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2025年1月18日 星期六

IgG 單株抗體的開發流程

之前有寫過奈米抗體(nanobodies)是怎麼開發的,這篇來介紹目前主流的 IgG 開發流程。

其實整個流程和奈米抗體(nanobodis, VHH)差不多,主要差在用的動物不同,篩選和表達的系統不同。

IgG: 動物是用老鼠,取出老鼠 B 細胞或血液後,做成 hybridoma 後篩選,再用老鼠細胞 CHO 或人類細胞 HEK 表達。

VHH: 動物用駱馬,取出淋巴細胞後,插入噬菌體 phagemid 後篩選,再用細菌表達。

相關閱讀:Phage display 和奈米抗體製造

▋準備抗原 Antigen Preparation


抗原就是打進動物體內,讓牠產生抗體的東西,在做對抗病毒的中和抗體時,通常會用滅毒病毒(inactive viruses)或部分的病毒蛋白(recombinant proteins)。

如果不是做病毒的抗體,而是其他的,例如針對癌症腫瘤細胞的,抗原可能只有一小段胜肽,無法激起大量的免疫反應的話,會需要和其他較易引起免疫反應的東西接在一起,或是加 adjuvant,比較常見的是用在疫苗上。

▋接種 Immunization


就是把抗原打進動物體內,讓牠產生抗體,通常會打三劑,一個 primary injection 和兩個 booster injection,大概分別在第 14 天和第 28 天左右。

在接種約兩個禮拜後(大概是第 42 天時)會取老鼠血液,用 ELISA 測量抗體的產生狀況如何,如果免疫反應不高,抗體濃度低,可能需要加打 booster。如果血液中抗體夠高,會再打最後一劑不加 adjuvant 的抗原,三天後取脾細胞做融合。

▋分離 B 細胞 B cell isolation


在最後一劑接種的三、四天後,通常是血液中的抗體量達到高峰時,取出老鼠的胰臟,從中分離出淋巴細胞。

Antibody production workflow
(點圖可放大)

▋製造融合細胞瘤 Hybridoma creation


這個步驟分成兩個部分,先要準備好骨髓癌細胞(myleoma),再和 B 細胞做融合。

▍骨髓癌細胞


常用的骨髓癌細胞包括 Sp2/0 或 NS-1,為永生細胞株(mmortalized cells),將它和 B cells 融合的目的是為了要讓 B 細胞可以無限的生長和產生抗體。

這些骨髓癌細胞缺少 HGPRT (hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase),在融合前幾週會被培養在含有 8-azaguanine 的培養液中,8-azaguanine 是 purine analog,在被 HGPRT 轉變成 azaGMP (8-azaguanosine monophosphate),使細胞無法生成 purine,導致細骨髓癌細胞缺少 HGPRT,因此可以在含有 8-azaguanine 的培養液中存活,這是要確保使用的骨髓癌細胞都缺少 HGPRT。

HAT (hypoxanthine–aminopterin–thymidine) 培養液中的 HAT 在缺少 HGPRT 的情況下則無法合成 DNA,因此骨髓癌細胞無法在 HAT 培養液中存活,除非它們和 B 細胞融合,因為 B 細胞有 HGPRT。

▍細胞融合 Hybridization


把骨髓癌細胞和 B 細胞混合,加入幫助細胞融合的 PEG (polyethylene glycol),然後在 HAT 培養液中養個 10-14 天左右,通常融合的成功率為 1% - 2%。

▋篩選融合細胞瘤 Hybridoma selection


這個步驟是篩選出可以對抗抗原的抗體,由於融合細胞瘤是一群不同的細胞組成,每個細胞產生的抗體都不一樣,要怎麼從中挑出你想要的抗體?

這時候就要稀釋細胞,稀釋到你把細胞加到 96-well 培養盤中時,每個孔都只有一個融合細胞,確保每一個孔都只會有一種抗體。

由於細胞會把抗體分泌到培養液中,這時候就可以用 ELISA 去測這些培養液,看哪個孔裡面的抗體是你想要的,就是會和抗原有反應的抗體。

不過,這個方你看了可能會覺得累吧?現在比較新的技術是用 microfluid 去分細胞,例如 AbCellera 的核心技術 microfluid single-cell screening,或是和它因為這個技術互告的 Berkeley Lights 的 Beacon® Optofluidic System。(剛剛想找 Berkeley Lights 網站,發現它已經變成 Bruker Cellular Analysis,它在 2023 年年初的時候以 $57.8M 鎂買下 IsoPlexis 成為 PhenomeX,年底的時候 Bruker Corporation 則用 $$108M 鎂買下 PhenomeX,然後我剛剛看 Bruker Cellular Analysis 的網站,他們已經從 microfluid 進化成 nanofluid。)

▋繁殖融合細胞瘤 Clonal expansion


這個部分就是大量培養你要的融合細胞,大量的融合細胞才能產生大量的抗體,也可以用來保存以備後用。

到這邊就可以結束了,接著進入從陪養液中純化抗體的部分。

或者是在篩選出融合細胞瘤後,從中萃取出其抗體基因,用另一個細胞系統大量表達抗體。

▋Cloning


就是從 B cell 萃取 DNA 以取得抗體的基因序列,然後轉到 expression vector,再在老鼠或人類細胞中表達。

IgG 抗體結構可分成 heavy chain (HC) 和 light chain (LC),可以分開在兩個 vectors,或是放在同一個 vector。

IgG structure

Expression vector 通常會包含幾個要素:

  • Enhancers: 增加抗體表現
  • Promoter: SV40, CMV, EF-1
  • Kozak sequence (cap-dependent translation initiation): 放在 start codon 前面,可以促進轉譯開始。
  • Secretion signal: 讓抗體可以分泌出 B 細胞的訊號,包括 IL-2 signal peptide。
  • MCS: 用來插入抗體基因的地方,包括 HC 和 LC。
  • polyA tail
  • Selection marker: 用來挑選成功轉進細胞的 plasmid,通常是用抗生素。
  • Ori: 讓細胞可以複製 plasmid

▋抗體生產 Antibody production


主要包括幾個步驟:把帶有抗體基因的 plasmid 送入細胞,在細胞中表達抗體,然後純化抗體。

▍送入細胞 Delivery


把 plasmid 送入細胞有幾個方式:

  • LNP (lipid nanoparticle) 或其他 lipid-based 的運送系統
  • Electroporation
  • Viral infection: 如果是用 viral vector 的話
  • Calcium phasphate

▍表達細胞系統 Expression System


常用的老鼠細胞有 CHO cells,又包括 CHO-K1 和 CHO-pro3 等等。

或是人類細胞 HEK cells

▍純化抗體 Purification


就是用 FPLC 來純化抗體,常用的 column 包括 affinity (IMAC), ion exchange (IEX) 和 SEC (size exclusion column)。

▍功能測試 Functional tests


純化完之後就要測試抗體功能,因為有可能在純化的過程中,抗體沒有組合好等等情況而喪失該有的功能。

主要測試的方向包括:

  • Binding affinity: 和抗原的親和力,或是抓住病毒的效力好不好。
  • Specificity: 特異性夠不夠專一,會不會和其他不相干的蛋白結合,影響其功能。
  • Functionality & Potency: 是否能消除病毒,或抑制感染。

常用的技術則包括 ELISA, BLI, SPR, flow cytometry 等等。

如果以上其中一個不夠好,可以透過分析其結構,看是否能夠改動某個序列片段或幾個氨基酸,最佳化抗體的功效。


延伸閱讀:精準治療 — 單株抗體藥物在臨床上的應用




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References:

NIH | Monoclonal Antibody Production

Hybridoma Technology - Monoclonal Antibody Production

VectorBuilder | Mammalian Antibody Heavy and Light Chain Coexpression Vector











2024年12月23日 星期一

因新冠疫情一躍而起的加拿大抗體公司 AbCellera

加拿大本土的生技公司不多,藥廠可說是沒有,更別說是溫哥華了。溫哥華的生技產業生態就是 UBC 的教授出來開公司,所以校內有一個叫 adMare BioInnovations 的機構專門協助教授出來開 spin-off,這篇要介紹的 AbCellera 也是。

註:adMare 原本叫 CDRD (Centre for Drug Research and Development),2020 年的時候改名成 adMare。

AbCellera 的創立


AbCelleara 是一家加拿大專攻抗體研發的生技公司,由 UBC 物理系教授 Dr. Carl Hansen 於 2012 年成立的,是該大學的 spin-off。Dr. Hensen 的背景是物理,博士是畢業於在加州理工大學(Caltech)的應用物理系,那時候就開始做 microfluid。公司剛成立時,加上 Dr. Hensen 只有六個人,之後和生物工程系的 Dr. James Piret 和 Dr. Chip Haynes 合作研發 microfluidic fluorescence bead assay,為該公司的核心技術。

2014 年的時候獲得種子輪資金,之後疫情來臨,他們抓住機會拿到第一位新冠患者的血液做分析,釣出抗體後和 Eli Lilly 合作,自此一躍成名。

從募資到上市


他們的 A 輪融資(Series A)是在 2018 年由矽谷的 DCVC Bio 領投,資金為 $10M 美元。後來疫情期間,他們也獲得不少政府的經費贊助。2020 年時獲得加拿大的 Western Economic Diversification Canada (現為 PacificCan) 和 ISED (Innovation, Science, and Economic Development)所提供的 ISF (Strategic Innovation Fund)。

獲得政府經費後的幾個禮拜,他們完成了 B 輪融資,獲得 $105M 美金,由 OrbiMed 和 DCVC Bio 領投,其他投資者包括 Viking 和 Eli Lilly,這些經費讓他們快速擴張,得以在 2021 年時於溫哥華市中心附近蓋一個 48,000 平方英尺大的研發中心,包括有自己的生產設施。之後,他們於 2020 年年底(12/11) IPO 上市,上市當天股價 $58.9,也是自今股價最高的時候,自那之後一路下滑。

疫情過後的 2023 年,BC 省政府開啟了一個新計畫 Life Sciences and Biomanufacturing Strategy,想透過和 AbCellera 建立本地的新藥開發能力,包括癌症和免疫疾病的治療藥物。省政府在他們身上投資了 $75M 的經費,聯邦政府也給了 $225M,除了將現有的設備升級,並希望可以讓 BC 有能力進行第一期臨床試驗。他們將在 2025 年將設施擴大到 124,000 平方英尺,除了可以做細胞銀行外,還有多達 2,000 公升的生物反應器(bioreactors)以製造生物製劑。

AbCellera 的技術


偏硬體上的技術主要有兩個,一個是 Microfluidic Single-Cell Screening,另一個是 Trianni Mouse®。

Microfluidic Single-Cell Screening


這是他們的核心技術,在他們發表的文章裡是寫 microfluidic fluorescence bead assay,該技術結合了微流體(microfluid)和螢光篩選,可以在抗體篩選上做各種變化。其中一種是把單個分泌抗體的細胞,例如 hybridoma 或 B cells 等等,分開到微流道晶片(microfluidic device)的腔室(chamber),然後把表面有 Protein A beads 加進去,讓它可以和細胞分泌的抗體結合,把多餘的抗體洗掉後,再用螢光標誌的抗原去測試其親和力(binding kinetics)。從中找到親合力最強或是最適合的抗體後,在反向從細胞定序抗體基因序列。

技術特點:
  • 微流體(microfluid): 可以用很少量的樣本去篩選和測量親和力(affinity)。
  • 高效率(high-throughput): 微流體可使篩選抗體的量能增加上萬倍,一次可以篩幾百萬個抗體外,也可以在很小的體積裡測試抗體的親和力。
  • Single-cell: 每次只測量一個細胞和其產生的抗體,可以避免混到其他(分泌不同抗體的)細胞而產生的雜訊,確保得到的結果來自同一個抗體,可以提高之後測試結果的一致性。
  • 敏感度高(high sensitivity): 不需要用大量抗體來測量其親和力,只要 8 x 10^4 個抗體就可以測量出親和力。(註:SPR Bioacore 的 LOD 範圍可從 pM 到 nM,根據官網提供的數據,anti-TNFα 抗體的範圍為 0.3–27.0 pM;BLI Octet 在大分子的 LOD 則是約 200 nM。)

Trianni Mouse®


2020 年的時候他們花了美金 $90M買下 Trianni,看重的是他們的擬人化的老鼠免疫系統(humanized rodent platforms),可以在老鼠體內產生人類抗體,有別於大多數把老鼠抗體人類化的方法。

雙特異性抗體開發


在抗體方面,他們在 2020 年的時候從 Dualogics 買下用來開發雙特異性抗體的平台 OrthoMab,兩大研發方向是針對 GPCR 和免疫方面的 T-Cell Engagers (TCEs),其中 TCEs 即是雙特異性抗體。

網站上關於 GPCR 的研究是針對 CCR8,通常是用來治療癌症,而在 TCEs 的部分,可能是針對 CD3 做開發,雙特異性抗體可以同時和 T 細胞上的 CD3,以及癌細胞上的抗原(tumour-associated antigen, TAA)結合,把 T 細胞帶到癌細胞。他們也試了其他的共同刺激受體(costimulatory receptors),試圖找到可以保有殺死癌細胞,但同時降低免疫原性(immunogenicity),減少細胞激素釋出引起的毒性(cytokine release-associated toxicities)。

關於抗體,可參考這篇:抗體藥物在臨床上的應用

AbCellera 的商業模式


他們之前的商業模式主要是以合作為主,也就是根據合作方的需求,用他們的技術找出治療用抗體,目前看到的營收方式包括根據進度收取費用,之後看合約內容,有的上市後也會再收權利金,例如和 Biogen 的合作。

根據他們的 10-K 報告,營收來源分為以下四種:

  • 研究經費(Research fees): 我猜是政府經費
  • Licensing fees: 技術使用的授權金,例如 Arsenal Bio 是使用它們的 Trianni 平台做開發。
  • Milestone payments: 合作方根據 AbCellera 的研發進度依階段完成度支付研發費用。
  • Royalty fees: 上市後的權利金

他們疫情期間的主要營收來主要為權利金,我猜是和 Eli Lilly 合作的抗體,但去年則是研究經費,2023 年的 K-10 裡面沒有權利金的營收,可能是因為除了新冠抗體外,並沒有其他產品上市,抗體在疫情後也沒有營收的緣故。

AbCellera Revenue

不過,自從他們要開始建立自己的生產線後,也開始有自己的研發標的,應該是希望未來能自己賣抗體,營收全算自己的,不需要靠和別人合作盈利。當然,這也是加拿大政府的目標,希望在地有一個能夠自己研發和製造藥物的量能。

合作對象


他們的合作方式大致分為兩種,一種是合作研發,一種是授權給對方使用技術,例如 Arsenal Bio 只是使用他們的 Trianni 老鼠。

目前列在他們官網上的主要合作對象包括 Eli Lilly,  Novartis, Merck, Pfizer, GSK, Gilead, Regeneron 和 Incyte 等等。

AbCellera Partners 1

比較訝異的是他們的合作對象竟然有做動物的,合作的是狗的慢性疾病抗體藥。

AbCellera Partners 2

AbCellera 的產品


目前他們在研發的兩個藥物為針對 GPCR 的 ABCL635,以及針對異位性皮膚炎的 ABCL575。

ABCL635


針對 NK3R 的抗體藥,適應症為更年期血管舒縮症狀(Vasomotor Symptoms, VMS),又稱熱潮紅(hot flashes),預計將於 2025 年第三季開始臨床試驗。NR3R 為下丘腦(hypothalamus)中 KNDy 神經元上的膜蛋白,是胜肽 NKB (neurokinin B) 的受體,其功能為調節體溫。

ABCL575


針對 OX40L (OX40 Ligand) 的抗體藥,適應症為異味性皮膚炎(atopic dermatitis)。OX40L (CD134L, CD252) 是 OX40 (CD134) 的佩體,兩者皆是共同刺激因子(costimulatory molecules),OX40 是表現在 T 細胞,而 OX40L 則是表現在 APCs (antigen-presenting cells),兩者結合會促進 T 細胞的生存和繁殖,而過度反應會引起發炎。之前有研究顯示在一些炎症和自體免疫疾病中,包括異位性皮膚炎和類風濕性關節炎,都有觀察到 OX40 和 OX40L 的表現上升,阻擋兩者結合可以抑制發炎反應。

相關競品


Astellas 的 VEOZAH® (fezolinetant) 為第一個用來治療 VMS 的 NK3R 拮抗劑,於 2023 年獲得 FDA 許可的小分子藥物,該藥在 2024 年的營收為 $33.8B 日圓,約為 $218M 美元,相較於前一年增加了 363.6%。AbCellera 的抗體藥是否會比 VEOZAH® 好還未可知,使用上卻未必比口服的小分子藥物方便,價格可能也比較貴,是否能成功搶佔市場?難說。

目前已有好幾個針對 OX40 或 OX40L 的抗體藥藥物,包括 Amgen 和協和麒麟合作的 Rocatinlimab,以及 Sanofi 的 Amlitelimab。Rocatinlimab 是針對 OX40 的單株抗體,2024 年九月才公布其中一個第三期臨床試驗結果,用在治療中重度患者身上效果不錯。Amlitelimab 的標靶蛋白則是 OX40L,2024 年三月才公布第二期臨床試驗結果,顯示患者症狀有改善。除此之外,還有 Ichnos Sciences SA 和 Glenmark Pharmaceuticals 合作,正在進行第二期臨床試驗的 Telazorlimab。

AbCellera 營收和近年股價


AbCellera 的股價在疫情過後就一路下滑,大概在 2021 年年初開始就一路下滑,沒再起來過了。雖說 2021 年年底有起來一下,不過 2022 年年初 FDA 宣佈抗體藥對 Omicron 無效不再使用,股價就直接跌到 $10 以下,之後就在那上下徘徊,到目前以降到不到 $5。

AbCellera stock

看了一下他們去年的 10-K 報告,疫情過後營收整個下滑,難怪他們 2023 年年底裁員了 10%,從官網可以觀察到他們的方向有所調整,雖然還是有很多合作,但似乎更想專注於自己主導的研發。

AbCellera Financial Highlights

跟去年的 Q3 相比,營收都下降很多。

2023-2024 Q3

股價在 2022 年初降到 $10 上下之後就沒什麼起色,最近一年都維持在 $5 以下。

AbCellera Business Metrics

雖然營收和股價可以說是都跌到谷底,但他們合作的項目上並沒有減少,反而有上升,接下來就看這幾個合作能不能讓情況轉好。

不負責任閒聊


本人因為這幾年想換工作,時不時會上他們網站看有什麼職缺,可以觀察到他們一直在改變方向,似乎在摸索和調整大方向。

感覺目前很多公司想分抗體藥市場的一杯羹,有太多公司在做,但目標蛋白和疾病都差不多,例如一堆癌症的,然後很多是針對 HER2,最後就是在比誰的效果比較好,或是看是否能提升患者生活品質?不過對患者來說當然是選擇越多越好。如果是我可能會轉做小抗體,例如 scFv 或 VHH,除了體積小不夠穩定外,其他方面都是較優的選則,而且我覺得穩定度方面可以靠 AI 預測出穩定又高親和力的蛋白序列,這樣就可以把缺點也變成優勢。他們之前在網站上有寫 scFv 和 VHH,但現在拿掉了,不知道還有沒有做。

另外,還有免疫原性(immunogenicity)的問題,這看起來是大家想克服的點,如果他們可以快速且大量的找到不會引起 ADA 和 ADCC 的 TCE,也是一個賣點。除此之外,也許可以試著投入在 cell-free expression,看能不能量產化,雖然也是抗體,但在製造和細胞污染上,應該會減少很多相關問題。

在藥物研發上,他們目前開發的 ABCL575,市面上已經有 Pfizer 的口服藥 CIBINQO,以及 Incyte 的外用型藥膏 OPZELURA® (ruxolitinib),而抗體藥目前大多還是需要用注射的,加上還有其他已經進入臨床的抗體藥,ABCL575 的競爭力在哪?除非他們可以跟進 Novo Nordisk 最近得到 FDA 許可的 Alhemo 的做法,用它們瘦瘦筆的技術來打抗體。

而他們的 ABCL635 是否會比 Veozah 還不知道,而 Veozah 為口服藥,使用起來比較方便,該藥定價為每月 $566.00,目前第一個月免費,之後則看保險給付多少。


Btw, 另外要提一下,AbCellera 和 Berkeley Lights (現為 Bruker Cellular Analysis) 互告對方在 microfluidic 技術上侵權,疫情期間和朋友聊到,是他們系上的八卦話題 😆。目前還在打官司,未來如何還不知道。



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References:

AbCellera offical site

A UBC Research Group Spins-out an Industry-Leading Biotechnology Company

AbCellera Expands Technology Stack with Acquisition of Trianni for $90 Million

New partnership with AbCellera will create jobs, help address global health-care challenges

FDA ends for now use of two monoclonal antibodies, spurring a halt in federal shipments of the covid-19 treatments

FDA Announces Bebtelovimab is Not Currently Authorized in Any US Region


Publications:

A Park, A Goudarzi, P Yaghmaie et al. Rapid response through the entrepreneurial capabilities of academic scientists. Nat. Nanotechnol (2022) DOI: 10.1038/s41565-022-01103-6

A Singhal, CA Haynes & CL Hansen. Microfluidic Measurement of Antibody−Antigen Binding Kinetics from Low-Abundance Samples and Single Cells. Analytical Chemistry (2010) DOI: 10.1021/ac101956e










2024年8月18日 星期日

精準治療 — 單株抗體藥物在臨床上的應用

抗體藥物是精準治療(Precision Medicine)的一種, 因為它是針對特定情況做的治療,例如帶有某種變異基因的腫瘤。這篇將介紹單株抗體在臨床治療上的應用,包括已經通過 FDA 核准的雙特異性抗體和抗體藥物複合體外,還有放射性同位素標靶抗體藥物或胜肽、標靶蛋白降解劑抗體複合物,以及抗體核酸複合物等等。

藥物除了常見的小分子藥物外,還有大分子和細胞治療。

小分子就是化學物質,大分子則是生物製劑(biologics),例如蛋白質或抗體藥,細胞治療則包括 CAR-T 或基因治療等等。

蛋白質藥物包括胰島素或各種激素等等,抗體藥開始較大眾所知就是疫情時出名的 Regeneron 開發的新冠抗體藥。

抗體藥分為很多種,除了傳統的 IgG 外,還有分子較小的 scFv (single-chain fragment variable) 和只有鯊魚和駱馬才有的 VHHs,又稱 nanobodies。

有興趣的可以看這篇:關於抗體和抗體藥的一些小知識

抗體藥物有哪些?


抗體藥物主要用於精準醫療(precision medicine),目前大多為癌症藥物。這篇想整理的是抗體改造或加料過後的應用,大部分也都是針對癌症而開發的,包括雙特異性抗體和多特異性抗體,以及抗體藥物複合體和放射性同位素標靶抗體藥(RACs)等等。

Bi-specpfic Abs 雙特異性抗體藥


天然的抗體本身只能抓住一種抗原,但是經改造過後,可以把它的兩個 binding sites,也就是 Fab 的部分改成抓不同的抗原。

這個概念最早由 Nisonoff 和他同事提出來,並於 1960 發表在 Science 期刊上,不過近五十年後的 2009 年才有第一個 FDA 核准的 bispecific (bsAb) 抗體藥,為德國生技公司 Fresenius Biotech GmbH 研發的 catumaxomab (Removab®)。

為什麼要做這種抗體呢?因為如果能和不同的抗原結合,可以應用的地方就更多了,大致可以分為三種:

1. 連結免疫細胞和癌細胞(in-trans binding),藉此召喚免疫細胞過來殺癌細胞,通常都是透過 T 細胞受體 TCR (T cell receptors) 的 CD3。召喚 T 細胞來殺死癌細胞的又叫 T-cell engagers (TCEs),Removab 即屬於這種,一邊抓的是 T 細胞的 CD3,另一邊抓的是癌細胞的 EpCAM,不過它的 Fc 是第三個 binding site,會和其他的免疫細胞的 Fcγ 受體結合,例如巨噬細胞(macrophage)和自然殺手細胞(natural killer cells, NKs)

2. 連結同一個細胞上的受體(in-cis binding),藉此阻斷訊號傳遞。 針對癌細胞上的 RTK 受體(receptor tyrosine kinases)來抑制訊息傳遞,例如 EGFR 和 HER2,可以結合連結相同的受體,也可以連結不同的受體,例如 Merus 的 Zenocutuzumab 是連結 HER2 x HER3,而他的 NJ-61186372 則是針對 EGFR x MET。Zenocutuzumab (MCLA-128) 主要是針對 NRG1+ 的癌症,包括胰臟癌(PDAC)和非小細胞肺癌(non–small cell lung cancer, NSCLC),目前正在第二期臨床試驗。

3. 幫助受體組合,藉此促進受體活躍。這類抗體可以作為 agnoist,例如 Roche 正在研發中的 BFKB8488A 是針對生長激素 FGFR1C (fibroblast growth factor receptor 1C) 和 KLB (β-klotho),用於促進 FGF21 (fibroblast growth factor 21) 的訊息傳遞,進而治療第二型糖尿病。

Antibody-Drug Conjugates (ADCs) 抗體藥物複合體


抗體藥物複合體即是把抗體和藥物連結在一起,通常是化療藥物,透過抗體把化療藥物帶進癌細胞後才放出藥物殺死癌細胞,除了加強效用外,還可以減少藥物對正常細胞的傷害,希望可以取代傳統化療。

ADC 的結構和設計


ADC 的結構分成三個部分:Antibody - linker - Payload

抗體部分,目前常用的是 IgG1,除了它的穩定性較強,在體內的半衰期約 14-21 天外,透過 Fcγ 受體(Fcγ receptors, FcγRs)召喚先天免疫細胞,包括巨噬細胞和自然殺手細胞,也較少引起免疫原性(immunogenicity),減少引起抗藥抗體(anti-drug antibodies)的產生和過度的免疫反應的風險。

在抗體設計上會希望對抗原的親和性(affinity)很好,且標靶的抗原是在癌細胞上高度表達,但在健康細胞上表達有限的。在特異性(specificity)上也是要選著專一性較高的,另外就是需要有效的內吞(internalization)。除了用單一特異性的,也有用 bispecific,可以針對較多種類的癌細胞。

藥物(payload)的部分通常用的藥比傳統的化學治療藥物要強,包括 MMAE (monomethyl auristatin E), MMAF (monomethyl auristatin F) 和美登素(maytansine, maitansine)的衍生物 DM1 和 DM4。

抗體和藥物之間的連結(linker)可為可裂解(cleavable)或是不可切割的,目前的主流是可裂解的,因為不可裂解的需要把整個 ADC 都分解掉才能釋放藥物。可裂解的可以利用腫瘤和正常生理條件中的差異來裂解,例如腫瘤有比較低的酸鹼值或比較高的蛋白酶活性,ADC 在進入癌細胞後可以透過蛋白酶(protease)切開連結釋出藥物。

另外,也可以透過 linker 改善 ADC 的疏水性(hydrophobic)。由於小分子藥物有比較高的疏水性來保持它的 potency,因此若是 ADC 上有很多 payload,就會使它的疏水性增加,可能會導致它比較快被清除,或是有 aggregation 的風險。為了要解決這個問題,可以把 linker 設計的比較親水性一點,例如用 PEGylation。

市面上的抗體藥物複合體


在抗體和藥物的連結方式上,目前市面上已批准的是使用隨機的方式,但因為是隨機的,所以 payload 的數量(0-8, 4 可能最多)和位置無法控制。比較新的是定位連接法(site-specific),透過蛋白質工程可以設計連接的位點讓 payload 去連接,這個方法會使 ADC 比較穩定。

目前通過 FDA 核准的癌症 ADC 有 13 個,涵蓋超過 20 種適應症,主要為血癌和實質腫瘤(solid tumours)。這幾年投入 ADC 市場的生技公司和藥廠也不少,例如溫哥華因為疫情崛起的 AbCellera 和在地老公司 Zymeworks 都開始做 ADCs。大藥廠如 Merck 也於去年收購了研發 PBSEs (payload-binding selectivity enhancers) 的生技公司 Abceutics,PBSEs 的特點是它和 ADC 同時施打進體內,可以吸收掉被釋出癌細的藥物,減少它對正常細胞的損害。除此之外,Pfizer 也於去年收購了 Seagen 和它的四個已上市的 ADC 藥物。



最早得到 FDA 許可、針對實質腫瘤的 ADC 為 Genentech 的 KADCYLA® (trastuzumab emtansine),它於 2013 年獲得許可用於治療乳癌晚期,之後又於 2019 年獲得許可治療乳癌早期,抗體是針對 HER2 的 IgG1,戴的藥物是 DM1。近期較有名的 ADCs 可能是第一三共和 AZ 合作的 Enhertu (HER2 ADC, trastuzumab deruxtecan),它在 2019 年時通過 FDA 許可用於治療乳癌,也是針對表現 HER2 的癌細胞的 IgG1,藥物則是 DXd (topoisomerase I inhibitor)。今年初又通過許可以用在非小細胞肺癌,目前的適應症就有五個,包括乳癌、非小細胞肺癌、胃癌和實質腫瘤,替藥廠賺進了不少營收,2024 Q1 就有 $461M。

Radionuclide antibody conjugate (RACs)


除了帶化療藥物的 ADC,還有一種是帶放射物的配體(ligand)或抗體,是近年來的新歡,它比普通 ADC 有優勢的地方在於它不只可以用來殺死癌細胞,還可以用來觀察腫瘤的位置和藥物吸收的情形,希望可以用來取代傳統的放射線治療。

Radioconjugates


介紹 RACs 之前先介紹一下 radioconjugates (放射性配體共軛物),是直接把目標蛋白的配體和放射性同位素(radioisotope)連結。

目前已上市的放射性配體共軛物有 Novartis 用於治療胃腸胰神經內分泌腫瘤(gastroenteropancreatic neuroendocrine tumors, GEP-NETs) 的 Lutathera (lutetium-177 dotatate) 和治療攝護腺癌的 Pluvicto (lutetium-177 vipivotide tetraxetan),分別於 2018 年和 2022 年獲得 FDA 許可。Pluvicto 於 2023 年的營收則是 $980M,Lutathera 則是 $605M,比前年增加了 28%,錢景大有可為。

這兩個藥物都是用釋放 β 射線的同位素 lutetium-177,藥物在到達或進入細胞後,釋放出的輻射會破壞癌細胞的 DNA,藉此殺死臨近的癌細胞。Lutathera 針對的是表現在 NET 細胞上的受體 SSTR2 (somatostatin type 2 receptor),Pluvicto 則是用可以胜肽 vipivotide 來抑制表現在攝護腺癌細胞上的抗原 PSMA (prostate-specific membrane antigen)。

除了 β 射線外,還有 α 射線,它的範圍較小但能量較高,在殺死癌細胞上效果更好。另外,患者在接受 Lutathera 和 Pluvicto 治療後的一個禮拜內須要遠離孕婦和小孩,因為 Lu-177 的半衰期是一個禮拜,而 α 射線穿透的範圍較短,相較之下反而是個優勢。目前有好幾個 α 射線的臨床試驗,最普遍的放射同位素為 actinium-225 (Act-225), lead-212 (Pb-212) 和 astatine-211,像是 Novartis 的攝護腺癌藥物也有出的 Act-225 版本的 225Ac-PSMA-617,正在第一期臨床試驗中。

Bristol Myers Squibb 於去年花 $4.1B 鎂收購的 RayzeBio,它的 RYZ101 用的也是 α 放射的 actinium-225 (Act-225),同樣是針對 NET 細胞上的受體 SSTR2,主要是用來治療對 Lutathera 沒反應的患者,目前在第三期臨床治療。



Radionuclide antibody conjugate (RAC)


相較於放射性配體共軛物,放射同位素接在抗體上可以在體內維持較久,因為抗體穩定性較強,也因此比較適合接半衰期較長的放射同位素。

截至目前為止,只有兩個 FDA 核准的 RACs:

Zevalin (ibritumomab tiuxetan):於 2002 年獲得 FDA 許可,放射同位素是用 Iodine-131,抗體是針對 CD20,用於治療表現 CD20 的 non-Hodgkin's lymphoma。

Bexxar (tositumomab and iodine I 131 tositumomab):於 2003 獲得 FDA 許可,放射同位素是用 Y-90 (Yttriuim-90),抗體也是針對 CD20,用於治療表現 CD20 的 non-Hodgkin's lymphoma。

不過抗體的優點也是缺點,雖然它較穩定,可以在體內停留的時間較長,但用在放射同位素上就是個缺點,因此較小的胜肽反而比較有利。

生技公司 Y-mAbs 為此開發了一個解法,就是利用雙特異性的 scFv 設計了一個 SADA (Self-Assembling and DisAssembling),一邊是 anti-GD2,一邊是 anti-DOTA (同位素螯合劑),然後接一個可以拆開或組合成 tetramer 的蛋白,在他們的 YT 影片裡是說用 P53。治療分成兩個步驟,第一步是先把抗體打進去,組合成 tetramer 的會抓住癌細胞,monomer 則會在血液裡晃一晃就因為體積小排出去,接者再把同位素打進去,這時候抗體的 DOTA 就會抓住同位素,這樣就可以達到精準治療,又不會有 IgG 接抗體後停留在體內太久的問題,他們用來治療實質腫瘤的 GD2-SADA:177Lu-DOTA 目前正在第一期臨床試驗中。

除了用 scFv 外,也有公司選擇用小抗體 VHHs,例如溫哥華的生技新創公司 Abdera 是用 VHH-Fc,他們用來治療對小細胞肺癌(small cell lung cancer )和的為大細胞神經內分泌癌(large cell neuroendocrine carcinoma, LCNEC)的 ABD-147 是針對表現 DLL3 的實質腫瘤,用的同位素為 Act-225,目前正在第一期臨床試驗。

Degrader-Antibody Conjugates (DACs)


抗體可以接藥物外,還可以接 degrader,是指把目標蛋白降解,這個技術稱為 TPD (targeted protein degradation, TPD),通常都是利用 ubiquitin-proteasome system (UPS),藉由 E3 ligase 幫目標蛋白標記 ubiquitin (Ub),使它可以被 proteasome 降解。其方法是用 molecular glue,是可以把 E3 ligase 目標蛋白連結在一起的小分子,使目標蛋白得以被 E3 ligase 標記和降解。

另一個和 molecular glue 很類似的是 Arvinas 開發的 PROTAC (PROteolysis TArgeting Chimera),它的結構分成三個部分,兩側分別是 E3 ligase 和目標蛋白的配體(ligand),中間是連結兩側配體的 linker,可以把目標蛋白帶到 E3 ligase 進行標記和降解。

PROTAC 是 2001 年時由耶魯大學的 Dr. Craig Crews 首先發表於 PNAS,之後於 2013 年成立 Arvinas,目前大部分的藥物都還在第一期臨床試驗,不過他們用來治療乳癌的口服藥 Vepdegestrant (ARV-471) 已進入第三期臨床試驗,是針對 ER+ (estrogen receptors)/HER2- 的患者,2011 年時和輝瑞(Pfizer)合作開發和商業化。

DACs

PROTAC 和 molecular glue 都可以接到抗體上,抗體針對的是癌細胞表面的抗原,透過抗體和抗原的結合,把 PROTAC 或 molecular glue 帶進細胞,把目標蛋白帶到 E3 ligase 進行標記和降解。

目前在做這個的有和輝瑞合作的 Nurix,不過目前還沒有太多資訊。另一個是 2016 年成立的韓國生技公司 Orum Therapeutics (오름테라퓨틱),他們目前只有兩個藥物進到第一期臨床試驗,一個是針對 HER2+ 的 ORM-5029 (TPD2-GSPT1),DACs 透過抗體結合 HER2 進入細胞,之後被降解釋出 molecular glue (SMol007) 把目標蛋白 GSPT1 (translation termination factor) 帶到 E3 ligase 進行標記和降解,導致癌細胞死亡。另一個是用來治療急性骨髓性白血病(acute myeloid leukemia, AML),抗體的部分是針對 CD33,進入細胞後也是透過降解 GSPT1 殺死癌細胞,這個藥物已於 2023 年年底被 Bristol Myers Squibb (BMS) 收購。



Antibody-Oligonucleotide Conjugates (AOCs)


AOCs 在過去幾年也開始崛起,它是把寡核苷酸(oligonucleotide)和抗體連結,透過抗體運送寡核苷酸進到細胞內。它的連結方法有幾種,包括用化學反應直接連結,或是透過結合親和力(binding affinity),例如 avadin 和 biotin,也可以用離子相互作用(ionic interactions)。

AOC conjugation

AOCs 剛開始時是用於免疫染色作為診斷工具,好處是可以用限制酶切掉螢光團(fluorophore)後重複染色而不傷組織細胞。相較於 ADCs 和 RACs,雖然在共軛連結上較為困難,但它的優勢在於可以調控基因表現,目前大多數的研發是著重在 siRNA 和 ASO (anti-sense oligonucleotides),因此它的效用是看其抑制蛋白表現的程度。另外一個困難點是穩定性(stability),它在血液中的半衰期只有兩天左右,但和抗體連結在一起後可以增加到五天以上。

AOC in imaging

目前做 AOCs 的公司有 Avidity Biosciences,他們的 AOC1001 (Del-desiran) 是利用 siRNA 來降低突變的 DMPK (myotonic dystrophy protein kinase) mRNA,用以治療 DM1 (dystrophic myotonic dystrophy type 1),已進入第三期臨床試驗。

Extracellular vesicles (EVs)-Fc


除了用單一抗體,也可以利用外泌體(Extracellular vesicles, EVs)展示很多抗體。最近瑞典 Karolinska University 發表在 Nature Biomedical Engineering 的一篇研究是把帶有抗 Fc 的蛋白或結構域(domain)基因的載體送進會產生 EV 的細胞裡,例如 Protein A 或 Protein G 等等,使它可以把抗 Fc 的蛋白表現在外泌體外面。接著,把這些表現有抗 Fc 蛋白的外泌體和抗體混合,外泌體外面就會插滿了抗體,而外泌體裡面就可以裝化療藥物。目前還在老鼠實驗階段,但在老鼠身上的效果不錯。

Antibody-Cell Conjugation (ACC)


抗體細胞連結,顧名思義就是把抗體和免疫細胞連結在一起,例如自然殺手細胞(Natural Killer cells, NK cells)或是細胞激素誘導殺手細胞(cytokine induced killer cells, CIK),算是一種細胞治療,是於 2009 年時由蕭世嘉提出的。ACC 相較於 CAR-T 治療簡單許多,不需要基改,而是直接把抗體接在免疫細胞上。

把抗體接到細胞上有兩種方法:

1. 非天然糖類代謝:細胞吸收非天然醣類後會把要表現在細胞膜的 glycocalyxes 轉變成 phosphonucleotide donors,之後透過 bioorthogonal reactions 把抗體接上去。

2. 酵素反應(chemoenzymatic methods):利用糖基化酶(glycosylases)去改造細胞表面的 glycocalyxes,然後再把抗體接上去。

目前在做 ACC 的是由蕭世嘉創辦的 Acepodia。


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References


Podcast: 魔術子彈─抗體藥物複合體 Antibody Drug Conjugate (ADC)

K Tsuchikama, Y Anami, SYY Ha et al. Exploring the next generation of antibody–drug conjugates. Nat Rev Clin Oncol (2024) DOI: 10.1038/s41571-023-00850-2

M Senior. Precision radiation opens a new window on cancer therapy. Nat Biotechnol (2024) DOI: 10.1038/s41587-024-02295-z

OPB Wiklander, DR Mamand, DK Mohammad et al. Antibody-displaying extracellular vesicles for targeted cancer therapy. Nature Biomedical Engineering (2024) DOI: 10.1038/s41551-024-01214-6

X Ma, J Jiang, X An et al. Advances in research based on antibody-cell conjugation. Front in Immunol (2023) DOI: 10.3389/fimmu.2023.1310130










2021年5月16日 星期日

Biogen aducanumab 要衝過 FDA 許可了嗎?

大家看新冠病毒的新聞看膩了嗎?FIRERCE Pharma 在二月預測今年會上市的十個新藥第一名是 Biogen 的阿茲海默抗體藥 adumanucab [1]。這個抗體藥可說是歷經曲折,我之前就寫了三篇介紹此藥。XD

目前普遍認為的阿茲海默症(Alzheimer's Disease, AD)致病因子為 amyloid-β (Aβ) 和 tau protein,Aβ 堆積在腦中後,接著 tau 也跟著堆積在腦中,大量的蛋白堆積引發一連串的反應,對腦部造成傷害,這個假說稱為 amyloid cascade hypothesis。因此,目前研究的方向多為阻止 Aβ 的產生,或是清除腦中大量的 Aβ。

科學家們試著用抗體來治療阿茲海默症已經很久了,試過的藥廠不少,但都以失敗收場,2015 年七月底時在 DC 的一場阿茲海默症國際研討會中,有兩家生技公司發表了他們似乎有點成效藥物,分別是 Biogen 和 Eli Lilly,這兩家公司用的抗體都是針對 β-amyloid (Aβ)。

相關文章:治療阿茲海默症的藥物有望?

Biogen 和日本製藥公司 Eisai 合作的抗體 adumanucab 在初期的階段有正面的結果,此藥被施打在 166 位被診斷為初期患者的身上(10mg/kg),結果顯示有 27 位病患在認知上有顯著效果,由 PET 掃描觀察到的 Aβ 量也有減少,不過可惜的是有效藥量在一些病患身上會造成腦部腫大和出血,於是藥廠決定把量減低(6mg/kg),結果顯示三十位病患在用藥 54 週後雖然 Aβ 量有減少,但並沒有改善認知衰退的症狀。這個結果發表了以後,公司股票從 $372 左右跌到 $272。

註:Biogen 的股價最高點為 2015 年三月, $438.43。

相關文章:阿茲海默症新藥 新進度 -- Aducanumab

2019 年三月的時候,因為它的兩個第三期臨床試驗 ENGAGE 和 EMERGE 的治療效果在初期分析結果中並未達到預期標準,病患認知衰退的現象沒有顯著改善,Biogen 和 Eisai 宣布停止這兩個臨床試驗。本來以為這個藥就這樣死了,沒想到在當年十月的時候,Biogen 又宣布說那兩個臨床實驗分析有誤,後續的分析顯示 EMERGE 有達到預測效果,決定將 aducanumab 送審想拿到 FDA 許可。

重新分析結果後發現,最高劑量的 aducanumab (10 mg/kg) 效果最好,認知力衰退的情形最輕微,PET 檢測出來的 amyloid 堆積也最少。低劑量雖然有些減緩病症,但是跟安慰劑組比較並沒有顯著差距。不過,這個正面的結果只出現在 EMERGE 臨床試驗裡,ENGAGE 臨床試驗裡並沒有出現這個效果。

相關文章:Biogen 的阿茲海默症抗體藥 aducanumab 起死回生?

Biogen 於 2020 年七月將 aducanumab 送 FDA 審查,本來預計今年三月會有結果,不過一月時宣布延長三個月至六月七日 [2]。因為 EMERGE 和 ENGAGE 兩個臨床試驗的結果相反,不少人對此有所質疑,認為 aducanumab 並非真的有效。但是,也有人認為 FDA 會批准此藥,因為病患團體非常希望這個藥可以通過,還有就是如果沒通過,會大大打擊藥廠繼續研發阿茲海默症的信心。

雖然去年十一月的時候,FDA 的 advisory committee 投了反對票 [3],但並非每次審核都會聽 committee 的意見,FDA 在一個禮拜後對此藥的資料給予正面回應,Biogen 的股價也因此漲回去一點。雖說今年一月的時候 FDA 宣布延長三個月,但有人覺得這表示通過核准有望,因為如果 FDA 覺得未達到標準的話,就會直接駁回,而不會延長了。

不過,要是真的通過 FDA 許可的話,aducanumab 將會是近二十年來第一個治療阿茲海默症的抗體藥,Biogen 也可能因此藥大賺一筆,有人預估它的年營收額會從現在的 $2.7B 往上升在 2026 年時達到 $4.8B [4]。

Biogen 目前的股價約 $280 左右,有人想在六月初 FDA 公布結果前賭一波嗎?搞不好會因此大賺一筆。XD





[2021607 update]

真的通過 FDA 許可了啊~今天股價一度衝破四百。



Biogen aducanumab 終於在今天在通過 FDA 核准後發佈了新聞稿, 此抗體藥將以 ADUHELM 的名稱上市 [5],根據病患的平均重量,藥價約每年 $56,000 [6]。


News:

1. FIERCE Pharma / The 10 most-anticipated drug launches of 2021

2. NPR / FDA Poised For Decision On Controversial Alzheimer's Drug (June 2021)

3. FIERCE Pharma / Biogen's Alzheimer's drug aducanumab, if approved, may face extra hurdles, slow sales ramp: analysts (June 2021)

4. BioSpace / Rocky Road for Biogen's Aducanumab Now Includes Pricing Hurdle

5. Biogen /FDA grants accelerated approval for ADUHELM™ as the first and only Alzheimer’s disease treatment to address a defining pathology of the disease

6. STAT / FDA grants historic approval to Alzheimer’s drug designed to slow cognitive decline











2019年12月15日 星期日

Biogen 的阿茲海默症抗體藥 aducanumab 起死回生?

阿茲海默症的藥物研發仍陷入膠著中,之前許多公司研發的抗體藥包括有 Eli Lilly 的 solanezumab 和 Pfizer 的 bapinezumab 等等,但大多都在第三期臨床實驗的階段沒看見顯著效果而宣告失敗,主要是沒觀察到認知衰退的現象有所改善。

相關文章:治療阿茲海默症的藥物有望?

原本被認為有可能成功的抗體藥 aducanumab,因為它的兩個第三期臨床試驗 ENGAGE 和 EMERGE 的治療效果在初期分析結果中並未達到預期標準,病患認知衰退的現象沒有顯著改善,Biogen 和它的合作夥伴 -- 日本的 Eisai -- 於今年三月宣布停止這兩個臨床試驗。

ALZFORUM - Aducanumab

相關文章:阿茲海默症新藥 Aducanumab 新進度

不過呢,在今年十月中的時候,Biogen 宣布說之前兩個 aducanumab 臨床實驗分析有誤,後續的分析顯示 EMERGE 有達到預測效果。在那兩個第三期臨床試驗中,主要的患者為和阿茲海默症相關的輕微認知障礙,以及輕微的阿茲海默症患者,測量疾病進展的方式則是用 PET 是觀察腦部 β-amyloid 堆積的情形。三月時宣布的結果裡,包含的數據是來自參與 EMERGE 裡的八百多位病患和 EMERGE 裡的九百多位病患,在三月宣布停止試驗的時候,有另外近兩百位 EMERGE 病患和一百多位 ENGAGE 裡的病患完成整個療程,新的分析結果則包括了這些後來才完成療程的數據和三千多位未完成療程的資料。

重新分析結果後發現,最高劑量的 aducanumab (10 mg/kg) 效果最好,認知力衰退的情形最輕微,PET 檢測出來的 amyloid 堆積也最少。低劑量雖然有些減緩病症,但是跟安慰劑組比較並沒有顯著差距。不過,這個正面的結果只出現在 EMERGE 臨床試驗裡,ENGAGE 臨床試驗裡並沒有出現這個效果。兩個臨床試驗的結果顯示病患腦部的 amyloid 和腦脊液(cerebrospinal fluid, CSF)中的 phospho-tau 都有隨著劑量的增加而降低的現象。

我個人是覺得後來新加的兩百多位病患的資料,就算全部都是 positive results 也很難反轉原先八百多位病患數據分析出來的結果,除非本來就差一點點就 significant。而另外那些未完成整個療程的、佔所有參與臨床試驗病患差不多一半人數的治療結果,如果原先那些已做完整個療程的病患都看不到有顯著改善,剩下這些未完成整個療程的,應該也是差不多的情況,除非剩下的一半全部都是用 10mg/kg 的劑量治療。

Biogen 在十月時將 aducanumab 送 FDA 審查,如果能夠在 2020 通過 FDA 許可的話,將會是近二十年來第一個治療阿茲海默症的抗體藥。不過,仍有不少人對此抱著懷疑的態度,Biogen 的科學家不認為 FDA 會因為新的分析結果通過許可,也有人認為那三個月新的數據不足以對之前的分析結果造成那麼大的影響。到底 FDA 會不會通過 aducanumab 的許可呢?讓我們拭目以待吧。



News:

Quartz / Biogen’s latest Alzheimer’s drug trials will change dementia drug research (Dec 2019)

STAT / Biogen’s top scientist nearly dares FDA not to approve Alzheimer’s drug (Dec 2019)

Science / Skepticism persists about revived Alzheimer’s drug after conference presentation (Dec 2019)

ALZFORUM / ‘Reports of my death are greatly exaggerated.’ signed, aducanumab (Oct 2019)

Biogen / Biogen plans regulatory filing for aducanumab in alzheimer’s disease based on new analysis of larger dataset from phase 3 studies (Oct 2019)

R Howard & KY Liu, Questions EMERGE as Biogen claims aducanumab turnaround. Nature Reviews Neurology (2019)










2018年10月27日 星期六

2018 諾貝爾生醫獎:免疫系統中的檢測點 PD-1 和 CTLA-4

今年的諾貝爾生醫獎得主是免疫療法,分別為德州大學安德生癌症中心(University of Texas MD Anderson Cancer Center)的 James Allison 和日本京都大學的本庶佑。免疫細胞中有一種是 T -cells [註 1],它的細胞膜上有接受器(T cell receptors, TCR)和其他輔助蛋白質會辨識非自體蛋白(例如細菌的或病毒的)和傳送訊息。要全面啟動 T cells 需要兩個訊息 ,一個是 T cells 上面的 TCR 和抗原的接合 [註 2],另一個是 T cells 上面的 CD28 和 APC 表面的 B7 結合,CD28 表現在 naive T cells 上面。



Figure / M Alegre et al, Nature Reviews Immunology (2001)

註 1:T cells 又分成 helper T-cells (Th cells, CD4+ T cells) 和 cytotoxic T-cells (Tc cells, CTLs, CD8+ T cells)

註 2:抗原被 APC (antigen presenting cells) 收進細胞內後會變成小片段,然後再由過 MHC (major histocompatibility complex)呈現在 APC 表面讓 T cells 辨識,準確來說和 TCRs 結合的是 MHC:Ag。

Allison 發現 CTLs 上面的 CTLA-4 有抑制免疫反應的作用。如果說 TCR 和 CD28 是兩把鎖,MHC:Ag 和 B7 是鑰匙,解開後才會全面啟動免疫反應,那 CTLA-4 就像是安全鎖,防止 CD28 那個鎖被解開,因為它接合的對象是 B7,因此大多數人想到的是用 CTLA-4 去治療自體免疫性疾病(autoimmune disease)。不過 Allison 想到的是相反的方向,他發現 CTLA-4 的抗體會抑制 T-cell 的功能功能,並且增加免疫反應。他們把直腸癌腫瘤細胞打入老鼠裡,其中有部分老鼠同時和之後的第三天和第六天又各打入一劑 CTLA-4 抗體,結果發現沒打抗體的老鼠如預期長出腫瘤,並且持續變大,而同時也打入 CTLA-4 抗體的老鼠則是打入腫瘤細胞後的五天內長出小小腫瘤後又漸漸萎縮,然後消失了。他們給這些腫瘤長出後又消失的老鼠二次挑戰,看看之前打入的 CTLA-4 抗體的效果有沒有持續,結果這些老鼠並沒有再長出腫瘤。

CTLA-4 的抗體藥為 Bristol-Myers Squibb 的 Ipilimumab (品牌名為 Yervoy),用來治療黑色素瘤(melanoma)。

讓京都大學的本庶佑得獎的是 PD-1,他發現這個蛋白質會表現在快死掉的 T-cells 的細胞膜表面,因此稱它為 programmed death 1 (PD-1)。PD-1 是 B7 家族的成員之一,其配位基(ligand)為 PD-L1 和 PD-L2。本庶佑和其團隊發現 PD-L1 和 B7 會一同表現在 APC 表面上外,其包括了被活化了的 blood monocytes。他們也發現,除了被活化的 APC 會表現 PD-L1,非免疫細胞的心臟和肺的組織細胞也會表現 PD-L1,它和 PD-1 結合會抑制淋巴細胞活化和繁衍;PD-L2 表現在正常的 dendritic cells 表面,和 PD-1 結合則會抑制 T cell 活化。

後來,他們和另一組研究團隊發現癌細胞也會表現 PD-L1,並且因此逃過免疫系統的偵測。之後,本庶佑和其團隊發現黑色素癌細胞(melanoma cells)無法在沒有 PD-1 的老鼠(PD-1 -/-)體內擴散,在沒有 PD-1 的情況下,CTLs 聚集在癌細胞,並且其活動力也加強了。他們同時也用了抗 PD-1 的抗體測試,發現 anti-PD1 mAb 抑制了老鼠肝臟裡癌細胞的生長,在大腸和肺的測試也得到同樣效果,阻斷 PD-1 和 PD-L1 之間的 interaction 可以抑制癌細胞生長。

雖然這兩個蛋白質都被稱為免疫機制裡的 checkpoint,然而目前臨床上的結果顯示 anti-PD-1 抗癌效果比 anti-CTLA-4 還要好。



Articles:

2018 Nobel Prize in Physiology and Medicine

Science / Cancer immunotherapy pioneers win medicine Nobel (Oct 2018)

Technology Networks / James P. Allison & Tasuku Honjo Win 2018 Nobel Prize for Medicine (Oct 2018)


Papers:

DR Leach et al, Enhancement of Antitumor Immunity by CTLA-4 Blockade. Science (1996)

M Alegre et al, T-cell regulation by CD28 and CTLA-4. Nature Reviews Immology (2001)

GJ Freeman et al, Engagement of the PD-1 Immunoinhibitory Receptor by a Novel B7 Family Member Leads to Negative Regulation of Lymphocyte Activation. JEM (2000)

Y Iwai et al, PD-1 blockade inhibits hematogenous spread of poorly immunogenic tumor cells by enhanced recruitment of effector T cells. Int Immunology (2004)










2018年2月4日 星期日

關於抗體和抗體藥的一些小知識

近幾年來抗體藥變得頗為流行,不少藥廠研發抗體藥,其中包括治療阿茲罕默症的 aducanumab 和 solanezumab。藥名後面為 -mab 的代表是抗體藥,-mab 即為 mAb (monoclonal antibody)。


Figure / Wiki - Drug nomenclature(點圖可以放大)

學名藥命名方式可參考這:Generic Name Stems

大家都知道抗體 IgG 長什麼樣子吧?就是兩個 heavy chains 和兩個 light chains,辨認抗原(antigen)的那端是 Fv (variable regions),另一端則是會被醣化(glycosylation)和引發免疫反應的 Fc (constant regions)。但是,你知道嗎?駱駝(camelid, llama)的體內有兩種抗體哦哦哦!一種是跟人類一樣的 IgG,另一種是只有 heavy chains 的抗體(HCAbs),這種特別的抗體的 Fv 叫做 VHH (下圖),又稱 nanobodies (Nbs),雖然只有 heavy chain,但是對抗原的 binding affinity 並沒有比較弱,加上體積小,可以用來做抗體藥。


Figure / P. Holier & P. J. Hudson, Nature Biotechnology 2005 (doi: 10.1038/nbt1142)

簡單來說抗體藥有幾種,一種是整個 IgG,一種是只有 Fab,或甚至是只有 Fv,近來更小的 single-chain Fv (scFv) 和 VHH (Nbs) 也引起關注,這兩種小抗體有個好處,就是比完整的 IgG 更容易穿透細胞,也容易被清洗掉(這點有好也有壞,要看用在哪),而且因為小又沒有 Fc,所以打入體內做為治療時不會引起不必要的免疫反應。

目前做抗體藥的方法有分三種,一種是大家比較知道的 in vivo,先打到動物裡,再取出 B cells 和 myeloma 合成 hybridomas 生產 monoclonal antibody。另一種是在 E. coli 裡面製造,這種大家應該也知道,在細菌裡面製造的優勢就是量大且便宜。最後一種是在酵母菌裡面製造,在酵母菌製造的優勢也是量大且便宜,但比細菌好的是它是 eukaryotic。

因為正常情況下,Fc 的部分會醣化,所以如果要做整個 IgG 的話,最好是在 mammalian cells 裡面製造,就是用 hybridomas,因為細菌並沒有 glycosylation,所以如果用細菌的話,還要再另外 in vitro glycosylation,這麼麻煩的話為什麼還要用細菌呢?如果你是要製造 Fab 或是 scFv 的話,因為不需要 glycosylation,這時候用細菌就可以省時省錢。

酵母菌的話,則是可以用來製造 IgG 或是 Fab, scFv。但是酵母菌的 glycosylation 和人類的不一樣,酵母菌的只有 mannose,生產出來的會附帶大量的 mannose,但是人類的是比較複雜的,通常不只有 mannose,還有 galactose 和 sialic acids 等等,所以需要改造酵母的基因,讓它能夠生產 galactose 和 sialic acid。所以同樣的,如果只是製造 Fab 或是 scFv 的話,用酵母菌會比用動物便宜。如果要製造整個 IgG 的話,雖然比較複雜一點,但是如果基因調控好了,除了可以大量生產外,還可以控制抗體的品質,省錢省時間。另外就是利用酵母菌的話,生產的蛋白質可以讓它釋放出來到培養液中,這樣純化起來會比較容易。


Figure / Jens Nielsen, Bioengineered 2013 (doi: 10.4161/bioe.22856)

當然用 E. coli 或酵母菌的話,不只能製造抗體藥,其他的蛋白質藥物也可以,例如目前市面上已有用酵母菌生產的胰島素(by Novo Nordisk)。

有興趣的可以看下面幾篇 papers。


[05.12.2018 update]

這次 Science 發了這篇文章介紹我之前講的駱駝和鯊魚的小抗體。駱駝和鯊魚除了有正常的 IgG 抗體外,還有一種小抗體,是只有 heavy chain 的抗體。這種小抗體有跟正常抗體一樣的功能,同樣能抓住抗原(antigen),是免疫系統的一部份,在外來物體入侵時,體內會產生免疫反應製造出這些小抗體。小抗體的 variable region,也就是 VHH,又稱 nanobodies,近年被廣泛研究,看是否能用在治療疾病上面。Nanobody 的其中一種用法就是在它的一端接上讓蛋白降解訊息片段(signal sequence),例如 degron,這樣當 nanobody 抓到致病蛋白後,接著就會被帶去 proteasome 或是 lysosome 進行降解。

相關舊文:降解蛋白質的密碼(degron)

小抗體的發現是個意外,VUB 的學生想要分析血液和疾病的關聯的時候,因為不想殺老鼠取血,便想到了冷凍庫有駱駝寫的庫存,拿來用後卻發現駱駝血裡面除了有正常的 IgG,還有一種小型的抗體,研究後發現是沒有 light chain 的抗體。之後英國的博士生想要研究駱駝的小抗體,便請 VUB 的研究人員寄血液檢體砍他,沒想到在運送過程中血液莫名弄丟了。不過呢,之後他發現鯊魚血液裡也有這種只有 heavy chain 的小抗體。(這真是太神奇了,為什麼研究會從駱駝跳到鯊魚呢?)

Nanobody 也讓 Kobeilka 得到 2012 年的諾貝爾化學獎,Kobeilka 研究的是 β2-adrenergic receptor,他利用 nanobodies 把 receptor 鎖在 active state 以研究其 crystal structure,他把結果發表在 2011 年的 Nature,之後便在 2012 年因這項研究得到諾貝爾獎。



References:

Science / Mini-antibodies discovered in sharks and camels could lead to drugs for cancer and other diseases (May 2018)

S. Steeland et al, Nanobodies as therapeutics: big opportunities for small antibodies. Drug Discovery Today (2016)

P. Holliger & P.J. Hudson, Engineered antibody fragments and the rise of single domains. Nature Biotechnology (2005)

Rasmussen et al, Structure of a nanobody-stabilized active state of the β2 adrenoceptor. Nature (2011)