不需用細胞和病毒的中和抗體檢測

快速抗體檢測，這是之前新加坡大學和 Duke University 合作的那個，他們測的是體內的中和抗體(neutralizing antibodies)，就是可以和病毒結合，使它不能感染細胞，有抑制病毒作用的抗體。

要測體內是否有中和抗體，需要做抗體中和檢測(virus neutralization test, VNT)，簡單來說就是把抗體和病毒先混在一起 incubate，一個小時後再把抗體和病毒的混合物來拿來感染細胞，看看感染率有多少。中和抗體越多，可以抑制的病毒也就愈多，感染的細胞也就越少。通常這種檢測用的是原本的、活的病毒，所以要測新冠病毒的中和抗體的話，用的就是新冠病毒，不過如果要用新冠病毒，就需要 BSL3 的實驗室。在這篇論文裡，他們用的方法是 surrogate VNT (sVNT)，不需要用活的病毒，也不需要細胞，所以在 BSL2 實驗室就可以做，而且論文說他們在新加坡(n=175)和中國(n=50)的患者群身上測試結果，99.93% specificity (準確度) & 95-100% sensitivity (敏感度)。



相關文章：新冠病毒(SARS-CoV-2)的檢測 -- qPCR 和抗體

不用病毒，也不用細胞，要怎麼測試呢？因為我們已經知道新冠病毒感染是透過它的 spike protein RBD (receptor-binding domain) 和人類細胞表面的接受器 ACE2 結合而進入細胞的，所以他們認為只要在 ELISA plate 上測試就可以了，看了論文裡的圖示，其實就是普通的 ELISA，把 ACE2 coat 在 ELISA 上面，當作是細胞表面，然後把患者血清和 RBD 混合，RBD 已經是 HRP-conjugate，之後再把混合後的 Ab/RBD-HRP 加到 ACE2-coated ELISA plate，最後測訊號看看有多少 RBD 和 ACE2 結合，訊號越低的就表示血清裡中和抗體的含量越高。

他們還和兔子、老鼠、駱馬和人類的其他十五個 mAb 做比較，看看他們的 sVNP 是否能分別出普通抗體和有中和作用的抗體，結果顯示那些 mAb 在他們的 sVNP 檢測裡只有微弱的中和病毒的效用，有的甚至沒有，表示 sVNP 測到的是中和抗體的含量，而不是所有抗新冠病毒的抗體 [註]。

註：並不是所有抗新冠病毒的抗體都是中和抗體，有抑制病毒的效用，之前有研究顯示只有 anti-Spike S1 和 anti-Spike RBD 的抗體有抑制病毒的效用。

相關文章：近期和新冠病毒抗體相關的研究

除此之外，論文裡說他們的 sVNT 測的是所有中和病毒的 isotypes，也就是包括 IgG 和 IgM，不像其他大多數的抗體檢測，只有測 IgG 或 IgM。他們用了不同濃度的 IgM 和 IgG 抗體去測，都可以測到中和抗體，即便 IgG 和 IgM 量都很低，也可以測出中和抗體 70-90% 的抑制功效，表示他們的 sVNT 的敏感度很高。另外，他們也試了不同動物的中和抗體和普通抗體，也就是把 RBD 或整顆病毒打入動物體內，被打入 RBD 的動物體內產生的抗體便都會是有抑制效用的中和抗體，打入整顆病毒的可能只有部分是中和抗體，結果顯示皆可測到中和抗體，不過被打入 RBD 的動物血清抑制病毒的效力比較高。

最後，就是測試準確度了，看看 sVNT 是否可分別出 SARS, 新冠病毒和其他的冠狀病毒。實驗結果顯示感冒冠狀病毒(229E, NL63 or OC43)患者的血清裡並沒有測到可抑制新冠病毒的抗體，而 SARS 康復患者的血清內則有一點點，顯示有一點 cross-reactivity。不過當把 SARS sVNT 和 SARS-CoV-2 sVNT 放在一起比較的話，是可以看出分別的，SARS 康復患者的血清對 SARS RBD 的抑制效果比 SARS-CoV-2 要好。

雖然他們在 sVNT 裡 SARS 患者的血清和新冠病毒是有 cross-reactivity，但其他研究團隊用病毒和細胞系統的中和檢測(conventional VNT, cVNT)中是沒有的，所以這表示 sVNT 的敏感度比較高嗎？我覺得有意思的是 SARS 康復患者的血清裡仍測得到中和抗體，大家都知道 SARS 已經過去十七年了，這表示感染過 SARS 後，體內的抗體能維持十七年，而不是之前認為的只有三年嗎？他們有跟 2003 年時，感染不到一年後採的血清相比，十七年後血清內的中和抗體量是比感染不到一年時低，但也沒有說低很多。

他們也和普通的 cVNT 做比較，看結果是否一樣，sVNT 的結果是否可以轉譯成 cVNT，看起來結果是一樣的，表示 sVNT 應該可以取代 cVNT。剛需要花上兩三天的 cVNT 相比，sVNT 花的時間是要短得多，一天內可以搞定，不過論文中說只要一、兩個小時也 .... incubation 就兩個小時惹，再加處理血清和做 ELISA 本身的時間，總共也要花個三、四個小時吧，雖然他們用 RBD-HRP 就可以少一個小時的 incubation time, but still.... 不過它的好處是普通實驗室就可以做惹。



原論文：

CW Tan et al, A SARS-CoV-2 surrogate virus neutralization test based on antibody-mediated blockage of ACE2–spike protein–protein interaction. Nature Biotech (2020)

感染過冠狀病毒是否就免疫了呢？

目前市面上有很多血清檢測的 kits，而我們最想用血清檢測回答的問題有：

1. 康復患者血清內的抗體量是多少？
2. 多少才有保護作用，使人不被二次感染？（這也算是疫苗效用的一個指標，如果抗體無法避免二次感染，那疫苗 .....？）
3. 無症狀患者、輕症患者和重症患者體內的抗體量是都一樣的嗎？是否所有感染者都能產生大量的抗體，使其不被二次感染？還是重症患者的抗體比較多？
4. 體內抗體能維持多久，有效避免二次感染的抗體量會維持多久？

上個月刊在 medRxiv 的這篇研[1]究分析了目前關於冠狀病毒的相關研究，想要試著回答上面的問題，但因為新冠病毒是這幾個月的事，所以 SARS, MERS 和其他造成感冒的冠狀病毒的研究比較多。

註：常見的、會引起感冒症狀的人類冠狀病毒有 229E (alphacoronavirus), NL63 (alphacoronavirus), OC43 (betacoronavirus), HKU1 (betacoronavirus)。

1. 造成感冒的冠狀病毒，例如 229E，康復患者體內的抗體大概可以維持一年使人不被二次感染，或是再次感染的症狀也是很輕微。

2. SARS 康復患者體內的抗體在感染後第四個月達到高峰，而且則能維持到三年左右，使其不被二次感染。（不過研究裡檢測的最後時間點是感染後第三年，所以只知道至少三年，之後就不知道了。）

3. MERS 輕症換者可在症狀發生後的半年和一年的時間點測到 IgG，重症患者的時間點也差不多。

4. 其中一篇研究[2]裡是測試冠狀病毒 229E 的康復患者是否會二次感染。當時參與研究的志願者中，只有 11% 體內沒有抗體，顯示在當時的年代(1961-1977)，這株冠狀病毒非常普及。當一年後再讓這些志願者感染這株病毒，看看抗體是否還有保護作用，發現抗體對同株的病毒有保護作用，但對相近病毒(也就是同樣是 alphacoronavirus，但是不同病毒株)只有部分的保護作用。後來有篇研究[3]顯示，如果體內抗體量不夠的話，229E 的康復患者可被二次感染。參與此研究的志願者在感染病毒一週後，IgG 開始上升，然後在十四天時達到高峰，一年後再測的時候抗體量仍然比感染前高，當再一次接受感染挑戰的時候，雖然約有一半的人被二次感染，但都沒有症狀。另外，第一次感染的時候，在前五到六天都測得到病毒，而二次感染時，只有前兩天測得到病毒，顯示病毒被清掉的很快。（不知道這是不是這次有很多無症狀患者的原因，如果血清檢測可以順便檢驗其他的 betacoronaviruses 的話可能可以知道。）

5. 有些冠狀病毒抗體有 cross-reactivity，像是 229E 的抗體可以使患者約一年不被同種的冠狀感染，例如同是 alphacoronavirus 的 NL63。


Figure / Quantitative and binary readouts in serology assays. (Krammer & Simon, Science 2020)

雖說目前有很多血清抗體檢測，但是要知道新冠病毒的康復患者是否能夠避免二次感染，需要可以測量體內抗體量的檢測，而這需要做 ELISA，比較耗時也比較耗人力，需要在實驗室執行。LFA 之類的快篩只能知道有或沒有，而且需要夠高的 sensitivity 和 specificity，才不會有太多的 false positive 或 false negative，主要是用來了解病毒感染的盛行率(sero-pervalence)。



Article:

Science / Serology assays to manage COVID-19 (May 2020)


References:

1. AT Huang et al, A systematic review of antibody mediated immunity to coronaviruses: antibody kinetics, correlates of protection, and association of antibody responses with severity of disease. medRxiv (2020)

2. SE Reed, The behaviour of recent isolates of human respiratory coronavirus in vitro and in volunteers: evidence of heterogeneity among 229E-related strains. J Med Virology (1984)

3. KA Callow et al, The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. Epidemiology & Infection (1990)

血清檢測｜受新冠病毒感染人口到底有多少？

最近這篇研究滿多人在傳的(not peer-reviewd)，就是美國加州在四月初檢測了約 3300 位透過臉書廣告徵來的 Santa Clara 的居民，發現每 66 位就有一位曾感染過 SARS-CoV-2，由此數據估算出兩百萬居民中大概有 48000 - 82000 位居民感染過病毒，比官方檢測出的一千位多了約 50 倍以上。（如果取中間值算，假設是 65,000 位居民已感染過，那就是大約 3.25% 的盛行率。）除此之外，德國在月初發表的血清檢測也顯示相似的結果，七人中有一人感染過新冠病毒，和 qPCR 交叉檢測的結果，估約整個城市的感染率為 15%，不過德國的病毒專家說，這麼高可能是因為二月的時候，城中有一個慶祝活動。

註：盛行率為 prevalence，為感染人口除以總人口數，分母不是檢驗人口。

雖說這個血清檢測的結果顯示很多人已感染過，相對來講也就是把致死率(infection fatality rate, IFR)的分母變大了，以 Santa Clara 的例子來說，這表示 48000 - 82000 中的死亡人數為約一百人，等於是 0.1% - 0.2%。不過，血清檢測要注意的是偽陽性(false positive)和偽陰性(false negative)的問題，如果不夠 specific，很可能很多是 false positive，也就是說其實感染人數並沒那麼多；如果不夠 sensitive，則有可能出現很多 false negative。

參與 Santa Clara 這個研究的學者說，他們同時也測試了這個 kit (Premier Biotech, Minnespolis, MN) 的 sensitivity 和 specificity，他們先檢測了已知的 85 個確診案例和 371 個陰性案例，結果顯示有兩個 false positives。他們另外也用在地居民做測試，檢測了已在 Stanford Hospital 用 qPCR 驗過的 37 陽性案例和 30 位陰性案例，交叉比對的果顯示只有 68% 的陽性案例被測到，所有陰性則為 true negative。兩者合併的估算下，這個 kit 的 sensitivity 大約是 80.3%，specificity 約為 99.5%。用調整過的 sensitivity 和 specificity 去估算的結果顯示 Santa Clara 的盛行率(seroprevalence)大約介於 2.49% - 4.16%，也就是說整個城市約有 48,000 - 81,000 已受過感染，是官方確診數的五十倍左右。



News:

Nature / Antibody tests suggest that coronavirus infections vastly exceed official counts (April 2020)


Paper:

E Bendavid et al, COVID-19 Antibody Seroprevalence in Santa Clara County, California. medRxiv (2020)

BC CDC / UBC COVID-19 virtual symposium

上禮拜四的 BC CDC / UBC COVID-19 symposium，因為當天大爆滿，有的 speakers 甚至無法進到 Zoom，於是 UBC MedIT 就即時用了一個 live steam link，並且說這週會放到網上，剛剛收到 email 說已經放在 YouTube，有興趣的可以去看了。

Virtual BC COVID-19 Symposium



Introduction and Overview
Bonnie Henry, Provincial Health Officer
David Patrick, BCCDC; UBC
Robert McMaster, UBC

Diagnostics, Genomics and Transmission Dynamics
Natalie Prystajecky
Mel Krajden, BCCDC
Steve Jones, GSC
Peter Unrau, SFU

Clinical Trials and Patient Management
Josef Penninger, UBC
Srin Murthy, UBC
Jim Russell, UBC
Richard Lester, UBC

Epidemiology & Public Health Response
Danuta Skowronski, BCCDC
Manish Sadarangani, BCCH
Caroline Colijn SFU & Michael Otterstatter

Social Dynamics, Communications and Trust
Cynthia Jardine, University of The Fraser Valley
Yue Qian, UBC
Kelley Lee & Julia Smith, SFU
Emily Rempel, CDC

Development of Therapeutics and Vaccines
Bo Barnhart, AbCellera, Inc
Artem Cherkasov, UBC
Eric Jan, UBC
Francois Jean, UBC
Horacio Bach, UBC
Sriram Subramaniam, UBC
Wilf Jefferies, UBC
Leonard Foster, UBC
James Taylor, Precision NanoSystems
Lindsay Eltis, UBC

Final Discussions and Summary

下面是上禮拜聽的時候截圖的筆記



BC testing capacity. Genome BC is involved, too.



BC's sequencing equipment



BC COVID-19 WGS (whole Genome Sequencing) - mostly from Washington state and Europe



WHO's SOLIDARITY projects: clinical trials of the 4 focused treatments

Canada also participates: Canadian Arm of SOLIDARITY (CATCO)

Science / WHO launches global megatrial of the four most promising coronavirus treatments (March 2020)



ARBs (angiotensin II type 1 receptor blockers)

clinical trial: Coronavirus ACEi/ARB Investigation (CORONACION)



Causes of ACI and how SARS-CoV-2 is related to it.





UBC's APN01 works against ACE2

可參考：UBC 研發的藥物將進入臨床試驗 -- soluble hrsACE2



BC 和全加拿大的新冠病毒患者的年齡分佈



tracking COVID-19 by sero-prevalence survey

之前看到 UCSF 在做血清檢測，想說 BC 應該也要做一下，原來真的有計畫要做。

Science / Unprecedented nationwide blood studies seek to track U.S. coronavirus spread (April 2020)



患者體內免疫反應的研究，確診患者如果還在症狀出現後的十四天內，想為疫苗研發貢獻一份心力的，可和研究團隊聯絡，e-mail 如上。

相關文章：武漢肺炎輕症患者體內的免疫反應



BC 目前和計畫中的相關研究





Transmission & control modelling for decision making and public health response



BC 目前是最右邊那個



AbCellera antibody discovery - they use single cell sequencing



他們有和美國 NIH 和 Eli Lilly 合作。

AbCellera news press: AbCellera and Lilly to Co-develop Antibody Therapies for the Treatment of COVID-19

新冠病毒(SARS-CoV-2)檢測 -- qPCR 和抗體檢測（續）

有看中研院那篇的就知道，目前檢測新冠病毒的方法有三：

1. qPCR：檢測體內是否有病毒 RNA，知道 primers 就可以用來檢測，不需要另外研發，相對準確，敏感度高(sensitivity)，但需四到六小時，包含運送檢體時間等等的 turnaround time 至少要一天。不過目前 UCSF, Mammoth 和加州 Public Health 部門合作研發的 SARS-CoV-2 DETECTR 利用 CRISPR 技術似乎可以快速檢測，加上 RNA extraction 的時間只要 45 分鐘。

2. 用抗體檢測體內抗原(也就是病毒)：跟 qPCR 比起來準確度較低(需要注意有沒有 cross-reactivity)，也需要時間研發，但是檢驗方法簡單，速度也快，turnaround time 約二十分鐘到一小時。（下圖的第三種 sandwich assay）

3. 用抗原(也就是病毒蛋白)檢測體內是否有抗體：研發時間沒上面那個長，比較簡單，檢驗方法也同樣簡單和快速，但需要等到症狀出現後，病患體內產生抗體才測得到，通常是用來追蹤是否曾經感染過。（下圖的第一種 direct assay 或第二種 indirect assay）

相關文章：新冠病毒(SARS-CoV-2)的檢測 -- qPCR 和抗體


Figure / Diagram of common ELISA formats (direct vs. sandwich assays)(Thermo Fisher)

註：抗體檢測的原理跟 ELISA 相同，可以固定抗原(antigen)去測體內抗體(antibody)，如上圖的第一種和第二種，這種只要有抗原就可以測，或是固定抗體去測體內是否有抗原，如上圖中的第三種，這種比較需要花時間先去研發出好的抗體。

相關文章：簡單檢測新冠病毒抗體

Nature 的這篇介紹了幾個正在研發的抗體檢測，第一個介紹的就是中研院楊老師的那個 LFIA！和大多數用 S (spike) protein 做抗原的抗體檢測不同的是中研院用的是 N (nucleocapsid) protein，其中一株抗體和 SARS 還有其他種冠狀病毒的 spike protein 沒有 cross-reactivity。不過看了這篇才知道，中研院的抗體是用 AI 去模擬 Ag-Ab interactions 後製造出來人造抗體 libraries，然後再用 phage display 去抓出抗體，而不是用動物去製造抗體，或是從康復患者體內釣出來，因此省掉了兩個月的時間。（也就是說中研院有抗體的基因序列，可以大量生產，也許可以測試是否能用於治療，不過我覺得 anti-spike 的抗體應該會比較有效果。）

相關文章：Phage display 和小抗體製造


Figure / Schematic representation of a LFIA device (Banerjee et al, Analyst 2018; doi: 10.1039/C8AN00307F)

抗體檢測大多用 LFIA (lateral flow immunoassay) 式的快篩，原理跟 ELISA 相同，只是長得像驗孕棒 XD。如上圖的 LFIA 所示，用的是 sandwich assay，也就是把抗體固定在檢測棒上面，然後先讓(可能含有病毒)的血液和帶有染劑的抗體混合，然後讓混合後的血液和抗體流過檢測棒，如果有血液含有抗原(也就是抗原)的話，就會被固定在檢測棒的抗體抓住。另一條 control line 是抓多餘的帶有染劑的抗體，也就是確認有足夠的抗體，並且有作用。因此如果血液中有病毒的話，就會有兩條線，沒有的話就會只出現 control line 那條線。

第二個介紹的是加拿大的公司 Sona Nanotech (Halifax-based)，他們是和 GE 合作研發的 LFIA，抗原用的是 spike protein 的 S1 domain，目前預估是六到八週內可以有供研究使用的產量。

如最之前說的，檢測體內是否有對抗病毒的抗體相對簡單，只要純化出抗原就可以下去測了，德國柏林的 Pharmact 已經有二十分鐘的抗體快篩檢測，用的抗原是 N protein 和 spike protein 的 S1 和 S2 domain，可以用來檢測患者體內是否有這兩個病毒蛋白的抗體，這個快篩可以檢測到 IgM 和 IgG，IgM 是人體受感染後最先產生的抗體，之後再產生 IgG。他們和 qPCR 結果做比較，結果顯示準確度很高 -- 100% true negative 和 0% false positive，不過缺點是敏感度低，因為一開始的 IgM 反應並不高，感染後的 4 - 10 天內測到的敏感度只有 70%，但是第 11 天到第 24 天可以測到 92.5%，IgG 在這幾天測到的比例也高達 98.6%，因此整體 false negative 比例約為 13%。

關於患者體內的免疫反應可參考：武漢肺炎輕症患者體內的免疫反應


其他相關文章：關於武漢病毒(SARS-CoV-2) Cryo-EM 那篇論文的閒聊



Article:

Nature / Fast, portable tests come online to curb coronavirus pandemic (March 2020)


Papers:

JP Broughton et al, Rapid Detection of 2019 Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Using a CRISPR-based DETECTR Lateral Flow Assay. MedRxiv (2020)

R Banerjee & A Jaiswal, Recent advances in nanoparticle-based lateral flow immunoassay as a point-of-care diagnostic tool for infectious agents and diseases. Analyst (2018)

新冠病毒(SARS-CoV-2)的檢測 -- qPCR 和抗體

目前的檢測都是以用 qPCR 檢測病患體內是否有武漢病毒的 RNA，這個方法的問題是耗時耗力，尤其是 RNA extraction 相對來講比 DNA 困難不少，是個瓶頸。另外，復原的患者裡沒有病毒後就測不到 RNA，只能針對目前正被感染的患者，而非康復後的患者，如果患者康復了，那感染的源頭或是中介者就斷了。

目前用 qPCR 檢測的目標基因是 N gene, E gene 和 RdRp gene，它們轉譯後的蛋白為 nucleoprotein (N protein), envelope protein (E protein) 和 RdRp (RNA-dependent RNA polymerase)。

關於這個病毒的 background info 請參考這篇：關於武漢病毒(SARS-CoV-2) Cryo-EM 那篇論文的閒聊


Figure / SARS genome (ViralZone 2020)

之前 BC CDC (BC 省疾管局)內部的 seminar 裡有提到他們檢測的流程為先用 qPCR 檢測是否有 RdRP 和 E gene (~24hrs)，再檢測是否有 N gene (2hrs)，然後送定序 RdRP (8-16 hrs)，都顯示 positive 後最後送 National Microbiology Lab (NML) 確認(24-48hrs)。後來我在 CDC 工作的朋友說，現在已經不用送 NML，BC CDC 檢測為陽性就直接公佈了，所以 24 小時內就可以知道結果。(註：NML 為加拿大唯一的 P4 Lab，位於 Winnipeg, Manitoba。)


Figure / The 2019-nCoV Novel Coronavirus – what we know and what we’re finding out (BC CDC)

除了檢測病患的病毒 RNA，另一個方法就是測體內的抗體，感染病患在免疫系統正常的情況下，身體會製造對抗病毒的抗體，因此即使患者復原了，也可以透過檢測體內的抗體得知其是否曾經感染過病毒，例如浙江台商，另外用抗體檢測也比較省時省力。

新加坡大學 NUS 和美國 Duke University 合作抗體檢測，並在這週二發表了他們的成果。新加坡在一月時發生了兩起教會的群聚感染，一月 29 號的時候有位年輕男士感到身體不適，但找不到感源。另一個教會則是在一月 19 號的時候有位來自武漢的訪者，後來往回追接觸史的時候發現，年輕男士在一月 25 號的農曆年慶祝活動裡，同時參加活動的一對夫妻曾經接觸過那位武漢訪者。那對夫妻在一月 25 的時候出現症狀而去醫院，但因為症狀輕微並沒被診斷為武漢肺炎。發現了年輕男士和這對夫妻的連結後，這對夫妻在二月 18 號送去 CDC 檢測，不過那時那對夫妻已經康復了，檢測人員認為可能測不到病毒的 RNA，於是除了用 qPCR 檢測外，同時也做了抗體測試。沒想到，先生的 RNA 檢測為陽性，於是隔天被送醫隔離，而太太的檢測則是陰性，不過數日後的抗體檢測結果顯示夫妻兩人皆為陽性，表示兩人體內皆有武漢病毒的抗體，太太也曾經感染過病毒。

他們從康復患者的血液檢體裡發現到辨識病毒 S 蛋白(spike protein)的抗體，而這些抗體在實驗室中顯示可以阻止病毒殺死細胞。同時，他們合成的病毒蛋白也可以被患者血裡的抗體偵測到。不過，用抗體檢測需要注意它的 specificity，因為武漢病毒和 SARS 的蛋白很像，可能會出現 cross-reactivity 的問題(也就是抗體同時可以檢測到 SARS 和武漢病毒的蛋白)，所以必須要確定檢測的抗體只會辨識武漢病毒的蛋白，而新加坡和杜克大學研發的抗體測試可以分辨兩個病毒的蛋白，也就是只會對武漢病毒的蛋白有反應。

看到這裡可能會覺得很熟悉，沒錯，中研院之前也公佈過他們可以在浙江台商的血裡測到武漢病毒的蛋白，不過他們測的是 N 蛋白(nucleoprotein)。


【 名字改來改去，武漢病毒到底叫什麼？】

病毒和其引起的疾病命名方式分為三個等級：(ICTV - Naming the 2019 Coronavirus)

1. 疾病名(disease name)：由 WHO 病名，例如這次的武漢肺炎被 WHO 命名為 COVID-19 (Coronavirus Disease 2019)

2. 病毒名(virus)：由病毒學家命名，例如這次的武漢病毒是由 ICTV 裡的冠狀病毒學家命名為 severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)。

3. 病毒分類(species)：由 ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses) 將病毒分類，跟動物的界門綱目科屬種一樣，病毒也由大至小分成 family (名字尾巴是 -dae), subfamily (名字尾巴是 -nae), genus (名字尾巴是 -virus) 和 species (可能前面加個宿主名，例如 canine, porcine 等等的，或是後面加個 type 1, type 2 之類的)，另如這次的冠狀病毒就是 Coronaviridae (family) - Orthocoronavirinae (subfamily) -Betacoronavirus (genus) - Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (species)。

ICTV 發表的命名武漢病毒的 papers：

AE Gorbalenya et al, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group. bioRxiv (2020)

Coronaviridae Study Group of the ICTV, The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology (2020)


Article:

Science / Singapore claims first use of antibody test to track coronavirus infections (Feb 2020)