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2026年6月28日 星期日

自駕實驗室 (3/3):自主實驗室的商業模式

自主實驗室目前大概分成兩種商業模式,一種是實體的 SDL,另一種則是雲端實驗室(Cloud Lab)。

所謂實體的 SDLs 就是像 Adam, Eve 和 Genesis 這種,通常是大藥廠在用,SDL 公司直接幫藥廠內建 SDLs,例如 Telescope Innovations 和輝瑞的合作。

Cloud Lab 則是 Lab-as-a-Service,是一個完全自動化的實體實驗室,但透過網路讓全球研究者遠端控制與使用。Cloud Lab 比較適合中小型公司,因為你不需要自己建立一個實驗室,也不用自己操作任何儀器,所有步驟都由 Cloud Lab 的機器人與自動化系統 24/7 執行,這類的服務包括 Ginkgo Cloud Lab 和 Emerald Cloud Lab (ECL)。

簡單來說,如果 Cloud Lab 是執行實驗的手,AI model 是大腦的話,SDL 就是大腦 + 手:

◻️  Cloud Lab = 服務項目為實驗室(Lab-as-a-Service),提供遠端執行能力(hands)。

你告訴它「我要跑這個實驗」,它就幫你跑完,把數據傳回來。你還是得自己決定要做什麼實驗。

→ 商業模式:按使用量收費,強調便利性與通量。

◻️ SDL = 服務項目為自主科學家,提供閉迴路自主開發能力(brain + hands)。

你只告訴它「我的研究目標是 X」,AI 自己想出假設、設計實驗、讓機器人跑、分析結果、再決定下一步。

→ 商業模式:企業級解決方案,賣的是開發速度與新知識,常以多年度合作或成果導向收費。



2026 年市場觀察
  • Cloud Lab 越來越流行,因為入門容易,適合不想自己養實驗室的團隊。
  • SDL 則是高價值商業模式,主要被大藥廠與材料公司採用,例如 Telescope Innovations 已把 SDL 賣給 Pfizer 和韓國 KPBMA,LabGenius EVA 與 Sanofi 簽多個合作。
  • 兩者正在融合:很多新 SDL 會把 Cloud Lab 當作物理執行後端,形成 AI co-scientist + Cloud Lab 的混合解決方案。

🌐  Telescope Innovations (UBC spin-off)


Telescope Innovations 是一家加拿大 UBC 的 spin-off 公司,創辦人兼 CTO 為 UBC 化學系教授 Dr. Jason Hein,他同時也是 Acceleration Consortium 的 scientific advisor。

Telescope 主要開發全自動的化學合成和優化平台,主要產品包括 Self-Driving Labs (SDLs) 與 DirectInject-LC™。他們開發的 SDL 平台可全天候自主規劃、執行、分析並持續優化實驗,效率遠高於傳統人工方式,服務項目涵蓋製藥、化學品及高價值材料開發,能幫助客戶加速化學過程開發、降低研發與製造成本,並快速從實驗室階段推進至商業化生產規模。
  • DirectInject-LC™:全自動即時反應採樣系統,可直接從化學反應器中採樣、注入儀器進行分析的液相層析儀(Liquid Chromatography),可加速過程優化,已由 METTLER TOLEDO 全球經銷。
  • SDLs:整合協作機器人、即時分析儀器與 AI 決策系統,主要用於化學合成、結晶過程優化及材料開發等,可模組化擴展,解決從「發現」到「大規模生產」之間的瓶頸。

◻️ 產業合作


自 2024 年起和輝瑞(Pfizer)共同開發 SDL 技術,第一座 SDL 已於 2025 年安裝完成,第二座進階的 SDL 則於 2026 年一月 正式安裝完成。合作目標是透過整合自動化機器人和人工智慧,大幅加速藥物開發、合成優化和 scale-up 流程。

2025 年則和韓國製藥與生物製藥製造商協會(KPBMA)合作,在該年 12 月完成安裝韓國第一座藥物 SDL,作為第一個由 AI 驅動的 R&D 訓練中心,推動韓國製藥業全面採用 SDL。

官方網站:Telescope Innovations


🌐 Trilobio (Trilobio Self-Driving Lab platform + Trilobot)




Trilobio 成立於 2021 年,2025 年的種子輪募到 $8M,目標是建立生物實驗室專用的 SDL。

目前的主要產品是 Trilobio OS 和 Trilobot One,Trilobio OS 可以設計實驗、分析結果,Trilobot 則用來執行實驗,兩者合在一起變成為一個閉環的 SDL。
  • Trilobio OS: 可以整合 AI 和硬體機器人成為一個閉環的 SDL,使用者透過其介面設計實驗、偵測實驗執行的情況,以及 AI 的優化過程。
  • Trilobot: 自動化機器人,最多同時支援 8 種 lab tools,例如 pipette、gripper、tube opener 等等,以及 16 個用來放 tip box 和 96-well plates 等耗材的位置,要說的話大概就是小型的 Beckman Biomek。

2025 年 10 月正式宣布 Trilobot One 與 OS 後,已開放預購與 demo,目前美國已有多個實驗室使用他們的 SDLs。看起來營業模式將是單純賣這台生物用 SDL,它主打的方向大概是體積小,可以放在 bench 上使用,不然我覺得 Beckman 只要在做個閉環的 AI 系統,結合現有的 Biomek,就可以轉身變成生物用 SDL,功能應該會比 Trilobio 的多,因為只能放八個 devices 我覺得太少了,大概只能做個簡單的 cloning,要做比較複雜的可能要兩台 Trilobot,這樣就和 Biomek 差不多大了吧?

官方網站:Trilobio


☁️ Ginkgo Bioworks: Ginkgo Cloud Lab


Ginkgo Bioworks 是一家美國合成生物製藥公司,早期的服務項目非常廣泛,涵蓋農業上的基改微生物、食品香料、工業酶,以及醫療相關的基因治療、細胞治療和生物製劑等等外,還有實驗儀器自動化等等。2019 年估值達 42 億美元,是當時全球最大的私人生物技術公司之一,不過 2021 年 SPAC上市後面臨財務困難,當時被認為在破產邊緣。

從現在的網站看來,公司已大幅重組,他們把大多數的業務都砍掉了,只留下儀器自動化這一塊,從它的 Cloud Lab 和 ChatGPT 的合作看起來,是想專攻自主實驗室,而且這個重組和業務轉型的成效不錯。目前來看,Q1 收入雖然不如預期,遠低於分析師預估的 $41M,導致股價波動,但現金充足、重組持續推進,轉型自主實驗室的方向明確。公司仍處於高風險轉型期,但有改善跡象。

◻️ GPT-5 (OpenAI) + Nebula (Ginkgo Bioworks)


OpenAI 和 Ginkgo Bioworks 合作打造了一個自主實驗室(autonomous laboratory),OpenAI 提供 GPT-5 來負責解釋實驗結果、設計實驗方案,並記錄實驗筆記。Ginkgo Bioworks 則提供 RAC (Reconfigurable Automation Cart) 用來執行一些簡單的實驗步驟。

簡單來說,ChatGPT 是頭腦,RAC 是執行實驗的手。

他們發表在今年二月 bioRxiv 預印本的研究中,自主實驗室參考了西北大學的博士生 Meagan Olsen 發表在 bioRxiv 的論文後,設計並優化條件進行測試。Olsen 花費 4 個月進行超過 40 次實驗,測試了 1,231 種 CFPS 的配方組合,將成本降低至原來的六分之一以下 。而自主實驗室透過迭代優化,GPT-5 + RAC 的組合將蛋白質的生產成本降至每克 422 美元 。相較於 Olsen 等人創下的每克 698 美元的最低成本,成功將成本降低 40% 外,也將產量(g/L)還提升 27%。

◻️ 商業模式:菜單制


Ginkgo Bioworks 在今年三月宣布啟動它的 Ginkgo Cloud Lab,結合他的 Nebula 自主實驗室。位在波士頓的 Nebula 自主實驗室已部署大量 Reconfigurable Automation Carts (RACs),目前已經有 50+ 個 RAC,預計在 2026 年底擴增到 100+ 個。

Ginkgo Cloud Lab 採用 LaaS 模式,網站上已有多個 protocol,每個 protocl 會寫實驗步驟和條件,研究人員在該頁面選擇想要跑的 protocol 後便可直接下單,機器人會全自動執行,完成後將數據回傳。例如其中一個 protocol 是 cell-free 蛋白表現、純化和定量,給它 DNA 序列後,Nebula 會在 96-well plates 進行蛋白表現,接著用 magnetic beads 純化,然後在定量,作為量產化前的測試和最佳化,每個蛋白的價格為 $155。它也有提供針對表現量低的蛋白進行優化,每個蛋白為 $199。除此之外,有 AI 代理 EstiMate 幫忙評估可行性與報價。

它也有賣 RAC 等硬體設備,搭配他們的軟體,建立自己的理想實驗室。

官方網站:Ginkgo Bioworks

論文:

ML Olsen, CE Copeland, CA Sundberg, et al. Design-driven optimization of low-cost reagent formulations for reproducible and high-yielding cell-free gene expression. bioRxiv (2025) DOI: 10.1101/2025.08.01.668204

AA Smith, EL Wong, RC Donovan, et al. Using a GPT-5-driven autonomous lab to optimize the cost and titer of cell-free protein synthesis. bioRxiv (2026) DOI: 10.64898/2026.02.05.703998


☁️ Emerald Cloud Lab


Emerald Cloud Lab (ECL) 是另一個商業化的雲端實驗室(Cloud Lab),由卡內梅隆大學(Carnegie Mellon University, CMU)的校友 D.J. Kleinbaum 與 Brian Frezza 在 2010 年時共同創辦 Emerald Therapeutics。之後,他們開發了一套實驗室作業系統(laboratory operating system),並於 2014 年將這套技術從 Emerald Therapeutics 中獨立出來,推出 Emerald Cloud Lab 服務。2016 年時,他們將 ECL 獨立出來成為一家公司,截自目前的總融資額約 1.52 億美元資金。

ECL 是一個高度自動化的實體實驗室,配備超過 200 種儀器,包括 HPLC、質譜儀、NMR、PCR、流式細胞儀、ELISA 等等。研究人員只需透過它們的 ECL Command Center® 設計實驗、傳送樣本,機器人就會自動執行所有步驟,包括準備樣品、操作儀器、收集和分析數據等等,最後在把結果回傳到你的資料庫。

◻️ 商業模式:訂閱制


和 Ginkgo Cloud Lab 那種已經有現成的 protocol 不同,ECL 需要自己制定實驗流程和寫 command,有點類似 Beckman Biomek,在它的 Command Center 點選你要用的儀器和設定流程。它有很多儀器可以選,例如你要純化蛋白,就可以選 sample preparation, incubator, FPLC, Westen blot 等等之類的。跟 Ginkgo Cloud Lab 相比,學習和使用的門檻較高一點。

沒有設定好的 protocol 讓你挑,因此是採用訂閱制(subscription-based),提供不同的方案,包括供學術套餐、企業訂閱等等,實際費用需跟他們的業務討論過後才知道,付費後即可遠端使用。

ECL 和 CMU 關係密切,2021 年時和 CMU 合作,目標是打造全球第一個大學雲端實驗室(CMU Cloud Lab)。

◻️ Coscientist + ECL


2023 年 CMU 的研究團隊讓其 AI 系統 Coscientist 在 ECL 上執行化學實驗,這是 ECL 作為商業平台被用於 AI 自主科學的重要案例,結果發表在 2023 年的 Nature。

他們的 Coscientist 是一個由 GPT-4 和 Claude 等大型語言模型驅動的 AI 代理系統,可以自主設計實驗後,在硬體設備上執行化學實驗,研究團隊將其在 Emerald Cloud Lab 上實際運行。

Coscientist 的特色為:
  • 可用自然語言指令:只需輸入簡單的自然語言指令,例如尋找具有特定性質的化合物,Coscientist 就能接手後續的所有工作。
  • 全自動化流程:AI 代理系統會自動在網路上搜尋文獻和統整資訊、選擇最佳的實驗方法,將實驗設計轉成自動化儀器可讀取的 API 指令,再交由 Emerald Cloud Lab 完成實驗。

在這個研究中,研究團隊給一個簡單的指令:Perform multiple Suzuki reactions (執行多個鈴木偶聯反應),並告訴它有哪些試劑可用。

Coscientist 便在 Emerald Cloud Lab 的設備自主完成了以下流程:
  1. 自行上網搜尋文獻,了解 Suzuki–Miyaura 和 Sonogashira 偶聯反應的原理、化學計量、條件。
  2. 選擇正確的反應物,並根據化學合理性規則決定使用哪些試劑。
  3. 寫程式計算用量:自動生成 Python 程式碼來控制液體處理機器人 OT-2。
  4. 實際執行反應:在雲端實驗室機器人上混合試劑、加熱、反應。
  5. 分析結果:使用 GC-MS 確認是否成功合成目標產物。
  6. 迭代優化:根據前一次實驗數據,繼續調整條件來提升產率。

結果,Coscientist 不只很快就設計出正確的實驗流程,並且成功合成出目標產物,顯示它在自我學習、統整資訊、判斷最佳實驗方法和設計實驗上的強大能力,已經像個自主科學家。

不過,目前 Coscientist + ECL 的模式並沒有商業化,未來會不會則不知到,但我認為這是個趨勢。

官方網站:Emerald Cloud Lab (ECL)


☁️ Lila Sciences: AI Science Factory (AISF)


Lila Sciences 是一家由 Flagship Pioneering 於 2023 年 創立的 AI 科學公司,總部位於美國麻州 Cambridge,目標是打造 Scientific Superintelligence,去年10 月完成 A 輪擴展融資,總融資金額達到 $550M,NVIDIA(NVentures)也是投資者之一。

他們的目標是透過結合 AI 模型 LILA Iris™ 和硬體的自主實驗室 AI Science Factory™,形成一個完整閉環系統,提供端到端(end-to-end)的服務。ILA Iris™ 能自主生成假設、設計實驗、分析結果和迭代學習, AI Science Factory™ 則負責執行實驗,目前看起來將會是個 L4+ 的自主實驗室。

AISF 打造完成後可應用於藥物開發(抗體、mRNA、細胞療法)、新材料開發、潔淨能源(如氫能催化劑、碳捕獲)、國防航太、石油化工等等。

商業模式將跟 Ginkgo Cloud Lab 和 ECL 類似,同樣是 Lab-as-a-Service (LaaS™),用戶可透過 LILA Iris 設計實驗和存取結果,可能會採訂閱制。最大的不同在於 Lila Sciences 具備完整的自主迭代優化(closed-loop self-driving)能力,而 Ginkgo 和 ECL 目前仍較偏向用戶導向的執行模式。費用尚未公開,目前主要為邀請制和客製化合作,主力 Cambridge 工廠預計 2026 年 Q3 正式啟用。

官方網站:Lila Sciences


💬 全部外包可行嘛?


個人覺得 LaaS 的商業模式是趨勢,將會像是現在 AI 普遍化的情形,大公司還在持續裁員消減人力,但也越來越多小公司,幾個人就可以開一間公司,很多東西可以交給 AI,人類負責決策的部分。

最近聽到吳淡如提到阿米巴模式,是說以最少人力經營公司,其他東西都外包。他的阿米巴模式是來自於日本航空的前董事長和執行長稻盛和夫的阿米巴經營,就是把公司分成好幾個獨立承擔收支盈虧的單位,就像是分成多個小公司。

生醫產業目前還無法像大多數的公司,可以很多事情直接交給 AI 以快速精簡人事,因為很多 wet lab 和技術細節還無法全靠 AI,不過如果 SDL 可以達到 L4,看起來是有可能的,尤其在看過 ECL 的設備後,發現其實很多都是可以交給機器做,像是 SDS-PAGE 和 WB,之前以為不行,只是我孤陋寡聞啊!

之前在跟做 molecular docking 的朋友聊天時,他說他們設計好之後,wet lab screening 的部分就外包出去。後來在 LinkedIn 有位業務跟我聯繫,說他們公司專做 assays,很多大公司都外包給他們。

後來想了一下,發現其實整個抗體研發的過程都可以外包出去,於是問了 Gemini 和 Perplexity 這樣做的可能性,結果它們都說可以,而且還說這叫 Virtual Biotech,有一家叫 Nimbus Therapeutics 的生技公司就是典型案例。而 Virtual Biotech 這個概念早在 2000 年代中期,全球金融危機時變開始流行。

我有時會在 UpWork 和 Kolabtree 上面看看有什麼 projects,時不時會看見有 startup 在找人設計 assays,但同時也希望對方 has access to labs,每次看到都會想,到底在 UpWork 和 Kolabtree 上面的 freelancers 誰會有實驗室資源,除非那是他自己的實驗室,但如果自己有實驗室,又何必當在上面當 freelancers,現在想想,這些公司其實可以直接用 Ginkgo Cloud Lab 或 ECL,就不用要求對方有實驗室可以用,就算對方有,也不可能免費讓你使用吧?那還不如用 Ginkgo Cloud Lab 或 ECL?

在更進一步,如果有 SDL 的 LaaS,那需要外包的部分就只有老鼠實驗和 clinical trials 的部分,只是不曉得 Lila Sciences 或未來的其他公司收費會是多少。



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2026年5月30日 星期六

自駕實驗室 (2/3):AI 時代,藥廠自備 SDL 才跟得上潮流

除了學術界和研究機構開發的自主實驗室,業界也不可避免的加入,畢竟藥物開發就是要搶快。目前大多數 SDL 主要應用在化學或小分子藥物,生物製劑雖然近十幾年來漸漸成為顯學,但相較小分子藥物在製程上還是複雜很多,不過已經有幾家生技公司開始用 SDL,也有大藥廠和 AI/ML 合作將 SDL 導入原本的自動化機器人中,例如今年一月在 JPM,Eli Lilly 和 NVIDIA 宣布合作建一個 AI factory。

🌐 LabGenius Therapeutics


LabGenius Therapeutics 是一家位於英國倫敦的生技公司,成立於 2012 年,目標是結合 AI 和自動化機器,開發治療性抗體,尤其是多特異性抗體,其核心技術平台是 EVA™,早期曾獲得多輪融資,包括 2024 年高達 3500 萬英鎊的 B 輪融資

EVA™ 平台


EVA™ 是一個高度自動化、閉路(closed-loop)的 SDL,整合了人工智慧、機器人和合成生物學,能快速設計、製造、測試並優化抗體分子,其閉路循環(Design-Build-Test-Learn)分為 Dry Lab 和 Automation Lab 兩個部分。
  • Dry Lab:AI 使用 ML 模型和先前實驗數據進行優化,預測和設計抗體。
  • Automation Lab:用自動化機器人進行抗體生產和測試,一次可生產高達 2,300 個多特異性抗體。

抗體測試後的結果會回饋給 ML 模型進行優化,然後再次設計、生產、測試,每次循環需要不到 6 個禮拜,比傳統抗體開發快很多,可大幅加速開發流程。

該平台適用於各種抗體,包括 T-cell engagers (TCE)、ADCs、NK-cell engagers、TCR-based engagers、放射偶聯物等多種抗體種類。

最新進展


他們目前正準備申請 IND 的藥物 LGTX-101 便是由 EVA™ 找出來的,是一個針對 Nectin-4 x CD3,可用來治療多種癌症的的雙特異 TCE 。

2025 年和 Sanofi 開始第二個合作,主要是利用 EVA™ 平台優化針對炎症的 NANOBODY®。

公司網站:LabGenius Therapeutics

🌐 BigHat Biosciences




BigHat 是一家成立於 2019 年,位於加州 San Mateo 的生技公司,專攻各種抗體開發,包括 IgG、多特異性 IgG、scFv、ADC、TCE 和 VHH 等等,他們的核心技術為 RADS,結合 LIMS 系統 Reccy™ 和自動化的實體實驗室後便是 Milliner™ Platform,一個端到端的抗體開發平台。

  • RADS (Reccy Antibody Design Studio):先用少量的數據開始訓練模型,之後每週用 Milliner 產生的大量高品質數據訓練模型,自動評估並挑選最佳模型來設計下一輪抗體,然後用實驗結果持續迭代優化(active learning)。
  • 自動化實驗室:進行抗體純化和功能測試等等,將測試結果送到 Recoy。
  • Reccy™:LIMS,負責控制儀器、整合 RADS 和實驗獲得的數據。
一個端到端的循環,也就是訓練、學習、設計、抗體測試到優化(design-build-test),只需一個禮拜。

最新進展


目前的產品線已癌症的抗體藥為主,大多是 TCE,其中 BHB810 (CDH17 ADC) 已進入臨床準備階段,預計今年6 月左右啟動 Phase 1/2 試驗。

除了自己開發抗體,他們也和多個藥廠合作,包括 J&J, Mer 和 Amgen。

公司網站:BigHat Biosciences

🌐 AbSci


AbSci 是一家成立於 2011 年,位於華盛頓州溫哥華的已上市生技公司,結合 Gen AI 和實體實驗室開發抗體藥,其核心技術為 Integrated Drug Creation™ Platform,該平台結合訓練用的數據、AI 和實體實驗室,形成一個閉環實驗室,可把單一循環(design–test–optimize)時程縮短至六週。

Integrated Drug Creation™ Platform


這個開發全新抗體的閉環 SDL 平台包括了兩個部分:
  • Origin-1: 生成隨機的全新抗體序列、in silico screening、分析測試結果,進行優化。
  • 自動化實驗室:包括 SoluPro®、SPR、ACE Assay™ 和 HiPrBind™ Assay 等等

在他們最新的 preprint (Levine et al, 2026) 中描述了完整個抗體開發流程,包括:

  1. 生成全新抗體:使用 使用 Origin-1 (原本的 Denovium Engine™) 的 AbsciGen 生成全新的的序列。
  2. 評估 & 預測:使用 Origin-1 的 AbsciBind 幫抗體評分,挑出分數高的抗體。
  3. 建立抗體資料庫:設計和建立客製化的抗體資料庫。
  4. 抗體表現:利用 SoluPro® 表現抗體。
  5. 抗體篩選:利用 ACE Assay™ 和 HiPrBind™ 篩選出親合力、表現量和效能、品質最佳的抗體。
  6. 迭代優化:利用每次循環獲得的新數據進行優化。
  7. 擴增 & 轉移:優化生產條件並將技術轉讓給合作夥伴。

產品線


目前進入第一期臨床試驗的有 ABS-101 和 ABS-201。

ABS-101 是用來治療發炎性腸道疾病 (Inflammatory Bowel Disease, IBD),針對 TL1A (Tumor necrosis factor-like ligand 1A) 的抗體。根據其 10-K 資料,該藥雖然仍處於 Phase 1,但已將其內部開發暫緩,轉而積極尋求外部合作夥伴。

ABS-201 則是用來治療雄性禿(Androgenetic Alopecia),針對 prolactin receptor (PRLR) 的抗體,該藥於 2025 年 12 月啟動 Phase 1/2a (HEADLINE trial),目前正在進行單次劑量遞增(single ascending dose)階段,預計 2026 年下半年有初步 POC (proof-of-concept)結果。

合作藥廠 & 投資方


合作藥廠包括 AstraZeneca 和 Merck (MSD),投資者也不少,AMD 除了在 AI 上的合作外,也透過 PIPE Investment 投資了 2000 萬鎂。其他機構投資人包括 ARK, BlackRoc 和 Vanguard 等等。

新聞:Absci Pursues Google-Sized Ambitions in Drug Discovery, Manufacturing: After helping partners design better biologics faster, the drug and target discovery company aspires to build its own pipeline and bolster AI capabilities

公司網站:AbSci

🌐 Insitro


Insitro 是一家成立於 2018 年,位於舊金山的生技公司,創辦人 Daphne Koller 的專業領域是 ML,因此 Insitro 也是主打用 AI 解開生物上的難題,推出各種 AI 平台,包括 ChemML™ platform、TherML™ (Therapeutic Machine Learning) platform,POSH (Pooled Optical Screening in Human cells) platform, Virtual Human™ platform, ClinML™ platform 等等,透過整合自動化實驗室和機器學習產生大量的數據,以及臨床數據來訓練 AI 模型,藉此找出致病機制、治療標靶和藥物開發,涉及領域包括代謝疾病、神經性疾病、眼科疾病和癌症。

他們今年一月收購以色列 AI 公司 CombinAbleAI,其模型可用來設計和優化抗體,整合進它的 TherML™ 後便可完整其在生物製劑上的自主學習和分析系統,成為涵蓋小分子、寡核苷酸、抗體等的 modality-agnostic AI 設計平台。
  • ChemML™: 用於開發小分子藥物,和自動化實驗室結合後,已是端到端(design-make-test)的閉環 SDL。
  • ClinML™: 利用 AI 分析各種臨床資料
  • CellML™: 產生和分析大量的 in vitro 實驗數據
  • Virtual Human™: 整合 ClinML™ 的臨床數數和 CellML™ 的細胞實驗數據,可用來找出致病機制。
  • TherML™: 利用 Virtual Human™ 的數據,並整合 ChemML™ 平台,成為一個全藥物模態(modality-agnostic)的統一系統,可自主學習、設計、分析與優化小分子、寡核苷酸(oligonucleotides)和抗體等生物製劑,與自動化實驗室結合後,成為端到端的閉環 SDL。

產品線


目前正準備申請 IND 的是和 Eli Lilly 合作的,用來治療脂肪肝疾病 MASH 的 CTRO-1013 和 CTRO-1029,兩者皆為 siRNA。

合作藥廠 & 投資方


除了 Eli Lilly 外,合作對象還有 BMS,合作項目為用來治療 ALS 的小分子藥物。

自 2019 年開始 A 輪融資到 2021 年的 C 輪融資,總共募到約 6.43 億美元。C 輪是由加拿大退休基金(Canada Pension Plan Investment Board, CPP Investments)領投,其他投資者還有 ARCH Venture 和 SoftBank Investment Advisers 等等。

公司網站:Insitro



藥廠和 AI 公司的合作


除了買人家整套 SDL,或找公司來設置一座 SDL,還有一個方式就是買軟體。

OpenProtein.AI 是一間約十人的小型新創,成立於 2021 年,主要產品是其設計蛋白質的 AI 模型 PoET-2,可以從實驗數據中學習,然後進行優化,只要透過他的平台和自動化機器人連接,就可以變成一個端到端、閉路循環的 SDL。

他們的雲端平台採用 SaaS 訂閱制,學術界使用完全免費,目前沒有業界付費使用的價格。

Boehringer Ingelheim 自去年(2025)便開始和他們合作,成功導入平台後,今年決定進一步擴大 OpenProtein.AI 平台的應用範圍,並投入開發客製化抗體的功能。

另一個例子則是今年一月在 JPM,Eli Lilly 和 NVIDIA 宣布要共同斥資 10 億美元打造 Co-innovation Lab ,NVIDIA 提供超級電腦 LillyPod 和爲生科打造的 AI 平台 BioNeMo,結合 Eli Lilly 自己的自動化的代理實驗室(Agentic wet labs),實驗數據能即時回傳給 AI 模型進行學習,而 AI 模型又能馬上生成新的預測並發送給實體實驗室進行測試,形成一個自主實驗室,可 24 小時全天候實驗。

新聞:NVIDIA and Lilly Announce Co-Innovation AI Lab to Reinvent Drug Discovery In the Age of AI


不專業碎念


目前大多數的 SDLs 還是以化學、材料為主,跟生物製劑相比簡單很多,也很容易 scale-up。想將 SDLs 應用在生物製劑上還有很多要進步,但應該也不是做不到,目前看起來是 scale-up 比較難,但是在初期開發上,我覺得在幾年內應該是做得到的。

生物製劑不只是抗體,還包括細胞和基因療法,不過因為我之前是做抗體的,所以比較多是著墨在這塊,而且跟細胞和基因治療相比,我認爲用 SDL 開發抗體較為容易,除了量產這塊一樣要克服的瓶頸較多,但在初期開發上是可行的,也的確已經有不少公司在做。

不過,沒想到加拿大基金(CPP)那麼看好 Insitro,竟然還領投,我該為我未來的退休金擔心嘛?😂

其實還有更多的想法,但因為跟下一篇比較有關,所以就放在下一篇吧!



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2026年5月2日 星期六

自駕實驗室 (1/3):生科趨勢 SDL — AI + 自動化機器人

會寫這個主題是因為看到 Nature 的這篇,本來只是想簡單介紹一下,沒想到邊找資料邊寫,不小心就越寫越多。😂

因為有點太長,大概會分成三篇:

1. 介紹 SDL 的進程 + 目前幾個大型的 SDL 研究中心
2. 生技公司、藥廠自建 SDL(用在生物製劑上的 SDL)
3. 趨勢:自主實驗室的商業模式

Automation of Science




AI 世代的來臨,不只軟體工程漸漸被 AI 取代,生醫和藥物開發方面也有開始有這個趨勢。

自主實驗室這個詞,也越來越常被提起,或是出現在新聞上。

自主實驗室,Autonomous lab,又稱自駕實驗室 Self-Driving Lab。

Self-driving 的概念興起於 2000 年代後期,強調其閉路循環(closed-loop),也就是 DMTA (Design-Make-Test-Analyze) 循環:AI 建立假說、設計實驗 + 自動化機器人執行和測試 + 傳回給 AI 進行數據分析和評估最佳化條件,然後設計和進入下一輪實驗。

不過,說到自主實驗室,就要提起 Automation of Science 的先驅,同時是英國劍橋大學和瑞典 Chalmers Institute of Technology 的教授 Dr. Ross King。

Adam (2009)


史上第一個自主實驗室是 Ross King 在 2009 年時,和亞伯里斯威斯大學(Aberystwyth University)研究團隊合作的亞當 Adam,除了是向聖經中的亞當致敬,也是向 18 世紀極力提倡工業機械化的經濟學家亞當・斯密(Adam Smith)致敬。

亞當主要是應用於基因組學,利用酵母菌(S. cerevisiae)作為模型生物,自動推論並找出酵母菌中 10% 到 15% 未知功能的基因,以及識別孤兒酶(orphan enzymes)。

💡 孤兒酶(Orphan Enzyme)是什麼?
已知其功能的酶,例如它催化哪一個代謝反應,但不知道是哪一個基因負責編碼這個酶。這些基因很多原本被標註為未知功能(unknown function)或功能標註錯誤。

Adam 的工作是把「功能未知的基因」與「已知但缺少基因的酶」配對起來。

Adam 做了什麼?

1. 從現有生物資料庫和邏輯模型中,自動產生假設:哪一個未知功能的基因可能編碼某個孤兒酶?
2. 針對 13 個孤兒酶產生了 20 個假設並設計實驗
3. 執行實驗、分析數據,並迭代優化。

結果:成功發現並驗證了多個孤兒酶的基因,其中最重要的一個是負責離氨酸(lysine)生成的酵素 2A2OA (2-aminoadipate:2-oxoglutarate amino transferase)

Eve (2015 ➔ 2018)


2015 年,他和瑞典哥德堡(Gothenburg)的查默斯理工大學(Chalmers University of Technology)的研究團隊合作,將亞當進化成夏娃 Eve,可以將早期藥物設計的流程自動化。

發表在 2018 年的研究顯示,夏娃篩選了約 1,600 種化學物質,針對其結構和活性的關聯性建模,用以預測哪些物質值得測試,並設計和執行實驗來驗證,結果發現常見的抗菌化合物三氯沙(triclosan)可以抑制瘧原蟲(Plasmodium falciparum)在肝臟休眠期時,用來存活的酵素 DHFR (Dihydrofolate reductase)。

Eve 運作流程:

  1. 初步 in silico 篩選:AI 從涵蓋已核准的 Johns Hopkins Clinical Compound Library 中用 ML 模型快速預測哪些最可能有活性。
  2. 執行實驗:把 AI 選出的化合物加入細胞培養盤,培養瘧疾寄生蟲,然後用自動化儀器測量真實的抑制效果。
  3. AI 學習:將實驗結果傳回 AI 系統,AI 根據結果分析哪些化合物的結構或性質與活性有關。
  4. 最佳化:使用 Bayesian Optimization 等演算法,根據分析結果來預測哪些還沒測試過的化合物最可能有效,然後自動安排下一輪實驗。
  5. 迭代優化:重複 2–4 步進行「測試 → 學習 → 預測 → 下一輪測試」,直到找到活性最強、最有潛力的候選物。

Genesis (開發中)


2019 年時,Ross King 收到瑞典 WASP (Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Programme) 的邀請,被任命為 Wallenberg Chair,正式啟動第三代的 Genesis 開發計劃,目標是讓它成為 L4 自主實驗室,完成後可以全面自動化酵母(Saccharomyces cerevisiae)系統生物學(systems biology)研究,每天自組啟動和執行 1000 個實驗。



  • Adam:第一個可提出並驗證假設的 SDL。
  • Eve:從純科學發現轉向產業應用,以最佳化(optimization)為主,能大幅提升效率,可用藥物篩選。
  • Genesis:體積是 Eve 的五分之一,目標是可自主生成假設、設計實驗、執行並分析結果,建構基因、蛋白質與小分子交互作用的系統生物學模型。King 希望用它證明在特定領域,機器科學家能比人類更快、更便宜完成研究。

Dr. King Ross website: Automation of Science

Self-Driving Lab (SDLs)


上面提到 Ross King 團隊的目標是把 Genesis 打造為 L4 自主實驗室,什麼是 L4?

Beal et al 在 2020 年的時候,在 Mol Syst Biol 發表了一篇文章,提出 SDL 的分級,他將 SDL 分成 L0-5 六級,L0 完全就是工人實驗室,隨著級數升高,工人智慧的佔比變少,人工智慧的佔比升高。

2026 年的時候,Ginkgo Bioworks 的創辦人兼 CEO Jason Kelly 提出了產業版的 LoLA (Levels of Laboratory Autonomy)



目前稱得上自主實驗室,有達到 L3 包括 Ginkgo Nebula + GPT-5, A-Lab, Genesis 和 LabGenius EVA 等等。

文章連結:Levels of autonomy in synthetic biology engineering

Ginkgo Bioworks | A new way to do science

Berkeley Lab: A-Lab


A-Lab 是美國 Lawrence Berkeley National Laboratory 開發的自主實驗室平台,於 2023 年開始運作,主要用在加速無機材料(inorganic materials)的合成與開發。

A-Lab 整合了以下幾個元素形成完整的 closed-loop 系統:

  • AI 規劃端:先從 Materials Project 和 Google DeepMind 的計算資料裡挑選出預測為穩定的新材料,以及從文獻中學習合成方式。AI 能為每個目標化合物提出多達 5 種合成路線,並透過主動學演算法持續優化。
  • 機器人執行端:硬體包含 3 個工作站可自動合成和分析。
  • 數據分析 & 迭代:AI 即時解讀結果,判斷是否成功合成目標物,並決定下一步實驗。

整個過程高度自動化,無需人類介入,為全球第一個用無機化學粉末為原料的全自主固態合成 SDL。

研究團隊於 2023 年在 Nature 期刊正式發表,目標是縮小「預測」和「實際合成」之間的差距,且 AI 和機器人能 24/7 自主完成從設計、實驗、分析到迭代優化的完整循環,被視為材料開發加速 10-100 倍的範例。

實驗結果:
  • 在 17 天連續自主運行 中,A-Lab 共執行 353 次實驗,每天執行約 21 個實驗。
  • 從 57 個目標化合物中成功合成 36 個,成功率為 63%,涵蓋多種氧化物、磷酸鹽等無機晶體。

新聞連結:Meet the Autonomous Lab of the Future

論文連結:NJ Szymanski, B Rendy, Y Fei, et al. An autonomous laboratory for the accelerated synthesis of inorganic materials. Nature (2023) DOI: 10.1038/s41586-023-06734-w

U of T: Acceleration Consortium


加拿大多倫多大學的 Acceleration Consortium (AC) 由化學系教授 Alán Aspuru-Guzik 帶領,成立於 2021 年,為全球領先的自主實驗室研究與應用中心。

傳統材料開發通常需 20 年、耗資 1 億美元以上,AC 希望透過 SDLs 將時間與成本大幅縮減至 1 年、100 萬美元左右,目標是加速開發永續未來的材料與分子,例如藥物、可生物降解塑膠、再生能源材料等。

新聞:U of T receives $200-million grant to support Acceleration Consortium's ‘self-driving labs’ research

AC 目前在多倫多大學擁有 6 座 SDL (SDL1-6),和溫哥華的 UBC 合作一座(SDL7),同時連結全球超過 30 座 SDL。
  • SDL1 : Inorganic - 無機材料開發
  • SDL2: Organic - 有機小分子開發
  • SDL3: Medicinal Chemistry - 用於藥物開發
  • SDL4: Polymers - 聚合物材料開發
  • SDL5: Formulations - 用於分析混合後的材料結構、功能和測試其應用,橫跨個人護理、醫療保健等領域。
  • SDL6: Human organ mimicry - 用於建立次世代人類組織模型和創新療法
  • SDL7: Scale-up - 橋接初期的藥物開發和終端的量產。

SDL7 和多倫多大學的其他 6 座 SDL 形成完整的開發鏈,從分子設計到材料合成,最後由 SDL7 完成 scale-up,目的是縮短早期開發到上市的時間,讓新藥物、清潔能源技術等更快進入應用階段。

因此,AC 不只是學術研究單位,它同時也透過新創公司與產業夥伴將 SDL 推向市場。

◻️ 產業合作

AC 目前有超過 60 家合作夥伴,涵蓋產業、政府、非營利組織和新創,其中產業夥伴以化學、製藥、消費品與材料科學領域的大型企業為主。
  • BASF:2025 年五月合作建立 SDLs,應用於農業、醫藥、塗料等領域的材料開發和優化,推動農業與化學領域的永續發展與技術創新。
  • Unilever:2025 年九月開始共同開發 SDLs,主要用來優化個人護理產品中的 submicron 乳化技術與配方,例如沐浴乳、乳液等。
  • Bristol Myers Squibb:合作開發液體混合物分離(liquid-liquid extraction, LLE)自主純化平台,可廣泛應用於製藥、食品、化學加工與環境整治中。

他們也和溫哥華的新創公司 Telescope Innovations 技術整合,已有多座商業 SDL 部署至 Pfizer、韓國製藥協會等,SDL7 的研究成果正快速轉化為產業應用。

網站連結:Explore our core facilities and related labs

U of T: LUMI-lab


也是多倫多大學研究團隊開發的 DMTA 完全閉環的自主化平台,主要用於設計可離子化脂質(ionizable lipids)和脂質奈米粒子(LNPs),可在超過 2,800 萬個 3D 分子結構上進行大規模訓練。

LUMI-lab 會自主學習,並完成完整的閉路循環,不停的迭代優化:模型預測 → 機器人自動合成 → LNP 配製 → 大規模 in vitro 篩選 → 數據回饋和模型優化。

它的三階段訓練為:
  1. 分子預備訓練(self-supervised pretraining):使用 1,300 萬個分子結構及其 3D 構造,執行預測和對比學習。
  2. 脂質預備訓練(continual pretraining with lipid):針對 1,500 萬個脂質分子庫進行持續預訓練,使其在執行篩選任務前,先深化模型對脂質化學特性的理解。
  3. 主動閉路學習(closed-loop active learning):在 10 個迭代循環中,不斷用新實驗數據迭代優化。

在他們今年發表於 Cell 的研究中,經過 10 個迭代循環後,LUMI-lab 評估了 1,781 種 LNPs,發現超過 50% 的候選 LNP 展現出高 transfection 效力,其中 LUMI-6 LNP 在老鼠模型中的 mRNA transfection 效果比 Moderna 用於新冠疫苗的 SM-102 LNP 要好。

除此之外,當用在 CRISPR-Cas9 進行肺部基因編輯的實驗中,LUMI-6 在上皮細胞的編輯效率達到 20.3%。

這個試驗顯示在只有少量實驗數據的情況下,LUMI-lab 可以透過閉路的模型訓練、主動學習和迭代優化循環,開發出新的 LNP,展現其強大的自主開發能力。

新聞:Self-driving LUMI-lab system combines AI and robotics to advance design and evaluation of lipid nanoparticles for mRNA delivery

論文連結:Y Xu, H Cui, K Pang, et al. LUMI-lab: A foundation model-driven autonomous platform enabling discovery of ionizable lipid designs for mRNA delivery. Cell (2026) DOI: 10.1016/j.cell.2026.01.012

Duke University: SAMPLE platform


SAMPLE(Self-driving Autonomous Machines for Protein Landscape Exploration)平台是由美國威斯康辛大學(現已搬遷至杜克大學)Romero 研究團隊開發的 AI 自主蛋白工程平台。它能自主學習蛋白序列與功能之間的關係、設計新蛋白,並結合自動化實驗室進行測試、分析與迭代優化,每次循環(design → test → learn)約需 9–10 小時。

在他們 2024 年發表於《Nature Chemical Engineering》的研究中,研究團隊將其 SAMPLE 平台和 Strateos Cloud Lab 的自動化硬體設備結合,成功打造出完整的自主實驗室(SDL),大幅加速蛋白質優化流程。相較於傳統人工方法通常需要 6–12 個月,SAMPLE 在理想連續運作下,20 輪循環理論上只需 1–2 週。(實際規劃下約 2 個月,實際運行約花費 6 個月。)

項目 SAMPLE 自動化平台 人類研究人員(估計)
20 輪循環時間 1–2 週(連續運作)
實際規劃:約 2 個月
實際運行:約 6 個月
6–12 個月
操作成本 5,200 美元(20 輪) 高(含人力成本與實驗室雜支)
數據特性 高度可重複、具完整元數據追蹤 易受主觀影響、重複性較低

實驗室網站:Duke | Romero Lab

Gov Investment


SDL 已實際被應用在各個領域,不少政府也投資大量資源在上面。

美國的 DOE 除了推動能源、原料研究上的自主實驗室,例如 PNNL (Pacific Northwest National Laboratory) 的自主實驗室,旗下的 ARPA-E 也在今年四月宣布投入 3,400 萬美元,資助 12 項自主實驗室相關計劃。

加拿大多倫多大學的 Acceleration Consortium 目前校內有六個 SDLs,還有個和 UBC 合作的 SDL7。SDL1-5 是化學實驗室,SDL6 負責人類組織模型,SDL7 則是負責 scale-up。他們在 2023 年的時候,獲得加拿大政府 CFREF (Canada First Research Excellence Fund)高達 2 億加幣(約 1.46 億美元)的研究經費,用來推動 SDL 基礎設施與應用研究,是加拿大聯邦政府有史以來授予單一大學最高額的研究資金。

英國的 ARIA 於今年一月推出 AI Scientist 計畫,共投資 600 萬英鎊在 12 項專案上,用來開發能自主設計、執行、分析實驗的自主實驗室,例如 King’s College London 的研究團隊獲得 50 萬英鎊,用來開發能將農業與食品工業的副產品(Agro-food by-products)轉化為高品質蛋白質的 SDL,用已應對全球飢餓與環境永續的雙重挑戰。

南韓政府也把 SDL 列為國家戰略,目標是在 2030 年前導入 500 座自主實驗室。韓國最大製藥協會(KPBMA)於去年年底向 Telescope Innovations 購買並安裝了韓國第一座藥物開發 SDL,作為全國 AI 驅動 R&D 訓練中心。

新聞:

ARIA - AI Scientists

DOE ARPAE | U.S. Department of Energy Announces $34 Million to Pair Artificial Intelligence with Autonomous Labs to Accelerate Catalyst Development

산업기술 R&D 혁신에 AI 활용…2030년까지 600개 프로젝트 추진


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