▍Agar
大家可能都知道 agar 是從海草中萃取出來的,四種主要的海草種類為:Rhodophyta (紅藻), Phaeophyta (褐藻), Cyanophyta (藍綠藻) 和 Chlorophyta (綠藻)。
紅藻則是主要的 agar 來源。
Agar 的組成大概是 70% 的 agarose 和 30% 的 agaropectin,agarose 即是由 agar 純化而來,兩者的 backbone 都是 galactose,但由於 agaropectin 受到不同的酸性物質修飾,包括 sulfate, glycuronate 和 pyruvate 等等,離子部位(ionic moieties)較多樣。
因其價格比 agarose 便宜很多,通常用來做微生物的培養基。不適合用來做 DNA gels 的原因包括因為其離子部位較多樣,加上沒 agarose 那麼純,跑出來的解析度沒那麼好,可能會影響結果。
不過,倒也不是不能用來跑 DNA,有篇 1982 年的論文表示因為 agarose 比較貴,所以想試試可不可以用 bacto-agar 來跑 DNA,結果跑出來的結果其實不差。(所以 1982 年的 agarose 多少錢?)
除此之外,也發現有的夏令營也會讓高中生用 agar 製膠和跑膠,因為比較便宜,用太多或做壞了也比較不會心痛。
另外還在 reddit 上看到有人說他沒注意,拿惹 agar 跑 DNA,但因為跑出來節果不錯,因此沒發現他用錯,後來第二次做的時候又拿錯,剛好被老闆看到,問說為什麼用 agar 的時候才發現他上次也用錯成 agar,導致他不知道該不該跟老闆承認他上次是用 agar,於是上來詢問網友的意見。😂
▍Agarose
由 agar 純化而來,是一種直鏈的多醣(polysaccharide),由重複的 agarobiose 組成,而 agarobiose 則由 β-D-galactopyranose 和 3,6-anhydro-α-L-galactopyranose 組成。這些多醣組成的纖維狀,依不同濃度(%)會形成約 50 nm 到 200 nm 大小的孔洞,加上其純度和穩地度,適合拿來做 DNA gels,常用的濃度為為 0.7% 到 1% 左右,越小的 DNA 片段(< 500 bp)需用濃度越高的去跑,才能有效分離兩個相似大小的片段。
Agarose 能不能拿來做培養基呢?應該也行,只是比較貴,老闆會心痛。Reddit 上有人用錯成 agarose,但後來好像丟了。
不過,無意間又在 ResearchGate 上看到一篇論文是:實驗用的 agar 有點貴,食用的 agar 可以拿來做細菌的培養基嗎?
結果是可以。😆

▍價格差多少?
用 Sigma 的價格來比的話:
▫️ 100 g agar = 約加幣 $100
▫️ 100 g agarose = 加幣 $574
Agarose 貴了五倍多 😂
Referebces:
CN Bush, DS Holmes. The use of agar for gel electrophoresis of DNA. Anal Biochem (1982) DOI: 10.1016/0003-2697(82)90681-9
DW Renn. Agar and agarose: indispensable partners in biotechnology. Ind Eng Chem Prod Res Dev (1984) DOI: 10.1021/i300013a002
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