癌症免疫療法 - neoantigen vaccine

免疫療法也是近來滿熱門的一個領域，就是另用免疫系統去殺死癌細胞，有的是改造免疫 T cells，讓他能夠辨識出癌細胞，然後消滅它，例如 CAR T-cells。另外就是去年得諾貝爾獎的 PD-1 和 CTLA-4，利用小抗體去阻斷 T cells 的訊息傳遞。簡單來說就是 T cells 會表現 PD-1，而體內的一些正常細胞會表現它的配位基(ligand) PD-L1，PD-1 和 PD-1 結合後會抑制淋巴細胞的活化(activation)和繁衍(proliferation)，然而癌細胞也會表現 PD-L1，誤導免疫細胞說它是無害的正常細胞，T cells 就不會去攻擊它，小抗體就是用來阻斷這兩個蛋白的結合。

相關閱讀：免疫系統中的檢測點 PD-1 和 CTLA-4

癌細胞的產生是因為一層層的突變所造成的，而這些突變會使癌細胞生產所謂新的氨基酸片段(也就是胜肽, peptide)，稱為 neoantigen，因為正常細胞沒有這些突變，所以不會產生 neoantigen。這些氨基酸片段會被 MHC (major histocompatibility complex) 表現在細胞表面讓免疫細胞檢查，而這些 neoantigen 會被免疫系統辨識為外來物，然後被免疫細胞殺死。這些會從血液遊走到腫瘤，然後清理癌細胞的免疫細胞稱為 tumour-infiltrating lymphocytes (TILs)。但是很多癌細胞，例如腦腫瘤 glioblastomas 的癌細胞並沒帶有太多突變，表現在細胞上的 neoantigen 也不多，因此可以躲過免疫細胞的攻擊。


Figure / Interaction between tumour cell and T cells via PD-L1:PD-1 and MHC:Ag:TCR; T cell receptor (TCR) (C Barnhart, JADPRO 2015; PMID: 26557410)

最近有兩篇刊載 Nature 的研究報告了免疫治療的臨床研究結果，這兩個臨床試驗還有一個重點，就是所謂的個人化治療(personalized medicine)，或是稱精準治療(precision medicine)。上面提到有些腫瘤因為突變會產生不同的氨基酸片段，每個人的腫瘤細胞產生的 neoantigens 會不太一樣，個人化治療就是指針對每個病人的腫瘤特性做客製化的治療。而免疫治療則是指利用這些 neoantigens 去啟動體內的免疫系統，進而殺死癌細胞。不過，既然有些腫瘤細胞會產生 neoantigen 的話，為什麼不會被免疫細胞殺死呢？有可能是 antigen 本身特異性不足以引發免疫反應，因此要在臨床治療上使病患體內出現足夠的免疫反應，用好的 antigens 作為疫苗是很重要的，可以引發免疫反應殺死腫瘤細胞的 antigens 稱為 tumour rejection antigens。

其中一篇是在病人的 glioblastoma 腫瘤切除手術後讓他們接受放射線治療和免疫療法，就是把帶有 20 種腫瘤 neoantigens 的疫苗打入病患體內。這二十種 neoantigens 是分析了病患腫瘤後得出的結果，也就是針對癌症病患而客製化的疫苗，不過雖說是客製化，腫瘤的定序分析顯示有幾個是常見的突變基因，例如 PTEN 和 EGFR。手術後到接受免疫治療中間大約是 17 到 24 週，之後抽血檢測病患體內的免疫細胞 CD4+ helper T cells 和殺手細胞 CD8+ killer T cells (CTLs) 的反應。整個治療中，八位病患中只有兩位不需要接受類固醇 dexamethasone 做免疫抑制治療。最後，也只有這兩位沒接受類固存治療的的病患有出現免疫反應 -- 主要為 CD4+ T cells，並且釋放出 IFNγ, IL-2 和 TNF。這八位病人後來都過世了，治療後病情未惡化(progression-free survival, PFS)的時間為 7.6 個月，術後存活時間(overall survival, OS)的中間值則是 16.8 個月。若是只有做標準的放射線治療或化療的話，治療後的存活時間大約為一年左右 (ref: American Brain Tumor Association)。

另一篇研究則是試了兩種疫苗，一種同樣是用客製化的病患腫瘤 neoantigens，另一種是非客製化、用非突變的蛋白片段而製成的，其蛋白片段則是分析了三十個 glioblastomas 而得出的結果。在這篇研究裡，十五位病患在腫瘤移除手術後接受化療，其中四位只接受非客製化的疫苗，另外十一位兩種疫苗都接受，後來有兩位退出臨床試驗，剩下的十三位之後檢測其免疫反應效果為何。結果發現不管是只接受非客製化疫苗的病患，或是接受兩種疫苗的病患，大多出現免疫反應。接受非客製化疫苗的病患，如果其腫瘤細胞出現疫苗裡的其中一種氨基酸片段，即可被殺手 CD8+ T cells 辨識出來。接受客製化疫苗的病患，其免疫 CD4+ T cells 則會辨識出腫瘤細胞。病患從診斷出來後的到過世的時間(OS)為 29 個月，病情未惡化時間(PFS)約為 14.2個月，其中一位有出現 CD8+ T cells 免疫反應的病患則是存活了三年多 。



Articles:

Nature News / Immune cells track hard-to-target brain tumours

U Sahin & O Türeci, Personalized vaccines for cancer immunotherapy. Science (2018)


Papers:

N Hilf et al, Actively personalized vaccination trial for newly diagnosed glioblastoma. Nature (2018)

DB Keskin et al, Neoantigen vaccine generates intratumoral T cell responses in phase Ib glioblastoma trial. Nature (2018)

你對牛奶過敏嗎？也許可以來個腸道菌移植治療

你是屬於會對牛奶過敏的人嗎？最近有研究顯示，腸道菌移植可能可以使你不再對牛奶過敏。

之前有研究顯示，對牛奶過敏(cow's milk allergic, CMA)的小孩的腸道菌落和不會對牛奶過敏的有些不同，也顯示某些腸道菌似乎可以降低對食物過敏的風險，於是科學家們想試試不會過敏的小孩的腸道菌是否可以使身體不再對牛奶裡的乳球蛋白 β-lactoglobulin (BLG) 產生免疫反應。

他們把八位幼童的腸道菌移植到在無菌空間生長的老鼠體內，移植的方法是把處理過的糞便經由食道直接灌到老鼠胃部 --intragastric gavage。這些無菌老鼠(germ-free mice, GF mice)是敏感體質，會對 BLG 和 cholera toxin 產生過敏反應，除了體溫會下降外，身體也會製造 BLG 的抗體 IgE 和 IgG1。八位幼兒中有四位是健康沒過敏的和四位 CMA 過敏兒，CMA 幼兒有吃 hydorlyzed casein 治療過敏情況，健康幼兒則吃標準牛奶基底的配方奶。

無菌老鼠分為三 組，一組是完全沒接受腸道菌移植的 GF mice，一組是接受健康幼兒糞便移植的，和一組接受 CMA 過敏兒移植的。腸道菌移植 42 天之後，他們給老鼠 BLG，然後觀察是否出現過敏反應。結果顯示未接受腸胃道菌移植的和接受 CMA 腸道菌的出現了過敏反應，包括體溫下降和血液裡有大量的 BLG-specific IgE 和 IgG，而接受健康幼兒腸道菌的老鼠則沒有出現這些反應，他們也試了喝母奶的健康兒和 CMA 過敏兒的腸道菌，移植健康幼兒腸道菌的老鼠同樣沒出現 BLG 的過敏反應，但是移植 CMA 腸道菌的老鼠有過敏反應，表示牛奶或是母奶並不是造成過敏的原因。

所以，到底健康幼兒和過敏兒的腸道菌落有什麼不同呢？科學家們分析了這些幼兒的便便，看看到底哪裡不同，結果發現兩者之間有 58 種菌的菌量不同。另外，他們除了分析有哪些菌在健康兒體中比較多，哪些在 CMA 體中比較多外，同時也分析了老鼠的糞便，然後和幼兒的做比對。結果顯示接受健康幼兒腸胃道移植的老鼠，糞便裡富含 Clostridia 家族下面的一種菌 Lachnospiraceae，這種菌之前被認為可以保護宿主身體不對食物過敏。

接著，他們採集了老鼠腸胃道的表皮細胞(ileal epithelium)做分析，發現接受健康幼兒腸道菌的老鼠會表現不一樣的基因，有幾個基因的表現比接受 CMA 的老鼠高，顯示腸道菌會影響宿主的基因表現和免疫系統。他們再用基因表現量的差異做區分去比較這些老鼠的腸道菌，結果顯示接受健康兒腸道菌移植的老鼠體內富含的幾種菌落皆屬於 Lachnospiraceae，並且是以 Anaerostipes caccae 為主。

之後，他們想確認 A. caccae 是否為影響基因表現和避免過敏的主要因素，於是把這株細菌移植到無菌老鼠裡，結果出現了相同的變化，例如表現量上升的基因和接受健康幼兒的腸道菌移植的老鼠的是一樣的，而且這些老鼠對 BLG 也沒產生過敏反應，顯示 A. caccae 在保護幼兒不對牛奶過敏上佔有很大因素。



Article:

Mindzilla / Gut Microbes from Healthy Infants Block Milk Allergy Development in Mice (Jan 2019)


Paper:

T Feehley et al, Healthy infants harbor intestinal bacteria that protect against food allergy. Nature Medicine (2019)

哪種方法殺蟑最有效？

這個研究試了兩種方法來殺德國蟑螂(Blattella germanica)：凝膠誘餌(bait)和殺蟲煙霧彈(total-release foggers, TRFs; bug bombs)。凝膠誘餌是一種凝膠型殺蟲劑，殺蟲煙霧彈是一種會產生殺蟲霧氣的東西，打開後殺蟲劑煙霧會充滿整個空間，所以會被認為應該很有效。

他們在三十間受蟲入侵的房子裡放了四種殺蟲煙霧彈和兩種凝膠誘餌，其中二十間是在廚房使用殺蟲煙霧彈，打開後讓空間密閉四到六個小時，之後再通風讓殺蟲劑散掉；另外十間是設置凝膠誘餌。在殺蟲劑設置的前後都有數屋內的蟑螂數，在使用後的第二個禮拜數一次，然後在一個月後再數一次。

結果測試的效果如何呢？用殺蟲煙霧彈的房子，蟑螂數量都沒有減少，但是使用凝膠誘餌的在兩週後蟑螂數量都少了至少一半，其中一種誘餌還少了超過 75%，一個月後減少更多。

測試的四種殺蟲煙霧彈為：Hot Shot No-Mess Fogger2 with Odor Neutralizer 2, Hot Shot No-Mess Fogger3 with Odor Neutralizer, Raid Max Concentrated Deep Reach Fogger, Raid Fumigator。其主要成份為：tetramethrin, permethrin, piperonyl butoxide, cypermethrin。

測試的殺蟲凝膠為 Combat Gel Bait 和 Maxforce Gel Bait，這兩種的主要成份皆為 fipronil。



原論文：

ZC DeVries et al, Exposure risks and ineffectiveness of total release foggers (TRFs) used for cockroach control in residential settings. BMC Public Health (2019)