2024年11月11日 星期一

ZBiotics —— 賣解酒益生菌的公司

大家有在喝解酒液嗎?說到解酒液,大概數韓國的最有名?每次看韓綜都覺得韓國人好猛,可以喝酒喝到半夜兩三點,但是隔天早上照常上班,他們的解酒液那麼厲害?

好奇估狗了韓國有哪些解酒產品,發現熱門產品主要是 Condition(還是朴敘俊代言的)和 Easy Tomorrow 的解酒液和解酒果凍,看了一下裡面的成分,有幾個是大部分解酒液或解酒果凍都有的,例如酵母萃取物、水飛薊萃取物,還有枳椇子好像是最近的熱門解酒成分。

不過酵母萃取物是什麼呢?有哪些酵母?是可以產生分解酒精的酵素 ALDH2 嗎?我沒找到答案。

但是,這幾年有一家公司是做可以表現 ALDH2 的解酒益生菌,一樣在喝酒前喝下他們的益生菌,可以減輕你的宿醉。

這家公司是我同事在找資料時找到的,叫 ZBiotics。

關於 ZBiotics


ZBiotics 於 2016 年成立於舊金山,主打是基改益生菌,他們目前主要產品是 2019 年上市的解酒飲料,和市面上的解酒液不同的是它們是用基改的乳酸菌。

ZBiotics 的創辦人為 Zack Abbott 和 Stephen Lamb。

Lamb 是賓州大學法律系畢業,之後唸了一個 MBA,在創立這家公司之前做過的事不少,包括房地產經紀和跨國交易等等,現為公司的 COO。

Abbott 則是位生物學家,大學是在柏克萊大學唸的,2015 年於密西根大學拿到博士學位,專攻細菌的基因調控,並從中得到基改益生菌的點子。他有很多事想做,最後選擇了做改善宿醉的基改益生菌,讓益生菌大量表現可以分解酒精的 ALDH2。

2016 年,他在柏克萊租了一間實驗室後就開始他的基改益生菌實驗,埋首做了一年後,他完成了。接著,就是要把產品上市,這時候他需要一個團隊,並成立一間公司,於是 2017 年五月他找了剛從賓州大學 MBA/JD 畢業的 Lamb 一起成立 ZBiotics。

要賣產品就要先知道它的市場接受度,可是當時正流行非基改食物(non-GMO),所以他們需要更賣力的推廣產品。他們搬到了舊金山,Zack 努力生產基改益生菌,他可以 36 個小時內產出 200 個試用品。一週三天,他們開車到舊金山市區,把他們新鮮的益生菌產品 ZB 介紹給朋友和潛在投資者,結果廣受好評。

2018 年他們加入 YC 加速器,並獲得獲得 $120K,種子輪總共獲得 $5.1M,之後開始組團隊,接下來的兩年做各種準備,終於在 2019 年時他們的第一個產品上市。

2024 年三月,他們的 A 輪募資募到了美金 $12M,領銜投資者(lead investor)為 Spring Tide Capital,其他的投資者包括 Access Capital, Seamless Capital, Goat Rodeo Capital 和 Seaside Ventures,至今共募得資金 $17.2M,並於九月將第二個產品上市。

技術:基改益生菌


簡單來說就是基因改造,把想要的蛋白基因插入細菌的基因體,讓它可以大量表現該蛋白。

為什麼不直接賣純化的 ALDH2 或其他蛋白?

有做相關產業的大概可以猜到答案,純化蛋白貴很多!而且純化後的蛋白需要冷藏,存放在室溫會不穩定,以至於很容易降解或喪失活性,另外就是就算常溫保存也很穩定的話,蛋白質進到胃裡面也會被降解。

益生菌的部分他選擇估草桿菌(Bacillus subtilis),因為可以常溫保存外,枯草桿菌是屬於孢子生殖(sporulation)型的菌種,而且生成的是內孢子(endospore)。

有些細菌在艱困環境中會有抗壓反應(stress response),其中一種就是生成內孢子,它會把複製的基因體擠到細胞的一端形成孢子進入休眠狀態(dormant),從母體中釋放出來,等到環境變好了,內孢子才開始生長活動(germination)。

內孢子的外層很堅固,可以在高溫或缺水的環境下生存,如果器具被內孢子污染到,需要滅菌過滅菌。

這也是他們選擇枯草桿菌的原因之一,細菌可以在胃酸中存活,然後在進到腸道中後活躍起來,開始製造蛋白。

為什麼會宿醉?


造成宿醉的原因有幾個,包括脫水、電解質不平衡,以及酒精引起的血管舒張,可能造成頭痛外,還有就是酒精代謝物乙醛(acetaldehyde)的堆積。

酒精的代謝分成兩個步驟:

1. ADH 把酒精(乙醇)分解成乙醛
2. ALDH2 把乙醛分解成醋酸(acetate)



大多數人在喝了酒之後,肝臟中乙醛會被快速代謝為醋酸鹽,使其不會堆積,不過喝太多的話可能會因為來不及代謝而造成乙醛堆積,過多的堆積會讓人感到不適,包括脈搏變快、流汗、皮膚變紅、噁心反胃,甚至嘔吐。

大家可能知道,亞洲人喝酒會臉紅是因為分解乙醇的酵素 ALDH2 基因帶有 E504K 變異,使酵素的功能降低了 60%-80%,如果兩個 ALDH2 基因都帶有變異,那體內能分解乙醇的 ALDH2 只剩下 10%。

ZBiotics 的產品


他們目前有兩個產品:Pre-Alcohol 和 Sugar-to-Fiber

Pre-Alcohol


雖然肝臟可以快速把酒精代謝成醋酸鹽,不過他們也觀察到有少部分的酒精是在腸道裡被分解,而腸胃道沒有足夠的 ALDH,無法快速代謝到乙醛。他們也發現有文獻顯示腸道裡的乙醛濃度是血液中的 5-10 倍,他們認為血中的乙醛是從腸道來的,腸道的乙醛最終會經由血液到肝臟代謝掉,但這個過程有點太慢,因此也是造成宿醉的原因之一。

他們認為,如果一開始就可以降解掉腸道裡的乙醛,就可以減輕或避免宿醉改,於是想到用枯草桿菌來把 ALDH2 送進腸道中。

他們的基改枯草桿菌株(Bacillus subtilis) ZB183™ 可以大量表現 ALDH2 來降解乙醛,主打在喝酒前先喝基改益生菌就可以讓狂喝又不會宿醉。

價格:三瓶的話是每瓶 $12 鎂

Reddit 上有人說有效,有人說只有第一次喝有效,之後就很慘。不過,Reddit 上的評論還是多,於是上 Amazon 看評論,發現其實滿高的,一千多個評價還有 4.4 顆星。

Sugar-to-Fiber


美國的飲食文化普遍不太健康,糖類太多而纖維素不足,導致腸胃道菌落無法健康生長。他們基改的枯草桿菌菌株 ZB423™ 可以大量表現果聚糖蔗糖酶(levansucrase),果聚糖蔗糖酶會把蔗糖分解成葡萄糖和果糖後,再把果糖串成果聚糖 levan。西方飲食裡很少有 levan,但納豆裡很多,它是水溶性纖維。



價格:採訂閱制,一罐 28 包共 $60 鎂,每包 $2.14。如果只想試一次看看的話,就是原價一罐 $80,相當於每包 $2.86。

今年九月才上市,目前沒看到有評論,

好奇估狗了一下果聚糖蔗糖酶的反應,發現枯草桿菌(Bacillus subtilis 168)本身就有這個酵素(SacB),不知道 ZBiotics 的有什麼不同?

不負責任感想


我在找解酒液成分的同時,發現韓國 Condition inno.N 解酒果凍和 Easy Tomorrow Q.one 解酒果凍很熱門,網路評論說效果很好,隔天完全無感。不過,可能因為是韓國的,美加 Amazon 的選項不多,大多是解酒丸和解酒果凍,而且比 ZBiotics 便宜很多,評價數量不多但也都有 4 顆星以上。如果是這樣的話,感覺韓國產品的解酒產品接受度會比較高,畢竟大多數人可能還是不是很喜歡 GMO,如果它又比較貴的話,除非它有解酒以外的的功效,例如護肝。

為什麼這麼說呢?一樣在找解酒成分的時候,看到有文章強調枳椇子只能解酒無法護肝,但是如果基改益生菌可以呢?會這麼說是因為看到有文獻的老鼠實驗顯示表現 ADH 和 ALDH2 的枯草桿菌可以減緩酒精引起的肝指數,如果 ZBiotics 可以提供此類證明,搞不好是個賣點。



另外,我比較訝異的是在讀創業過程的時候,看到他拿解酒益生菌去舊金山發給別想試喝時,竟然有人敢喝?!身為在實驗室工作,也有接觸乳酸菌的人,無法想像直接把實驗室裡的東西拿出去到處發給別人試喝,也許他有做過什麼處理,只是沒寫在公司部落格中,但還是 ⋯⋯ 只能說,如果我知道是直接從實驗室拿出來的,我不敢喝啊啊啊!

至於 Sugar-to-Fiber,我是不知道在有纖維粉可以吃的情況下,有多少人會吃益生菌,也許有人看中益生菌本身就對身體有益的附加價值?不過枯草桿菌本身就有果聚糖蔗糖酶的話,為什麼要特別去吃基改的?他們的果聚糖蔗糖酶轉換成 laven 的效率比較好嗎?我個人比較傾向直接吃蔬菜啦!



References:

ZBiotics 官網

ZBiotics - Funding, Financials, Valuation & Investors

Creating a Company Around Genetically Engineered Probiotics: ZBiotics & Zack Abbott, PhD — CuriousKocab

ZBiotics raises $12m Series A for its 'proudly GMO' probiotics

Proudly GMO: ZBiotics targets hangovers with designer probiotics










2024年11月9日 星期六

你以為只有人類是飽暖思淫慾嗎?老鼠也是!

食物和性愛,如果只能選一個,你選哪個?

動物先天的生理行為除了吃喝拉撒睡外,還有社交和交配等等,人類的選擇可能會有所不同,但對動物來說,哪個比較重要呢?

側下視丘(lateral hypothalamus)是進食中樞


大腦中的側下視丘(lateral hypothalamus, LH)是進食中樞,因為裡面有會分泌瘦體素(leptin)的神經元,而瘦體素又和食慾有關。

德國科隆大學(University of Cologne)的神經學家 Korotkova 和其團隊想知道老鼠的選擇,於是研究了側下視丘中的神經元,看看分泌瘦體素的神經元是如何影響進食和非進食行為,例如社交和情慾交流,以及怎麽影響食物和社交在老鼠心中的優先順序。

研究人員將顯微鏡固定在老鼠頭上,利用光遺傳學(optogenetics)來觀察側下視丘中表現瘦體素素受體(leptin receptors)的神經元(LepR-expressing LH neurons, LepRLH),以及分泌神經調壓素(neurotensin, NtsLH)的神經元的活動,這樣當老鼠探索環境和進行社交活動時,就可以觀察個別神經元的活動。

瘦體素神經元和報復性飲食


瘦體素是一種抑制食慾的激素,通常是在能量飽滿時產生的。它會讓動物有飽足感,不再繼續攝取能量,而飽足感可以讓動物將注意力從食物上重新集中到其他事情上。

他們用影像來觀察老鼠側下視丘裡的瘦體素神經元對食物的反應,看有食物的時候,哪些神經元比較活躍,或是被抑制。

老鼠先是有吃不完的食物和水,讓牠們進入飽足的狀態,接著節食 24 個小時(急性節食),之後讓牠們有兩個小時的吃到飽時間,然後再讓牠們節食五天(慢性節食),在每個階段都觀察牠們的進食行為,以及神經元的反應。在老鼠處於吃到飽環境的時候,也同時觀察牠們的進食行為,並分成兩種:一種是吃得比平均多的不節制老鼠,另一組是吃的比較少的有自制力老鼠。

他們發現有一半以上的瘦體素神經元不只會對食物有反應,當老鼠吃多了的時候也會有反應。其中有的神經元在看到食物的時候會被激發,也就是 food-excited LepR-LH neurons,這時候會產生飽足感,並降低食慾;有的瘦體素神經元的則是被抑制,即為 food-inhibited LepR-LH neurons,這時候會增加進食。

他們也發現在急性節食後,雖然體重減少了 5%,但之後有輕微的報復性飲食。而節食五天後,體中雖然減了 15%,但後的報復性飲食比較高。另外,不節制老鼠在節食後,leptin receptor-expressing (LepRLH) 神經元會被抑制,報復性飲食的情況也比自制力老鼠嚴重。如果用燈光去激發瘦體素神經元的話,可以抑制報復性飲食。

由此看來,瘦體素很重要。

他們把瘦體素打進老鼠體內後,跟之前的研究結果一致,瘦體素降低了老鼠的進食。在和節食後再看到食物後會有反應的神經元比較後,發現瘦體素會激發那些會被食物激發的神經元。

瘦體素也會影響飲水多寡


接者,他們想知道瘦體素神經元除了調節進食外,是不是也調節進水。

他們一樣先讓老鼠無限暢飲後限制他們喝水,造成牠們生理上需要水的情形,然後觀察瘦體素神經元的反應。

他們發現不管生理上有沒有缺水,神經元都會對水有反應。在生理缺水的情況下,水選擇性(water-selective)的神經元會被抑制。如果這些神經元被激發的話,就算老鼠渴了也不太會喝水。

食物和情慾交流之間,老鼠選擇哪個?


瘦素會讓人感到滿足,會因此讓老鼠改變選擇嗎?

他們發現,被注射瘦體素的老鼠,除了飲食減少外,社交活動卻增加了。他們想知道,食物、水和情慾交流在老鼠心中的排序是如何,是否也是被瘦體素調控。

他們把公鼠放在一個有食物、有水、有妹子的環境,看看瘦體素神經元有何反應。

他們發現老鼠吃飯時,LepRLH 神經元會被抑制,但當老鼠與未來有可能一起啪啪啪的異性(潛在啪啪啪夥伴)進行互動時,同樣的 LepRLH 神經元中有 60% 會被活化,而當老鼠與相同性別的老鼠互動時,這些神經元並沒有被活化。

有趣的是當他們刺激 LepRLH 神經元的時候,吃到飽老鼠幾乎不受影響,但突然沒宵夜吃而很餓的老鼠吃東西的速度不但變慢外,還會花更多時間與潛在啪啪啪夥伴進行社交。而一直被節食而長期處於挨餓狀態的老鼠,LepRLH 神經元被活化後的食慾並沒有因此改變。

令人訝異的是就算老鼠被餓了一天,只要用光啟動瘦體素神經元,老鼠會在性和食物之間選擇性。不過,如果餓了五天的話,食物還是比較重要,因為餓到沒力氣的話,就算有性也心有餘而力不足。



那有沒有和受體素相反的神經元呢?研究團隊發現有的神經元會分泌一個叫神經調壓素(neurotensin)的賀爾蒙,刺激這些神經元的話,老鼠會在水、食物和情慾交流之間選擇水。



Articles:

Nature | Sex, food or water? How mice decide (2023)

Technology Networks | Mice Choose Sex Over Food, Even When Hungry


Publications:

A Petzold, HE van den Munkhof, R Figge-Schlensok & T Korotkova. Complementary lateral hypothalamic populations resist hunger pressure to balance nutritional and social needs. Cell Metab (2023) DOI: 10.1016/j.cmet.2023.02.008










2024年10月5日 星期六

貓為什麼愛玩木天蓼(マタタビ)和貓薄荷?

眾所周知,貓會玩貓薄荷(catnip, Nepeta cataria)和木天蓼(Silvervine, Actinidia polygama; 日文 またたび),玩的方式包括舔、咬、摩擦臉和頭以及打滾。

不過,沒人知道為什麼貓會這麼愛玩木天寥和貓薄荷。日本岩手大學和名古屋大學,以及英國研究團隊對這種神秘行為進行了調查,發現了一個出乎意料的原因。

什麼是木天寥(マタタビ)?


木天蓼的日文是マタタビ,是一種落葉藤本植物,分佈於日本、中國和朝鮮半島。貓聞到這種氣味的時候會表現出「マタタビ反応」,例如舔、咬、摩擦臉和頭部以及打滾。日本人一直以來都熟悉貓在接觸マタタビ後的反應,並且在江戶時代的浮世繪和農業書籍中都有記載,甚至還有一句諺語和此有關 ——「猫にマタタビ」,是一個用來形容「非常喜歡的東西』或有「很大的影響」的諺語,大概就是桃子對於我來說就像是貓的マタタビ這樣吧。其他貓科動物,如豹和獅子,也對木天寥有同樣的反應。

然而,為什麼只有貓科動物才會有這樣的反應呢?

名古屋大學生物農業科學研究生院教授西川俊夫多年來一直對這個問題感到好奇,並想找出答案。然而,西川的專業是有機化學,也和貓不熟,於是他找了岩手大學裡和貓很熟的的宮崎雅雄教授一起研究。

宮崎教授專門研究貓的行為和生理學,他會答應要一起研究是因為對マタタビ反應也很感興趣,而且其中引起マタタビ反應的化學物質在市面上買不到外,也很少有人可以合成出來。

マタタビ葉子中讓貓咪感到愉快的 nepetalactol


據說在 60多年前,大阪市立大學名譽教授目武雄等人發現,マタタビ反應是因為マタタビ中含有多種被稱為「マタタビラクトン」的物質。

西川和宮崎的研究團隊在經過分析後,發現貓薄荷和木天蓼的葉子中的マタタビラクトン即是含有 iridoids 的化學物質,包括 nepetalactol 和 nepetalactone。他們決定先找出マタタビラクトン中可以引起貓反應的最強物質,他們用 GC/MS 分離出各個 fractions 後,用貓來測試哪個能讓貓感到愉悅。在找出是 nepetalactol 後,把濾紙泡在 nepetalactol 後再讓貓聞來確認,果然貓會用臉去摩擦用 nepetalactol 泡過的濾紙。

他們測試了25 隻實驗室貓,30 隻野生貓以及幾隻大型貓科動物,包括一隻東北豹,兩隻美洲豹和兩隻歐亞山貓,看牠們對浸泡過 nepetalactol 的濾紙有何反應,結果發現所有貓都對泡過 nepetalactol 的濾紙有反應。相較之下,狗和實驗室小鼠對泡過 nepetalactol 的濾紙興致缺缺。

此外,他們也和大阪天王寺動物園,以及神戶市王子動物園合作,用大型貓科動物來實驗牠們對 nepetalactol 的反應,結果美洲虎、阿穆爾豹和西伯利亞山貓都有マタタビ反應。基於這些結果,確認了 nepetalactol 是導致貓咪出現マタタビ反應的重要物質。

Nepetalactol 會讓貓咪產生腦內啡


當貓出現マタタビ反應時會看起來很陶醉,到底マタタビ是怎麼影響著貓的大腦?

在人類身上,讓人感到愉悅的是當 μ-opioid 神經系統活躍起來的時候。

研究團隊認為,マタタビ反應也可能也是因為鴉片獎勵系統。

為了測試貓的マタタビ反應是否也是受到鴉片獎勵系統的調控,他們讓貓接觸 nepetalactol 以誘發マタタビ反應,然後在反應前後採集血樣,檢查腦內啡(β-endorphin)濃度的變化,β-endorphin 是大腦中活化 μ-opioid 系統的神經傳導物質。

他們發現,β-endorphin 的濃度在マタタビ反應後增加,而當他們用藥物抑制了 μ-opioid 受體後,nepetalactol 便無法讓貓有陶醉的感覺。也就是說,マタタビ 會啟動 μ-opioid 獎勵系統,讓貓感到愉悅。



貓薄荷也吸引貓,只是它的主要成分是 nepetalactone


木天蓼和貓薄荷葉子對貓的吸引力是一樣的,不過貓薄荷和木天蓼被揉爛後散發的化學成分不太一樣,木天蓼的是很多成分混合的雞尾酒,但是以 nepetalactol 為主,而貓薄荷在被咬爛後散發出來的只有 nepetalactone,且在揉爛或咬爛後,釋放出的活性成分增加了 20 倍,還是マタタビ的 40 倍。

木天蓼葉子本身就可以讓貓快樂,為什麼還要咬它?


1950 年代的研究顯示,貓可以嗅出葉子裡的マタタビラクトン。

貓只要舔和打滾就可以很開心了,為什麼還要咬和搓揉葉子?

研究團隊於是近一步分析沒被咬過、完整的木天蓼葉子和被貓咬爛,以及被人手揉捲的葉子裡面的化學成分,發現被貓咬爛和被手揉爛的葉子散發的 iridoids 量比較多,種類也較多,很少有單一種化學物較高,通常是五種不同的化學物混合在一起而成的木天蓼化學物雞尾酒。

咬爛的マタタビ與完整的マタタビ相比,nepetalactol 和マタタビラクトン的總釋放量增加了 10 倍以上。在完整的葉子中,80% 以上的活性成分是 nepetalactol,但在受損的葉子中,nepetalactol 和マタタビラクトン的成分比例約為 50-50。

接著,他們測試了貓對木天蓼雞尾酒的反應,他們把完整的葉子和被揉爛的葉子放在盤子上,遞到貓前面,發現貓對被揉爛的葉子比較有興趣,會一直去舔它和玩它。接著,研究人員合成了這些木天蓼雞尾酒,貓同樣也很愛這個合成的木天蓼雞尾酒,貓喜歡這種混合協調的味道勝過於單一的味道。

之前,人們以為是木天蓼裡的 nepetalactol 深深吸引著貓,但這個研究發現,雖然天然木天蓼雞尾酒裡 nepetalactol 本來就比較高,貓還是喜歡木天蓼雞尾酒勝於單一的 nepetalactol。

マタタビ還有驅蚊的效用


在之前的研究中,他們發現マタタビ中的 iridoids 可以有效驅除白線斑蚊(Aedes albopictus),也許貓這麼喜歡在葉子上打滾玩耍是為了驅蚊?

他們把一個裝有 nepetalactol 的盤子、一個裝有マタタビ的盤子和一個什麼都沒有裝的盤子放在裝有大約 20 隻蚊子的箱子裡後,觀察了 10 分鐘,發現蚊子明顯飛離了 nepetalactol 和マタタビ。

同樣,在一個裝有 30 隻蚊子的籠子內,停在塗有 nepetalactol 貓咪上的蚊子只有未塗抹貓咪的一半。另外,當貓在玩木天蓼葉子的時候,吸引到的蚊子也只有沒玩的一半。顯然,貓咪確實因為 nepetalactol 變得不容易被蚊子叮咬。

除此之外,比起被咬爛的貓薄荷葉子,被揉捲起來的葉子比較吸引貓,驅蚊力也比較強。不過,和木天蓼雞尾酒相比,需要較大量的貓薄荷雞尾酒才能達到同樣吸引貓和驅蚊的效果,葉子本身的吸引效果是一樣的是因為貓薄荷散發的化學物本就比較多。

岩手大學和名古屋大學的研究團隊已申請了專利,可能開發出針對傳播日本腦炎和 Zika 熱等傳染病的驅蚊劑。

マタタビ是個可以放心讓貓玩的好東西


貓被訓養後,最怕的就是無聊,為了不讓貓咪感到無聊,市面上很多貓玩具,有些貓玩具會有味道,讓貓可以玩得更開心。除了貓玩具外,貓薄荷和マタタビ也會用來給貓玩,由於貓玩了之後會出現一種類似上癮的陶醉反應,因此貓奴們會擔心是否會有讓貓上癮的危險。

研究團隊測試了不同比例的成分,發現比起完整マタタビ葉子中 nepetalactol:other iridoids 為 9:1 比例,貓最喜歡 nepetalactol:other iridoids 為 1:1 的比例。另外,他們也發現貓在長時間暴露在マタタビ下之後,並沒有上癮的狀況,也沒有讓貓感到壓力,對肝和腎臟也沒影響,因此可以放心的讓貓咪玩。



Articles:

Intoxicating chemicals in catnip and silver v | EurekAlert!

ネコがマタタビ好きな理由を解明した宮崎雅雄教授に、奥深いネコの魅力を聞いてみた! | リケラボ

ネコのマタタビ反応の謎を解く 第2弾! ~完全肉食のネコがマタタビを舐めたり噛んだりする理由が明らかに~|国立大学法人 岩手大学

「ネコにマタタビ」は蚊を避けるため 謎の行動を遂に解明 | Science Portal - 科学技術の最新情報サイト「サイエンスポータル」

Cats’ strange reactions to catnip make it a better insect repellent | EurekAlert!

Catnip’s insect-repelling powers grow as Puss chews on it

When Cats Chew Catnip, It Works as a Bug Spray | Science| Smithsonian Magazine

「ネコにマタタビ」は蚊を避けるため 謎の行動を遂に解明 | Science Portal - 科学技術の最新情報サイト「サイエンスポータル」

ネコがマタタビをなめ、かむのは、防虫効果を高めるため 岩手大など | Science Portal - 科学技術の最新情報サイト「サイエンスポータル」


Papers:

The characteristic response of domestic cats to plant iridoids allows them to gain chemical defense against mosquitoes. Science Advances (2021) DOI: 10.1126/sciadv.abd9135

Domestic cat damage to plant leaves containing iridoids enhances chemical repellency to pests. iScience (2022) DOI: 10.1016/j.isci.2022.104455

R Uenoyama, S Ooka et al. Assessing the safety and suitability of using silver vine as an olfactory enrichment for cats. iScience (2023) DOI: 10.1016/j.isci.2023.107848

M Miyazaki & R Uenoyama. Chemical Pest Defense by the Innate Response to Silver Vine and Catnip Plants in the Domestic Cat. Chemical Signals in Vertebrates (2023) DOI: 10.1007/978-3-031-35159-4_21










2024年9月30日 星期一

藥物開發的流程 - Discovery & Development

(這篇是 Novartis 開在 Coursera 上的 GCP 課程,如果有人好奇是在上什麼的話,可以參考這篇,基本上分成三堂課,總共約十個小時,一天就可完成。)

開發藥物的目的就是治療疾病,在開始之前要先知道你想治療什麼疾病,它致病的機制是什麼,針對機制來開發標靶藥物,例如某傳染病是由某個病毒感染所造成的,你就會需要知道病毒是透過什麼蛋白進入細胞的,它進入細胞後是怎麼繁殖的,哪個病毒蛋白最重要,之後就可以針對這個蛋白設計藥物,像是抑制該病毒蛋白的小分子等等。

藥物開發是一個很漫長且花費極大的過程,一顆藥物的研發通常需要超過十年,根據 Pharma 的報告,一顆藥物需要約 $2.6B。

藥物開發(Drug Development)


藥物開發分為兩個階段:Discovery & Development

Discovery


Discovery 又分為幾個階段:

* 探索 (Exploratory):研究要針對哪些疾病,它的致病機制和致病的蛋白、基因等等,例如帕金森氏症(Parkinson’s disease, PD)是因為神經細胞裡的 α-synuclein aggregation 造成 Lewy bodies (LB),進而導致神經細胞死亡,因此可以針對 α-synuclein 開發藥物。

* 發現 (Discovery):從上萬種大小分子中找到針對目標蛋白的藥物

* 最佳化 (Optimization):改善藥物療效和安全性等等

* 臨床前期 (Pre-clinical):老鼠試驗,確定是否適合人體,以及估算使用在人體上的劑量。

Development


Development 基本上就是臨床試驗,分成四期:

第一期 Phase I:測試藥物安全性,通常是用健康個體,人數少於 100。癌症藥物是例外,因為癌症藥物通常都有毒性,在健康個體上測試不符合醫學倫理,所以第一期會直接在患者身上試驗。

第二期 Phase II: 測試藥物療效以及最佳劑量,通常超過百人。

第三期 Phase III:
* 確認第二期的結果,以及藥物使用風險,是否比現有的治療藥好,通常超過千人。
* 需要整理資料和相關檔案成 registration dossier 送審,包括藥物療效和安全性。
* 上市後也要持續追蹤其安全性

第四期 Phase IV: 在藥物核准並上市後繼續追蹤其安全性,收集第三期未能收集到的資料,例如藥物在各種族裔上的療效和安全性。

臨床試驗流程


臨床試驗通常有幾個步驟,包括:

1. 建立臨床研究計畫:這個部分由藥廠執行,內容包括:

* 病患的資格標準(eligibility criteria):又稱 inclusion/exclusion criteria,根據藥物決定患者標準,例如年齡、性別等等。
* 藥物劑量和安慰劑
* 治療方式:該疾病現有的標準治療方式(Standard of Care)是什麼?有些臨床試驗是和目前的治療相比,看療效有沒有比較好。
* 療效測量標準和方式
* 臨床資料收集和管理方式及流程

2. 找到配合醫院和負責醫生(Principle Investigator)

主要是看該院有沒有足夠的病患數量、醫院的設備和協助臨床試驗的醫護人員等等,配合的醫護人員需要受過訓練,確定他們能夠依照 SOP 執行。這個部分會由藥廠(Sponsor)派出臨床研究助理(CRA, clinical research associate)去醫院視察,確定配合醫院符合規定,以及確認負責醫生和醫護人員了解細節。

3. 收集必要文件給 IRB (Institutional Review Board)審核

這些文件主要是確認所有流程有符合 GCP 標準,最重要的是要以患者利益和醫學倫理為優先,所有文件需得 IRB 核准後才可以執行,如果中間計畫有微調,也需要報告 IRB,得到許可後才可以開始調整過的步驟。文件包括:

* 研究主持人的 CV:也就是負責的醫生
* 臨床計畫(Study Protocol)
* 研究主持人手冊(Investigator's Brochure)
* 病患招募計畫和流程(Patient Recruitment Materials)
* 病患同意書(Informed Consent Form)
* 財務揭露(Financial Disclosure Form)
* FDA 表格:Form FDA 1572

4. 臨床研究執行

參與人員除了藥廠方負責的 CRA 和主要研究主持人外,還有一位副主持人可以在主要主持人不在的時候做決定等等,參與的醫院除了參與研究的醫護人員外,通常還會有一個 coorindator 來協助研究主持人。
* 追蹤治療狀況
* 是否有不適反應(Adverse Events, AEs)?所有不適反應,尤其是嚴重的反應(serious adverse events, SAEs),都需要寫報告,並且立即通知 sponsor。

5. 臨床研究結束:收集和分析資料後送 FDA 審核

總結


臨床試驗在藥物研發上非常的重要,因此除了實驗設計需要仔細規劃外,各個環節也需要遵守 GCP 規範並得到 IRB 委員核准,而這一切都是為了病患的最大利益著想,確保參與病患的權益和安全不會因參與臨床試驗而受損。



參考資料:

Novartis Clinical Trials: Good Clinical Practice Specialization (Coursera)
PhRMA.Org












2024年9月10日 星期二

貓為什麼愛魚味?🐟

你是貓奴嗎?當你的貓主人食慾不佳的時候,該怎麼辦呢?

英國 Waltham Petcare Science Institute 的研究團隊發現,貓的舌頭有うまみ的受體,會微調鮪魚(マグロ)裡富含的某些分子的味道。懂點日文的大概知道,うまみ指的是肉的鮮味,我最先想到的就是烹大師和鰹魚醬油的味道,任何菜只要加了這兩樣就會好吃。XD

人生五味


說到うまみ,就要提一下人生五味:酸、甜、苦、辣、鹹。

啊,不是,是味覺五味!味覺五味是哪五味?

酸味、甘味、苦味、塩味,和第五味的うまみ。

日本食物對台灣人來說應該不陌生,也知道日本高湯,也就是出汁(だし)是用昆布熬煮出來的。1907 年的時候,東京大學的池田菊苗博士想找出昆布高湯的鮮味來源,於是用水熬出 12 公斤昆布的精華來分析。它發現在酸性的情況下,可以產生麩氨酸(glutamic acid)的結晶,但麩氨酸是酸味。當他將麩氨酸溶於水中,並用 NaOH 去中和後,則會產生 MSG (monosodium glutamate)的結晶,也就是大家知道的味精。MSG 的味道和基本四味酸甜苦鹹嚐起來不一樣,他稱之為うまみ,並得到了製造味精的專利,うまみ之後也被國際認證為第五味。而後,日本味の素(Ajinomoto®)的鈴木先生與池田博士共同獲得了味精專利的共同股份,台灣也早在 1910 年透過獨家代理在台販賣。

另一個常被用於熬煮高湯的則是鰹魚(カツオ)。1913 年的時候,池田菊苗的學生小玉慎太郎讓高湯產生鮮味的是 5'-inosinate。爾後,1957 年時,國中明發現 5'-guanylate 也會產生鮮味,為香菇的鮮味來源。

麩氨酸、5'-inosinate 和 5'-guanylate 為うまみ的三個重要分子。

貓的味蕾


貓的味蕾很獨特,牠們沒有可以偵測糖的味蕾,無法嚐到甜味。英國的風味科學家,也是該研究的第一作者 Scott McGrane 解釋,這可能是因為肉中沒有糖,在演化中,如果你不會用到它,那它就會漸漸消失,而且貓味蕾上的苦味受體也比人類少。

那在感受鮮味的受體上,貓和人類有何不同?


人類和大多數動物有兩個偵測うまみ的受體基因 — Tas1r1 和 Tas1r3,這兩基因轉譯後的蛋白會結合在一起成為うまみ的受體。McGrane 和他的同事解剖了因為健康問題而被安樂死的六歲公貓的舌頭,做了基因定序後發現,貓的味蕾同樣有 Tas1r1 和 Tas1r3 基因,但是和人類的基因序列比對後,發現的兩個不同之處。

人類的うまみ受體有兩個重要位置,也就是 Tas1r1 上在 170 和 302 上的丙胺酸(alanine),會和食物中游離的麩胺酸(glutamic acid)和天門冬胺酸(aspartic acid)結合,活化うまみ受體,但是這兩個位置在貓的うまみ受體上是突變的(ALA170GLU, ALA302AS),這對貓的味覺有何影響?

研究團隊基改了培養細胞,讓它們在細胞表面表現うまみ受體,然後加入各種氨基酸和核苷酸(nucleotides),看看細胞有什麼反應。他們發現,人類的うまみ受體會先和氨基酸結合,然後核苷酸放大反應,但是貓的うまみ受體則是反過來,核苷酸會先和うまみ受體結合,然後氨基酸放大反應。

貓的うまみ受體對很多核苷酸都有反應,尤其嘌呤(purine)能引起最大的反應,而對單一的氨基酸沒有反應。不過,雖然單一氨基酸引不起反應,但其中有 11 種 L-氨基酸(L-Alanine, L-Asparagine, L-Cysteine, Glycine, L-Histidine, L-Leucine, L-Methionine, L-Phenylalanine, L-Serine, L-Tryptophan, L-Tyrosine)和核甘酸在一起的時候,有加強的效用。由於貓的うまみ受體在 170 和 302 的位置上的突變,L-glutamic acid 和 L-aspartic acid 沒有加強的效用。

貓最喜歡哪味?


在最後的貓體實驗,研究團隊讓 25 隻貓接受味覺考驗,他們放了兩碗水在貓面前,一碗裡面有各種氨基酸和核苷酸,另一碗就只是水,看貓喜歡哪一碗。

如果是你,你喝得出來差別嗎?

貓似乎喝得出來,牠們比較喜歡裡面含有各種氨基酸和核苷酸的水,尤其是裡面含有組氨酸(histidine)和肌苷單磷酸(Inosine 5ʹ-monophosphate, IMP)的這個組合,因為會放大うまみ的味道,而這兩個是鮪魚裡富含的分子。另外,有意思的是貓咪並沒有比較喜歡味精,也就是 MSG (monosodium glutamate, MSG),可能是因為突變,麩胺酸無法活化うまみ受體的緣故。



明治大學農学部裡專門研究味覺演化,熱愛うまみ的分子學家戸田安香表示,這和她的個人經驗相符。當她還是獸醫學生時,如果遇到沒胃口的貓,她就會在貓的食物上撒柴魚片,效果非常好!


Articles:

Science | Why do cats love tuna so much? Scientists may finally know


Publicaitons:

SJ McGrane, M Gibbs, C Hernangomez de Alvaro et al. Umami taste perception and preferences of the domestic cat (Felis catus), an obligate carnivore. Chemical Senses (2023) DOI: 10.1093/chemse/bjad026

K Kurihara. Umami the Fifth Basic Taste: History of Studies on Receptor Mechanisms and Role as a Food Flavor. Biomed Research International (2015) DOI: 10.1155/2015/189402










2024年9月6日 星期五

JobScan 的線上求職講座 - 如何寫履歷?

今天有幾個 JobScan 的線上求職講座,分成履歷、LinkedIn、面試幾個部分,我覺得比較有用的部分都是在講履歷上。LinkedIn 的我覺得還好,很多都是已經知道的,重點就是 About 的地方不要直接從履歷的 Summary 貼過去,要有人味一點。面試的那場普普,就沒有紀錄了。

Key Notes


增加面試機率的幾個點

1. 通常履歷上會寫你的職位是什麼,但是那個職位最好是用你要申請的那個職位,而不是現在的職位,這樣可以增加面試機率。

2. 有附 cover letter,雖然有些人說 hiring manager 沒那麼多時間看,但根據他們的調查分析,有附 cover letter 的話面試機率比較高。

3. Professional Certificates: 有的話就通通放上去,可以增加面試機率 2.9X。

4. 有寫學歷,這點通常都會寫,但找工作的不一定都有接受高等教育,沒有的可能就沒寫,所以他強調要寫學歷。

履歷 Resume


1. 整份履歷不要超過 500 個字

有些人會問履歷要幾頁才好,一頁內還是兩夜?講者說,重點不是幾頁,而是字數,不然大家也是可以把字體縮小到全部塞在一頁啊。

初階、中階的職缺,履歷介於 300 - 500 個字,高階或你有 15 年以上的工作經驗才要到 500 - 600 個字。

為什麼?因為太長人家根本看不完。把你的履歷拿給朋友看,然後計時一分鐘,時間到了以後,問你朋友記得什麼?通常只記得前面的,因為後面都沒看到時間就到了。

不過,LinkedIn 的話就是越長越好,把你所有的工作經驗和 certificates 全都放上去。

2. 用太多的 And 或是 as well as

用 "Ctrl + F" 看看你的履歷上有多少 "and",講者建議不要太多,每句都兩個 "and" 就太多,他通常都會這樣檢視自己的履歷有沒有太多 "and",有的話就刪掉。

為什麼太多 "and" 不好?因為很多 "and" 就表示你的句子太長,不好閱讀。

3. Summary 的地方要有人味

有人味的意思就是要讓人看到你的人格特質,因為大家都是想找個好相處的同事。

這個部分有兩個目的:一是要讓你得到面試,二是要幫助你面試。

幫助面試的意思就是讓你在面試的時候,能夠和 hiring manager 有話題聊。

怎樣才會有人味?

* 要原創:沒有太多人跟你一樣
* 要有價值:就是履歷本身看不出來的
* 非正式:打破正式的語氣

例如:Professional programmer with 5+ years of experience in C++, Python, and Java.

每個人都這樣寫,HR 看幾百份都這樣的,看到都麻木了,然後 5+ yrs of experience 也是在你的工作經驗那邊就看得出來了,不需要在 Summary 的部分再寫一次。

舉例來說,以下這四個介紹,哪個會讓你印象深刻?

A: "Professional programmer with 5+ years of experience in Python, C++, and Java."

B: "Mission-driven, detail-oriented physicist working in the biotech industry for over a decade with 4 years of management experience.”

C: "Dedicated research associate. Detail-oriented, self-disciplined, and organized with strong ability to multitask.”

D: "Marketer, researcher, optimization junkie, named "Marketo All-Star" in 2019, stepped on Larry Page's toes."

看到這個就想到黃大謙的這支影片 🤣:修改你們糟糕的工作履歷



4. 工作內容用列點式,並且要有合理的成就,以這個形式書寫:Power verb - Method/skill - results

例如:Improved ____ through (method/skill), resulting in (% incresase)

這個公式可能大家都聽過,但對我來說困難的點在於有很多工作是很難量化的,那個 % 的數據是怎麼來的?

講者表示,不需要執著於寫一個準確的數字,用估算的數字就好了,沒人有時間去計算你那個數字有沒有算對。

至於要怎麼量化?我的工作內容無法量化怎麼辦?例如我只是一個咖啡店的咖啡師,每天的工作內容都一樣是泡咖啡,要怎麼量化?

講者說,每個人的工作都可以量化,以咖啡師的例子來說,你可以估計每天有 200 位客人,就可以寫每天成功做出 200 杯以上的咖啡。

另外,就是要列出 skills,通常會有 13 - 15 skills。

5. 要有 JD 上的關鍵字!

大家可能都知道,現在很多公司都用 ATS 掃履歷,但這是怎麼運作的呢?

講者說,它其實就是就是像 Google 搜尋一樣,HR 會用關鍵字在 ATS 資料庫裡搜尋。例如它的 JD 上寫說它要找一個寫關於人工智慧(ML)的作家或內容產出者(content writer),HR 可能就會用 "ML" AND "writer" 下去搜尋,看哪些履歷會跳出來,因此履歷上的關鍵字跟 JD 上越像越好。

另外,他們說現在 ATS 的技術越來越好,所以很多都可以讀兩欄,也可以讀 text box,不過你有用 text box 的話,就全部都用 text box,不要只有一個地方用 text box。

我覺得這讓人好懂很多,你就想你是 HR 的話,你會用哪幾個關鍵字去搜尋。

6. 履歷上一定要有 JD 上的 job title

履歷上寫職稱的部分,通常都會寫你目前的職缺,但最好是寫你要申請的職稱,因為可以增加被 ATS 搜尋到的機率。

那如果你是轉職怎麼辦?你原本是會計,現在想跑去當空姐,總不能把履歷上的職稱寫空姐,因為你就不是空姐。

你可以寫:Professional accountant transitioning to Flight Attendant

這樣就可以把最主要的關鍵字放進履歷裡了。

7. 不要在履歷上顯露出你的年齡

這包括不要在學歷的地方標示你是哪一年畢業的,如果你某個工作做了十五年,也不要把年份寫出來。

沒人規定履歷一定要怎麼寫,履歷唯一不能犯的錯就是 typo。

我覺得這個有點難,因為現在很多公司都不是要 pdf 那種格式,就算是可以上傳 pdf,他也會自動轉成它自己的格式,然後再讓你修改,如果轉換後格式亂掉的話。通常它自己的格式都會要你填年份,這個就很難不填,沒填會顯示輸入錯誤,這種情況下就只好老實填寫。

8. 根據你的求職方向,準備三份不同的履歷。

每個工作申請應該只需要花 5 分鐘調整履歷,如果要花 15 分鐘就太多了。那三份履歷應該要客製化到只要依關鍵字微調到只要花 5 分鐘修改就可以寄出。


以上,大概就是我覺得比較有用的。










2024年9月2日 星期一

次世代胜肽藥物公司:起源於東京大學的 PeptiDream

這篇將介紹這家公司的核心技術、藥物開發策略、商業模式和合作夥伴。一直想介紹這家公司,為什麼呢?可能因為他是做 peptide 的吧!

PeptiDream 是一家日本生技公司,2006 年的時候成立於東京,是東京大學的 spin-off。創立者之一是東大教授菅裕明,在麻省理工大學唸化學博士班,1994 年畢業後先在美國任教一陣子,後來到東京大學先後擔任助理教授和研究所教授,其專業領域是生物化學,用酵素合成各種胜肽,也是 PeptiDream 的核心技術 -- RaPID。

他自 2022 年起也擔任日本內閣府綜合科學技術的創新會議議員,以及日本化學會會長。

RaPID (Random Peptide Integrated Discovery)


天然的轉譯系統只能用經典的 20 個天然氨基酸合成胜肽,但是 RaPID 可以用擬天然的特殊氨基酸來合成特殊胜肽,也可以生成環狀胜肽,大大增加了胜肽的多樣性。

除了大家所熟知的那 20 個 L-amino acids,還有很多天然的特殊氨基酸,包括 D-amino acids 和經過轉譯後改造的(post-translational modification, PTM),例如 hydroxylation, methylation 和 lipidation 等等。另外,也可以化學合成氨基酸。

大家知道的天然的轉譯系統,每個編碼(codon)都對應到一個氨基酸,但有好幾個編碼是對應到同一個氨基酸,並且只能用那 20 個經典氨基酸,就算有其他的天然氨基酸,編碼都被佔掉了沒有多的可以用,再來就是經過 PTM 的因為大小不合加不進去。

菅裕明的 RaPID 技術即是改造轉譯系統,把一些編碼空出來給特殊氨基酸用,例如 CGU, CGC, CGA 和 CGG 都被 Arginine 佔掉了,而他們的 RaPID 就是把其中兩個分配給特殊氨基酸,利用人工 RNA 催化酶 Flexizyme 把這些特殊氨基酸加進胜肽裡,並把它結成環狀。

PeptiDream 的環狀胜肽和 PDPS


PeptiDream 專攻的技術是胜肽(peptide),有點類似把藥物接在抗體上的 ADC (antibody-drug conjugate),他們的 PDC (peptide-drug conjugate) 則是把藥物接在胜肽上。

相較於抗體,胜肽體積較小,易於穿透細胞組織,但卻比較不穩定,在薬物代謝動力(pharmacokinetics)上也比較弱。為了克服這項弱點,他們的次世代 PDCs 著重於環狀胜肽(macrocyclic peptides),是把少於 20 個氨基酸長度的胜肽設計成環狀,使其可以在血液裡維持超過 24 個小時,不管是在穩定性上、活力上和活體內的效果上,都比直鏈型的胜肽要好。除此之外,他們在 20 種天然氨基酸外,還用了一些擬天然的氨基酸,可以依需求來調整環狀胜肽的特性。

他們主打的藥物開發技術是胜肽資料庫平台 PDPS (Peptide Discovery Platform System),它的核心技術即是 RaPID,利用這個技術和超過 3000 種特殊氨基酸隨機生產特殊胜肽,產生的資料庫有超過十兆個環狀胜肽,可以從中快速找到對標靶物有高親和性(affinity)和高特異性(specificity)的環狀胜肽,成功率為 95% 以上,也可以用它來優化。

藥物開發上的三種策略


PeptiDream 的策略其實和抗體差不多,也就是用環狀胜肽來接藥物或放射性同位素,也可以連接多個環狀胜肽來增加其特異性。

1. 小分子藥物和環狀胜肽,優點是體積小,但是親和性和專一性都可媲美抗體。

2. PDCs: 可以用環狀胜肽來運送化療藥物(cytotoxic-PDCs)、放射性同位素(RI-PDCs)和核酸片段(oligonucleotide-PDCs),具有抗體的優點,但是體積較少,穿透力較好。

3. MPC (multi-functional peptide conjugate): 有點類似多特異性抗體,就是把好幾個環狀胜肽,讓它可以靶向不同目標蛋白。


圖片/PeptiDream 官網

PeptiDream 的合作對象


PeptiDream 目前研發的藥物有一半是針對癌症的放射性同位素胜肽(RI-PDCs),不少大藥廠看好其發展性,它的合作對象包括 Novartis, Merck, Bristol Myers Squibb (BMS), Eli Lilly 和 RayzeBio。

它和 Novartis 的合作是從 2010 年開始,之後持續加碼,2019 年時開啟 RI-PDC 上的合作,也就是把 radionuclides 和 peptide 連結,2024 年 Novartis 又投資了 $180M 到合作的 radioligand 計畫,目前合作的藥物有三個,其中針對惡性膠質瘤(malignant glioma)的177Lu/68Ga-Integrin (FF58) 目前在第一期臨床試驗。

他們和 RayzeBio 的合作是從 2020 年開始,RayzeBio 是專門做放射性同位素藥物的,使用的同位素是目前較普遍的 actinium-225 (Act-225)。他們合作的兩隻藥物都還在研發階段,其中一個是針對肝癌(Hepatocellular Carcinoma)的 225Ac/68Ga-GPC3 (RYZ801/811),而後 RayzeBio 於 2024 年二月被 BMS 收購。

PeptiDream 和 BMS 的合作則是從 2010 年就開始了,利用他們的 PDPS 平台來開發 PD-L1 抑制劑,目前已完成第一期臨床試驗,不過由於商業考量,BMS 決定先暫停,雙方會再討論臨床結果看要怎麼繼續。他們另一個合作的 18F-PD-L1 (BMS-986229) 是利用放射性同位素作為癌症診斷,目前也已完成第一期臨床試驗,利用 PET 影像可以安全的偵測癌症細胞。

他們和 LinqMed 合作用來治療惡性腦瘤的 64Cu-ATSM 則已進入第三期臨床,在他們的第一期臨床試驗裡,包括不同腦瘤的患者,平均存活 29.4 個月,其中有 66.7% 的患者活超過一年,膠質母細胞瘤(glioblastoma)的患者有 55.6% 活超過一年,而通常活超過一年的只有 30-40%。

Eli Lilly 也是他們 2013 年就開始的長期合作夥伴,用來診斷的 8F-flortaucipir (Tauvid®) 已於 2020 年通過 FDA 許可並上市,可以用 PET 影像來偵測腦中的 tau neurofibrillary tangles (NFTs)。

其他的非放射性同位素藥物除了針對癌症外,還有和 Merck 合作針對發炎性疾病的藥物,目前都還在第一期臨床試驗。他和 AZ 與 Amolyt 合作的 GhR Antagonist (AZP-3813) 是針對肢端肥大症(acromegaly),已完成第一期臨床試驗,預計 2024 年年底會開始第二期臨床試驗。

除了合作的藥物,他們自己開發的有針對腎臟癌(Renal Cell Carcinoma, RCC) 的 225Ac/64Cu-CA9 (PD-32766) 和針對肥胖和肌肉疾病的 myostatin inhibitor,兩個都還在研發階段。

另外,PeptiDream 還有一個專做生長激素(growth factors)和細胞激素(cytokines)子公司 PeptiGrowth,目前已有不少產品上市。該子公司於 2020 年成立,是由 PeptiDream 和三菱商事共股,分別持有 39.5% 和 60.5% 的股份。

不負責任之個人意見


我個人覺得 peptide 除了不夠 stable 外,親和性和專一性都可以挑到跟抗體一樣好的,重點是它體積小,而他們的環狀胜肽可以解決不夠 stable 的問題。如果要我在 IgG, VHH 和 peptide 裡面排看好度的話,會是 peptide > VHH > IgG,本人就是偏愛體積小的,因為相較於抗體較好被清除外,也比較少免疫原性(immunogenicity)的問題。另外,以成本來說,胜肽應該也比抗體成本低,加上胜肽不需要在細胞內生產,沒有抗體有細胞污染和 endotoxin 的問題。未來,如果胜肽的效果和穩定性在人體內效果都跟抗體一樣好的話,怎麼想做胜肽都比較划算吧?XD

當然比較容易被清除可以是優點也可以是缺點,但我比較希望藥物是可以一完成任務後就被排出體外的那種。


相關文章:抗體藥物的不同應用


註:感謝臉書網友告知,才知道 PeptiDream 有子公司。有些資料是靠 ChatGPT 日翻中,有錯誤的話歡迎指正,感謝!


資料來源:

PeptiDream 官網

PeptiGrowth 官網

J-Stage | RaPID システムが拓く新創薬戦略

CREST | 平成24年度採択 菅裕明

WO2016154675A1 - Platform for non-natural amino acid incorporation into proteins

US9701993B2 - Artificial translation/synthesis system

RayzeBio | PeptiDream Announces Strategic Partnership with RayzeBio for the Discovery and Development of Peptide-Radiotherapeutics - RayzeBio

bussinesswire | PeptiDream Announces Collaboration and License Agreement with Lilly to Discover Macrocyclic Peptide Drug Candidates

Fierce Biotech | Novartis pays PeptiDream $180M as radiopharma big bang continues










2024年8月18日 星期日

抗體藥物在臨床上的應用

這篇將介紹抗體在抗體藥物上的應用,包括已經通過 FDA 核准的雙特異性抗體和抗體藥物複合體外,還有放射性同位素標靶抗體藥物或胜肽、標靶蛋白降解劑抗體複合物,以及抗體核酸複合物等等。

藥物除了常見的小分子藥物外,還有大分子和細胞治療。

小分子就是化學物質,大分子則是生物製劑(biologics),例如蛋白質或抗體藥,細胞治療則包括 CAR-T 或基因治療等等。

蛋白質藥物包括胰島素或各種激素等等,抗體藥開始較大眾所知就是疫情時出名的 Regeneron 開發的新冠抗體藥。

抗體藥分為很多種,除了傳統的 IgG 外,還有分子較小的 scFv (single-chain fragment variable) 和只有鯊魚和駱馬才有的 VHHs,又稱 nanobodies。

有興趣的可以看這篇:關於抗體和抗體藥的一些小知識

抗體藥物有哪些?


抗體藥物主要用於精準醫療(precision medicine),目前大多為癌症藥物。這篇想整理的是抗體改造或加料過後的應用,大部分也都是針對癌症而開發的,包括雙特異性抗體和多特異性抗體,以及抗體藥物複合體和放射性同位素標靶抗體藥(RACs)等等。

Bi-specpfic Abs 雙特異性抗體藥


天然的抗體本身只能抓住一種抗原,但是經改造過後,可以把它的兩個 binding sites,也就是 Fab 的部分改成抓不同的抗原。

這個概念最早由 Nisonoff 和他同事提出來,並於 1960 發表在 Science 期刊上,不過近五十年後的 2009 年才有第一個 FDA 核准的 bispecific (bsAb) 抗體藥,為德國生技公司 Fresenius Biotech GmbH 研發的 catumaxomab (Removab®)。

為什麼要做這種抗體呢?因為如果能和不同的抗原結合,可以應用的地方就更多了,大致可以分為三種:

1. 連結免疫細胞和癌細胞(in-trans binding),藉此召喚免疫細胞過來殺癌細胞,通常都是透過 T 細胞受體 TCR (T cell receptors) 的 CD3。召喚 T 細胞來殺死癌細胞的又叫 T-cell engagers (TCEs),Removab 即屬於這種,一邊抓的是 T 細胞的 CD3,另一邊抓的是癌細胞的 EpCAM,不過它的 Fc 是第三個 binding site,會和其他的免疫細胞的 Fcγ 受體結合,例如巨噬細胞(macrophage)和自然殺手細胞(natural killer cells, NKs)

2. 連結同一個細胞上的受體(in-cis binding),藉此阻斷訊號傳遞。 針對癌細胞上的 RTK 受體(receptor tyrosine kinases)來抑制訊息傳遞,例如 EGFR 和 HER2,可以結合連結相同的受體,也可以連結不同的受體,例如 Merus 的 Zenocutuzumab 是連結 HER2 x HER3,而他的 NJ-61186372 則是針對 EGFR x MET。Zenocutuzumab (MCLA-128) 主要是針對 NRG1+ 的癌症,包括胰臟癌(PDAC)和非小細胞肺癌(non–small cell lung cancer, NSCLC),目前正在第二期臨床試驗。

3. 幫助受體組合,藉此促進受體活躍。這類抗體可以作為 agnoist,例如 Roche 正在研發中的 BFKB8488A 是針對生長激素 FGFR1C (fibroblast growth factor receptor 1C) 和 KLB (β-klotho),用於促進 FGF21 (fibroblast growth factor 21) 的訊息傳遞,進而治療第二型糖尿病。

Antibody-Drug Conjugates (ADCs) 抗體藥物複合體


抗體藥物複合體即是把抗體和藥物連結在一起,通常是化療藥物,透過抗體把化療藥物帶進癌細胞後才放出藥物殺死癌細胞,除了加強效用外,還可以減少藥物對正常細胞的傷害,希望可以取代傳統化療。

ADC 的結構和設計


ADC 的結構分成三個部分:Antibody - linker - Payload

抗體部分,目前常用的是 IgG1,除了它的穩定性較強,在體內的半衰期約 14-21 天外,透過 Fcγ 受體(Fcγ receptors, FcγRs)召喚先天免疫細胞,包括巨噬細胞和自然殺手細胞,也較少引起免疫原性(immunogenicity),減少引起抗藥抗體(anti-drug antibodies)的產生和過度的免疫反應的風險。

在抗體設計上會希望對抗原的親和性(affinity)很好,且標靶的抗原是在癌細胞上高度表達,但在健康細胞上表達有限的。在特異性(specificity)上也是要選著專一性較高的,另外就是需要有效的內吞(internalization)。除了用單一特異性的,也有用 bispecific,可以針對較多種類的癌細胞。

藥物(payload)的部分通常用的藥比傳統的化學治療藥物要強,包括 MMAE (monomethyl auristatin E), MMAF (monomethyl auristatin F) 和美登素(maytansine, maitansine)的衍生物 DM1 和 DM4。

抗體和藥物之間的連結(linker)可為可裂解(cleavable)或是不可切割的,目前的主流是可裂解的,因為不可裂解的需要把整個 ADC 都分解掉才能釋放藥物。可裂解的可以利用腫瘤和正常生理條件中的差異來裂解,例如腫瘤有比較低的酸鹼值或比較高的蛋白酶活性,ADC 在進入癌細胞後可以透過蛋白酶(protease)切開連結釋出藥物。

另外,也可以透過 linker 改善 ADC 的疏水性(hydrophobic)。由於小分子藥物有比較高的疏水性來保持它的 potency,因此若是 ADC 上有很多 payload,就會使它的疏水性增加,可能會導致它比較快被清除,或是有 aggregation 的風險。為了要解決這個問題,可以把 linker 設計的比較親水性一點,例如用 PEGylation。

市面上的抗體藥物複合體


在抗體和藥物的連結方式上,目前市面上已批准的是使用隨機的方式,但因為是隨機的,所以 payload 的數量(0-8, 4 可能最多)和位置無法控制。比較新的是定位連接法(site-specific),透過蛋白質工程可以設計連接的位點讓 payload 去連接,這個方法會使 ADC 比較穩定。

目前通過 FDA 核准的癌症 ADC 有 13 個,涵蓋超過 20 種適應症,主要為血癌和實質腫瘤(solid tumours)。這幾年投入 ADC 市場的生技公司和藥廠也不少,例如溫哥華因為疫情崛起的 AbCellera 和在地老公司 Zymeworks 都開始做 ADCs。大藥廠如 Merck 也於去年收購了研發 PBSEs (payload-binding selectivity enhancers) 的生技公司 Abceutics,PBSEs 的特點是它和 ADC 同時施打進體內,可以吸收掉被釋出癌細的藥物,減少它對正常細胞的損害。除此之外,Pfizer 也於去年收購了 Seagen 和它的四個已上市的 ADC 藥物。



最早得到 FDA 許可、針對實質腫瘤的 ADC 為 Genentech 的 KADCYLA® (trastuzumab emtansine),它於 2013 年獲得許可用於治療乳癌晚期,之後又於 2019 年獲得許可治療乳癌早期,抗體是針對 HER2 的 IgG1,戴的藥物是 DM1。近期較有名的 ADCs 可能是第一三共和 AZ 合作的 Enhertu (HER2 ADC, trastuzumab deruxtecan),它在 2019 年時通過 FDA 許可用於治療乳癌,也是針對表現 HER2 的癌細胞的 IgG1,藥物則是 DXd (topoisomerase I inhibitor)。今年初又通過許可以用在非小細胞肺癌,目前的適應症就有五個,包括乳癌、非小細胞肺癌、胃癌和實質腫瘤,替藥廠賺進了不少營收,2024 Q1 就有 $461M。

Radionuclide antibody conjugate (RACs)


除了帶化療藥物的 ADC,還有一種是帶放射物的配體(ligand)或抗體,是近年來的新歡,它比普通 ADC 有優勢的地方在於它不只可以用來殺死癌細胞,還可以用來觀察腫瘤的位置和藥物吸收的情形,希望可以用來取代傳統的放射線治療。

Radioconjugates


介紹 RACs 之前先介紹一下 radioconjugates (放射性配體共軛物),是直接把目標蛋白的配體和放射性同位素(radioisotope)連結。

目前已上市的放射性配體共軛物有 Novartis 用於治療胃腸胰神經內分泌腫瘤(gastroenteropancreatic neuroendocrine tumors, GEP-NETs) 的 Lutathera (lutetium-177 dotatate) 和治療攝護腺癌的 Pluvicto (lutetium-177 vipivotide tetraxetan),分別於 2018 年和 2022 年獲得 FDA 許可。Pluvicto 於 2023 年的營收則是 $980M,Lutathera 則是 $605M,比前年增加了 28%,錢景大有可為。

這兩個藥物都是用釋放 β 射線的同位素 lutetium-177,藥物在到達或進入細胞後,釋放出的輻射會破壞癌細胞的 DNA,藉此殺死臨近的癌細胞。Lutathera 針對的是表現在 NET 細胞上的受體 SSTR2 (somatostatin type 2 receptor),Pluvicto 則是用可以胜肽 vipivotide 來抑制表現在攝護腺癌細胞上的抗原 PSMA (prostate-specific membrane antigen)。

除了 β 射線外,還有 α 射線,它的範圍較小但能量較高,在殺死癌細胞上效果更好。另外,患者在接受 Lutathera 和 Pluvicto 治療後的一個禮拜內須要遠離孕婦和小孩,因為 Lu-177 的半衰期是一個禮拜,而 α 射線穿透的範圍較短,相較之下反而是個優勢。目前有好幾個 α 射線的臨床試驗,最普遍的放射同位素為 actinium-225 (Act-225), lead-212 (Pb-212) 和 astatine-211,像是 Novartis 的攝護腺癌藥物也有出的 Act-225 版本的 225Ac-PSMA-617,正在第一期臨床試驗中。

Bristol Myers Squibb 於去年花 $4.1B 鎂收購的 RayzeBio,它的 RYZ101 用的也是 α 放射的 actinium-225 (Act-225),同樣是針對 NET 細胞上的受體 SSTR2,主要是用來治療對 Lutathera 沒反應的患者,目前在第三期臨床治療。



Radionuclide antibody conjugate (RAC)


相較於放射性配體共軛物,放射同位素接在抗體上可以在體內維持較久,因為抗體穩定性較強,也因此比較適合接半衰期較長的放射同位素。

截至目前為止,只有兩個 FDA 核准的 RACs:

Zevalin (ibritumomab tiuxetan):於 2002 年獲得 FDA 許可,放射同位素是用 Iodine-131,抗體是針對 CD20,用於治療表現 CD20 的 non-Hodgkin's lymphoma。

Bexxar (tositumomab and iodine I 131 tositumomab):於 2003 獲得 FDA 許可,放射同位素是用 Y-90 (Yttriuim-90),抗體也是針對 CD20,用於治療表現 CD20 的 non-Hodgkin's lymphoma。

不過抗體的優點也是缺點,雖然它較穩定,可以在體內停留的時間較長,但用在放射同位素上就是個缺點,因此較小的胜肽反而比較有利。

生技公司 Y-mAbs 為此開發了一個解法,就是利用雙特異性的 scFv 設計了一個 SADA (Self-Assembling and DisAssembling),一邊是 anti-GD2,一邊是 anti-DOTA (同位素螯合劑),然後接一個可以拆開或組合成 tetramer 的蛋白,在他們的 YT 影片裡是說用 P53。治療分成兩個步驟,第一步是先把抗體打進去,組合成 tetramer 的會抓住癌細胞,monomer 則會在血液裡晃一晃就因為體積小排出去,接者再把同位素打進去,這時候抗體的 DOTA 就會抓住同位素,這樣就可以達到精準治療,又不會有 IgG 接抗體後停留在體內太久的問題,他們用來治療實質腫瘤的 GD2-SADA:177Lu-DOTA 目前正在第一期臨床試驗中。

除了用 scFv 外,也有公司選擇用小抗體 VHHs,例如溫哥華的生技新創公司 Abdera 是用 VHH-Fc,他們用來治療對小細胞肺癌(small cell lung cancer )和的為大細胞神經內分泌癌(large cell neuroendocrine carcinoma, LCNEC)的 ABD-147 是針對表現 DLL3 的實質腫瘤,用的同位素為 Act-225,目前正在第一期臨床試驗。

Degrader-Antibody Conjugates (DACs)


抗體可以接藥物外,還可以接 degrader,是指把目標蛋白降解,這個技術稱為 TPD (targeted protein degradation, TPD),通常都是利用 ubiquitin-proteasome system (UPS),藉由 E3 ligase 幫目標蛋白標記 ubiquitin (Ub),使它可以被 proteasome 降解。其方法是用 molecular glue,是可以把 E3 ligase 目標蛋白連結在一起的小分子,使目標蛋白得以被 E3 ligase 標記和降解。

另一個和 molecular glue 很類似的是 Arvinas 開發的 PROTAC (PROteolysis TArgeting Chimera),它的結構分成三個部分,兩側分別是 E3 ligase 和目標蛋白的配體(ligand),中間是連結兩側配體的 linker,可以把目標蛋白帶到 E3 ligase 進行標記和降解。

PROTAC 是 2001 年時由耶魯大學的 Dr. Craig Crews 首先發表於 PNAS,之後於 2013 年成立 Arvinas,目前大部分的藥物都還在第一期臨床試驗,不過他們用來治療乳癌的口服藥 Vepdegestrant (ARV-471) 已進入第三期臨床試驗,是針對 ER+ (estrogen receptors)/HER2- 的患者,2011 年時和輝瑞(Pfizer)合作開發和商業化。

DACs

PROTAC 和 molecular glue 都可以接到抗體上,抗體針對的是癌細胞表面的抗原,透過抗體和抗原的結合,把 PROTAC 或 molecular glue 帶進細胞,把目標蛋白帶到 E3 ligase 進行標記和降解。

目前在做這個的有和輝瑞合作的 Nurix,不過目前還沒有太多資訊。另一個是 2016 年成立的韓國生技公司 Orum Therapeutics (오름테라퓨틱),他們目前只有兩個藥物進到第一期臨床試驗,一個是針對 HER2+ 的 ORM-5029 (TPD2-GSPT1),DACs 透過抗體結合 HER2 進入細胞,之後被降解釋出 molecular glue (SMol007) 把目標蛋白 GSPT1 (translation termination factor) 帶到 E3 ligase 進行標記和降解,導致癌細胞死亡。另一個是用來治療急性骨髓性白血病(acute myeloid leukemia, AML),抗體的部分是針對 CD33,進入細胞後也是透過降解 GSPT1 殺死癌細胞,這個藥物已於 2023 年年底被 Bristol Myers Squibb (BMS) 收購。



Antibody-Oligonucleotide Conjugates (AOCs)


AOCs 在過去幾年也開始崛起,它是把寡核苷酸(oligonucleotide)和抗體連結,透過抗體運送寡核苷酸進到細胞內。它的連結方法有幾種,包括用化學反應直接連結,或是透過結合親和力(binding affinity),例如 avadin 和 biotin,也可以用離子相互作用(ionic interactions)。

AOC conjugation

AOCs 剛開始時是用於免疫染色作為診斷工具,好處是可以用限制酶切掉螢光團(fluorophore)後重複染色而不傷組織細胞。相較於 ADCs 和 RACs,雖然在共軛連結上較為困難,但它的優勢在於可以調控基因表現,目前大多數的研發是著重在 siRNA 和 ASO (anti-sense oligonucleotides),因此它的效用是看其抑制蛋白表現的程度。另外一個困難點是穩定性(stability),它在血液中的半衰期只有兩天左右,但和抗體連結在一起後可以增加到五天以上。

AOC in imaging

目前做 AOCs 的公司有 Avidity Biosciences,他們的 AOC1001 (Del-desiran) 是利用 siRNA 來降低突變的 DMPK (myotonic dystrophy protein kinase) mRNA,用以治療 DM1 (dystrophic myotonic dystrophy type 1),已進入第三期臨床試驗。

Extracellular vesicles (EVs)-Fc


除了用單一抗體,也可以利用外泌體(Extracellular vesicles, EVs)展示很多抗體。最近瑞典 Karolinska University 發表在 Nature Biomedical Engineering 的一篇研究是把帶有抗 Fc 的蛋白或結構域(domain)基因的載體送進會產生 EV 的細胞裡,例如 Protein A 或 Protein G 等等,使它可以把抗 Fc 的蛋白表現在外泌體外面。接著,把這些表現有抗 Fc 蛋白的外泌體和抗體混合,外泌體外面就會插滿了抗體,而外泌體裡面就可以裝化療藥物。目前還在老鼠實驗階段,但在老鼠身上的效果不錯。

Antibody-Cell Conjugation (ACC)


抗體細胞連結,顧名思義就是把抗體和免疫細胞連結在一起,例如自然殺手細胞(Natural Killer cells, NK cells)或是細胞激素誘導殺手細胞(cytokine induced killer cells, CIK),算是一種細胞治療,是於 2009 年時由蕭世嘉提出的。ACC 相較於 CAR-T 治療簡單許多,不需要基改,而是直接把抗體接在免疫細胞上。

把抗體接到細胞上有兩種方法:

1. 非天然糖類代謝:細胞吸收非天然醣類後會把要表現在細胞膜的 glycocalyxes 轉變成 phosphonucleotide donors,之後透過 bioorthogonal reactions 把抗體接上去。

2. 酵素反應(chemoenzymatic methods):利用糖基化酶(glycosylases)去改造細胞表面的 glycocalyxes,然後再把抗體接上去。

目前在做 ACC 的是由蕭世嘉創辦的 Acepodia。



References


Podcast: 魔術子彈─抗體藥物複合體 Antibody Drug Conjugate (ADC)

K Tsuchikama, Y Anami, SYY Ha et al. Exploring the next generation of antibody–drug conjugates. Nat Rev Clin Oncol (2024) DOI: 10.1038/s41571-023-00850-2

M Senior. Precision radiation opens a new window on cancer therapy. Nat Biotechnol (2024) DOI: 10.1038/s41587-024-02295-z

OPB Wiklander, DR Mamand, DK Mohammad et al. Antibody-displaying extracellular vesicles for targeted cancer therapy. Nature Biomedical Engineering (2024) DOI: 10.1038/s41551-024-01214-6

X Ma, J Jiang, X An et al. Advances in research based on antibody-cell conjugation. Front in Immunol (2023) DOI: 10.3389/fimmu.2023.1310130










2024年8月15日 星期四

Claude AI 真的可以幫你寫程式!

之前在 Threads 上寫說我怎麼用 AI 工具 ChatGPT 和 Gemini。

我通常是用 Gemini 來整理資料或摘要,ChatGPT 在這方面的能力我覺得普普,它摘要的 style 不是很喜歡,感覺就跟看文獻的 abstruct,那我看 abstruct 就好了,何必用 ChatGPT?Gemini 還有一個不錯的就是它解釋文獻的能力,讓人很容易懂。

ChatGPT 我通常都是用來改文法,Gemini 有時候會讓人覺得太浮誇。😂

Claude 的風格跟 Gemini 滿像的,是滿喜歡的但我需要用的地方 Gemini 表現比較好,本來不知道 Claude 的專長在哪,所以不知道哪些情況可以用,結果前幾天在 Threads 上看到有人說 Claude 很會寫程式,於是前兩天心血來潮想說來試試看。

我要的是一個可以清 Excel data 的程式,就是把裡面我不需要的 columns 和 rows 都刪掉,把剩下的 column names 改成我要的,方便我 import 到 SQL 進行下一步的 data management。

於是就開啟了我和 Claude 的對話:

幫我寫一個清 data 的程式,它是一個 csv format 的 data,存在 Windows Downloads folder,我想要:

- 刪掉 row 1-9
- 刪掉 column 1-2
- 把 column 3 name 改成 xxx
- column 4 維持原名
- 把 column 5 name 改成 yyy
- 刪掉 column 6-15
- 把 column 16 name 改成 zzz
- 刪掉 column 17-20
- 刪掉 column 5 裡面空白和有 “abc” 的 rows

然後它就寫出來了,並且有 #comment 解釋每行的功能是什麼,你只要複製成 Python scripts 就可以執行。



如果出現 errors,直接整個複製貼給 Claude,它會分析錯在哪裡,然後幫你改好,並跟你解釋為什俄麽它這樣改。

你再複製貼上跑一次,看看出來的跟你想的一不一樣。

我跑出來後,發現 column 5 裡面還是有空白的 rows,就跟它說還是有空白欸。

然後它就分析說,可能是因為那不是真空白,是 NA or NaN,需要用什麼 function,然後更新 code 給我。

然後再複製貼上,打開確認就真的沒空白的 rows,完全不用動腦欸,也太神奇了吧!

不過免費版有次數限制,簡單的你也可以自己 troubleshoot,難的再給它 troubleshoot。XD

大家可以玩玩看!










2024年8月7日 星期三

愛迪生、達利激發靈感的秘技:做夢

江湖傳聞說愛迪生(Thomas Edison)和畫家達利(Salvador Dalí)是利用半夢半醒之間來得到靈感,他們的軼事中提到了產生創作和科學點子的夢是發生在從清醒到入睡這段過程中,德裔藥理學家 Otto Loewi 也因為他的夢得到了一個讓他獲得諾貝爾獎的實驗。

夢的四個階段


一個夢的週期(sleep cycle)分為四個階段,前面三個階段為非快速動眼期 NREM (non-REM),最後一個是快速動眼期(REM, rapid eye movement),成年人的一個週期大約 90 - 110 分鐘,一個晚上會有 4-5 個週期左右。

Stage 1: N1, 剛入睡時的半夢半醒之間,又稱為 hypnagogia,長約 1-7 分鐘。這個階段特徵是包含自發性的、生動的夢,通常包含在入睡前不久發生的清醒經驗,睡前想的東西通常會進入夢中。在這個階段,人們會經歷短暫而生動的夢境,通常在不受干擾的情況下不經意地消失,除非被喚醒。

Stage 2: N2, 淺眠,長約 10-25 分鐘。

Stage 3: N3, 深層睡眠(deep sleep),又稱慢波睡眠(slow-wave sleep, SWS) 或是 delta sleep,長約 20-40 分鐘。

Stage 4: REM, 快醒的時候,也通常是做夢的時候,長約 10-60 分鐘。



愛迪生產生科學點子的密技


江湖傳聞說愛迪生(Thomas Edison)和畫家達利(Salvador Dalí)是利用夢和醒之間來得到靈感,他們的軼事中提到了產生創作和科學點子的夢是發生在從清醒到入睡的過渡過程中。

愛迪生在發明遇到瓶頸時,會手提著鋼球在椅子上睡覺,睡著之後手會鬆開,然後他就會被鋼球掉到地板上的聲響驚醒。在醒著和剛睡著時這段期間是入夢時創造力發生的時候,可能會在夢中想到什麼或解決麽問題,而在這時候鋼球落地聲響會把他叫醒,便可以立刻把夢見的東西記錄下來,才不會睡起來後就忘了。

傳言達利也是用這個方法來激發他的創造力,不過他用得是鑰匙而不是鋼球。

讓科學家會獲得諾貝爾獎的夢


德裔藥理學家 Otto Loewi 因其獲得諾貝爾獎的方式而聞名,他的獲獎實驗是在夢中浮現的。

根據 Loewi 的說法,在 1920 年復活節星期天前夜,他半夜醒來,打開燈後,匆匆在一張薄紙上下一些東西,然後又睡著了。隔天早上六點的時候,他想起半夜醒來的時候寫了一些重要的事情,但因為字跡太潦草到自己都看不懂。

第二天凌晨三點的時候,前一晚半夜記下的東西再度浮現在腦海中,是一個實驗的設計,用來確認他 17 年前提出的有關神經訊號的化學傳遞假說是否正確。於是他立刻起床,跑去實驗室,根據夢中的設計進行了一個青蛙心臟的實驗。

在那個著名的實驗中,Loewi 將兩個跳動的青蛙心臟分別放在灌流室中:一個保留了迷走神經,而另一個則去神經化。接著,他刺激了第一顆心臟的迷走神經,使它跳動得更慢。當他將第一顆心臟的灌流液用到第二顆心臟時,它也變得跳動緩慢,好像它的迷走神經也被刺激了一樣。在另一個類似的實驗中,被刺激的心臟的灌流液則是會使另一顆心臟跳動得更快。他將這個副交感物質(parasympathetic substance)命名為 vagusstoff,也就是乙醯膽鹼(acetylcholine)。他的夢讓他發現神經細胞是透過化學物質來傳遞訊號,並讓他得到了諾貝爾醫學獎。

另一個例子是 Friedrich August Kekul,1865 年的某天他從一個奇怪的夢中醒來,這個夢是一條蛇形成一個圓圈,咬住了自己的尾巴。當時的他想要知道苯(benzene)真正化學結構,而夢中的蛇吞下自己的尾巴的樣子,讓他意識到苯的結構是一個環,並讓他在德國小有名氣。

透過夢解開數學謎題


在超過一百年後的 2021 年,科學家們想重現愛迪生的方法,就是抓住半夢半醒之間的 moment。法國巴黎 Sorbonne Université 的研究團隊找了 103 位很容易入睡的人,給他們一個數學題,要他們利用兩個規則把一個八位轉成七位數,但是沒告訴他們解題小秘訣。

他們讓參與者先做數學題,解不出來的就坐在一個暗室裡的椅子上,闔眼休息 20 分鐘,休息同時右手握著一個塑膠瓶,直到他們因手上的塑膠瓶掉落而醒來,結果在 N1 階段醒來的人,解出數學題的比進入 N2 的人多。也就是說,這個創造力是發生在 N1 只有 15 秒的人,如果進入深層睡眠後就消失了。

N1 睡眠激發你的創造力


為了了解 N1 是否真的能夠激發創造力,哈佛和 MIT 的研究團隊募集了志願者到實驗室中進行實驗,他們被分為清醒組和小睡組。

小睡組的要躺下並戴上眼罩,同時佩戴一個叫 Dormio 的手套裝置以追蹤睡眠階段,連接到手套的電腦會透過聲音來提示佩戴者夢見特定主題,稱為「有目標的夢境孵化」,對照組則是戴著 Dormio 但沒得到指示。

電腦指示志願者閉上眼睛並放鬆。當他們開始逐漸入睡時,聲音提示他們想著樹,然後等志願者進入半夢半醒的 N1,我們在這個階段仍然可以處理外界的信息,但相對於清醒時,思維更不受限制,思緒流動自如。

研究團隊在志願者進入 N1 階段約 5 分鐘後,用第二個聲音提示叫醒他們,要他們說出心裡在想什麼,然後再指示他們繼續入睡。這個過程在 45 分鐘內重複進行了多次,喚醒參與者報告他們的夢境,然後讓他們繼續入睡。

清醒組則是一直保持清醒,要麼想著樹木,要麼只是專注於一般的思緒。

接受到聲音指示的志願者真的夢到了樹嗎?

所有使用 Dormio 的志願者都說他們夢到了樹:一個志願者夢見自己的手臂是由木頭製成的,另一個說他變成巨人,可以把樹當小點心那樣吃。

志願者們也進行了創造力測試,要求他們寫出樹木的其他用途。研究人員發現志願者們會將他們夢到的東西運用在創作之中,例如夢見自己的四肢是木頭做的那位寫了一個關於橡木國王的故事,而夢見自己變得比樹還要高大的人,在他的創作中,樹被做成了巨人的牙籤。

評審用心理學研究中廣泛使用的創造力評分標準對這些故事進行了評分,考慮了敘述的獨創性、幽默性和感染力。

分析結果顯示,夢到樹的人的創造力分數比沒有睡覺、在想自己事情的人高了 78%,比沒睡但也是在想樹的人高了 63%。有睡覺但是沒接受指示的人雖然也創造力爆發,但有接受「夢見樹」指示的創造力還是比他們高了 48%。

研究的共同作者 Kathleen Esfahany 是該實驗進行時的麻省理工學院的研究生,她解釋道,人們夢見與樹相關的夢境越多,他們的創造力就越高,這個研究顯示,夢見特定主題有助於我們在該主題上發揮創造力。

根據麻省理工學院的認知科學家 Adam Haar 在研究中指出,許多認為自己被困住且缺乏創造力的志願者對於自己在夢境中的創造力感到驚訝。他表示,大多數人雖然不知道自己體內有一個完全不受束縛的部分,但每天一到晚上就會忘了這個束縛而奔放。

各位,睡前想東西是有用的!大家可以試試記住那個夜晚中解放的自己,看能不能利用夢解開謎題或找到創作的靈感,怕醒來忘記的話,也許可以效法一下愛迪生的方法。😆


Podcast 用聽的:科學亂講 從做夢看創造力 vs 聽得懂小孩哭聲的鱷魚



Articles:

Science | Dream glove’ boosts creativity during sleep

Science | Edison was right: Waking up right after drifting off to sleep can boost creativity


Papers:

A Haar Horowitz, K Esfahany, T Vega Gálvez, P Maes & R Stickgold. Targeted dream incubation at sleep onset increases post-sleep creative performance. Scientific Reports (2023) DOI: 10.1038/s41598-023-31361-w

C Lacaux, T Andrillon, C Bastoul et al. Sleep onset is a creative sweet spot. Science Advances (2021) DOI: 10.1126/sciadv.abj5866










2024年7月27日 星期六

能量飲料可以延緩老化的秘密:牛磺酸

大家有在喝能量飲料嗎?

我自己是沒喝過啦!不過看到這篇新聞的標題說能量飲量讓老鼠比較長壽又健康,好奇就研究了一下。

能量飲料之所以有這個功效,是因為它裡面的牛黃酸(taurine)。


雖然能量飲料裡含有可延緩老化的牛磺酸,但它的糖分也很高,喝太多也不好,等於喝進去很多糖。

什麼是牛磺酸?


牛磺酸是一種氨基酸,和其他氨基酸不同的地方在於它的結構裡有 sulfonic acid 和 β-amine。大部分的植物幾乎沒有硫磺酸,但它佔了動物體動的 0.1%。人類在幼年時,如果牛磺酸的攝取量不足,身體也會自己合成硫磺酸以幫助發育,因此它也是半必需(semi-essential)氨基酸。小型的牛磺酸臨床試驗顯示,成年人補充牛磺酸有助於改善代謝和發炎疾病。

牛磺酸的另一個被研究較多機制的是其抗氧化的能力,雖然它清除活性氧類(reactive oxygen species, ROS)的能力很差,但卻可以透過把次氯酸(hypochlorite)轉化爲 N-chlorotaurine 來去掉它的毒性,而且 N-Chlorotaurine 在人類和老鼠身上有抗發炎和促進抗氧化酵素表現的功用。

牛磺酸會隨著年齡增長而減少


不過,雖然牛磺酸的功用不少,但它隨著年齡的增長下降的很快,老鼠在 56 週大的時候,牛磺酸跟四個禮拜大時大概降了 66%,15 歲的猴子比五歲猴子低了 85%,人類在 60 歲時體內的牛磺酸跟五歲時比也下降了超過 80%。

為什麼隨著年齡越長,牛磺酸會漸漸減少?可能的原因之一是熱量攝取或飲食習觀的改變。不過,健康年輕人如果長期吃素,體內的牛磺酸也不過降低 20%,因此老年人會下降 80% 有可能是因為身體無法再自行合成牛磺酸。根據之前的老鼠實驗,大部分的牛磺酸是在肝臟裡合成,且隨著年齡增長,肝臟合成的牛磺酸量會降低。不過,合成牛磺酸的最後一個步驟需要 flavin-containing monooxygenase 1 (FMO1) 把亞牛磺酸(hypotaurine)轉換成牛磺酸,而人類肝臟裡並沒有這個酵素,因此可能是發生在別的細胞組織。

哪些食物裡有牛磺酸


很多食物裡都有牛磺酸,但海鮮類的含量比較高。



牛磺酸可以改善健康和延長壽命


年老時大量下降的牛磺酸如果對健康有所影響,那適時的補充是否有預防和改善的效果?它的功用除了上述的以外,也有不少研究在探討它對健康和壽命的影響,包括動物實驗和人類實驗。

在老鼠實驗中,研究人員讓老鼠從十四個月大時開始每天早上十點吃一次的牛磺酸(1000 mg/kg,相當於一個人飲用三至六罐的某品牌能量飲料的含量,但還是低於人體的最高安全攝取量),一直吃到往生。他們發現,吃牛磺酸的老鼠的壽命長了約 10%-12%,母鼠的壽命比較長。另外,老鼠的體脂肪也低很多,經過深入分析,發現牠們雖然運動量比較低,但是能量消耗比較高外,骨質密度和肌力也比較高,老年焦慮比較低,整體的健康狀況都比較好。

牛磺酸在猴子身上也有類似的效果,中年猴子(相當於 45 至 50 歲的人類)在吃了牛磺酸六個月後,體脂肪和血糖都比沒吃的低外,脊椎和腿的骨頭密度也增加了。

另外,一個英國的健康研究也發現血液裡牛磺酸和亞牛磺酸(hypotaurine)較高的人,BMI 較低,腰比較細,也比較少鮪魚肚。除此之外,血糖比較低,糖尿病也比較少。

總之,整體來說,在老鼠、猴子和人類實驗裡觀察到的,牛黃酸讓整體的健康狀況較好:

1. 壽命比較長
2. 肌力較好
3. 血糖較穩定
4. 發炎狀況較少
5. 老年焦慮較少

作者表示,牛磺酸雖然可以減緩老化,但無法逆轉老化造成的損害。他還強調,這篇研究並沒有能量飲料公司或健康食品公司贊助。


用聽的 Podcast:科學亂講 萬能牛磺酸 vs 地底開花結果的新種棕櫚


Articles:

Amino acid in energy drinks makes mice live longer and healthier | Science | AAAS

Taurine, energy drinks, and neuroendocrine effects | Cleveland Clinic Journal of Medicine

Papers:

J McGaunn & JA Baur. Taurine linked with healthy aging: Reversing age-associated taurine loss improves mouse longevity and monkey health. Science (2023) DOI: 10.1126/science.adi3025

P Singh, K Gollapalli, S Mangiola et al. Taurine deficiency as a driver of aging. Science (2023) DOI: 10.1126/science.abn9257










2024年7月24日 星期三

大象較少得到癌症的秘密

癌症是由於某些基因突變造成的,人體的免疫系統是很嚴謹的防禦機制,要得到癌症需要好幾個癌症相關基因突變,但每個突變都有機制把關,需要所有的把關都失能,才會演變成癌症。其中一個把關是 TP53,一個表現 tumour suppressor, p53 的基因。

佩托悖論(Peto's paradox)


1977 年的時候,英國流行病學家 Richard Peto 提出一個理論:每次的細胞分裂都會有把突變帶入子細胞的風險,而其中有些突變可能會導致癌症。細胞分裂越多次,發展成癌症的機率也越高,而大型、長壽動物會比小型、短壽的動物進行更多次的細胞分裂。

因此,在其他條件相等的情況下,我們會預期大型、長壽動物,例如大象,得到癌症的風險比小型、短壽動物更高。但是,當 Peto 研究了一些動物的癌症發生率後,發現事實並非如此,這種看似反直覺的現象被稱為佩托悖論(Peto's paradox)。

然而,為什麼大象並沒有比人類更容易得到癌症呢?科學家想透過研究大象基因得知其不會得到癌症的秘密。

精子不宜高溫,但大象的睾丸很熱,怎麼辦?


哺乳動物的精子生成受溫度影響很大,即使溫度只是升高一點,也會讓精子的品質快速下降。而在哺乳動物中,頻繁的細胞增生需要比體溫低 2-4°C,例如老鼠的核心體溫為 36.6°C,其睾丸的溫度為 34°C,在 37°C 下產生的精子存活率很低,DNA 損壞的程度很高,而在 38°C 產生的精子會因為過多的突變而進入死亡(apoptosis)。由於溫度和健康精子之間的強烈關係,解釋了為什麼成熟的睾丸掉到陰囊中,吊在體外,因為這樣溫度比較低,宜產生健康精子。

但是,大象無法做到,牠沒有陰囊(scrotum),睾丸位於體內深處,因此無法像其他動物一樣吊在外面散熱,而這個的影響就是睾丸的溫度會跟體溫一樣高。而且,因為大象的體型巨大,表面面積很大,皮膚又很厚,因此牠們的體溫偏高。大象最重要的散熱器是牠的耳朵,但是經過測量,非洲大草原上的大象耳垂處溫度可達 39°C,當牠微運動時,流經耳廓的血液溫度約為 40°C,而當牠爬斜坡時,溫度甚至會短暫升到 44°C。耳朵的溫度都可以這麼高了,核心體溫會有多高?牠們的精子處於危險之中啊。



大象有很多 TP53


由之前的研究已知,p53 蛋白可以偵測到在細胞分裂中損壞的 DNA,然後啟動維修機制,如果無法修好的話,就會讓細胞死掉(apoptosis),進而阻止突變繼續發生。大多數的動物,包括人類只有一組表現 p53 蛋白的 TP53 基因,但是大象就有 20 組。你以為大象要那麼多 TP53 基因是為了要預防癌症嗎?最近牛津大學的生物學教授 Fritz Vollrath 發表了一篇論文,提出了 p53 和精子之間的關係,他認為大象會有那麽多個 TP53 基因並非用來抵抗癌症,而是穩定精子裡的 DNA。

在這個情形下,如果睾丸的溫度和體溫一樣高,便無法產生健康的精子,DNA 的損害程度也很高。這個時候,就要靠 p53 來進行 DNA 檢驗和修復了,如果無法修復,就要讓 DNA 受損的精子死掉,因此大量的 TP53 基因就可以大量的檢驗精子的 DNA,順帶的好處就是可以檢驗是否有致癌的突變。

至於為什麼大象沒有陰囊,睾丸在體內的原因,至今好像沒有一個定論。



Articles:

Too hot to handle: male elephant reproduction may link to cancer prevention

The Evolution of Testes


Papers:

Fritz Vollrath. Uncoupling elephant TP53 and cancer. Trends in Ecology & Evolution (2023) DOI: 10.1016/j.tree.2023.05.011










2024年6月30日 星期日

不用手術就可以把藥送進大腦的新技術

不管是什麼大腦的疾病,把藥送進大腦都是一個挑戰,因為 BBB (blood-brain barrier)。侵入性的方式通常是動手術,在腦部開一個洞,然後從洞口注射,因此只能治療一小區,而且風險較高。不過,這兩年有兩篇論文,分別用了類似的方法打開 BBB 把藥送進去。雖然大多數人可能會比較希望用非侵入性的方法,但非侵入性的效果不佳。

用脈衝雷射打開 BBB


德州大學(University of Texas)和其西南醫學中心(Southwestern Medical Center)的研究團隊發明了一個方法,可以把藥送進大腦。他們針對的疾病是大腦的惡性膠質母細胞瘤(glioblastoma, GBM),通常被診斷為該癌症後的存活時間只有 15 到 18 個月,且目前的治療方式,包括手術、化療和放射治療的效果都不好,化療藥物因為 BBB 很難進入大腦。

德州大學的研究團隊利用針對血管緊密型連結(tight junction)的黃金奈米粒(gold nanoparticles, AuNPs)把藥物送進腦部,他們先把黃金奈米粒輸入血液中後,再用脈衝雷射(laser pulses)去激化黃金奈米粒,脈衝雷射可以穿過頭殼,黃金奈米粒再被激化後會產生熱機械波(thermomechanical waves),短暫地讓 BBB 產生縫隙,使藥物可以滲透進大腦。在他們的老鼠實驗中,用治療卵巢癌、乳癌和肺癌的化療藥物 paclitaxel (Taxol) 做實驗,因為這個藥物無法穿過 BBB,但在用了脈衝雷射後,它順利進入大腦,老鼠腦中的腫瘤變小了,存活率也增加了。

他們用了兩種基改的母鼠模型做實驗,皆帶有膠質母細胞瘤的兩個重要病徵,包括分散浸潤性腫瘤(diffusely infiltrative tumor margin)和血管增生核心(angiogenic core)。在浸潤式腫瘤老鼠模型中(diffuse single-cell infiltration),雷射脈衝加藥物的治療方式讓腫瘤變小了 5-7 倍,只有黃金微粒、沒有藥物和脈衝的腫瘤是 47 mm3,只有藥物沒有脈衝的是 44 mm3,脈衝加藥物則是變小到只剩 4 mm3,存活率也增加了 50%,壽命從 40 天延長到 60 天。在血管增生腫瘤老鼠模型中(rapidly expanding angiogenic mass),雷射脈衝加藥物的治療方式讓腫瘤變小了 2.2-2.6 倍,只有黃金微粒、沒有藥物和脈衝的腫瘤是 90 mm3,只有藥物沒有脈衝的是 77 mm3,脈衝加藥物則是變小到只剩 36 mm3,存活率增加了 33%,生命也從 18 天延長到 24 天。

用超音波打開 BBB


雖然目前已知集中超音波開洞術(FUS-BBBO, focused ultrasound blood-brain barrier opening)可以短暫打開 BBB,但即使打開了,AAV 還是不容易進去,需要使用大量的病毒,而且也沒有精準性,無法控制它去需要治療的地方。

美國米大學(Rice University)由 Jerzy Szablowski 帶領的研究團隊開發了一個非侵入性治療的方法,是透過改造 AAV 改變病毒外層的殼蛋白(capsid protein),使它可以去指定的地方,再用超音波打開那個區域的 BBB,透過這個方式可以降低病毒劑量,並且有效的讓它們去該去的地方。

他們先建立一個帶有各種 AAV9 殼蛋白的病毒庫,把它們打進老鼠裡,兩個禮拜後解剖老鼠大腦分析,看哪個突變進入大腦的效果最好,再看其大腦區域性,挑出 35 個精準度最好的,再從中挑出 5 個最常見的蛋白序列,然後和沒有突變的 AAV9 做比較。

除此之外,他們還分析了病毒的脫靶率(off-target rate),還有進到肝臟的病毒量,發現其中有 4 個突變病毒的效果最好,而且沒有脫靶效應,進到肝臟的量也很少,其中以 AAV.FUS 3 最少,比 AAV9 少了 6.8 倍。

他們對 AAV.FUS 3 做進一步分析,看低劑量效果如何,發現即使降低了十倍進入神經細胞的量還是 AAV9 高了 4.6 倍 ,另外在標靶大腦特定區域的精準度上也不錯,其中針對海馬迴的效果增加最多。

也就是說,透過這個技術,不但可以增加病毒標靶特定細胞的精準度,還可以在低量的情況下有效地把病毒送進細胞裡,並且沒有脫靶效應,降低最其他器官的傷害。



Articles:

Drug-Delivery Technique for Brain Cancer Shows Growing Promise - News Center | The University of Texas at Dallas

Researchers pioneer noninvasive gene therapy for brain disorders | Rice University


Papers:

Q Cai, X Li, H Xiong et al. Optical blood-brain-tumor barrier modulation expands therapeutic options for glioblastoma treatment. Nat Commun (2023) DOI: 10.1038/s41467-023-40579-1

HR Li, M Harb, JE Heath et al. Engineering viral vectors for acoustically targeted gene delivery. Nat Commun (2024) DOI: 10.1038/s41467-024-48974-y










2024年6月1日 星期六

啤酒風味的秘密:AI 揭示哪些成分讓啤酒更好喝

隨著 AI 技術越來越進步,越來越平民化,可以應用的地方也越來越多,只要你有創意,任何地方都可以用 AI 幫你研發或賺錢,例如密西根大學的研究團隊想知道口腔益生菌需要哪些氨基酸,以便促進它們的生長,於是開發了一個人工智慧系統 BacterAI,用來預測益生菌喜歡什麼口味。

既然都可以用 AI 預設哪種口味比較瘦益生菌歡迎了,也可以用來預測人類的吧?例如哪種啤酒比較受歡迎?

比利時的啤酒研究中心


比利時的 KU Leuven (Katholieke Universiteit Leuven) 是世界前百大大學之一,除了大學本身外,還有好幾個研究中心,其中一個是專門研究啤酒的 [Leuven Institute for Beer Research (LIBR)](https://www.libr.be/index.php),除了有釀造啤酒的設備外,也有提供各種釀造啤酒的課程,以及釀造諮詢的服務。除此之外,他們也和 VIB 合作成立一個 VIB-KU Leuven Center for Microbiology,這個中心比較偏重研發,以及把學術界研發出來的東西商業化。這個中心裡面主要有五個實驗室,其中的一間實驗室 Verstrepen Lab,主要是研究啤酒酵母 Saccharomyces cerevisiae。

分析啤酒的風味


實驗室主持人 Kevin J. Verstrepen 和其研究團隊近期有一篇發表在 Nature Communications 的研究,是利用 AI 來預測啤酒裡的什麼分子會讓啤酒更好喝、更受歡迎。

研究團隊找了市面上賣的 250 種比利時啤酒,依它們的風味分成 22 種,包括了拉格(Lager)/Pils、Porter/Stout、Hoppy、Brown、Christmas (聖誕節特殊風味) 和 Strong Ale 等等,以及八種低酒精或無酒精啤酒(ABV  ≤ 4.2%),其中 Blonds 和 Tripels 風味的啤酒佔大多數,分別為 12.4% and 11.2%,反映了他們在比利時市場的市佔率。他們分析了啤酒裡的化學成分。每啤酒都測量其 266 種化學性質,包括酒精濃度、酸鹼值、糖的濃度,以及超過 200 種啤酒風味的化學物質。

是什麼讓啤酒有不同的風味?


他們發現有超過三成(37.2%)的化學物質是由啤酒花而來的 terpenoids,主要為草本和果香的味道。第二多的是酵母代謝物,包括甘油(glycerol)、酯類(esters)和酒精,為果香。其餘的則為麥芽衍生物,或是其他非 Saccharomyces 的酵母或微生物。另外,如果化學物質來源是相同的話,它們的濃度也會呈正相關,例如 citronellol 和 alpha-terpineol 皆為來自啤酒花的香氣,彼此之間的相關性強度為中等,但和啤酒花的苦味分子 iso-alpha acids 則沒有相關性,也就是說釀酒者可以透過加入啤酒花的時間來調整其香氣和苦味,早加的話苦味較多香氣較少,因為香氣揮發掉了,晚加的話則苦味較少,但保留較多的香氣。

除此之外,不同風味的啤酒都有其獨特的風味化學分子組合,除了所有風味的啤酒都帶有發酵本身會產生的甘油、乙醇(ethanol)和酯類外,酸啤酒的酸來自乳酸和醋酸,是因為是用醋酸菌或乳酸菌釀造的,例如 West Flanders (愛爾啤酒) 和 Fruit。啤酒花釀的啤酒,其苦味則帶有柑橘類和熱帶水果的香氣,釀造者可透過啤酒花的選擇來調節苦味和香氣,通常也含有較少的乳酸(lactic acids)和醋酸(acetic acids)。酒精濃度較低或無酒精的啤酒,其甘油和酯類物質較少。

利用 AI 找出受歡迎的啤酒風味


他們同時也對超過 18 萬個客人評價進行感官分析,然後將這些化學成分與甜味、酸度和口感等感官方面相連,餵給 AI 模型進行訓練,再用模型預測哪些成分最後歡迎,把這些成分添加在原本的啤酒裡讓品酒師盲測,結果都覺得調味過的啤酒比原來的更濃郁、更好喝。

經過評比之後,發現的幾個讓啤酒更好喝的要素:

- 乙酸乙酯(Ethyl acetate): 最關鍵因素,為啤酒帶來果香味和酒精味,但濃度影響很大,太濃可能反而不討喜。
- 乙醇(Ethanol): 第二重要因素,會影響啤酒風味和其他揮發物質帶給人的感受。
- 蛋白濃度:影響口感和啤酒整體風味,讓啤酒更濃郁,增加啤酒喜愛度。
- 乳酸(Lactic acid): 酸啤酒的酸味來源,喜愛度滿高的。
- Methanethiol & ethyl phenyl acetate: 對啤酒的風味意外的重要,雖然濃度高可能讓啤酒有種陳年的味道。



AI 技術在啤酒釀造領域的應用,為啤酒產業的發展帶來了新的機遇。未來,AI 將在啤酒釀造中發揮更加重要的作用,也許大家將來可以調出自己喜歡的啤酒風味,或是請 AI 配出你想要的啤酒風味。



Articles:

Science | Can brewers use AI to make better beer?


Reference:

M Schreurs, S Piampongsant, M Roncoroni et al. Predicting and improving complex beer flavor through machine learning. Nat Commun (2024) DOI: 10.1038/s41467-024-46346-0










2024年5月3日 星期五

從牛到人類:腸道菌祖先的交流之路

大家應該都知道,植物有細胞壁,細胞壁主要由纖維素(cellulose)和多醣(polysaccharide)組成,富含大量了熱量,這也是為什麼草食性動物不用吃肉也可以,因為牠們可以從細胞壁獲得能量。細胞壁雖然卡路里很高,但很難被消化,草食性動物之所以可以消化纖維素,是因為牠們的腸胃道裡有分解纖維素的腸胃道菌落。

人類能不能消化纖維素?


人類體內的酶可以分解一些簡單的碳水化合物,但無法分解植物細胞壁的纖維素,需要靠腸道菌的幫忙。

1984 年有一個關於人類到底能不能消化纖維素的研究,他們讓十位健康個體吃下標記有 14C 同位素的纖維素,然後連續七天每天收集其大便和呼吸樣本,檢測其中的 14C 同位素含量,結果發現有 57% 在糞便中,16% 在呼出來的二氧化碳中,總共 73%,剩下的 27% 可能就是被身體吸收了,也就是說消失的這些 14C 纖維素在腸胃道被腸道菌分解後被吸收了,而呼出來的二氧化碳有部分很可能是腸道菌代謝纖維素的結果。

人類從牛身上獲得分解纖維素的腸道菌


不過,我們體內的這些可以分解纖維素的腸道菌是哪來的呢?

根據最近發表在 Science 的論文,很可能是幾千年前剛開始馴化動物時,從牛或其他反芻動物身上得到的,這些反芻動物的腸道菌在進入人體住下來後,就進化成人類特有的菌種,不過在人類社會都市化後,某些族群體內的這些腸道菌就變少了,有些人認爲是速食和包裝零食造成的,加工食物改變了腸道菌落,而這個改變長期來說,可能會對健康有負面影響。

以色列 Ben-Gurion University of the Negev 的研究團隊之前在人類的腸胃道內,發現牛腸胃道菌的基因 cttA,是分解纖維素的纖維素體(cellulosome)中一個負責抓住纖維素的蛋白,最先在瘤胃球菌 Ruminococcus flavefaciens 中被發現。

他們想知道為什麼 cttA 會出現在人體裡,於是試著找其他帶有 cttA 基因的微生物,或是其他可以分解維生素的維生素體基因,他們掃了近五千個牛腸道菌的 DNA 檢體,以及九萬多個人類的腸道菌 DNA,包括一千到兩千年前,美國西南邊和墨西哥的人類糞便,看看裡面有沒有分解纖維素的細菌,同時也比較了現代採集狩獵族群,農村族群,以及工業化國家的人類糞便。

在分析比較維生素體後,他們發現人類有三個帶有維生素體的腸道菌和牛的腸道菌很像,像到你以為牛是人類的祖先,阿不是,是牛的腸道菌是人類腸道菌的祖先,啊應該是人類得到了牛腸道菌的祖先。




人類體內的瘤胃球菌多寡隨著飲食改變而有所變化


這三個腸道菌種皆屬於瘤胃球菌(Ruminococcus),包括 Ruminococcus primaciens, Ruminococcus hominiciens 和 Ruminococcus ruminiciens,都會產生可分解纖維素的纖維素體。這三種很廣泛地出現在古代人類、狩獵採集族群和農村族群的腸胃道中,但卻較少出現在工業化的社會之中。超過 40% 的古代人類檢體,以及五個現代採集狩獵者和農村居民者的檢體中,都有一個(20%)帶有Ruminococcus,但在丹麥、瑞士、美國和中國這些工業化的國家裡,二十個人中不到一個有 Ruminococcus,並且這些人中帶有的 Ruminococcus 也只有單一菌種,數量也較少,也就是說這些人吃下去的纖維素可能比較難被分解。

另外,他們也發現這些 Ruminococcus 喜歡的環境也不同,顯示了它們對環境的適應性。R. hominiciens 主要出現在人類和猿類(great apes)身上,很可能是源自反芻動物的腸胃道,然後在動物馴化的過程中轉移到人類身上,並因為人類的飲食習慣出現了適應性,它們主要是分解單子葉植物(monocots)的纖維,包括米、小麥和玉米這些人類的主食。R. primaciens 則是以古代人類和非人類的靈長類為主,主要是分解昆蟲骨骼中的幾丁質(chitin),靈長類的飲食中的一種。

由於病菌透過動物傳染到人類身上也不是什麼意外的事,作者認為可能是在一萬年前,馴化牛後不久的時候,農夫在處理牛糞時得到了一些牛帶有的細菌,其中意外喜獲腸道菌,這些反芻用的腸道菌在人類體內定居後,就漸漸適應了環境和變得多樣化,有些細菌從其他細菌那得到了可以分解複合澱粉的基因,因而獲得了分解玉米和小麥的能力。而工業化社會中,人類腸胃道內的瘤胃球菌之所以變少,很可能也是其適應性的結果,人類的飲食裡纖維素變少了,因此這些腸道菌所需的生長環境也漸漸消失了。



Articles:
Science | Some of our key gut microbes likely came from cows—and we’re losing them


Papers:

S Morais, S Winkler, A Zorea et al. Cryptic diversity of cellulose-degrading gut bacteria in industrialized humans. Science (2024) DOI: 10.1126/science.adj9223










2024年4月25日 星期四

糖尿病藥物 metformin 有減重效果也是因為~

史丹佛大學的研究團隊之前發現,劇烈運動過後會讓人沒有食慾,原因是體內產生大量的 Lac-Phe (N-lactoyl-phenylalanine),是乳酸(lactate)和氨基酸 phenylalanine (Phe) 結合後的代謝物,會抑制你的食慾,有潛力成為新型的減肥藥物,而在他們最新的研究裡,發現用來控制血糖的糖尿病藥物 metformin 也會使體內的 Lac-Phe 增加。

相關文章:劇烈運動後為什麼會沒食慾?



在這篇研究之前,metformin 作用的機制並不清楚,但患者使用藥物後的第一年,體重會減輕 2%-3%,雖然跟減肥神藥 semaglutide 可以減到 15% 以上不能比,但是效果是可重現的。

metformin 的減重機制


由於乳酸和 Lac-Phe 之間的關係,讓他們想到 metformin 也許也是透過 Lac-Phe 而出現減重的效果,因為 metformin 之所以可以降血糖,是因為它是透過抑制 complex I 來促進葡萄糖分解,進而產生大量的乳酸。研究團隊發現肥胖老鼠在用了 metformin 之後,血液中的 Lac-Phe 上升了,而且也吃得比較少,最後在九天的實驗中體重減輕了約兩克。近一步探究,他們發現 Lac-Phe 增加的來源是是腸道裡表現 CNDP2 (cytosolic nonspecific dipeptidase 2) 的上皮細胞,CNDP2 是讓乳酸和 Phe 結合產生 Lac-Phe 的酵素,缺少 CNDP2 的老鼠,吃了 metformin 後體內 Lac-Phe 不會上升,也沒有減重效果。

他們也分析了第二型糖尿病患者在使用 metformin 前和使用 12 個禮拜後的血液,也同樣發現血液中的 Lac-Phe 在使用 metformin 後顯著增加了。另外,在一個大型的動脈粥狀硬化(atherosclerosis)試驗中,有使用 metformin 的患者血液中的 Lac-Phe 也比沒使用藥物的人高很多。



雖然 metformin 的減重效果沒減肥神要那麼好,但它是使用已久的口服藥,現階段或可當作另一個選擇。



Articles:

Weight loss caused by common diabetes drug tied to “anti-hunger” molecule in study | News Center | Stanford Medicine


Paper:

S Xiao, VL Li, X Lyu et al. Lac-Phe mediates the effects of metformin on food intake and body weight. Nat Metab (2024) DOI: 10.1038/s42255-024-00999-9




2024年4月24日 星期三

創新移植 -- 把淋巴結變成器官

說到器官移植大家想到的就是把捐贈者的器官移植到患者身上,或是之前提過的,用其他動物的器官,不管怎樣都是同樣的器官,而且是一個器官只能捐給一個患者,但是最近的這個器官移植案例,則是把捐贈者的器官細胞移植到患者的淋巴結(lymph node, LN),讓它轉變成想要的器官,並且可以捐給多個患者。

一個非常創新的作法,最近成功的臨床試驗患者也是史上第一例。



細胞移植上創新的由來


這家位於賓州匹茲堡(Pittsburgh)的生技公司 LyGenesis 是比茲堡大學的 spin-off,創立於 2017 年,主要是以細胞治療的方式進行器官移植。他們的 CSO Dr. Eric Lagasse 在十幾年前發現,被植入進淋巴結(lymph nodes, LN)的肝細胞(hepatocytes)不但可以存活,還會組織成功能正常的迷你肝臟。有趣的是在他們 2012 年發表在 Nature Biotechology 的論文寫道,因為淋巴結除了有大量的養份流來流去,很適合癌細胞生長和轉移,也通常是癌細胞轉移的第一個據點,因此想到搞不好也適合用來植入健康的細胞,於是出現了這個細胞治療策略,把捐贈者的器官細胞植入的淋巴結,由於人體內有超過五百個淋巴結,本身的功能也包括濾掉體內垃圾,和肝臟的功能類似,所以適合拿幾個來生長成迷你肝臟。

應用在器官移植上


該方法已試驗在老鼠、狗和豬身上,把肝臟細胞植入老鼠的一個淋巴結後,就會長出足以挽救老鼠生命的迷你肝臟。把胸線細胞植入淋巴結,可以讓沒有胸線的老鼠產生正常的免疫反應。把胰島(pancreatic islets)細胞植入糖尿病老鼠的淋巴結,就可以恢復其體內的血糖控制。用在豬身上時,兩個月內就長出一個類似健康肝臟的迷你肝臟。

在他們的第二期臨床試驗中,是把捐贈者的肝臟細胞分離出來後,用內視鏡超音波(endoscopic ultrasound)手術植入患者上腹部,肝臟附近的淋巴結中,讓它增生後把淋巴結轉變成迷你肝臟,接受該方法移植的患者恢復良好已出院。

你可能會問,迷你肝臟不會越長越大,長成正常大小的肝臟嗎?

該公司的 CEO Michael Hufford 表示,迷你肝臟是透過壞掉肝臟傳遞的訊息生長,因此只要迷你肝臟可以正常運作,訊息就會消失,迷你肝臟也會自己停止繼續生長,不過他們也不確定迷你肝臟到底會長多大。

LyGenesis 計畫在 2025 年中收到 12 位肝病末期(end-stage liver disease, ESLD)患者進行第二期臨床試驗。

除了肝臟,正在 pre-clinical trial 的還有抗老化的胸線細胞移植(thymus)、腎臟末期的腎臟細胞移植和用於糖尿病的胰臟細胞移植。



News:

‘Mini liver’ will grow in person’s own lymph node in bold new trial










糖尿病藥物新進展 -- 口服胰島素

目前糖尿病 患者是用注射型胰島素控制,但除了不夠方便外,還需要嚴格的血糖控制來避免不良作用和低血糖(hypoglycaemia)的情形。

相關文章:胰島素發現史 — 學術界黑暗面

胰島素膠囊


挪威北極大學(Arctic University)和澳洲雪梨大學(University of Sydney)的研究團隊合作研發了一種只有頭髮萬分之一寬的口服奈米胰島素膠囊,如果在人體試驗成功的話,不但比注射方便,也更像胰島素在體內釋放的方式。雖然很多藥物都可口服,但至今未有口服胰島素是因為它進入胃後可能會先被降解而無法到達目的地,而該研究團隊則開發了一種可以保護胰島素不被胃酸降解的包膜,使它可以順利到達肝臟。不過,如果包膜不會被胃酸降解,那它到肝臟後如何被釋出?



他們先把胰島素和硫化銀量子(silver sulfide quantum dots, Ag2S QDs)結合後,再用甲殼素和葡萄糖的聚合物去包裹(chitosan/glucose polymer, CS/GS polymer)成奈米微粒,使其可以口服。這個口服胰島素在酸性環境中不會溶解,可以增加在腸胃道裡中性環境中被吸收的機會。

胰島素要怎麼被釋放出來?


肝臟的葡萄糖苷酶(glucosidase)在血糖升高的時候會活化,可以分解包膜的醣類聚合物,釋放出胰島素到肝臟、肌肉和脂肪,降低血液中的葡萄糖。也就是說,只有在高血糖的時候胰島素才會被釋出,血糖低的時候不會,也就可以減少血糖過低的狀況發生,比起一次注射大量胰島素的方式,這種膠囊更能夠準確控制胰島素的釋出,更符合患者需求。

在他們第一型糖尿病的老鼠實驗中,口服胰島素和注射型胰島素的效果差不多,皆可在 15 分中內降低血糖,而每日一劑的口服胰島素除了可以維持老鼠的血糖外,也沒有出現血糖過低、變胖和脂肪堆積在肝臟的現象,但是使用注射行胰島素的老鼠體重則增加了 30%。

另外,他們也把口服胰島素和無糖巧可力混在一起,讓它變得比較可口後試驗在健康狒狒身上,結果顯示中高劑量(5 UG/kg, 10 IU/kg)口服胰島素都可以在 15-30 分鐘內降低血糖,且沒有低血糖的情況。



人體的臨床試驗預計在 2025 年開始,由澳洲的 Endo Axiom Pty Ltd 進行臨床試驗,第一期將會看其安全性,以及是否會造成血糖過低,第二期則是看是否能取代注射型胰島素,希望在未來的兩、三年內上市。



Article:

New medicine can create a new life for diabetes patients – without needles! | UiT


Paper:

NJ Hunt, GP Lockwood, SJ Heffernan et al. Oral nanotherapeutic formulation of insulin with reduced episodes of hypoglycemia. Nat Nanotechnol (2024) DOI: 10.1038/s41565-023-01565-2










2024年3月23日 星期六

人類首次移植豬的腎臟

最近的其中一個大新聞是今年三月中時,有位 62 歲的男士在麻省綜合醫院(Massachusetts General Hospital, MGH)成功移植了豬的腎臟,移植後腎臟便開始正常運作,預估患者很快就能出院。之所以是大新聞,是因為這是第一例人類接受動物腎臟的移植後,患者還能活動,甚至應該可以出院正常生活的手術,也就是說,未來需要移植的患者可能不需要苦等了。

為什麼這麼說?因為嚴格來說,去年年中美國的 NYU Langone Health 已經進行過把豬腎臟移植到人類身上的手術了,只是移植者是腦死患者,雖然移植一個月後並沒出現感染或免疫排斥反應,但畢竟患者已經腦死,還是無法確定這種移植在有意識的患者身上會怎樣。

不過,豬腎臟是哪來的?隨便一隻豬都可以拿來移植嗎?


並不是哦!移植的豬是由麻州生技公司 eGenesis 所提供的,他們在過去五年已和 MGH 合作基改這些豬,並於去年把基改結果發表在 Nature 上面,他們利用 CRISPR 移除了對人體有害的基因,並加了一些人類的基因外,也把豬的內源性 retroviruses 滅活以排除感染的風險。

相關文章:製造器官的新方法 -- 讓豬體內長出人類的器官

用豬器官來移植會遇到哪些問題?要怎麼改善?


用來移植的豬之前並不是沒基改嘗試過,不過有幾個問題:

1. 用的豬是經濟用豬,器官比人類大。?

2. 是為實驗用的猴子而設計的,因此雖然沒有 α-Gal (galactose-α-1,3-galactose) 或 the α-Gal and Sd(a) (Sia-α2.3-[GalNAc-β1.4]Gal-β1.4-GlcNAc) glycans,但卻有猴子的 Neu5Gc (N-glycolylneuraminic acid) glycan。如果要移植到人類身上的話,最好三個都移除掉,因為這三個人類都沒有。

3. 豬的基因體帶有內源性的 retrovirus (porcine endogenous retrovirus, PERV),有感染人類的風險。

因此他們在移植豬的身上,做了些改變以適用於人類身上:

1. 用較小的迷你豬種 Yucatan Miniature
2. 把三個聚糖基因都移除
3. 把 PERV 的基因移除
4. 加入七個人類基因,包括免疫系統的 CD46, CD47 和 CD55,凝血相關的 THBD 和 PROCR,以及降低缺血灌流損傷、細胞凋零(apoptosis)和發炎反應的 TNFAIP3 和 HMOX1。



移植患者復原良好


這位接受豬腎臟移植的是一位第二型糖尿病患者,另外還有高血壓和腎臟疾病,2018 年年底的時候已接受過人類腎臟的移植,但在五年後移植的腎臟就無法用了,去年五月便開始洗腎,且有病發症,需每兩週去醫院一次。想再接受一次移植來改善生活品質也不是不行,但目前美國有超過十萬人在等著移植,在等移植的同時,每天有 17 人死亡,因此在沒有其他治療方法的情況下,FDA 核准了這次的移植手術。患者在手術後還是有接受一些抑制免疫反應的藥,以更近一步降低免疫排斥的風險,目前為止患者並沒有出現排斥反應,並且可以自己走路了,醫生預估不久後即可出院。



Article:

World’s First Genetically-Edited Pig Kidney Transplant into Living Recipient Performed at Massachusetts General Hospital










女人的眼淚,會讓男人⋯⋯

眼淚除了發洩情緒,讓人知道你很難過,以及把進入眼睛的異物洗出外,還有什麼其他的功能?

用眼淚表達情緒,可能是人類獨有的。


在動物的世界裡,眼淚的功能是傳遞訊息。由之前的研究裡知道,老鼠除了尿液含有費洛蒙(pheromones),傳遞關於性的訊息外,眼淚也有同樣的功能。公鼠的眼淚中含有由眼窩外涙腺(extraorbital lacrimal gland)分泌的 ESP1 (exocrine gland-secreting peptide 1),除了會增加母鼠愛愛的意願,也會增加公鼠本身的攻擊行為。而母鼠的眼淚中的皮質酮酸(cortigynic acid)和其他分子會降低公鼠的攻擊行為,並把牠轉變成想愛愛的行為,懷孕的母鼠則在偵測到來自不是孩子的父親的的 ESP1 後會流產。

那人類呢?人類的眼淚是否也含有某種傳遞訊息的化學分子?其功能是什麼?



女人的眼淚降低男人的性慾


以色列 Weizmann Institute of Science 的研究團隊在 2011 年的時候,發表了一篇研究在 Science,顯示女人的眼淚會降低男人的性慾。

在這個研究中,他們找來了兩位跟劉雪華一樣,可以想哭就哭的女士,給她們看一部 1979 年的傷心電影,在她們流淚時收集其眼淚。做為對照,則是把生理食鹽水滴在女性的臉頰上,讓它跟眼淚一樣從臉頰上流下來,如果臉上有抹保養品或噴香水的話,也會跟眼淚一樣,在流下來的時候洗到一些保養品。

接著,他們讓 24 位年齡介於 23 歲到 32 歲的男性對著裝的真眼淚和假眼淚的容器深呼吸十次,並且評斷其味道的強烈程度,以及帶來的愉悅感和熟悉感。除此之外,為了讓他們能夠一直聞到淚水或生理食鹽水,便把化妝棉用眼淚浸濕後黏在人中的地方,然後讓他們看螢幕上被修圖過的女士臉龐,為各個臉龐的桑心程度和吸引力評分。研究團隊把快樂和傷心的表情融合在一起,讓參與者難以辨認圖片中女性的情緒。測試分為兩天,一天是生理食鹽水,一天是真淚水。

評測結果顯示,真淚水和假淚水的味道強烈程度,以及其愉悅感和熟悉感並沒有差別。有趣的是有 70% 的男性聞了真淚水後覺得女性變得沒有吸引力,但是在同理心上和共感照片中女性的情緒上沒有差別。

由於眼淚和生理食鹽水皆無色無味,實驗的男性聞不出眼淚和生理食鹽水的區別,無法影響他們對女性情緒的看法,但是他們在聞到眼除此之外,產生性慾的程度也反映在生理上,在聞了真淚水後,男性的心跳、呼吸、體溫和睪固酮(testosterone)都下降了,表示他們的性慾真的沒了。透過腦部 fMRI,他們也發現通常男人們在看到色色圖片時,大腦會有反應的下視丘(hypothalamus)和梭狀回(fusiform gyrus),在接觸到女人的眼淚後就沒那麼活躍了。

作者表示,女性在經期時情緒波動較大,較容易流淚,可能就是一種讓男性知道,這個時候不適合愛愛的訊號。

女人的眼淚降低男人的攻擊性


女人的眼淚除了降低男人的性慾外,研究團隊去年又發表了一篇研究在 PLOS Biology,顯示女人的眼淚還可以降低男人的攻擊性。之前已由老鼠實驗得知,母老鼠的眼淚有此功效,但是不知道女人的是否也是如此。

在這個實驗中,一樣讓提供眼淚的女性看桑心電影,然後邊哭邊收集流下臉頰的眼淚,對照的假眼淚也同樣是把生理食鹽水滴在臉頰上,讓它流下臉頰後收集。接著,把真眼淚或假眼淚滴在化妝棉,黏在男性參與者的人中後立刻讓他們玩 PPSAP (Point Subtraction Aggression Paradigm)。跟之前一樣,也是連續兩天同一時間來,然後一次用眼淚測試,一次用生理食鹽水策次,採雙盲製。

PSAP 是一種線上電腦遊戲,參與者會與一個虛擬對手比賽,但他們會以為對手是真人。遊戲的目標是盡可能賺更多的錢,遊戲結束時會拿到他們賺的錢。在遊戲開始前,參與者被告知兩個玩家之中有一個是可以偷對方的錢,另一個則是扣對方的錢,但不會進到自己的錢包裡。至於是偷錢還是扣錢,則是用抽籤決定,但抽籤結果會讓參與者一直抽到扣錢的角色。會給參與者兩個軟球,一手一個,同時握緊球五秒鐘的話會得到 1 NIS (1 NIS = approximately $0.33)。

遊戲被切割為 10 個事件,每次 10 秒,因此參與者最多可以得 2 NIS。有時候參與者會發現他的錢突然少了,然後會被誤導為是被對手偷的,試圖激怒他。參與者可以有兩種反應,一種忽略它並繼續玩,另一種是扣對方 3 NIS,如果要扣對方錢的話就擠壓一顆球,這被認為是報復行為,也就是攻擊行為(agression)。

在這個遊戲中,攻擊行為是透過 APR 來計算,也就是攻擊次數和被激怒次數間的比例,APR 高的話就表示攻擊性高。每次的實驗長度為每人每天 90 分鐘到 120 分鐘。

結果呢?

聞真女人眼淚的男性,其攻擊行動下降了超過 40%,當研究人員用 MRI 掃描他們的大腦時發現,兩個和攻擊行為相關的區塊,也就是前額葉皮質(prefrontal cortex, PFC) 和腦前島葉(anterior insula),在男人被激怒時變得很活躍,但有聞女人眼淚的話就沒有。另外,如果這兩個區域的活動程度差別越大,他發動攻擊的頻率就越小。



不負責結論:女人的眼淚真是多功能,不過他們應該分析一下成分,看是不是跟老鼠的眼淚一樣,最好是也分析一下男人的眼淚做比對。XD

本來想知道男人和女人的眼淚有何不同,是否也有不同功用,但找不到關於男人眼淚的研究。😂



Articles:

Sniffing women’s tears reduces aggressive behaviour in men | EurekAlert!

Science | A Woman's Tears: The Anti-Viagra?



Papers:

S Agron, CA de March, R Weissgross et al. A chemical signal in human female tears lowers aggression in males. PLoS Biol (2023) DOI: 10.1371/journal.pbio.3002442

S Gelstein, Y Yeshurun, L Rozenkrantz et al. Human tears contain a chemosignal. Science (2011) DOI: 10.1126/science.1198331










2024年3月8日 星期五

哺乳動物有更年期嗎?

除了人類和靈長類以外的哺乳類動物,到底有沒有經期和更年期?

大部分的哺乳類動物並沒有經期,牠們的是發情期(estrus cycle)。人類的月經是指子宮內膜,連同血液和組織經由陰道脫落,而動物的發情期則是子宮內膜被重新吸收,而不是脫落。由於這些哺乳類動物沒有所謂的月經(menstruation),因此在定義上便不算有更年期(menopause),但這不代表牠們沒有生殖器官老化,無法生育的情形,這個因老化而停止排卵的現象為 oopause。



要如何知道動物是否 oopause?在正常排卵期間,一個或多個卵母細胞(oocytes)會從卵巢中的卵泡中釋放出來。之後,卵巢中每個排卵後的卵泡殘餘物會轉變成黃體(corpus luteum),最後黃體會退化並轉變為白體(corpus albicans)。在大多數物種中,白體會被吸收回體內。因此,最直接的方法是根據卵泡或黃、白體的數量,可以得知卵巢中可用的卵泡有多少,以及最近是否排卵。間接的方法則是測量牠們的經期或發情期的長短及週期,這些可以透過賀爾蒙、陰道細胞和發情時間等等得知。除此之外,可以由牠們的生育能力和停止生育後的存活時間長短來得知,也就是 PrR (post-reproductive representation),即停止生育後到死亡前的時間,在整個壽命中的比例為多少。

目前所知有更年期的動物只有人類和鯨魚。不過,由最近發表的兩篇研究可知,很多哺乳類動物其實有更年期。

德國癌症中心(German Cancer Research Center)的研究團隊發現很多哺乳動物在生育能力停止後還活了很長一段時間,例如人類的壽命長到可以經歷更年期,如果動物大多數在更年期之前就死亡的話,可能就無法得知牠們是否有更年期,例如母黑猩猩生到最後一刻的這種,就會被認為沒有更年期。他們先是發現實驗老鼠有這種現象,常常在最後一次生育後還活了很久,似乎也有更年期。他們很好奇是否其他動物也有更年期,於是便收集哺乳動物相關的論文來做資料分析,其中涵蓋了超過 70 種物種,結果發現 80% 以上的物種在停止生育後仍存活了很久,包括馬、家貓、非洲和亞洲象、老鼠和黑猩猩等,都有更年期。如果更年期的定義是動物活得夠老到停止排卵後還活著,而不是被獵捕者殺死或病死的話,由這篇研究可知,很多哺乳類動物是有更年期的。

另一篇研究提供的「哺乳類也有更年期」的證據是黑猩猩(chimpanzee),雖然很多研究顯示,母黑猩猩是生到生命的最後一刻,但是烏干達雞巴萊國家公園(Kibale National Park)裡的野生母黑猩猩 Marlene 卻和大家以為的不一樣,牠最後一次生小孩是在 23 年前,也就是說牠早就更年期了。

一個由加州大學 UCLA 和亞利桑那州立大學(Arizona State University)等等合作的研究團隊追蹤了雞巴萊國家公園裡野生 Ngogo 族群中 的 185 隻母黑猩猩長達 21 年的時間(1995–2016),牠們的年齡介於 14 歲(剛成年)到 67 歲之間,研究團隊在分析了其生育率和死亡率後,計算出牠們的 PrR。

他們發現,有不少母黑猩猩的壽命超過牠們最後一次生育,也就是說牠們在最後一次生育後還活了一段時間,表示牠們並沒有生到生命的最後一刻。透過猩口普查,科學家們得到了母黑猩猩在最後一次生育後還活了多久的數據,即在最後一次生育後平均還活了八年,大概佔了牠們成年期約 20% 的時間。不過,跟人類比算短的了,人類在最後一次生育後到死亡的時間大概佔了 40% 到 70%,殺人鯨的則佔了約 30%。

在人類身上,要知道是否更年期可由濾泡刺激素(FSH, follicle-stimulating hormone)和黃體促素(LH, luteinizing hormone)增加,以及雌激素(estrogens)和黃體素(progestins)下降而知。研究團隊為了想知道黑猩猩是否也有類似人類的更年期,檢測了其中 66 隻母黑猩猩尿液中的四種性賀爾蒙濃度。結果發現,母黑猩猩在 30 歲過後生殖力就開始下降,50 歲之後就不再生育,而且這些黑猩猩很多都活超過 50 歲。跟人類一樣,牠們進入更年期後,濾泡刺激素和黃體促素上升,雌激素和黃體素下降。

為什麼 Ngogo 族群裡的母黑猩猩可以停止生育後還活很久,但其他的黑猩猩族群就沒有這樣,至今仍是個謎。作者表示,這有可能是因為 Ngogo 的黑猩猩過太爽,生活環境中沒有天敵外,每天吃很好,也鮮少有人類和其他黑猩猩社群來打攪,所以可以在停止生育後還活到 60 幾歲,不然通常野生的黑猩猩很少能活超過 50 歲。那,為什麼人類有更年期呢?最為人知的原因就是「阿嬤假說 (grandmother hypothesis)」,因為老人就算沒有小孩,還是可以玩孫子,但這在黑猩猩身上不成立,因為黑猩猩的女兒成年後就離家了。



Articles:

New Scientist | Most mammals go through the menopause - if they live long enough

Science | Menopause may be widespread among mammals, challenging famed hypothesis


References:

BM Wood, JD Negrey, JL Brown et al. Demographic and hormonal evidence for menopause in wild chimpanzees. Science (2023) DOI: 10.1126/science.add5473

I Winkler & A Goncalves. Do mammals have menopause? Cell (2023) DOI: 10.1016/j.cell.2023.09.026











2024年1月1日 星期一

拉格啤酒是怎麼開始流行的?

大家喜歡喝啤酒嗎?喜歡喝哪種呢?知道啤酒的來源嗎?

啤酒大致分成兩種,拉格(Larger)和艾爾(Ale),而拉格啤酒佔所有啤酒銷售量的 90%。

兩者不同的地方不只在發酵過程,他們用的酵母菌株也不一樣。艾爾啤酒用的是大部分人所熟知的啤酒酵母 S. cerevisiae,做酵母菌實驗的人應該都用過這株酵母,但拉格啤酒用的酵母菌株的來源則是個謎。



根據對歷史釀酒記錄和酵母菌的基因史的綜合分析,用於釀造大多數現代拉格啤酒的酵母是於 1602 年至 1615 年間,在最初的慕尼黑皇家啤酒廠(Munich Hofbräuhaus)的地窖中,混合白啤酒和棕色啤酒的酵母漿時產生的。

十七世紀的釀酒師雖然不知道酵母的存在,但他們發現這種新的混合物很受歡迎,它像淺色啤酒一樣發酵強勁,但像深色啤酒一樣能耐受較低的溫度。在小冰河時期,也就是公元 1300 年至 1850 年左右,該地區的溫度急遽下降,而這株酵母菌耐低溫的特性意味著人們可以在北半球的春天早期釀造出乾淨口感的拉格啤酒,

利用基因分析找出拉格啤酒的祖先


關於拉格啤酒酵母菌的起源,主要的線索是來自 2016 年時,研究人員分析了 120 種拉格啤酒和愛爾啤酒酵母菌的基因,想整理出它的族譜,最後發現這株用來釀拉格啤酒的 S. pastorianus 是釀小麥啤酒(wheat ales)的酵母菌 S. cerevisiae 和釀棕色啤酒的酵母菌 S. eubayanus 的混種。2019 年時,VIB–KU Leuven Center for Microbiology 的微生物遺傳學家 Kevin Verstrepen 和他的同事分析後表示,這株混種酵母菌大約起源於 16 世紀中葉,可能來自巴伐利亞,因為它的 DNA 中來自於酵母菌 S. cerevisiae 的片段最接近巴伐利亞的那些菌株。

受到這些結果的啟發,慕尼黑工業大學(Technical University of Munich)釀酒微生物學家馬 Mathias Hutzler、已故生物化學家 Franz Meußdoerffer 和釀酒科學家 Martin Zarnkow 翻遍了酒廠的歷史記錄和德語古籍,甚至還在巴伐利亞各地的酒廠地窖中搜尋古老的酵母樣品,想找出兩種酵母菌混合的可能地點。

最後,他們拼湊出了這株混種酵母的歷史。

拉格啤酒的起源


大概 13,000 千年以前,Levant (現今敘利亞雅那區)就有釀酒的紀錄,這應該是啤酒的起源。

中世紀(Middle Ages, 476 A.D - 1400~1450)


雖然那時候沒有現代科學,但已經知道發酵需要用酵母菌。這時也已知酵母會沈澱在發酵桶底部,但在某些特殊情況下,上層發酵的 S. cerevisiae 也會沈澱。

上層發酵是歐洲最初用來釀啤酒的方法,包括波希米亞地區(布拉格),而下層發酵則是在十四世紀的時候才開始普遍,主要在 Franconia (巴伐利亞北部) 和 Upper Palatinate (巴伐利亞東部),這些地區是上下層酵母菌混在一起用,因此溫度成為關鍵,釀造者可以取上層或下層的酵母菌作為下次釀酒的種子。

上層發酵(bottom-fermented)是指在發酵過程中,酵母菌會浮到麥汁表面,使啤酒上層有一層蓬松的泡沫;而下層發酵(bottom-fermented)是指發酵得比較平靜,並沉積在容器的底部。

十二、十三世紀(西元 1100 - 1200)


十二、十三世紀左右,專業釀酒技術開始出現於中北歐,大家對酵母菌和啤酒發酵才產生興趣。這時候啤酒主要是用大麥和啤酒花釀造的,之後的釀酒技術產生了一種新的啤酒,需要較長的發酵和較低的溫度,產生的新啤酒種類為拉格啤酒(mixed yeast cultures, pre-S. pastorianus modern lager yeast time)。而這個最原始的拉格啤酒不久便取代了舊啤酒,因為它較穩定,所以適合運送。新啤酒分成兩種:Märzen 是在春夏之前的三月釀造,overseas 則是穩定和適合外銷的啤酒。

十三到十七世紀(西元 1200 - 1600)


十三世紀到十七世紀時,由於氣候較冷,較適合釀下層發酵啤酒。

十四世紀的時候,大麥取代燕麥為釀啤酒的原料。

十五、十六世紀的時候,由於各種原因,中歐開始大喝啤酒,也因此在地的啤酒廠開始興盛起來,每個啤酒廠根據配方(大麥、小麥和燕麥的比例)、技術和酵母菌的不同都有自己獨特的風味。

1516 年的時候,由於巴伐利亞啤酒純淨法(Beer Purity Law of 1516)規定在寒冷的春季時,釀酒廠只能用大麥(barley)和啤酒花(hops)去釀下層發酵啤酒,這樣在食物短缺時還有小麥可以用來做麵包,因此下層發酵成為巴伐利亞主要的釀造法。當時只有只有兩個下巴伐利亞的貴族家族保留釀造白啤酒(Weißbier)的權利,而這間啤酒屋是 17 世紀初唯一被允許釀造大量上層發酵的白愛爾啤酒的釀酒廠。

十七世紀以後(西元 1600~)


1602 年的時候,巴伐利亞公爵 Maximilian 從波希米亞貴族家庭那裡奪取了小麥白啤酒的釀造權,然後把這株酵母和帶到了慕尼黑皇家啤酒廠(Munich Hofbräuhaus),並找了來自 Einbeck 的白啤酒釀酒大師 Elias Pichler,在這裡 S. pastorianus 和 S. eubayanus 這兩株酵母菌結合了,這時候 S. eubayanus 已被用於下層發酵啤酒。1602 年到 1607 年,來自巴伐利亞的 Schwarzach 市和 Lower Saxony 的 Einbeck 市的釀酒師都跑到慕尼黑慕尼黑皇家啤酒屋,這家釀酒廠本來白啤酒和棕色啤酒都釀,五年後白啤酒的釀造轉移到 Platzl 的新的釀酒廠 Weißes Hofbräuhaus,後來 1808 年的時候,原本的皇家啤酒廠被併到 Weißes Hofbräuhaus。

1883 年的時候,Carlsberg Research Laboratory 的真菌學家 Emil Christian Hansen 純化出這種混合酵母,並以法國化學家 Louis Pasteur 的名字命名為 Saccharomyces pastorianus。Hansen 純化的菌株帶起了啤酒革命,因為釀酒師可以因此固定釀出同樣高品質的拉格啤酒。在此之前,野生的酵母菌株有時會污染麥汁,導致啤酒病(beer sickness)和胃腸不適。純化過後的 S. pastorianus 迅速取代了之前的酵母菌株,目前大部分的拉格啤酒都是用此菌株釀造。


Apple Podcast: 拉格啤酒的由來


Articles:

Science | Modern lager arose when a beer and an ale met in a Munich brewhouse (April 2023)


Publications:

M Hutzler, JP Morrissey, A Laus, F Meussdoerffer & M Zarnkow. A new hypothesis for the origin of the lager yeast Saccharomyces pastorianus. FEMS Yeast Research (2023) DOI: 10.1093/femsyr/foad023