實驗法｜研究蛋白質功能

不知道大家在研究某個蛋白質的時候都是從哪方面著手呢？除了它的 subcellular localization 之外，我通常都是從 protein-protein interactions 著手，如果已經知道是和哪個蛋白質 interact，就會看它是用哪個 domain 和其他蛋白質 interact。

最常用(?)的方法大概是把它切成幾個片段，然後用這些片段去做 co-IP，看哪個片段和其他蛋白質 interact。那要如何決定要怎麼切蛋白質呢？通常我是把氨基酸序列丟到 PROSITE 去看它有哪些 functional domain，如果已經有其他人發表關於這個蛋白質的研究的話，可以先看一下其他人怎麼切的，如果還沒有其他人做，那就丟進 PROSITE 去看看。不過呢，PROSITE 能做的就是看它的 secondary structure。

上個禮拜學到另一個方法，就是看蛋白質的 tertiary structure，找出和它類似結構的蛋白質。這個方法可以用在純化某個蛋白質的時候，你找不到關於純化這個蛋白質的論文，丟進 PROSITE 後只顯示出它是屬於某個 superfamily，但是沒有特別的 domain，這時候可以丟進 Phyre2 去找有類似結構的蛋白質，它會找出在 Protein Data Bank (PDB) 裡結構和你要找的蛋白相似的蛋白質，當然不可能是整個蛋白質的結構都和你要的相同，可能只是某個片段，他會告訴你那些片段和你要找的蛋白質的相似度是多少，然後你再自己判斷你要以哪個蛋白質結構為依據來研究你的蛋白質。

不知道這樣解釋夠不夠清楚，目前手邊沒有可以做示範的蛋白質，如果有人有想要研究的蛋白質的話，可以留言一下，我再示範出來。



也歡迎大家分享自己的研究方法唷~ 😄



其他有用的網站：

European Bioinformatics Institute: 我常用的是它的 Clustal Omega
ExPASy Bioinformatics Resources Portal: 我常用的是它的 ProtParam
UniProt: 可以找到蛋白的結構資訊
Protein Secondary Structure: 各種線上資源的連結
NCBI COBALT: multiple alignment for protein sequences
Cold Spring Harbor (CSH) Protocols: 免費的各種 protocols
CSH Recipes: 各種 buffers 的配方
SnapGene Viewer: 用來看 DNA sequences 的軟體，有些 vector map 會有人已經標好各種 primers 或是 tag，不用自己找自己標，很方便。（有付費版本，可以自己剪貼，但我都用免費只有觀看和標示功能的。）這個也可以用來看定序圖哦，也可以手動改 ATCG。