen 的背景是物理,博士是畢業於在加州理工大學(Caltech)的應用物理系,那時候就開始做 microfluid。公司剛成立時,加上 Dr. Hensen 只有六個人,之後和生物工程系的 Dr. James Piret 和 Dr. Chip Haynes 合作研發 microfluidic fluorescence bead assay,為該公司的核心技術。

2014 年的時候獲得種子輪資金,之後疫情來臨,他們抓住機會拿到第一位新冠患者的血液做分析,釣出抗體後和 Eli Lilly 合作,自此一躍成名。

從募資到上市


他們的 A 輪融資(Series A)是在 2018 年由矽谷的 DCVC Bio 領投,資金為 $10M 美元。後來疫情期間,他們也獲得不少政府的經費贊助。2020 年時獲得加拿大的 Western Economic Diversification Canada (現為 PacificCan) 和 ISED (Innovation, Science, and Economic Development)所提供的 ISF (Strategic Innovation Fund)。

獲得政府經費後的幾個禮拜,他們完成了 B 輪融資,獲得 $105M 美金,由 OrbiMed 和 DCVC Bio 領投,其他投資者包括 Viking 和 Eli Lilly,這些經費讓他們快速擴張,得以在 2021 年時於溫哥華市中心附近蓋一個 48,000 平方英尺大的研發中心,包括有自己的生產設施。之後,他們於 2020 年年底(12/11) IPO 上市,上市當天股價 $58.9,也是自今股價最高的時候,自那之後一路下滑。

疫情過後的 2023 年,BC 省政府開啟了一個新計畫 Life Sciences and Biomanufacturing Strategy,想透過和 AbCellera 建立本地的新藥開發能力,包括癌症和免疫疾病的治療藥物。省政府在他們身上投資了 $75M 的經費,聯邦政府也給了 $225M,除了將現有的設備升級,並希望可以讓 BC 有能力進行第一期臨床試驗。他們將在 2025 年將設施擴大到 124,000 平方英尺,除了可以做細胞銀行外,還有多達 2,000 公升的生物反應器(bioreactors)以製造生物製劑。

AbCellera 的技術


偏硬體上的技術主要有兩個,一個是 Microfluidic Single-Cell Screening,另一個是 Trianni Mouse®。

Microfluidic Single-Cell Screening


這是他們的核心技術,在他們發表的文章裡是寫 microfluidic fluorescence bead assay,該技術結合了微流體(microfluid)和螢光篩選,可以在抗體篩選上做各種變化。其中一種是把單個分泌抗體的細胞,例如 hybridoma 或 B cells 等等,分開到微流道晶片(microfluidic device)的腔室(chamber),然後把表面有 Protein A beads 加進去,讓它可以和細胞分泌的抗體結合,把多餘的抗體洗掉後,再用螢光標誌的抗原去測試其親和力(binding kinetics)。從中找到親合力最強或是最適合的抗體後,在反向從細胞定序抗體基因序列。

技術特點:
  • 微流體(microfluid): 可以用很少量的樣本去篩選和測量親和力(affinity)。
  • 高效率(high-throughput): 微流體可使篩選抗體的量能增加上萬倍,一次可以篩幾百萬個抗體外,也可以在很小的體積裡測試抗體的親和力。
  • Single-cell: 每次只測量一個細胞和其產生的抗體,可以避免混到其他(分泌不同抗體的)細胞而產生的雜訊,確保得到的結果來自同一個抗體,可以提高之後測試結果的一致性。
  • 敏感度高(high sensitivity): 不需要用大量抗體來測量其親和力,只要 8 x 10^4 個抗體就可以測量出親和力。(註:SPR Bioacore 的 LOD 範圍可從 pM 到 nM,根據官網提供的數據,anti-TNFα 抗體的範圍為 0.3–27.0 pM;BLI Octet 在大分子的 LOD 則是約 200 nM。)

Trianni Mouse®


2020 年的時候他們花了美金 $90M買下 Trianni,看重的是他們的擬人化的老鼠免疫系統(humanized rodent platforms),可以在老鼠體內產生人類抗體,有別於大多數把老鼠抗體人類化的方法。

雙特異性抗體開發


在抗體方面,他們在 2020 年的時候從 Dualogics 買下用來開發雙特異性抗體的平台 OrthoMab,兩大研發方向是針對 GPCR 和免疫方面的 T-Cell Engagers (TCEs),其中 TCEs 即是雙特異性抗體。

網站上關於 GPCR 的研究是針對 CCR8,通常是用來治療癌症,而在 TCEs 的部分,可能是針對 CD3 做開發,雙特異性抗體可以同時和 T 細胞上的 CD3,以及癌細胞上的抗原(tumour-associated antigen, TAA)結合,把 T 細胞帶到癌細胞。他們也試了其他的共同刺激受體(costimulatory receptors),試圖找到可以保有殺死癌細胞,但同時降低免疫原性(immunogenicity),減少細胞激素釋出引起的毒性(cytokine release-associated toxicities)。

關於抗體,可參考這篇:抗體藥物在臨床上的應用

AbCellera 的商業模式


他們之前的商業模式主要是以合作為主,也就是根據合作方的需求,用他們的技術找出治療用抗體,目前看到的營收方式包括根據進度收取費用,之後看合約內容,有的上市後也會再收權利金,例如和 Biogen 的合作。

根據他們的 10-K 報告,營收來源分為以下四種:

  • 研究經費(Research fees): 我猜是政府經費
  • Licensing fees: 技術使用的授權金,例如 Arsenal Bio 是使用它們的 Trianni 平台做開發。
  • Milestone payments: 合作方根據 AbCellera 的研發進度依階段完成度支付研發費用。
  • Royalty fees: 上市後的權利金

他們疫情期間的主要營收來主要為權利金,我猜是和 Eli Lilly 合作的抗體,但去年則是研究經費,2023 年的 K-10 裡面沒有權利金的營收,可能是因為除了新冠抗體外,並沒有其他產品上市,抗體在疫情後也沒有營收的緣故。

AbCellera Revenue

不過,自從他們要開始建立自己的生產線後,也開始有自己的研發標的,應該是希望未來能自己賣抗體,營收全算自己的,不需要靠和別人合作盈利。當然,這也是加拿大政府的目標,希望在地有一個能夠自己研發和製造藥物的量能。

合作對象


他們的合作方式大致分為兩種,一種是合作研發,一種是授權給對方使用技術,例如 Arsenal Bio 只是使用他們的 Trianni 老鼠。

目前列在他們官網上的主要合作對象包括 Eli Lilly,  Novartis, Merck, Pfizer, GSK, Gilead, Regeneron 和 Incyte 等等。

AbCellera Partners 1

比較訝異的是他們的合作對象竟然有做動物的,合作的是狗的慢性疾病抗體藥。

AbCellera Partners 2

AbCellera 的產品


目前他們在研發的兩個藥物為針對 GPCR 的 ABCL635,以及針對異位性皮膚炎的 ABCL575。

ABCL635


針對 NK3R 的抗體藥,適應症為更年期血管舒縮症狀(Vasomotor Symptoms, VMS),又稱熱潮紅(hot flashes),預計將於 2025 年第三季開始臨床試驗。NR3R 為下丘腦(hypothalamus)中 KNDy 神經元上的膜蛋白,是胜肽 NKB (neurokinin B) 的受體,其功能為調節體溫。

ABCL575


針對 OX40L (OX40 Ligand) 的抗體藥,適應症為異味性皮膚炎(atopic dermatitis)。OX40L (CD134L, CD252) 是 OX40 (CD134) 的佩體,兩者皆是共同刺激因子(costimulatory molecules),OX40 是表現在 T 細胞,而 OX40L 則是表現在 APCs (antigen-presenting cells),兩者結合會促進 T 細胞的生存和繁殖,而過度反應會引起發炎。之前有研究顯示在一些炎症和自體免疫疾病中,包括異位性皮膚炎和類風濕性關節炎,都有觀察到 OX40 和 OX40L 的表現上升,阻擋兩者結合可以抑制發炎反應。

相關競品


Astellas 的 VEOZAH® (fezolinetant) 為第一個用來治療 VMS 的 NK3R 拮抗劑,於 2023 年獲得 FDA 許可的小分子藥物,該藥在 2024 年的營收為 $33.8B 日圓,約為 $218M 美元,相較於前一年增加了 363.6%。AbCellera 的抗體藥是否會比 VEOZAH® 好還未可知,使用上卻未必比口服的小分子藥物方便,價格可能也比較貴,是否能成功搶佔市場?難說。

目前已有好幾個針對 OX40 或 OX40L 的抗體藥藥物,包括 Amgen 和協和麒麟合作的 Rocatinlimab,以及 Sanofi 的 Amlitelimab。Rocatinlimab 是針對 OX40 的單株抗體,2024 年九月才公布其中一個第三期臨床試驗結果,用在治療中重度患者身上效果不錯。Amlitelimab 的標靶蛋白則是 OX40L,2024 年三月才公布第二期臨床試驗結果,顯示患者症狀有改善。除此之外,還有 Ichnos Sciences SA 和 Glenmark Pharmaceuticals 合作,正在進行第二期臨床試驗的 Telazorlimab。

AbCellera 營收和近年股價


AbCellera 的股價在疫情過後就一路下滑,大概在 2021 年年初開始就一路下滑,沒再起來過了。雖說 2021 年年底有起來一下,不過 2022 年年初 FDA 宣佈抗體藥對 Omicron 無效不再使用,股價就直接跌到 $10 以下,之後就在那上下徘徊,到目前以降到不到 $5。

AbCellera stock

看了一下他們去年的 10-K 報告,疫情過後營收整個下滑,難怪他們 2023 年年底裁員了 10%,從官網可以觀察到他們的方向有所調整,雖然還是有很多合作,但似乎更想專注於自己主導的研發。

AbCellera Financial Highlights

跟去年的 Q3 相比,營收都下降很多。

2023-2024 Q3

股價在 2022 年初降到 $10 上下之後就沒什麼起色,最近一年都維持在 $5 以下。

AbCellera Business Metrics

雖然營收和股價可以說是都跌到谷底,但他們合作的項目上並沒有減少,反而有上升,接下來就看這幾個合作能不能讓情況轉好。

不負責任閒聊


本人因為這幾年想換工作,時不時會上他們網站看有什麼職缺,可以觀察到他們一直在改變方向,似乎在摸索和調整大方向。

感覺目前很多公司想分抗體藥市場的一杯羹,有太多公司在做,但目標蛋白和疾病都差不多,例如一堆癌症的,然後很多是針對 HER2,最後就是在比誰的效果比較好,或是看是否能提升患者生活品質?不過對患者來說當然是選擇越多越好。如果是我可能會轉做小抗體,例如 scFv 或 VHH,除了體積小不夠穩定外,其他方面都是較優的選則,而且我覺得穩定度方面可以靠 AI 預測出穩定又高親和力的蛋白序列,這樣就可以把缺點也變成優勢。他們之前在網站上有寫 scFv 和 VHH,但現在拿掉了,不知道還有沒有做。

另外,還有免疫原性(immunogenicity)的問題,這看起來是大家想克服的點,如果他們可以快速且大量的找到不會引起 ADA 和 ADCC 的 TCE,也是一個賣點。除此之外,也許可以試著投入在 cell-free expression,看能不能量產化,雖然也是抗體,但在製造和細胞污染上,應該會減少很多相關問題。

在藥物研發上,他們目前開發的 ABCL575,市面上已經有 Pfizer 的口服藥 CIBINQO,以及 Incyte 的外用型藥膏 OPZELURA® (ruxolitinib),而抗體藥目前大多還是需要用注射的,加上還有其他已經進入臨床的抗體藥,ABCL575 的競爭力在哪?除非他們可以跟進 Novo Nordisk 最近得到 FDA 許可的 Alhemo 的做法,用它們瘦瘦筆的技術來打抗體。

而他們的 ABCL635 是否會比 Veozah 還不知道,而 Veozah 為口服藥,使用起來比較方便,該藥定價為每月 $566.00,目前第一個月免費,之後則看保險給付多少。


Btw, 另外要提一下,AbCellera 和 Berkeley Lights (現為 Bruker Cellular Analysis) 互告對方在 microfluidic 技術上侵權,疫情期間和朋友聊到,是他們系上的八卦話題 😆。目前還在打官司,未來如何還不知道。



☕️ 如果你喜歡這篇內容,歡迎賞一杯咖啡。😊

合作邀約: nonproscience@gmail.com
📍文稿:科普文、公司文、產業文等等
📍諮詢:實驗設計、加拿大研究所、生科產業



References:

AbCellera offical site

A UBC Research Group Spins-out an Industry-Leading Biotechnology Company

AbCellera Expands Technology Stack with Acquisition of Trianni for $90 Million

New partnership with AbCellera will create jobs, help address global health-care challenges

FDA ends for now use of two monoclonal antibodies, spurring a halt in federal shipments of the covid-19 treatments

FDA Announces Bebtelovimab is Not Currently Authorized in Any US Region


Publications:

A Park, A Goudarzi, P Yaghmaie et al. Rapid response through the entrepreneurial capabilities of academic scientists. Nat. Nanotechnol (2022) DOI: 10.1038/s41565-022-01103-6

A Singhal, CA Haynes & CL Hansen. Microfluidic Measurement of Antibody−Antigen Binding Kinetics from Low-Abundance Samples and Single Cells. Analytical Chemistry (2010) DOI: 10.1021/ac101956e










2024年8月18日 星期日

精準治療 — 單株抗體藥物在臨床上的應用

抗體藥物是精準治療(Precision Medicine)的一種, 因為它是針對特定情況做的治療,例如帶有某種變異基因的腫瘤。這篇將介紹單株抗體在臨床治療上的應用,包括已經通過 FDA 核准的雙特異性抗體和抗體藥物複合體外,還有放射性同位素標靶抗體藥物或胜肽、標靶蛋白降解劑抗體複合物,以及抗體核酸複合物等等。

藥物除了常見的小分子藥物外,還有大分子和細胞治療。

小分子就是化學物質,大分子則是生物製劑(biologics),例如蛋白質或抗體藥,細胞治療則包括 CAR-T 或基因治療等等。

蛋白質藥物包括胰島素或各種激素等等,抗體藥開始較大眾所知就是疫情時出名的 Regeneron 開發的新冠抗體藥。

抗體藥分為很多種,除了傳統的 IgG 外,還有分子較小的 scFv (single-chain fragment variable) 和只有鯊魚和駱馬才有的 VHHs,又稱 nanobodies。

有興趣的可以看這篇:關於抗體和抗體藥的一些小知識

抗體藥物有哪些?


抗體藥物主要用於精準醫療(precision medicine),目前大多為癌症藥物。這篇想整理的是抗體改造或加料過後的應用,大部分也都是針對癌症而開發的,包括雙特異性抗體和多特異性抗體,以及抗體藥物複合體和放射性同位素標靶抗體藥(RACs)等等。

Bi-specpfic Abs 雙特異性抗體藥


天然的抗體本身只能抓住一種抗原,但是經改造過後,可以把它的兩個 binding sites,也就是 Fab 的部分改成抓不同的抗原。

這個概念最早由 Nisonoff 和他同事提出來,並於 1960 發表在 Science 期刊上,不過近五十年後的 2009 年才有第一個 FDA 核准的 bispecific (bsAb) 抗體藥,為德國生技公司 Fresenius Biotech GmbH 研發的 catumaxomab (Removab®)。

為什麼要做這種抗體呢?因為如果能和不同的抗原結合,可以應用的地方就更多了,大致可以分為三種:

1. 連結免疫細胞和癌細胞(in-trans binding),藉此召喚免疫細胞過來殺癌細胞,通常都是透過 T 細胞受體 TCR (T cell receptors) 的 CD3。召喚 T 細胞來殺死癌細胞的又叫 T-cell engagers (TCEs),Removab 即屬於這種,一邊抓的是 T 細胞的 CD3,另一邊抓的是癌細胞的 EpCAM,不過它的 Fc 是第三個 binding site,會和其他的免疫細胞的 Fcγ 受體結合,例如巨噬細胞(macrophage)和自然殺手細胞(natural killer cells, NKs)

2. 連結同一個細胞上的受體(in-cis binding),藉此阻斷訊號傳遞。 針對癌細胞上的 RTK 受體(receptor tyrosine kinases)來抑制訊息傳遞,例如 EGFR 和 HER2,可以結合連結相同的受體,也可以連結不同的受體,例如 Merus 的 Zenocutuzumab 是連結 HER2 x HER3,而他的 NJ-61186372 則是針對 EGFR x MET。Zenocutuzumab (MCLA-128) 主要是針對 NRG1+ 的癌症,包括胰臟癌(PDAC)和非小細胞肺癌(non–small cell lung cancer, NSCLC),目前正在第二期臨床試驗。

3. 幫助受體組合,藉此促進受體活躍。這類抗體可以作為 agnoist,例如 Roche 正在研發中的 BFKB8488A 是針對生長激素 FGFR1C (fibroblast growth factor receptor 1C) 和 KLB (β-klotho),用於促進 FGF21 (fibroblast growth factor 21) 的訊息傳遞,進而治療第二型糖尿病。

Antibody-Drug Conjugates (ADCs) 抗體藥物複合體


抗體藥物複合體即是把抗體和藥物連結在一起,通常是化療藥物,透過抗體把化療藥物帶進癌細胞後才放出藥物殺死癌細胞,除了加強效用外,還可以減少藥物對正常細胞的傷害,希望可以取代傳統化療。

ADC 的結構和設計


ADC 的結構分成三個部分:Antibody - linker - Payload

抗體部分,目前常用的是 IgG1,除了它的穩定性較強,在體內的半衰期約 14-21 天外,透過 Fcγ 受體(Fcγ receptors, FcγRs)召喚先天免疫細胞,包括巨噬細胞和自然殺手細胞,也較少引起免疫原性(immunogenicity),減少引起抗藥抗體(anti-drug antibodies)的產生和過度的免疫反應的風險。

在抗體設計上會希望對抗原的親和性(affinity)很好,且標靶的抗原是在癌細胞上高度表達,但在健康細胞上表達有限的。在特異性(specificity)上也是要選著專一性較高的,另外就是需要有效的內吞(internalization)。除了用單一特異性的,也有用 bispecific,可以針對較多種類的癌細胞。

藥物(payload)的部分通常用的藥比傳統的化學治療藥物要強,包括 MMAE (monomethyl auristatin E), MMAF (monomethyl auristatin F) 和美登素(maytansine, maitansine)的衍生物 DM1 和 DM4。

抗體和藥物之間的連結(linker)可為可裂解(cleavable)或是不可切割的,目前的主流是可裂解的,因為不可裂解的需要把整個 ADC 都分解掉才能釋放藥物。可裂解的可以利用腫瘤和正常生理條件中的差異來裂解,例如腫瘤有比較低的酸鹼值或比較高的蛋白酶活性,ADC 在進入癌細胞後可以透過蛋白酶(protease)切開連結釋出藥物。

另外,也可以透過 linker 改善 ADC 的疏水性(hydrophobic)。由於小分子藥物有比較高的疏水性來保持它的 potency,因此若是 ADC 上有很多 payload,就會使它的疏水性增加,可能會導致它比較快被清除,或是有 aggregation 的風險。為了要解決這個問題,可以把 linker 設計的比較親水性一點,例如用 PEGylation。

市面上的抗體藥物複合體


在抗體和藥物的連結方式上,目前市面上已批准的是使用隨機的方式,但因為是隨機的,所以 payload 的數量(0-8, 4 可能最多)和位置無法控制。比較新的是定位連接法(site-specific),透過蛋白質工程可以設計連接的位點讓 payload 去連接,這個方法會使 ADC 比較穩定。

目前通過 FDA 核准的癌症 ADC 有 13 個,涵蓋超過 20 種適應症,主要為血癌和實質腫瘤(solid tumours)。這幾年投入 ADC 市場的生技公司和藥廠也不少,例如溫哥華因為疫情崛起的 AbCellera 和在地老公司 Zymeworks 都開始做 ADCs。大藥廠如 Merck 也於去年收購了研發 PBSEs (payload-binding selectivity enhancers) 的生技公司 Abceutics,PBSEs 的特點是它和 ADC 同時施打進體內,可以吸收掉被釋出癌細的藥物,減少它對正常細胞的損害。除此之外,Pfizer 也於去年收購了 Seagen 和它的四個已上市的 ADC 藥物。



最早得到 FDA 許可、針對實質腫瘤的 ADC 為 Genentech 的 KADCYLA® (trastuzumab emtansine),它於 2013 年獲得許可用於治療乳癌晚期,之後又於 2019 年獲得許可治療乳癌早期,抗體是針對 HER2 的 IgG1,戴的藥物是 DM1。近期較有名的 ADCs 可能是第一三共和 AZ 合作的 Enhertu (HER2 ADC, trastuzumab deruxtecan),它在 2019 年時通過 FDA 許可用於治療乳癌,也是針對表現 HER2 的癌細胞的 IgG1,藥物則是 DXd (topoisomerase I inhibitor)。今年初又通過許可以用在非小細胞肺癌,目前的適應症就有五個,包括乳癌、非小細胞肺癌、胃癌和實質腫瘤,替藥廠賺進了不少營收,2024 Q1 就有 $461M。

Radionuclide antibody conjugate (RACs)


除了帶化療藥物的 ADC,還有一種是帶放射物的配體(ligand)或抗體,是近年來的新歡,它比普通 ADC 有優勢的地方在於它不只可以用來殺死癌細胞,還可以用來觀察腫瘤的位置和藥物吸收的情形,希望可以用來取代傳統的放射線治療。

Radioconjugates


介紹 RACs 之前先介紹一下 radioconjugates (放射性配體共軛物),是直接把目標蛋白的配體和放射性同位素(radioisotope)連結。

目前已上市的放射性配體共軛物有 Novartis 用於治療胃腸胰神經內分泌腫瘤(gastroenteropancreatic neuroendocrine tumors, GEP-NETs) 的 Lutathera (lutetium-177 dotatate) 和治療攝護腺癌的 Pluvicto (lutetium-177 vipivotide tetraxetan),分別於 2018 年和 2022 年獲得 FDA 許可。Pluvicto 於 2023 年的營收則是 $980M,Lutathera 則是 $605M,比前年增加了 28%,錢景大有可為。

這兩個藥物都是用釋放 β 射線的同位素 lutetium-177,藥物在到達或進入細胞後,釋放出的輻射會破壞癌細胞的 DNA,藉此殺死臨近的癌細胞。Lutathera 針對的是表現在 NET 細胞上的受體 SSTR2 (somatostatin type 2 receptor),Pluvicto 則是用可以胜肽 vipivotide 來抑制表現在攝護腺癌細胞上的抗原 PSMA (prostate-specific membrane antigen)。

除了 β 射線外,還有 α 射線,它的範圍較小但能量較高,在殺死癌細胞上效果更好。另外,患者在接受 Lutathera 和 Pluvicto 治療後的一個禮拜內須要遠離孕婦和小孩,因為 Lu-177 的半衰期是一個禮拜,而 α 射線穿透的範圍較短,相較之下反而是個優勢。目前有好幾個 α 射線的臨床試驗,最普遍的放射同位素為 actinium-225 (Act-225), lead-212 (Pb-212) 和 astatine-211,像是 Novartis 的攝護腺癌藥物也有出的 Act-225 版本的 225Ac-PSMA-617,正在第一期臨床試驗中。

Bristol Myers Squibb 於去年花 $4.1B 鎂收購的 RayzeBio,它的 RYZ101 用的也是 α 放射的 actinium-225 (Act-225),同樣是針對 NET 細胞上的受體 SSTR2,主要是用來治療對 Lutathera 沒反應的患者,目前在第三期臨床治療。



Radionuclide antibody conjugate (RAC)


相較於放射性配體共軛物,放射同位素接在抗體上可以在體內維持較久,因為抗體穩定性較強,也因此比較適合接半衰期較長的放射同位素。

截至目前為止,只有兩個 FDA 核准的 RACs:

Zevalin (ibritumomab tiuxetan):於 2002 年獲得 FDA 許可,放射同位素是用 Iodine-131,抗體是針對 CD20,用於治療表現 CD20 的 non-Hodgkin's lymphoma。

Bexxar (tositumomab and iodine I 131 tositumomab):於 2003 獲得 FDA 許可,放射同位素是用 Y-90 (Yttriuim-90),抗體也是針對 CD20,用於治療表現 CD20 的 non-Hodgkin's lymphoma。

不過抗體的優點也是缺點,雖然它較穩定,可以在體內停留的時間較長,但用在放射同位素上就是個缺點,因此較小的胜肽反而比較有利。

生技公司 Y-mAbs 為此開發了一個解法,就是利用雙特異性的 scFv 設計了一個 SADA (Self-Assembling and DisAssembling),一邊是 anti-GD2,一邊是 anti-DOTA (同位素螯合劑),然後接一個可以拆開或組合成 tetramer 的蛋白,在他們的 YT 影片裡是說用 P53。治療分成兩個步驟,第一步是先把抗體打進去,組合成 tetramer 的會抓住癌細胞,monomer 則會在血液裡晃一晃就因為體積小排出去,接者再把同位素打進去,這時候抗體的 DOTA 就會抓住同位素,這樣就可以達到精準治療,又不會有 IgG 接抗體後停留在體內太久的問題,他們用來治療實質腫瘤的 GD2-SADA:177Lu-DOTA 目前正在第一期臨床試驗中。

除了用 scFv 外,也有公司選擇用小抗體 VHHs,例如溫哥華的生技新創公司 Abdera 是用 VHH-Fc,他們用來治療對小細胞肺癌(small cell lung cancer )和的為大細胞神經內分泌癌(large cell neuroendocrine carcinoma, LCNEC)的 ABD-147 是針對表現 DLL3 的實質腫瘤,用的同位素為 Act-225,目前正在第一期臨床試驗。

Degrader-Antibody Conjugates (DACs)


抗體可以接藥物外,還可以接 degrader,是指把目標蛋白降解,這個技術稱為 TPD (targeted protein degradation, TPD),通常都是利用 ubiquitin-proteasome system (UPS),藉由 E3 ligase 幫目標蛋白標記 ubiquitin (Ub),使它可以被 proteasome 降解。其方法是用 molecular glue,是可以把 E3 ligase 目標蛋白連結在一起的小分子,使目標蛋白得以被 E3 ligase 標記和降解。

另一個和 molecular glue 很類似的是 Arvinas 開發的 PROTAC (PROteolysis TArgeting Chimera),它的結構分成三個部分,兩側分別是 E3 ligase 和目標蛋白的配體(ligand),中間是連結兩側配體的 linker,可以把目標蛋白帶到 E3 ligase 進行標記和降解。

PROTAC 是 2001 年時由耶魯大學的 Dr. Craig Crews 首先發表於 PNAS,之後於 2013 年成立 Arvinas,目前大部分的藥物都還在第一期臨床試驗,不過他們用來治療乳癌的口服藥 Vepdegestrant (ARV-471) 已進入第三期臨床試驗,是針對 ER+ (estrogen receptors)/HER2- 的患者,2011 年時和輝瑞(Pfizer)合作開發和商業化。

DACs

PROTAC 和 molecular glue 都可以接到抗體上,抗體針對的是癌細胞表面的抗原,透過抗體和抗原的結合,把 PROTAC 或 molecular glue 帶進細胞,把目標蛋白帶到 E3 ligase 進行標記和降解。

目前在做這個的有和輝瑞合作的 Nurix,不過目前還沒有太多資訊。另一個是 2016 年成立的韓國生技公司 Orum Therapeutics (오름테라퓨틱),他們目前只有兩個藥物進到第一期臨床試驗,一個是針對 HER2+ 的 ORM-5029 (TPD2-GSPT1),DACs 透過抗體結合 HER2 進入細胞,之後被降解釋出 molecular glue (SMol007) 把目標蛋白 GSPT1 (translation termination factor) 帶到 E3 ligase 進行標記和降解,導致癌細胞死亡。另一個是用來治療急性骨髓性白血病(acute myeloid leukemia, AML),抗體的部分是針對 CD33,進入細胞後也是透過降解 GSPT1 殺死癌細胞,這個藥物已於 2023 年年底被 Bristol Myers Squibb (BMS) 收購。



Antibody-Oligonucleotide Conjugates (AOCs)


AOCs 在過去幾年也開始崛起,它是把寡核苷酸(oligonucleotide)和抗體連結,透過抗體運送寡核苷酸進到細胞內。它的連結方法有幾種,包括用化學反應直接連結,或是透過結合親和力(binding affinity),例如 avadin 和 biotin,也可以用離子相互作用(ionic interactions)。

AOC conjugation

AOCs 剛開始時是用於免疫染色作為診斷工具,好處是可以用限制酶切掉螢光團(fluorophore)後重複染色而不傷組織細胞。相較於 ADCs 和 RACs,雖然在共軛連結上較為困難,但它的優勢在於可以調控基因表現,目前大多數的研發是著重在 siRNA 和 ASO (anti-sense oligonucleotides),因此它的效用是看其抑制蛋白表現的程度。另外一個困難點是穩定性(stability),它在血液中的半衰期只有兩天左右,但和抗體連結在一起後可以增加到五天以上。

AOC in imaging

目前做 AOCs 的公司有 Avidity Biosciences,他們的 AOC1001 (Del-desiran) 是利用 siRNA 來降低突變的 DMPK (myotonic dystrophy protein kinase) mRNA,用以治療 DM1 (dystrophic myotonic dystrophy type 1),已進入第三期臨床試驗。

Extracellular vesicles (EVs)-Fc


除了用單一抗體,也可以利用外泌體(Extracellular vesicles, EVs)展示很多抗體。最近瑞典 Karolinska University 發表在 Nature Biomedical Engineering 的一篇研究是把帶有抗 Fc 的蛋白或結構域(domain)基因的載體送進會產生 EV 的細胞裡,例如 Protein A 或 Protein G 等等,使它可以把抗 Fc 的蛋白表現在外泌體外面。接著,把這些表現有抗 Fc 蛋白的外泌體和抗體混合,外泌體外面就會插滿了抗體,而外泌體裡面就可以裝化療藥物。目前還在老鼠實驗階段,但在老鼠身上的效果不錯。

Antibody-Cell Conjugation (ACC)


抗體細胞連結,顧名思義就是把抗體和免疫細胞連結在一起,例如自然殺手細胞(Natural Killer cells, NK cells)或是細胞激素誘導殺手細胞(cytokine induced killer cells, CIK),算是一種細胞治療,是於 2009 年時由蕭世嘉提出的。ACC 相較於 CAR-T 治療簡單許多,不需要基改,而是直接把抗體接在免疫細胞上。

把抗體接到細胞上有兩種方法:

1. 非天然糖類代謝:細胞吸收非天然醣類後會把要表現在細胞膜的 glycocalyxes 轉變成 phosphonucleotide donors,之後透過 bioorthogonal reactions 把抗體接上去。

2. 酵素反應(chemoenzymatic methods):利用糖基化酶(glycosylases)去改造細胞表面的 glycocalyxes,然後再把抗體接上去。

目前在做 ACC 的是由蕭世嘉創辦的 Acepodia。


☕️ 如果你喜歡這篇內容,歡迎賞一杯咖啡。😊

合作邀約: nonproscience@gmail.com
📍文稿:科普文、公司文、產業文等等
📍諮詢:實驗設計、加拿大研究所、生科產業



References


Podcast: 魔術子彈─抗體藥物複合體 Antibody Drug Conjugate (ADC)

K Tsuchikama, Y Anami, SYY Ha et al. Exploring the next generation of antibody–drug conjugates. Nat Rev Clin Oncol (2024) DOI: 10.1038/s41571-023-00850-2

M Senior. Precision radiation opens a new window on cancer therapy. Nat Biotechnol (2024) DOI: 10.1038/s41587-024-02295-z

OPB Wiklander, DR Mamand, DK Mohammad et al. Antibody-displaying extracellular vesicles for targeted cancer therapy. Nature Biomedical Engineering (2024) DOI: 10.1038/s41551-024-01214-6

X Ma, J Jiang, X An et al. Advances in research based on antibody-cell conjugation. Front in Immunol (2023) DOI: 10.3389/fimmu.2023.1310130










2021年6月5日 星期六

CH 上關於新冠疫苗的討論 20210604

這篇只是簡單記錄一下昨天在 ClubHouse 上聽到的討論,前半段是討論 Nature Medicine 那篇論文 [1],應該很多人都看過了,就不在這篇裡敘述(除非哪天心血來潮想寫一下)。



1.
台灣的 CDMO:台康、永昕產能 2000 L,之前有接洽過 AZ 看能不能代工,但似乎因為量產達不到而不了了之。要擴大量產需要大量資金,需要政府幫忙,like Samsung Biologics。

韓國的 CDMO:1,5000L bioreactor x 8~10

2.
瑞士的疫苗施打率很低,因為買不到,於是和 Moderna 合作,由瑞士公司 Lonza 生產以供內需,徵召碩博士生去做疫苗,月薪七千瑞士法郎,為期三到六個月。

3.
有人問:聯亞有二期三期合併,高端感覺還要很久,為什麼現在都在討論高端,沒有在討論聯亞?

答:因為高端有股票上市吧哈哈 XD

4.
台灣的二期要多少人?當初有人在討論要一千人還是三千人,講一千人想的是還是要三期,擴大到三千人想的是二期過了就直接 EUA。三千人的來源是 FDA 的 safety guideline,TFDA 先設了這個 criteria 後高端和聯亞才把臨床設計做成第二期三千人。

5.
高端計畫在巴拉圭做 1:7 的三期臨床試驗。台灣的二期沒有真的雙盲,三期才有雙盲。二期預計六月解盲,但沒什麼好解盲的,一定是成功的,有抗體就是打疫苗,沒抗體就是打食鹽水,二期只看一點點 efficacy 沒那麼重要,三期看 efficacy 比較重要。

6.
台灣和後來才出來的新冠疫苗會越來越沒有做傳統三期的條件,因此 WHO 前兩天才開會討論 Nature Medicine 那篇 paper [1],看能不能做 immunobridging,用中和抗體效價取代傳統三期。

7.
台灣好像有兩家公司做 mRNA,但是技術不夠。

8.
mRNA & adenoviral vaccine CQA (critical quality attribute) 應該沒有 biological potency assays,mRNA 所知的 guideline 是看 purity, identity, in vitro expression (WB)。Adenovirus 的話可能是 strain identity, TCID50 assay, qPCR,但是病毒的 batch-to-batch variability 很高,包括用於 gene therapy 的 AAV,不知道各廠是如何確定每個 batch 的品質是一致的。

9.
關於 Nature Medicine 那篇有些 limitations,例如每個疫苗檢測的方法都不一樣、不知道康復者的抗體是感染幾天後的,要怎麼知道康復者體內的哪幾株中和抗體(neutralizaing antibodies)是有保護力的等等。

註:那篇裡面分析的疫苗有 Moderna (mRNA-1273), Novavax (NVX-CoV2373), BioNtech/Pfizer (BNT162b2), Sputnik V (rAd26-S+rAd5-S), Oxfored/AZ (ChAdOx1 nCoV-19), J&J Janssen (Ad26.COV2.S) 和中國的科興疫苗 CoronaVac (inactivated),中和抗體的分析結果和 Phase III 的差不多,兩支 mRNA 的表現最好,中和抗體也最多,科興的最差,中和抗體也最少。

相關文章:又一篇新冠病毒的小抗體研究

如果真的要做 immunobridging,要用哪些抗體當作 markers 或 reference,每隻疫苗產生的抗體都不太一樣,要怎麼確定有產生那幾株抗體就表示有保護力?如果某個疫苗沒產生那些抗體,就代表沒保護力嗎?之前有研究顯示,不只抗體有保護力,感染後產生的 T cells 也有保護力,這些要包括在內嗎?

相關文章:新冠病毒感染者體內 T 細胞的免疫反應

Moderna 在青少年的臨床試驗上,便是看免疫反應 [2, 3],但那是因為是同一隻抗體,檢測的方法也是一致的。

10.
Regeneron mAb cocktail 只有兩株抗體 [4],是從老鼠體內釣出來後再 humanized。



References:

1. DS Khoury et al, Neutralizing antibody levels are highly predictive of immune protection from symptomatic SARS-CoV-2 infection. Nature Medicine (2021)

2. Moderna Press Release / Moderna Announces TeenCOVE Study of its COVID-19 Vaccine in Adolescents Meets Primary Endpoint and Plans to Submit Data to Regulators in Early June (May 2021)

3. UMass Med News / Moderna’s TeenCOVE study of COVID-19 vaccine, with UMMS participants, meets primary endpoints (May 2021)

4. FDA / Coronavirus (COVID-19) Update: FDA Authorizes Monoclonal Antibodies for Treatment of COVID-19 (Nov 2020)










2021年5月16日 星期日

Biogen aducanumab 要衝過 FDA 許可了嗎?

大家看新冠病毒的新聞看膩了嗎?FIRERCE Pharma 在二月預測今年會上市的十個新藥第一名是 Biogen 的阿茲海默抗體藥 adumanucab [1]。這個抗體藥可說是歷經曲折,我之前就寫了三篇介紹此藥。XD

目前普遍認為的阿茲海默症(Alzheimer's Disease, AD)致病因子為 amyloid-β (Aβ) 和 tau protein,Aβ 堆積在腦中後,接著 tau 也跟著堆積在腦中,大量的蛋白堆積引發一連串的反應,對腦部造成傷害,這個假說稱為 amyloid cascade hypothesis。因此,目前研究的方向多為阻止 Aβ 的產生,或是清除腦中大量的 Aβ。

科學家們試著用抗體來治療阿茲海默症已經很久了,試過的藥廠不少,但都以失敗收場,2015 年七月底時在 DC 的一場阿茲海默症國際研討會中,有兩家生技公司發表了他們似乎有點成效藥物,分別是 Biogen 和 Eli Lilly,這兩家公司用的抗體都是針對 β-amyloid (Aβ)。

相關文章:治療阿茲海默症的藥物有望?

Biogen 和日本製藥公司 Eisai 合作的抗體 adumanucab 在初期的階段有正面的結果,此藥被施打在 166 位被診斷為初期患者的身上(10mg/kg),結果顯示有 27 位病患在認知上有顯著效果,由 PET 掃描觀察到的 Aβ 量也有減少,不過可惜的是有效藥量在一些病患身上會造成腦部腫大和出血,於是藥廠決定把量減低(6mg/kg),結果顯示三十位病患在用藥 54 週後雖然 Aβ 量有減少,但並沒有改善認知衰退的症狀。這個結果發表了以後,公司股票從 $372 左右跌到 $272。

註:Biogen 的股價最高點為 2015 年三月, $438.43。

相關文章:阿茲海默症新藥 新進度 -- Aducanumab

2019 年三月的時候,因為它的兩個第三期臨床試驗 ENGAGE 和 EMERGE 的治療效果在初期分析結果中並未達到預期標準,病患認知衰退的現象沒有顯著改善,Biogen 和 Eisai 宣布停止這兩個臨床試驗。本來以為這個藥就這樣死了,沒想到在當年十月的時候,Biogen 又宣布說那兩個臨床實驗分析有誤,後續的分析顯示 EMERGE 有達到預測效果,決定將 aducanumab 送審想拿到 FDA 許可。

重新分析結果後發現,最高劑量的 aducanumab (10 mg/kg) 效果最好,認知力衰退的情形最輕微,PET 檢測出來的 amyloid 堆積也最少。低劑量雖然有些減緩病症,但是跟安慰劑組比較並沒有顯著差距。不過,這個正面的結果只出現在 EMERGE 臨床試驗裡,ENGAGE 臨床試驗裡並沒有出現這個效果。

相關文章:Biogen 的阿茲海默症抗體藥 aducanumab 起死回生?

Biogen 於 2020 年七月將 aducanumab 送 FDA 審查,本來預計今年三月會有結果,不過一月時宣布延長三個月至六月七日 [2]。因為 EMERGE 和 ENGAGE 兩個臨床試驗的結果相反,不少人對此有所質疑,認為 aducanumab 並非真的有效。但是,也有人認為 FDA 會批准此藥,因為病患團體非常希望這個藥可以通過,還有就是如果沒通過,會大大打擊藥廠繼續研發阿茲海默症的信心。

雖然去年十一月的時候,FDA 的 advisory committee 投了反對票 [3],但並非每次審核都會聽 committee 的意見,FDA 在一個禮拜後對此藥的資料給予正面回應,Biogen 的股價也因此漲回去一點。雖說今年一月的時候 FDA 宣布延長三個月,但有人覺得這表示通過核准有望,因為如果 FDA 覺得未達到標準的話,就會直接駁回,而不會延長了。

不過,要是真的通過 FDA 許可的話,aducanumab 將會是近二十年來第一個治療阿茲海默症的抗體藥,Biogen 也可能因此藥大賺一筆,有人預估它的年營收額會從現在的 $2.7B 往上升在 2026 年時達到 $4.8B [4]。

Biogen 目前的股價約 $280 左右,有人想在六月初 FDA 公布結果前賭一波嗎?搞不好會因此大賺一筆。XD





[2021607 update]

真的通過 FDA 許可了啊~今天股價一度衝破四百。



Biogen aducanumab 終於在今天在通過 FDA 核准後發佈了新聞稿, 此抗體藥將以 ADUHELM 的名稱上市 [5],根據病患的平均重量,藥價約每年 $56,000 [6]。


News:

1. FIERCE Pharma / The 10 most-anticipated drug launches of 2021

2. NPR / FDA Poised For Decision On Controversial Alzheimer's Drug (June 2021)

3. FIERCE Pharma / Biogen's Alzheimer's drug aducanumab, if approved, may face extra hurdles, slow sales ramp: analysts (June 2021)

4. BioSpace / Rocky Road for Biogen's Aducanumab Now Includes Pricing Hurdle

5. Biogen /FDA grants accelerated approval for ADUHELM™ as the first and only Alzheimer’s disease treatment to address a defining pathology of the disease

6. STAT / FDA grants historic approval to Alzheimer’s drug designed to slow cognitive decline











2021年4月9日 星期五

Pfizer/BioNtech 的新冠疫苗 -- 關於施打一劑後的研究

這兩篇是關於 Pfizer / BioNTech 疫苗的,其中一篇是以色列的施打結果。大家也知道以色列打疫苗神速,到今年二月中為止已有超過百萬人施打了輝瑞疫苗,在去年十二月到今年二月中期間,他們收集了施打疫苗後的 21 天內,病毒測試為陽性的約五千人的 RT-qPCR 結果。結果顯示在施打第一劑 12-37 天後的病毒量比施打十一天後低很多,也比沒施打疫苗的低惹 2.8 到 4.5 倍。不過這篇比的是平均病毒量,如果可以再細分說打了第一劑後,感染後的最高病毒量是多少(因每個人個情況不一樣,病毒量最高的那一天),跟沒打疫苗的,感染後的最高病毒量是多少,也許更可以說打了疫苗後,可以使感染後體內病毒不會大量繁殖,病毒量會在一個不會有症狀也無法傳染的範圍。

另一篇則是關於得過新冠病毒後,是不是只打一劑輝瑞疫苗後就夠了,這樣就可以把疫苗發給更多的人。這個研究是南加州的醫學中心做的,參與者的年齡層是 29 歲到 55 歲左右,六成為女性。分析的抗體量為第一劑疫苗前到疫苗後的前三天、第一劑後的一到三週,還有第二劑後的一到三週。要怎麼知道之前是否感染過呢?他們是測體內抗 SARS-CoV-2 N protein 的抗體,因為 Pfizer 只表現 Spike protein,所以不會產生 anti-N protein 的抗體。分析結果顯示,感染過的患者,體內的 anti-N 和 anti-Spike IgG 抗體不管在哪個時間點都比較高,有趣的是他們的 anti-S RBD IgG 只比打過第一劑、沒感染過新冠病毒的人低一點而已。另外,感染過的患者在打了第一劑後的 anti-Spike RBD IgG 和打了兩劑疫苗但沒感染過的人差不多,疫苗但沒感染過的人差不多,中和抗體測試的結果也一樣。

也就是說:
1. 感染過新冠病毒的抗體量 vs. 沒感染過,但打了一劑疫苗的抗體量 --> 前者稍微低一點
2. 感染過新冠病毒 + 打了一劑疫苗的抗體量 vs. 沒感染過,但打兩劑疫苗的抗體量 --> 沒顯著差異
3. 感染過新冠病毒 +/- 疫苗 vs. 沒感染過 +/- 疫苗 --> 前者比後者多

另外,感染過新冠病毒的人在打了第一劑後的疫苗反應(畏寒和發燒)比沒感染過的頻率高,而沒感染過的人,第二劑的疫苗反應(頭痛、暈眩)比第一劑高。

這個結果顯示,得過新冠病毒的人打一劑就夠了。不過,這篇研究沒特別說感染過的人之多久前感染的,最短可能是一週前得,最長 .... 不知道,不過如果有人是兩個月前染感的的話,也就是說兩劑之間可以隔兩個月還有效?分析一下患者得過的時間點,應該可以推出兩劑之間最長可以隔多久。



References:

M Levine-Tiefenbrun et al, Initial report of decreased SARS-CoV-2 viral load after inoculation with the BNT162b2 vaccine. Nature Medicine (2021)

JE Ebinger et al, Antibody responses to the BNT162b2 mRNA vaccine in individuals previously infected with SARS-CoV-2. Nature Medicine (2021)











2021年2月6日 星期六

又一篇新冠病毒的小抗體研究

這集的標題雖然是駱馬的小抗體(nanobodies),但前半個小時是討論中國的 CoronaVac,同時他們也收到很多 email 詢問為什麼美國不也做 inactivated virus vaccine。



第一個用病毒做的疫苗是 Edward Jenner 的天花疫苗(smallpox, 1798),為 inactivated Vaccinia virus。第二個 Pasteur 的狂犬病疫苗(rabies, 1885),再來是黃熱症疫苗(yellow fever, 1935)和流感疫苗(influenza, 1936) [1],流感疫苗剛開始是給軍方用,因為在第一次世界大戰時美軍人力因流感而有所損失 [2]。

至於為什麼美國不用病毒做新冠病毒的疫苗呢?他們解釋是美國已經研發其他種類的疫苗很久了,包括 mRNA 疫苗和 subunit 疫苗,所以可以直接拿來用,加上大藥廠已經砸很多錢在研發新型疫苗,因此拿來研發新冠病毒疫苗相對來講反而是比較簡單的。另一個可能原因是用病毒做疫苗需要用到 BSL3 的實驗室,不方便大量生產。

關於中國的 CoronaVac,他們提到 inactivated virus vaccine 通常是用 UV 或福馬林(formalin)去 inactivate viruses,但中國的這支疫苗是用 β-propiolactone (C3H4O2),雖然它也被用來 inactivate viruses,不過它會和蛋白質反應,可能會改變蛋白結構,而且最近有幾篇研究顯示 β-propiolactone 會使 Spike 的 S1 脫離 [3, 4],而可讓免疫系統產生中和抗體的 RBD 就在 S1,如果新冠病毒疫苗少惹 S1,那疫苗效用還剩多少?另外,如果要做 inactivated viruses,也會先評估用來 inactivate 的物質會不會改變病毒結構,是否每個 batch 的品質都穩定一致。之前的疫苗之所以用 inactivated viruses,是因為當時那個年代的技術就只能用 inactivated viruses,並不是因為它比較安全,如今的科技使疫苗不再局限於用 inactivated viruses。

相關文章:近期和新冠病毒抗體相關的研究

裡面還有一段對話滿好笑的(30:25),CoronaVac 的臨床實驗是 Phase I/II 合在一起,通常是 Phase I 安全測試過了以後,換一批測試者做 Phase II。SinoVac 是一二期一起做,第一期只有七天,七天後如果沒出現問題就進入 Phase II [5]。然後其中一位就說,因為是用 inactivated viruses,如果真的有問題的話,七天後試驗者可能就掰掰了,既然七天後沒人死,就表示疫苗算是安全的。XD

(33:50) "... that the Chinese government enlisted army personnel for at least one of the phases for their trial and I thought we were critical of that for a while, but I think that's no longer a criticism."

".... yeah, we got a lot of pushback from people in China who said this is often done and it is often done, but they said it was licensed and it was actually a Phase II trial, so they should have just said it's a Phase III trial, right? instead of saying it was licensed for you."

"I think the issue there was is it okay to do that in troops, ..... I think I pointed out the U.S. can't exactly get on a moral high horse about what's been done."

還有一段莫名戳中我的笑點,是討論到 Phase III 是在中國、巴西和土耳其做的,最近還加了印尼。

(44:10) "I don't think they had enough cases in China to do the Phase III, right?"

"I think because at that point the pandemic was really under control such through lockdowns in China, they were actually having a hard time getting cases for their clinical trials, but uhh unfortunately, plenty of other countries had plenty of cases."

之後駱馬小抗體的部分是討論德國研究團隊於上個月發表在 Science 的研究。之前有提過駱馬除了正常的 IgG,還有一種只有 heavy chain 的抗體 HCAb,以及釣出小抗體的噬菌體展示(phage display)。

相關文章:Phage display 和小抗體製造

在這篇之前,德州大學(U Texas)也在去年發表過他們抗 SARS 的小抗體,他們是把 SARS Spike 打入駱馬體內,然後釣出小抗體,經過 cyro-EM 分析發現效果最好的小抗體 VHH-72 是把 Spike RBD 固定在某個 conformation,使它無法動。他們把這個小抗體測試在假新冠病毒上(pseudovirus),發現它也可以抑制新冠病毒。

相關文章:從駱馬體內得到的新冠病毒小抗體

德國的這個研究則是把新冠病毒的 Spike RBD 和用福馬林去活性過的新冠病毒打入駱馬後釣出小抗體,然後測試這些小抗體的中和效用(neutralizing activity),發現其中一株中和效果最強的小抗體 VHH E 的 IC50 可到 60 nM [6]。VHH E 和其他小抗體不太一樣,它的 CDR3 特別長,雖然和 ACE2 結合的點和之前發現的小抗體 CC12.3 和 H11-D4 相同,但方向不一樣。之前研究發現,Spike RBD trimer 通常處在一個 up & down conformation 平衡的一個狀態,較常發生的狀態是沒有或三個中只有一個 RBD 處於 up conformation。雖然三個 RBD 都為 up conformation 的狀態很少見,但只有 up conformation 才可以和 ACE2 結合,只是不知道需要幾個 RBD 為 up conformation。

他們用 cryo-EM 分析 VHH E 和 ACE2 結合的狀態,發現和 VHH E 結合的大多是三個 RBD 都為 up conformation,並且各和一個 VHH E 結合,顯示 VHH E 會把 RBD 固定在 3-up conformation,而且一旦結合,RBD 就無法變回 down conformation。不免俗的,也要試試把兩、三個 VHH 連在一起看看效果會不會更好,當然也是用常用的 (GGGS)3 linker,結果發現 IC50 可以降到 pM range (930 pM for VHH EE, 520 pM for VHH EEE)。這篇研究和其他不同的地方是他們還有測試哪些突變會逃過 VHH 的中和作用,有趣的是如果某個突變可以逃過某個 VHH,大多的情況是它會對其他 VHH 更敏感,所以如果把兩個不同的 VHH 結合在一起,便沒有突變可以逃過 VHH。相反的,雖然 VHH EEE 有很強的中和作用,single mutantion 就可以讓病毒逃掉。



References:

1. S Plotkin, History of vaccination. PNAS (2014)

2. US CDC / Influenza Historic Timeline

3. Y Cai et al, Distinct conformational states of SARS-CoV-2 spike protein. Science (2020)

4. AV Letarov et al, Free SARS-CoV-2 Spike Protein S1 Particles May Play a Role in the Pathogenesis of COVID-19 Infection. Biochemistry (2020)

5. Z Wu et al, Safety, tolerability, and immunogenicity of an inactivated SARS-CoV-2 vaccine (CoronaVac) in healthy adults aged 60 years and older: a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 1/2 clinical trial. The Lancet (2021)

6. P Koenig et al, Structure-guided multivalent nanobodies block SARS-CoV-2 infection and suppress mutational escape. Science (2021)










2021年1月9日 星期六

新冠病毒患者的免疫力可維持超過半年

根據感冒冠狀病毒和流感病毒的經驗,大多數人都認為人類體內對抗新冠病毒的免疫保護可能很短,大概感染後半年左右抗體就會降到測不到,尤其是無症狀和輕症的患者可能感染後抗體量本來就不高,不過到底可以維持多久呢?這個資訊可以讓我們預測疫苗提供的免疫保護持久力。從疫情開始至今也一年了,各國的資料也收集得差不多了吧。XD

La Jolla Institute 的研究團隊之前已經發表了兩篇相關研究,他們先是分析健康個體和 COVID-19 康復患者的血清,發現所有康復患者都有可辨識新冠病毒 Spike protein 的 CD4+ (helper) T cells,T cells 的反應程度和 IgG 量成正向相關,七成的康復患者有可對抗新冠病毒的 CD8+ (killer) T cells,而且反應強烈。康復患者除了帶有可辨識 Spike protein 的免疫細胞外,他們也帶有可辨識其他病毒蛋白的 T cells,像是 M protein 和 N protein。另外,他們也分析了疫情前採集到的血清,同樣帶有可辨識新冠病毒的 T cells。

相關文章:新冠病毒感染者體內 T 細胞的免疫反應

「他們檢測了於 2015-2018 年採樣到、沒有感染過新冠病毒的血液檢體,結果發現其中有 40% - 60% 含有可以辨識新冠病毒的 helper T cells,不過和康復患者不同的是他們的 T cells 反應雖然也是以 Spike 為主,但幾乎沒有對 N protein 或 M protein 有反應的 T cells,次主要的是 NSPs (non-structural proteins)。而之所以會有這些 T cells,可能是因為這些人之前感染過其他種類的冠狀病毒,cross-reactivity 使他們體內也有能辨識新冠病毒的 T cells。研究者們認為這是之前感染其他四種引起感冒症狀的冠狀病毒時產生的,因為這些血液檢體裡都有針對至少其中三種常見冠狀病毒的 T cells,血清檢測也顯示全部都有 HCoV-OC43 和 HCoV-NL43 Spike protein 的 IgG 抗體,表示大多數人都感染過常見的四種感冒冠狀病毒,而且至少感染過超過三種,而這也可能是為什麼大部分的人感染到新冠病毒後都只是輕症或無症狀。」

註:常見的四種感冒冠狀病毒為 NL63, 229E, OC43 和 HKU1。

在之後發表在 Science 研究裡,他們則是分析是哪些病毒片段使 CD4+ T cells 有 cross-reactivity,讓未感染個體的免疫系統能夠對新冠病毒有反應。

相關文章:抗新冠病毒的 T cells 和抗感冒冠狀病毒的有 cross-reactivity

在之前的研究裡,他們以分析 CD4+ T cells 的反應為主,而他們這個月發表的研究,三種 adaptive immunity 都分析了 -- CD4+ (helper) T cells, CD8+ (killer) T cells, memory B cells。在他們分析的近兩百位患者包括了無症狀患者、輕症、中度和重症患者,不過大多數(93%)為不需住院的輕症患者,年齡為 19 歲到 81 歲。其中有些患者的提供不同時期的血清檢體,間隔大約幾個月採集一次,其中有 63 個檢體是感染後超過半年後採集的。

他們分析了血清內的抗體後,發現九成患者的 anti-Spike IgG 可以六到八個月都穩定存在著,anti-nucleocapsid IgG 也差不多持續八個月穩定存在著,中和抗體主要為 anti-Spike RBD IgG,90% 患者的中和抗體也是穩定存在六到八個月。產生抗 Spike 抗體的 memory B cells 比症狀出現一個月後更多,倒是 CD4+ (helper) 和 CD8+ (killer) T cells 減少,存活週期(half-life)約為三到五個月。那生產抗體的 memory B cells 呢?他們發現患者體內針對新冠病毒的 memory B cells 在症狀出現後的 120 天內持續增加,之後呈現一個 plateau 的狀態。針對 Spike 的 memory B cells 中有約 10%-30% 是特別針對 Spike RBD。RBD-specific memory B cells 的狀況也差不多,不過可以早在症狀出現後十六天左右就開始持續增加,並且持續增加四到五個月。未感染者體內則幾乎沒有 Spike-specific memory B cells。既然有 anti-N protein 的抗體,當然就會有生產它的 nucleocapsid-specific memory B cells,也同樣是症狀出現後的四到五個月內持續穩定增加。

再來是 memory T cells。大約 70% 的患者在症狀出現後一個月(20-50 days)開始測得到針對新冠病毒的 memory CD8+ T cells,目標蛋白有 Spike, Membrane (M), Nucleocapsid (N) 和 ORF3a,其中約有 50% 患者體內的 CD8+ T cells 在六個月後仍穩定存在著,在感染後一個月,約有 93% 的患者可以測得到針對新冠病毒的 CD4+ T cells,目標蛋白除了 Spike, M, N, ORF3a 外,還有 nsp3,在六個月後體內 CD4+ T cells 仍穩定存在的患者有 92%。Spike-specific (CD4+ / CD8+) T cells 的穩定存在情況和針對新冠病毒的 T cells 類似,同樣可以穩定存在六個月以上。

最後,他們比較了免疫系統裡的其中五樣指標,看看他們維持多久。他們比較的五樣為 RBD IgG, RBD memory B cells, Spike IgA, total SARS-CoV-2-specific CD8+ T cells 和 total SARS-CoV-2-specific CD4+ T cells,因為這五樣在免疫保護力中扮演著重要角色。他們發現,大多數人(64%)在症狀出現後一到兩個月內,這五樣都穩定存在著,但在五到八個月後,這五樣在體內仍穩定存在的只剩 43%。不過呢,雖然五樣都降的人站了以半以上,但有 95% 的人在五到八個月後,至少有三樣仍穩定存在著,也就是說抗新冠病毒的免疫力並沒有之前以為的短,至少能夠維持半年以上,算是個好消息。

La Jolla 的研究已輕症為主,去年年底英國有個研究則是針對感染後無症狀或輕微症狀的醫護人員。倫敦醫院從去年三月底疫情爆發初期就開始每週驗 PCR 和血清,檢測和分析他們在英國封城後十六到十八週的 T cells 和抗體反應。

他們分析了倫敦醫院醫護人員的 T cells 和抗體,發現他們的 T cells 對新冠病毒 Spike 有反應的比例不高,只有 49%,反而對 N protein (neucleocapsid) 有反應的比例高達 85%。相較之下,疫情前的控制組對 Spike 和 N protein 有反應的比例為 29% 和 12%。不意外的,和 La Jolla 研究團隊的結果類似,未感染者血清也測得到對新冠病毒有反應的 T cells,不過到底是新冠病毒的哪個蛋白片段和感冒冠狀病毒有 cross-reactivity,是否和 La Jolla 研究團隊的結果一樣,則需要進一步的分析。

那抗體呢?有 97% 有抗 S1 IgG 或抗 N protein IgG/IgM,而且有 89% 的抗體是有抑制病毒作用的中和抗體,不過無症狀或輕微症狀患者的抗體量比症狀明顯的患者低。之前有研究顯示,新冠病毒患者的抗體量降的很快,可以在幾週內就降到測不到,不過有的研究卻顯示可以維持幾個月,而在這個研究顯示,是不管是無症狀、輕微症狀還是症狀明顯的患者,他們的中和抗體量在這 16 到 18 週中都維持固定的量,並沒有減低。另外,有趣的是五十歲以上的醫護人員中,有八成的中和抗體量很高(IC50 >200)[註];相對的,24 歲到 49 歲有高中和抗體量的比例為 58%。

註:中和抗體量 IC50 = 0-49 為測不到,50-199 為低,200+ 為高。

那抗體和 T cell 反應是否有關聯,是否有抗新冠病毒 T cell 反應的人就有抗體,或是抗體量比較高呢?似乎關沒有絕對的關聯性,而這也和之前的研究結果類似,有不少人沒抗新冠病毒的抗體,但卻帶有對新冠病毒有反應的 T cells。

結論:目前看來,新冠病毒患者體內的抗體、生產抗體的 B cells,和前線對抗感染的 T cells 都可穩定存在五到八個月。


Publications:

CJ Reynolds et al, Discordant neutralizing antibody and T cell responses in asymptomatic and mild SARS-CoV-2 infection. Science (2020)

JM Dan et al, mmunological memory to SARS-CoV-2 assessed for up to 8 months after infection. Science (2021)

RJ Cox & KA Brokstad, Not just antibodies: B cells and T cells mediate immunity to COVID-19. Nature Reviews Immunology (2020)










2020年11月20日 星期五

未感染新冠病毒的人也有抗體

之前已有好幾篇研究顯示,未感染者體內有抗新冠病毒的免疫 T cells,有可能是因為和其他的冠狀病毒有 cross-reactivity。這篇研究用 flow cytometry 分析了未感染者和患者抗冠狀病毒 Spike protein 的三種抗體 IgA, IgM 和 IgG,想知道新冠病毒和感冒冠狀病毒之間 cross-reactivity 程度有多少。

相關文章:未感染過新冠病毒或 SARS 的人也有對抗新冠病毒的 T cells

冠狀病毒的 Spike protein 分成 S1 和 S2 兩個 domains,S2 在冠狀病毒間的相似度比較高,叫有可能是 cross-reactivity 的來源。他們的 competitive binding assays 結果顯示,未感染者和患者的血清抗體間的 cross-reactivity 主要在於 S2。跟未感染者的抗體相較,患者血清內的抗體免感度(sensitivity)和專一性(specificity)比較高。

相關文章:抗新冠病毒的 T cells 和抗感冒冠狀病毒的有 cross-reactivity

這種 cross-reactivity 有多普及呢?他們分析了疫情前 2011 年到 2019 年時收集的血清,和新冠病毒患者的血清做比較。結果顯示冠狀病毒間的 cross-reactivity 在年輕族群中比較普遍,2011 年到 2018 年間,十六歲以下的健康個體約有 50% 的血清內有可辨識新冠病毒 Spike 的 IgG,17 - 25 歲之間只有 2%;2019 年採集的中年族群的血清,約有 8% 有低量的、可辨識新冠病毒 Spike 的 IgG。例外,新冠病毒患者血清內同時有可辨識 Spike 的 IgG, IgM 和 IgA,而未感染者的則主要為 IgG,沒有 IgM 和 IgA,重要的是未感染者血清內的抗體具有中和新冠病毒的效力。



Paper:

KW Ng et al, Preexisting and de novo humoral immunity to SARS-CoV-2 in humans. Science (2020)










2020年8月8日 星期六

不需用細胞和病毒的中和抗體檢測

快速抗體檢測,這是之前新加坡大學和 Duke University 合作的那個,他們測的是體內的中和抗體(neutralizing antibodies),就是可以和病毒結合,使它不能感染細胞,有抑制病毒作用的抗體。

要測體內是否有中和抗體,需要做抗體中和檢測(virus neutralization test, VNT),簡單來說就是把抗體和病毒先混在一起 incubate,一個小時後再把抗體和病毒的混合物來拿來感染細胞,看看感染率有多少。中和抗體越多,可以抑制的病毒也就愈多,感染的細胞也就越少。通常這種檢測用的是原本的、活的病毒,所以要測新冠病毒的中和抗體的話,用的就是新冠病毒,不過如果要用新冠病毒,就需要 BSL3 的實驗室。在這篇論文裡,他們用的方法是 surrogate VNT (sVNT),不需要用活的病毒,也不需要細胞,所以在 BSL2 實驗室就可以做,而且論文說他們在新加坡(n=175)和中國(n=50)的患者群身上測試結果,99.93% specificity (準確度) & 95-100% sensitivity (敏感度)。



相關文章:新冠病毒(SARS-CoV-2)的檢測 -- qPCR 和抗體

不用病毒,也不用細胞,要怎麼測試呢?因為我們已經知道新冠病毒感染是透過它的 spike protein RBD (receptor-binding domain) 和人類細胞表面的接受器 ACE2 結合而進入細胞的,所以他們認為只要在 ELISA plate 上測試就可以了,看了論文裡的圖示,其實就是普通的 ELISA,把 ACE2 coat 在 ELISA 上面,當作是細胞表面,然後把患者血清和 RBD 混合,RBD 已經是 HRP-conjugate,之後再把混合後的 Ab/RBD-HRP 加到 ACE2-coated ELISA plate,最後測訊號看看有多少 RBD 和 ACE2 結合,訊號越低的就表示血清裡中和抗體的含量越高。

他們還和兔子、老鼠、駱馬和人類的其他十五個 mAb 做比較,看看他們的 sVNP 是否能分別出普通抗體和有中和作用的抗體,結果顯示那些 mAb 在他們的 sVNP 檢測裡只有微弱的中和病毒的效用,有的甚至沒有,表示 sVNP 測到的是中和抗體的含量,而不是所有抗新冠病毒的抗體 [註]。

註:並不是所有抗新冠病毒的抗體都是中和抗體,有抑制病毒的效用,之前有研究顯示只有 anti-Spike S1 和 anti-Spike RBD 的抗體有抑制病毒的效用。

相關文章:近期和新冠病毒抗體相關的研究

除此之外,論文裡說他們的 sVNT 測的是所有中和病毒的 isotypes,也就是包括 IgG 和 IgM,不像其他大多數的抗體檢測,只有測 IgG 或 IgM。他們用了不同濃度的 IgM 和 IgG 抗體去測,都可以測到中和抗體,即便 IgG 和 IgM 量都很低,也可以測出中和抗體 70-90% 的抑制功效,表示他們的 sVNT 的敏感度很高。另外,他們也試了不同動物的中和抗體和普通抗體,也就是把 RBD 或整顆病毒打入動物體內,被打入 RBD 的動物體內產生的抗體便都會是有抑制效用的中和抗體,打入整顆病毒的可能只有部分是中和抗體,結果顯示皆可測到中和抗體,不過被打入 RBD 的動物血清抑制病毒的效力比較高。

最後,就是測試準確度了,看看 sVNT 是否可分別出 SARS, 新冠病毒和其他的冠狀病毒。實驗結果顯示感冒冠狀病毒(229E, NL63 or OC43)患者的血清裡並沒有測到可抑制新冠病毒的抗體,而 SARS 康復患者的血清內則有一點點,顯示有一點 cross-reactivity。不過當把 SARS sVNT 和 SARS-CoV-2 sVNT 放在一起比較的話,是可以看出分別的,SARS 康復患者的血清對 SARS RBD 的抑制效果比 SARS-CoV-2 要好。

雖然他們在 sVNT 裡 SARS 患者的血清和新冠病毒是有 cross-reactivity,但其他研究團隊用病毒和細胞系統的中和檢測(conventional VNT, cVNT)中是沒有的,所以這表示 sVNT 的敏感度比較高嗎?我覺得有意思的是 SARS 康復患者的血清裡仍測得到中和抗體,大家都知道 SARS 已經過去十七年了,這表示感染過 SARS 後,體內的抗體能維持十七年,而不是之前認為的只有三年嗎?他們有跟 2003 年時,感染不到一年後採的血清相比,十七年後血清內的中和抗體量是比感染不到一年時低,但也沒有說低很多。

他們也和普通的 cVNT 做比較,看結果是否一樣,sVNT 的結果是否可以轉譯成 cVNT,看起來結果是一樣的,表示 sVNT 應該可以取代 cVNT。剛需要花上兩三天的 cVNT 相比,sVNT 花的時間是要短得多,一天內可以搞定,不過論文中說只要一、兩個小時也 .... incubation 就兩個小時惹,再加處理血清和做 ELISA 本身的時間,總共也要花個三、四個小時吧,雖然他們用 RBD-HRP 就可以少一個小時的 incubation time, but still.... 不過它的好處是普通實驗室就可以做惹。



原論文:

CW Tan et al, A SARS-CoV-2 surrogate virus neutralization test based on antibody-mediated blockage of ACE2–spike protein–protein interaction. Nature Biotech (2020)












2020年5月23日 星期六

新冠病毒感染者體內 T 細胞的免疫反應

人類體內對抗病菌的免疫機制除了透過抗體外,還有各種免疫細胞,雖然目前關於新冠病毒的研究大多著重在抗體,但免疫 T cells 也扮演著清除病毒的重要角色。康復者到底會不會免於二次感染呢?這可能和感染後產生多少抗體、抗體維持多久,和免疫細胞反應的強度有關,感染後要能產生有效的免疫反應,才表示疫苗的研發是有意義的。最近有篇研究是關於 T cells,發現有些未受 SARS-CoV-2 感染者的體內有對抗此病毒的 T cells,很可能是因為之前感染過其他冠狀病毒產生的。

關於免疫系統裡 T cells 和 B cells 的功能,我很喜歡下面這張圖,覺得畫得很清楚。B cells 是製造抗體的,T cells 是殺死受感染的細胞,但他們兩個都要先從 APC (antigen presenting cells) 那裡取得病毒的資料,才能製造出可以辨識病毒的抗體,或是受到感染的細胞。(就像你想讓狗去找嫌疑犯,要先讓牠聞一下嫌疑犯身上的味道,然後再讓牠去搜尋一樣。)


Figure / Development of immunity (Nature News 2020; doi: 10.1038/d41586-020-01221-y)

La Jolla Institute 的研究團隊想知道病毒的哪個部分可以引發強烈的 T 細胞反應,因為這個病毒蛋白的片段可能可以用來做疫苗。他們先預測了一些可能會引起強烈 T 細胞反應的病毒蛋白片段(peptides),其中一組是 spike protein 的片段,另一組是除了 spike proteins 之外所有 SARS-CoV-2 蛋白的片段,每個約十個氨基酸長,然後把這些片段測試在 20 位新冠病毒康復患者的血清上。這二十位康復患者都算是輕症的,有症狀但是不需要住院,血清是在症狀出現後 20 - 35 天後,完全沒症狀後採集的,有先用 ELISA 檢測過,確定他們的血清內有抗 Spike protein RBD 的抗體。他們發現所有的康復患者都有可以辨識新冠病毒 Spike protein 的 helper (CD4+) T cells,helper T cells 反應的程度和 anti-Spike IgG 量正向相關,七成的患者有針對新冠病毒的 killer (CD8+) T cells,而且 T cells 的反應非常強烈。目前很多人對患者是否對新冠病毒有免疫力有疑慮,認為病毒不見得會引起免疫反應,加上有報導說有患者再次感染,不過這個研究顯示,大多數的患者的免疫系統是對新冠病毒有反應的。

註:helper T cells 負責幫助 B cells 產生抗體,和抗體 IgG 和 IgA 量有關;killer T cells (又稱 cytotoxic T cells, CTLs) 負責清除病毒。

除此之外,這些血清內也有可以辨識新冠病毒其他蛋白的 T cells,包括 M protein 和 N protein。所有患者的血清都有針對非 Spike protein 的 helper T cells,比例上大概是 50% 的 T cells 是針對 Spike protein,50% 是針對 Spike protein 以外的病毒蛋白。

由以上結果看,我們也許不用對疫苗研發太過悲觀,新冠病毒是可以引起免疫反應的,接下來要知道的是這個免疫反應是否能使人體對病毒產生保護作用,如果可以的話,研發出成功的疫苗是有希望的。

不過,這篇研究裡的患者是有症狀的,那無症狀患者是否也有可以辨識新冠病毒的 T cells,並能產生強烈的免疫反應呢?這篇研究裡沒有檢測無症狀患者的 T cells responses,但是檢測了未受感染者的 T cell responses。

他們檢測了於 2015-2018 年採樣到、沒有感染過新冠病毒的血液檢體,結果發現其中有 40% - 60% 含有可以辨識新冠病毒的 helper T cells,不過和康復患者不同的是他們的 T cells 反應雖然也是以 Spike 為主,但幾乎沒有對 N protein 或 M protein 有反應的 T cells,次主要的是 NSPs (non-structural proteins)。而之所以會有這些 T cells,可能是因為這些人之前感染過其他種類的冠狀病毒,cross-reactivity 使他們體內也有能辨識新冠病毒的 T cells。研究者們認為這是之前感染其他四種引起感冒症狀的冠狀病毒時產生的,因為這些血液檢體裡都有針對至少其中三種常見冠狀病毒的 T cells,血清檢測也顯示全部都有 HCoV-OC43 和 HCoV-NL43 Spike protein 的 IgG 抗體,表示大多數人都感染過常見的四種感冒冠狀病毒,而且至少感染過超過三種,而這也可能是為什麼大部分的人感染到新冠病毒後都只是輕症或無症狀。

註:四種常見的冠狀病毒為 HCoV-OC43, HCoV-HKU1, HCoV-NL63 和 HCoV-229E ,前兩者為 betacoronaviruses,後兩者為 alphacoronaviruses。

相關文章:感染過冠狀病毒是否就免疫了呢?

另外,上個月有篇發表在 medRxiv 也有類似的結果,他們除了從新冠病毒康復病患的體內發現有能夠辨認 Spike protein 的 helper T cells,也從沒感染過的個體裡發現可以辨識 SARS-CoV-2 的 helper T cells。



Articles:

Science / T cells found in COVID-19 patients ‘bode well’ for long-term immunity (May 2020)

TN / Analysis of SARS-CoV-2 Immune Response Bodes Well for Vaccine Development (May 2020)


Papers:

A Grifoni et al, Targets of T cell responses to SARS-CoV-2 coronavirus in humans with COVID-19 disease and unexposed individuals. Cell (2020)

J Braun et al, Presence of SARS-CoV-2 reactive T cells in COVID-19 patients and healthy donors. medRxiv (2020)










2020年5月17日 星期日

感染過冠狀病毒是否就免疫了呢?

目前市面上有很多血清檢測的 kits,而我們最想用血清檢測回答的問題有:

1. 康復患者血清內的抗體量是多少?
2. 多少才有保護作用,使人不被二次感染?(這也算是疫苗效用的一個指標,如果抗體無法避免二次感染,那疫苗 .....?)
3. 無症狀患者、輕症患者和重症患者體內的抗體量是都一樣的嗎?是否所有感染者都能產生大量的抗體,使其不被二次感染?還是重症患者的抗體比較多?
4. 體內抗體能維持多久,有效避免二次感染的抗體量會維持多久?

上個月刊在 medRxiv 的這篇研[1]究分析了目前關於冠狀病毒的相關研究,想要試著回答上面的問題,但因為新冠病毒是這幾個月的事,所以 SARS, MERS 和其他造成感冒的冠狀病毒的研究比較多。

註:常見的、會引起感冒症狀的人類冠狀病毒有 229E (alphacoronavirus), NL63 (alphacoronavirus), OC43 (betacoronavirus), HKU1 (betacoronavirus)。

1. 造成感冒的冠狀病毒,例如 229E,康復患者體內的抗體大概可以維持一年使人不被二次感染,或是再次感染的症狀也是很輕微。

2. SARS 康復患者體內的抗體在感染後第四個月達到高峰,而且則能維持到三年左右,使其不被二次感染。(不過研究裡檢測的最後時間點是感染後第三年,所以只知道至少三年,之後就不知道了。)

3. MERS 輕症換者可在症狀發生後的半年和一年的時間點測到 IgG,重症患者的時間點也差不多。

4. 其中一篇研究[2]裡是測試冠狀病毒 229E 的康復患者是否會二次感染。當時參與研究的志願者中,只有 11% 體內沒有抗體,顯示在當時的年代(1961-1977),這株冠狀病毒非常普及。當一年後再讓這些志願者感染這株病毒,看看抗體是否還有保護作用,發現抗體對同株的病毒有保護作用,但對相近病毒(也就是同樣是 alphacoronavirus,但是不同病毒株)只有部分的保護作用。後來有篇研究[3]顯示,如果體內抗體量不夠的話,229E 的康復患者可被二次感染。參與此研究的志願者在感染病毒一週後,IgG 開始上升,然後在十四天時達到高峰,一年後再測的時候抗體量仍然比感染前高,當再一次接受感染挑戰的時候,雖然約有一半的人被二次感染,但都沒有症狀。另外,第一次感染的時候,在前五到六天都測得到病毒,而二次感染時,只有前兩天測得到病毒,顯示病毒被清掉的很快。(不知道這是不是這次有很多無症狀患者的原因,如果血清檢測可以順便檢驗其他的 betacoronaviruses 的話可能可以知道。)

5. 有些冠狀病毒抗體有 cross-reactivity,像是 229E 的抗體可以使患者約一年不被同種的冠狀感染,例如同是 alphacoronavirus 的 NL63。


Figure / Quantitative and binary readouts in serology assays. (Krammer & Simon, Science 2020)

雖說目前有很多血清抗體檢測,但是要知道新冠病毒的康復患者是否能夠避免二次感染,需要可以測量體內抗體量的檢測,而這需要做 ELISA,比較耗時也比較耗人力,需要在實驗室執行。LFA 之類的快篩只能知道有或沒有,而且需要夠高的 sensitivity 和 specificity,才不會有太多的 false positive 或 false negative,主要是用來了解病毒感染的盛行率(sero-pervalence)。



Article:

Science / Serology assays to manage COVID-19 (May 2020)


References:

1. AT Huang et al, A systematic review of antibody mediated immunity to coronaviruses: antibody kinetics, correlates of protection, and association of antibody responses with severity of disease. medRxiv (2020)

2. SE Reed, The behaviour of recent isolates of human respiratory coronavirus in vitro and in volunteers: evidence of heterogeneity among 229E-related strains. J Med Virology (1984)

3. KA Callow et al, The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. Epidemiology & Infection (1990)










2020年5月8日 星期五

血清檢測|受新冠病毒感染人口到底有多少?

最近這篇研究滿多人在傳的(not peer-reviewd),就是美國加州在四月初檢測了約 3300 位透過臉書廣告徵來的 Santa Clara 的居民,發現每 66 位就有一位曾感染過 SARS-CoV-2,由此數據估算出兩百萬居民中大概有 48000 - 82000 位居民感染過病毒,比官方檢測出的一千位多了約 50 倍以上。(如果取中間值算,假設是 65,000 位居民已感染過,那就是大約 3.25% 的盛行率。)除此之外,德國在月初發表的血清檢測也顯示相似的結果,七人中有一人感染過新冠病毒,和 qPCR 交叉檢測的結果,估約整個城市的感染率為 15%,不過德國的病毒專家說,這麼高可能是因為二月的時候,城中有一個慶祝活動。

註:盛行率為 prevalence,為感染人口除以總人口數,分母不是檢驗人口。

雖說這個血清檢測的結果顯示很多人已感染過,相對來講也就是把致死率(infection fatality rate, IFR)的分母變大了,以 Santa Clara 的例子來說,這表示 48000 - 82000 中的死亡人數為約一百人,等於是 0.1% - 0.2%。不過,血清檢測要注意的是偽陽性(false positive)和偽陰性(false negative)的問題,如果不夠 specific,很可能很多是 false positive,也就是說其實感染人數並沒那麼多;如果不夠 sensitive,則有可能出現很多 false negative。

參與 Santa Clara 這個研究的學者說,他們同時也測試了這個 kit (Premier Biotech, Minnespolis, MN) 的 sensitivity 和 specificity,他們先檢測了已知的 85 個確診案例和 371 個陰性案例,結果顯示有兩個 false positives。他們另外也用在地居民做測試,檢測了已在 Stanford Hospital 用 qPCR 驗過的 37 陽性案例和 30 位陰性案例,交叉比對的果顯示只有 68% 的陽性案例被測到,所有陰性則為 true negative。兩者合併的估算下,這個 kit 的 sensitivity 大約是 80.3%,specificity 約為 99.5%。用調整過的 sensitivity 和 specificity 去估算的結果顯示 Santa Clara 的盛行率(seroprevalence)大約介於 2.49% - 4.16%,也就是說整個城市約有 48,000 - 81,000 已受過感染,是官方確診數的五十倍左右。



News:

Nature / Antibody tests suggest that coronavirus infections vastly exceed official counts (April 2020)


Paper:

E Bendavid et al, COVID-19 Antibody Seroprevalence in Santa Clara County, California. medRxiv (2020)










2020年4月18日 星期六

近期和新冠病毒抗體相關的研究

可能現在大家都知道 SARS 和 SARS-CoV-2 都是利用自身的 spike protein (S protein) 和人類細胞表面的 ACE2 結合而進入細胞的,因此阻斷 S protein 和 ACE2 的結合變成目前藥物研發的主要標靶,最近好幾篇研究都是關於用抗體去達到這個目的。

SARS-CoV-2 S protein 位於病毒的表面,是個醣化蛋白(glycoprotein),會三個組成一體(trimer)。S protein 本身又大致分成三個 domains: N-terminal S1, S2 & C-terminal TM (transmembrane) domain,S1 和 S2 之間有個 furin cleavage site,S1 裡包含了 RBD (receptor-binding domain),負責和 ACE2 結合,結合了之後 S1/S2 會被切開露出 S2,CoVs 的 S2 會進一步在 S2' site 再切割一次,這個切割會露出 S2 的 fusion peptide,可以讓病毒和細胞膜結合,使其進入細胞內。


Figure / Structure of 2019-nCoV S in the prefusion conformation (Wrapp et al, Science 2020)

Walls et al 發表在 Cell 的研究顯示 SARS-CoV-2 和 ACE 結合的 affinity 和 SARS 的差不多,他們也發現和 SARS不同的是 SARS-CoV-2 有個 furin cleavage site,SARS 的是一個 arginine (R),SARS-CoV-2 則是 RRAR。SARS S protein 的 S1/S2 cleavage site 可以被細胞內蛋白酶 CatB/L (cathepsins B/L, cysteine protease) 和 TMPRESS2 (serine protease) 切割, 因此 Hoffmann et al 他們也測試了這兩個蛋白酶,看看他們是否也能切割 SARS-CoV-2 的 S protein,結果顯示除了 furin protease,SARS-CoV-2 也用 TMPRSS2,CatB/L 則是可有可無。另外,臨床使用的 serine protease inhibitor camostate mysylate,同時也是 TMPRSS2 inhibitor,也顯示可以抑制 SARS-CoV-2 進入細胞。如果和 CatB/L inhibitor E-64d 一起使用,則可以完全阻止病毒感染,在沒有 TMPRSS2 的情況下,SARS-CoV-2 也可以用 CatB/L。

Hoffmann et al 除了發現 SARS 和 SARS-CoV-2 都是透過 ACE2 進入細胞,而且帶有 ACE2 抗體的血清可以阻止這兩個病毒進入細胞外,也發現從 SARS 康復患者體內取出 anti-SARS 的抗體是 anti-S antibodies。他們取了三位 SARS 康復患者的血清測試,發現可以降低 SARS-CoV-2 感染,雖然效用比 SARS 較低。不過,他們把 SARS S1 打入兔子體內後產生的抗體可以有效抑制 SARS 和 SARS-CoV-2 感染細胞。另外,Walls et al 他們的結構研究顯示 SARS 和 SARS-CoV-2 的 S proteins 非常相似,SARS 的抗體很可能會和 SARS-CoV-2 有 cross-reactivity 而可以也抑制 SARS-CoV-2,於是他們把 SARS- S 打入老鼠體內,然後測試其產生的抗體是否能抑制 SARS-CoV-2,結果發現可以。由以上看來,對抗 SARS 的抗體或是疫苗可能對現在的 SARS-CoV-2 也多少有某種程度的效用。

不過,有趣的是之前 Cryo-EM 的那篇試了三個 SARS 的 anti-S RBD 的抗體(S230, m396, 80R),想說竟然結構那麼像,不知道有沒有 cross-reactivity,沒想到那三個抗體都無法辨識 SARS-CoV-2。這個結果和 Walls et al 還有 Hoffmann et al 的不同的原因可能是因為這兩篇的研究產生的 polyclonal antibodies 可能抓到的是 S protein 的 S2 domain,而這篇用的是 anti-RBD (S1) antibodies。

相關文章:關於武漢病毒(SARS-CoV-2) Cryo-EM 那篇論文的閒聊

這個月,Scripps Research 的團隊在 Science 發表了 SARS 抗體和 SARS-CoV-2 結合的研究,他們發現 SARS 和新冠病毒和抗體的結合點幾乎一樣,也許是為什麼 SARS 抗體和 SARS-CoV-2 會有 cross-reactivity 的原因。他們研究的一個 SARS 的抗體 CR3022 是荷蘭的一家藥廠 Crucell Holland B.V. 於 2016 年從 SARS 康復患者體內釣出的,年初的時候有研究發現 CR3022 和新冠病毒有 cross-reactivity,於是 Scripps Dr. Wilson 的研究團段想知道這個抗體是怎麼和 SARS-CoV-2 結合的,結果發現這個抗體和 SARS 及 SARS-CoV-2 S protein RBD 結合的點非常相似。有趣的是病毒和 CR3022 的這個結合點和它和 ACE2 的結合點有些距離,因此不存在競爭的關係。另外,這個結合點在平常的狀態並不在病毒的表面,而是當 RBD 處於某種狀態下才會出現在表面的地方。在細胞實驗中,CR3022 雖然可中和 SARS,但卻無法中和 SARS-CoV-2。因為有太多迷點,所以目前還不了解和 CR3022 的這個結合點在病毒感染的真正功能是什麼,不過至少知道這個抗體是用不同的機制來抑制病毒感染。



Articles:

TN / Clues to SARS-CoV-2 Vulnerability Emerge (April 2020)


Publications:

AC Walls et al, Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein. Cell (2020)

M Hoffmann et al, SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. Cell (2020)

M Yuan et al, A highly conserved cryptic epitope in the receptor-binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Science (2020)

D Wrapp et al, Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science (2020)










2020年3月28日 星期六

新冠病毒(SARS-CoV-2)檢測 -- qPCR 和抗體檢測(續)



有看中研院那篇的就知道,目前檢測新冠病毒的方法有三:

1. qPCR:檢測體內是否有病毒 RNA,知道 primers 就可以用來檢測,不需要另外研發,相對準確,敏感度高(sensitivity),但需四到六小時,包含運送檢體時間等等的 turnaround time 至少要一天。不過目前 UCSF, Mammoth 和加州 Public Health 部門合作研發的 SARS-CoV-2 DETECTR 利用 CRISPR 技術似乎可以快速檢測,加上 RNA extraction 的時間只要 45 分鐘。

2. 用抗體檢測體內抗原(也就是病毒):跟 qPCR 比起來準確度較低(需要注意有沒有 cross-reactivity),也需要時間研發,但是檢驗方法簡單,速度也快,turnaround time 約二十分鐘到一小時。(下圖的第三種 sandwich assay)

3. 用抗原(也就是病毒蛋白)檢測體內是否有抗體:研發時間沒上面那個長,比較簡單,檢驗方法也同樣簡單和快速,但需要等到症狀出現後,病患體內產生抗體才測得到,通常是用來追蹤是否曾經感染過。(下圖的第一種 direct assay 或第二種 indirect assay)

相關文章:新冠病毒(SARS-CoV-2)的檢測 -- qPCR 和抗體


Figure / Diagram of common ELISA formats (direct vs. sandwich assays)(Thermo Fisher)

註:抗體檢測的原理跟 ELISA 相同,可以固定抗原(antigen)去測體內抗體(antibody),如上圖的第一種和第二種,這種只要有抗原就可以測,或是固定抗體去測體內是否有抗原,如上圖中的第三種,這種比較需要花時間先去研發出好的抗體。

相關文章:簡單檢測新冠病毒抗體

Nature 的這篇介紹了幾個正在研發的抗體檢測,第一個介紹的就是中研院楊老師的那個 LFIA!和大多數用 S (spike) protein 做抗原的抗體檢測不同的是中研院用的是 N (nucleocapsid) protein,其中一株抗體和 SARS 還有其他種冠狀病毒的 spike protein 沒有 cross-reactivity。不過看了這篇才知道,中研院的抗體是用 AI 去模擬 Ag-Ab interactions 後製造出來人造抗體 libraries,然後再用 phage display 去抓出抗體,而不是用動物去製造抗體,或是從康復患者體內釣出來,因此省掉了兩個月的時間。(也就是說中研院有抗體的基因序列,可以大量生產,也許可以測試是否能用於治療,不過我覺得 anti-spike 的抗體應該會比較有效果。)

相關文章:Phage display 和小抗體製造


Figure / Schematic representation of a LFIA device (Banerjee et al, Analyst 2018; doi: 10.1039/C8AN00307F)

抗體檢測大多用 LFIA (lateral flow immunoassay) 式的快篩,原理跟 ELISA 相同,只是長得像驗孕棒 XD。如上圖的 LFIA 所示,用的是 sandwich assay,也就是把抗體固定在檢測棒上面,然後先讓(可能含有病毒)的血液和帶有染劑的抗體混合,然後讓混合後的血液和抗體流過檢測棒,如果有血液含有抗原(也就是抗原)的話,就會被固定在檢測棒的抗體抓住。另一條 control line 是抓多餘的帶有染劑的抗體,也就是確認有足夠的抗體,並且有作用。因此如果血液中有病毒的話,就會有兩條線,沒有的話就會只出現 control line 那條線。

第二個介紹的是加拿大的公司 Sona Nanotech (Halifax-based),他們是和 GE 合作研發的 LFIA,抗原用的是 spike protein 的 S1 domain,目前預估是六到八週內可以有供研究使用的產量。

如最之前說的,檢測體內是否有對抗病毒的抗體相對簡單,只要純化出抗原就可以下去測了,德國柏林的 Pharmact 已經有二十分鐘的抗體快篩檢測,用的抗原是 N protein 和 spike protein 的 S1 和 S2 domain,可以用來檢測患者體內是否有這兩個病毒蛋白的抗體,這個快篩可以檢測到 IgM 和 IgG,IgM 是人體受感染後最先產生的抗體,之後再產生 IgG。他們和 qPCR 結果做比較,結果顯示準確度很高 -- 100% true negative 和 0% false positive,不過缺點是敏感度低,因為一開始的 IgM 反應並不高,感染後的 4 - 10 天內測到的敏感度只有 70%,但是第 11 天到第 24 天可以測到 92.5%,IgG 在這幾天測到的比例也高達 98.6%,因此整體 false negative 比例約為 13%。

關於患者體內的免疫反應可參考:武漢肺炎輕症患者體內的免疫反應


其他相關文章:關於武漢病毒(SARS-CoV-2) Cryo-EM 那篇論文的閒聊



Article:

Nature / Fast, portable tests come online to curb coronavirus pandemic (March 2020)


Papers:

JP Broughton et al, Rapid Detection of 2019 Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Using a CRISPR-based DETECTR Lateral Flow Assay. MedRxiv (2020)

R Banerjee & A Jaiswal, Recent advances in nanoparticle-based lateral flow immunoassay as a point-of-care diagnostic tool for infectious agents and diseases. Analyst (2018)









2020年3月21日 星期六

簡單檢測新冠病毒抗體

這篇研究提供了簡易的檢測方法,而且有詳細的 protocol,不過還沒有經過 peer-review (這篇之後在五月時刊在 Nature Medicine),研究團隊是在紐約的 Icahn School of Medicine at Mount Sinai。總之非常簡單,有在純化蛋白和做 ELISA 的實驗室都可以做到,不需要 P3 實驗室,就差能不能自己抽血而已。(好想試 XD)

主要是純化抗原,然後用 ELISA 檢測人體內是否有新冠病毒的抗體,之前澳洲得那篇研究顯示在症狀開始後第七天,患者血液裡可以測到 IgM,這篇則是在症狀開始的第三天就可以檢測到抗體。(如果不懂抗體檢測的,可以去看中研院的那篇解釋。XD)

相關文章:武漢肺炎輕症患者體內的免疫反應

抗原:
1. Spike-thrombin-foldon-6xHis
2. SS-RBD-6xHis

- SARS-CoV-2 Spike protein (full-length): M1-P1213; GenBank MN908947.3
- RBD (receptor-binding domain): R319-F541
- SS: signal peptide (M1-S14)
- thrombin: thrombin cleavage site
- foldon: T4 foldon (trimer)

Expressing vectors:
1. mammalian: pCAGGS; Epi293F cells
2. baculovirus: pFastBacDual

Purification:
1. Ni-NTA (room temp)
2. Buffer exchange to PBS

Human serum samples:
1. 大概五十個血清庫裡的檢體,年齡範圍在 20 到 65 歲以上,應該都是健康個體,是用來檢測 ELISA 的背景訊號的,確認檢測的 specificity。
2. 三位康復患者的血清
3. 十二位新冠病毒急性患者的血清

患者血清檢體:
1. 新冠病毒患者症狀開始後第二、四、六和二十天
2. 新冠病毒患者康復後(同個體):症狀開始後第三十天
3. 冠狀病毒 NL63 和 229E 的患者:NL63 也是用 ACE2
4. 其他傳染病患者康復後:包括登革熱患者

註:會引起疾病的人類冠狀病毒至少有七種,其中有四種是全球季節性的,未引起輕微的呼吸道疾病,包括有 HCoV-HKU1, HCoV-OC43, HCoV-NL63 和 HCoV-229E,其中 NL63 和 229E 為 alphacoronavirus,另外兩個則是 betacoronavirus。會引起重症的 SARS 和 MERS,以及目前的 SARS-CoV-2 也是 betacoronavirus。

ELISA:
1. Coating: 2 ug/ml (in PBS), 50 ul/well, O/N at 4C
2. Blocking: 3% milk (PBS-T), 1h at room temp
3. Serum: diluted in 1% milk/PBS-T, 2 hrs at room temp
4. 2'Ab: goat-anti-human IgG HRP (1:3000, in PBS-T), 1 h at room temp


Figure / Reactivity of control and SARS-CoV-2 convalescent sera to different spike antigens (Amanat et al, medRxiv 2020)


結果:

1. 在 mammalian cells 裡的表現竟然比較好,mRBD (mammalian RBD) 可以達到 25-50 mg/L,mSpike (mammalian Spike) 也有 5 mg/L,RBD 的表現在 insect cells (iRBD) 則只有 1.5 mg/L,iSpike (insect Spike) 也只有 0.5 mg/L。

2. 在 insect cells 裡表現的 RBD 大小比在動物細胞裡較小,可能是因為在動物細胞裡表現的有被醣化,所以在蛋白膠上顯現的 band 會比較高。

3. 症狀出現後第三天就可以測到抗體

4. 所有新冠患者的血清都和 Spike 還有 RBD 有強烈反應,對 Spike 的反應比 RBD 強,其他傳染病患者的血清則沒反應。

5. 用 mRBD 和 mSpike 測出來的康復患者血清和健康個體血清的差距比較大,相較於 iRBD 和 iSpike,差距比較顯著。

6. 冠狀病毒 299E 和 NL63 患者的血清也對新冠病毒的 Spike 和 RBD 沒反應,表示沒有 cross-reactivity。

7. ELISA 的結果也可以分辨出其他傳染病患者和康復後的新冠患者。

8. 抗體 CR3022 對 mSpike 和 mRBD 有強烈反應。(關於 CR3022 可參考這篇:近期和新冠病毒抗體相關的研究

9. 那五十幾個血清庫裡的血清對 mRBD 和 mSpike 沒反應,但是大多數卻對 229E 和 NL63 的 Spike protein 有強烈反應。

10. 有反應的抗體種類為 IgG3, IgM 和 IgA

11. 基於安全考量,他們也是惹 heat inactive serum,效果和沒有 heat-inactivated treated serum 差不多,一樣可以測到抗體,表示不需要 P3 實驗室就可以做。

12. 有不少新冠病毒康復患者的血清可以中和病毒,實驗結果顯示可以抑制病毒感染,這和 US CDC Okba et al 發表的結果是一致的。



Article:

Science / New blood tests for antibodies could show true scale of coronavirus pandemic (March 2020)


Papers:

F Amanat et al, A serological assay to detect SARS-CoV-2 seroconversion in humans. Nature Medicine (2020)

F Amanat et al, A serological assay to detect SARS-CoV-2 seroconversion in human. medRxiv (2020)

Okba et al, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2−Specific Antibody Responses in Coronavirus Disease 2019 Patients. US CDC Emerging Infectious Diseases (2020)










2019年7月5日 星期五

預防病毒感染除了打疫苗外還有什麼方法?

上個月刊在 Science Immunology 的一篇研究用的方法是用 CRISPR 改造 B cells。抗體基因分成 heavy chain (IgH) 和 light chain (IgL) 兩個部分,兩個都需要幾過幾次的 splicing 去除掉不需要的 V(D)J regions 才會變成最終的一個抗體。他們在 IgH VDJ 和 C (constant) region 中間的 intronic region 插入了對抗某個病毒(在這個研究裡是 RSV 和 Influenza) 的抗體的 IgL 和 IgH VDJ 的部分,C 的部分用原有(endogenous)的基因以減少需要插入基因的長度,使得改造過的 B cells 可以生產他們想要的抗體。


Figure / Wikipedia - VDJ recombination

他們把改造過的 B cells 植入老鼠體內,然後再輸入後的一個禮拜後,再讓老鼠感染 RSV (respiratory syncytial virus),感染五天後取其肺臟和胰臟側病毒量,並且和抗體藥 palivizumab 的效果做比較,結果顯示效果和抗體藥一樣好。另外,改造過的 B cells 在老鼠體內可以維持多久也是個問題,所以他們也測試了長期的效果,他們在移植基改 B cells 後的 87 天後才讓老鼠感染 RSV,然後同樣在感染五天後測量胰臟和肺臟的病毒量,結果和移植七天後的效果是一樣的。

這個方法如果在人體內可行的話,或許可以取代很難研發的疫苗,不過目前的老鼠實驗只測到 87 天後的效果,是否可以維持年以上的效果還不知道。



Article:

Science / Genetically engineered immune cells fight off deadly virus in mice (May 2019)


Paper:

HF Moffett et al, B cells engineered to express pathogen-specific antibodies protect against infection. Science Immunology (2019)









2019年6月14日 星期五

鬧血荒怎麼辦?把血液全部變成 O 型血!

血型的不同在於它們表面帶有不同的抗原(antigen)和抗體,血型 A 型的紅血球表面帶有 Type A antigen 和抗體 anti-B,B 型的人帶有 Type B antigen 和抗體 anti-A,AB 型的則帶有 A, B 兩種抗原但是不帶有抗體,O 型的人則不帶有抗原,但是帶有 anti-A 和 anti-B 兩種抗體。


Figure / Blood Groups and Red Cell Antigens - Chapter 5 The ABO blood group

抗原和其對應的抗體相結合,例如抗原 Type A antigen 和抗體 anti-A 結合的話就會引發免疫反應造成溶血(hemolysis),所以不同血型的人不能互相輸血,但是 AB 型的人可以接受所有人的血,因為他不帶有抗體,而 O 型可以捐血給所有人,因為它不帶有 A, B antigens 。

如果血庫缺少某種血或需要某種血怎麼辦?要是可以把所有的血全部變成 O 型血就好了,這樣不管需要哪種血都可以輸 O 型血。

UBC 的研究團隊在這篇研究中,發現人類的腸道菌中有兩種酵素可以把紅血球上的 Type A antigen 移除使它變成 O 型。紅血球表面的抗原,其實就是不同的醣連結 (carbohydrate chains),A 型的比 O 型的多帶了個 GalNAc (N-acetylgalactosamine),B 型的則是多帶惹 galactose。

他們掃了上萬個腸道菌基因,發現腸道菌 Flavonifractor plautii 的兩個酵素 N-acetylgalactosamine deacetylase (GalNAc deacetylase) 和 α-galactosidases (GalNase),這兩個酵素合作的話,可以有效去除紅血球上的 Type A antigen,也就是把某部分的醣切掉,使它變成成 O 型紅血球上較短的醣連結。同理,也可以把 B 型紅血球表面的抗原去除,使它變成 O 型。


Figure / Blood Types and Carbohydrate Chemistry

UBC 團隊目前只試惹 A 型血,因為它比較普遍。不過,真的要用於輸血之前,要先有確認所有的 A 型紅血球都有被轉換成 O 型才行。


Article:

Science News / Type A blood converted to universal donor blood with help from bacterial enzymes (June 2019)


Paper:

P Rahfeld et al, An enzymatic pathway in the human gut microbiome that converts A to universal O type blood. Nature Microbiology (2019)