顯示具有 Canada 標籤的文章。 顯示所有文章
顯示具有 Canada 標籤的文章。 顯示所有文章

2021年5月23日 星期日

校正回歸才不是蓋牌!

這兩天在吵 #校正回歸,想到去年看 BC CDC 的圖時剛開始也沒看懂,在 VCH 當護士的朋友幫我解釋了一下。剛剛找了一下去年的資料,發現其實 CDC 花了不少功夫在分析(BC CDC COVID-19 Data),去年三月到六月中幾乎每天都有一個報告。剛開始 symptom onset date 的圖和 date reported to PH 的是合在一起的(Figure 1),後來分開了(Figure 2-4)。


Figure 1. 去年疫情剛開始時,三月的確診人數和感染人數是放在同一張圖,可以看到確診高峰期和感染高峰期差了兩個禮拜。

台灣過去一年因為確診數少,所以當日確診數有一個就報一個,沒有出現 delay 的問題。BC 省在疫情爆發剛開始也是這樣,每天只有一個確診數字,但沒多久後人數就暴增,症狀出現去檢驗,BC 疾管局檢驗陽性後再報給中央,這樣來來回回的 turnaround time 就要至少一天以上,今天檢驗出來確診的不見得是今天的人數,很可能是幾天前,甚至是一、兩個禮拜前的。之後人數太多就不用再報給中央,BC CDC 驗出來後就可以直接宣布確診。


Figure 2. 實施禁令後,感染人數和確診人數的變化,禁令實施後的結果約一個禮拜後才會看到。

BC CDC 後來把數字分成兩個,一個是當日確診數(Date report to public health),就是當天回報給 public health (PH) 的確診人數,這個數字是不會變的,當天回報給 PH 的是多少就是多少。另一個是當日症狀出現的人數,也就是當日感染人數(Symptom onset date),但這個人數會是幾天後的確診人數往回調的,例如 5/22 確診的人,可能是一個禮拜前 5/15 感染的,幾天後出現症狀去檢驗,5/22 檢驗結果確診,這個確診一人除了會加在當日確診數(date reported to PH)之外,還會往回加在 5/15 那天的 Symptom onset date 的人數,所以這個人數在兩週內可能會一直增加,都是之後往回推感染日期後加上去的。

相關文章:新冠病毒(SARS-CoV-2)的檢測 -- qPCR 和抗體

可以看到在去年三月中禁令開始後,感染人數開始下降,但確診人數上升,這個上升是幾天前的感染人數,禁令的效用在一週後才看見確診數下降(Figure 2)。確診人數的高峰期和感染人數的高峰期中間差了約兩個禮拜,感染人數不會立刻知道,都是之後的確診數回推後加上去的,這個 delay 目前觀察到大概都是一個禮拜左右,去年疫情開始暴增的時候大概會 delay 到兩個禮拜吧。台灣過去一年公佈的可能都是以當日感染人數為主,人數少到還可以有行動足跡,這邊人數多到根本不可能這樣,只能先公布當日確診人數,之後再回調感染人數,也就是校正回歸。


Figure 3. 擴大檢驗後確診數增加不少,但感染人數沒有。

How to interpret the epidemic curves: Figure 2 shows the date that a case’s illness started. Figure 3 shows the date the illness was confirmed and reported by the laboratory. There is a delay between the beginning of a person’s illness (symptom onset date) and the date the laboratory confirms and reports the illness (reported date). New cases only have a reported date available and appear on the right of the curve in Figure 3, but their symptom onset would have occurred prior. As information on symptom onset becomes available through public health investigation, cases are expected to appear on earlier dates in Figure 2.

禁令包括:
3/14 春假開始學校關閉
3/16 開始禁止五十人以上的聚會、禁止外國人入境、禁止有症狀者進入加拿大、限制國際班機。
3/17 BC 疾管局宣布緊急命令,所有入境者要自我隔離十四天。
3/18 BC 省政府宣布緊急命令,所有餐飲業者關閉。
3/20 宣布美加邊境關閉,禁止 non-essential travel。
3/21 禁止私人服務業務,包括沙龍和按摩(salons, spas)等等。


Figure 4. 去年五月的時候,開始擴大篩檢,有症狀都可以去檢驗,確診人數有增加,但感染人數持續下降。

疫情剛爆發的時候各項不足,人手不足,檢驗試劑不足,因此只有出現症狀和有接觸史的才驗,外國回來的就是自己在家隔離十四天。如果只是有感冒症狀,但沒有接觸史的,就是待在家到症狀結束,不要出門也不要去看家醫,不會有檢驗,如果有疑慮就打 811。如果症狀嚴重,例如高燒不退或是呼吸困難,就打 911 或是去急診。後來比較上軌道後,檢驗站也增加了後,才擴大到有感冒症狀就可以去檢驗。

BC 去年疫情爆發後三階段的實施措施:

Phase 1 – Public health measures enacted: March 14: Spring break started for most schools; March 16: Mass gatherings public health order implemented (>50 people), entry of foreign nationals banned, symptomatic individuals banned from flights to Canada, international flights restricted to four national airports; March 17: BC public health emergency declared, traveller self-isolation public health order implemented; March 18: Provincial state of emergency declared, food and drink service restrictions public health order implemented; March 20: US/Canada border closed to non-essential travel; March 21: closure of personal service establishments.

Phase 2 – Start of reopening: May 19: Restoration of health services, retail, hair salons, in-person counselling, restaurants, cafes, pubs, museums, libraries, office based worksites, sports, outdoor spaces, and child care. June 1: Students in K-12 return to school on a gradual and part-time basis.

Phase 3 – Continued reopening: June 24: essential travel within BC permitted with reopening of accommodation industry (hotels, motels, RV parks, cabins, etc.), overnight camping in BC parks, motion pictures and television production, and movie theatres.










2018年12月21日 星期五

非洲豬瘟 African Swine Fever

這邊整理一下在加拿大官網上關於非洲豬瘟的幾個重點。


ASF (African swine fever) - fact sheet

• ASF 是由病毒 ASFV (African Swine Fever virus) 引起的,感染的豬隻會發燒、內出血,高傳染率,會快速在豬隻間透過直接和間接的方式傳開,並且死亡率極高。
• ASFV 為雙股 DNA 病毒(dsDNA),比口蹄疫還難纏,耐高低溫和耐高酸鹼。
• 間接傳染包括經由牧場器具、運輸工具、衣服鞋子和飼料,另外接觸到受感染豬隻的糞便和皮膚,還有食用受感染豬隻製成的食物、飼料也會被傳染。
• 以下情況下仍具有感染性:11 天內的糞便、十五週內的冷凍和冷藏豬肉,三到半年內非高溫煮過的火腿。
• 受感染的豬隻初期並沒有症狀並沒有症狀,因此會成為病毒帶原者到處傳染給其他豬隻。
• ASF 的症狀和平常的豬瘟(classical swine fever)相像,症狀有:高燒、沒食慾、身體虛弱、無法站立、皮膚紅腫、內出血、嘔吐和腹瀉、落胎,和突然死亡。
• 病毒的致死率和病毒株(strains)有關,有的病毒株的致死率是 100%。
• 目前沒有 ASF 的疫苗,並且無法治療。

• 目前沒有證據會傳染給人類,但是會經由人類的衣物傳染給動物,因此如果在疫區接觸過動物,回國後十四天內要避免接觸到動物。


疫區 中國:

• 已多處爆發 ASF 感染和擴散
• 爆發的原因有缺乏衛生安檢措施、野生豬隻密度高、牧場違法販售感染豬隻、用受感染的豬肉餵食豬隻。


擴散途徑:

• ASF 持續出現在非洲幾個國家,持續出現在非洲幾個國家,然自 2007 年開始擴散到中亞,2018 年傳到中國和歐洲幾個國家。
• 高危險傳染媒介為來往歐洲的旅客,病毒可能會經由附著在他們的衣物鞋子上進入加拿大。
• 另一個高危險傳染媒介是除了來往中國的旅客外,還有中國來的飼料和偷帶中國豬肉製品進入加拿大的人。
• 目前加拿大病未發現有 ASF 感染。


加拿大的防疫方法:

• 加拿大食品檢驗局(CFIA)和海關 CBSA 合作,任何從「未確認沒有 ASF 的國家」進來的動物和肉類都需受到嚴格管制。
• 任何從疫區來的豬肉都禁止,目前完全禁制任何從中國來的豬隻、豬肉和豬肉製品。(中國水餃除外,因為已煮熟且 CFIA 已確認安全,並且水餃內的豬肉不是從中國來的。)
• 所有進入加拿大的旅客或居民皆須向海關告知他們在其他國家待的時間和是否去過畜牧場,有的話需告知細節。
• 也必須向海關告知待在加拿大的期間內是否會去造訪畜牧場。
• 如果在進入加拿大境內前有去過他國的畜牧場,在進入加拿大後的五天內不可去任何畜牧場或相關設施。
• 進入加拿大後的五天後,如果衣物、鞋子和儀器設備皆經過消毒兩次後,才可進入加拿大的畜牧場。


CFIA 給加拿大居民和訪客的幾點建議:

• declare at the border if you have been on a farm or are going to a farm (從疫區 — 例如 #中國 — 回來時,如果有去過牧場,需告知海關。)
• declare at the border if you are bringing animal and/or food products (要跟海關申報是否有帶動物或食品)
• avoid contact with animals for at least 14 days after returning to Canada if you have recently travelled to a country where serious diseases exist (including contact with wildlife, farm animals and zoo animals) (如果在疫區有接觸到動物,回國後十四天內要避免接觸動物。)


加拿大的牧場和豬肉製品生產商能做什麼?

• 禁止從他國帶肉類進入加拿大,此為違法行為,熟食和罐頭食品除外。
• 徹底清潔衣物和鞋子
• 不要喂給豬吃人類的廚餘
• 確認牧場工作人員或訪客並未接觸過疫區的動物






Resources:

CFIA / African swine fever - fact sheet

CFIA / Preventing African swine fever from entering Canada

CPC / African swine fever virus and symptoms

CPC / African swine fever in other countries

CPC / Preventing ASF from infecting Canadian pigs










2015年11月5日 星期四

Canada: science & politics

做個筆記。(存參)


Nature News / Canada’s top scientist faces tough challenge (Dec 2015)

The Globe & Mail / Three scientists on the research they couldn’t discuss with media under Harper

Nature News / Canada creates science-minister post (Nov 2015)

Science News / Q&A: A scientist elected to Canada’s Parliament shares his hopes as Trudeau prepares to take power (Nov 2015)

Science Insider / Canadian research councils get a rain check from Harper government (Apr 2015)


Science Insider / Canadian scientists smile as Liberals deliver a déjà vu budget (March 2016)


Morneau also provided:

* $181.75 million to Genome Canada to support the nonprofit agency’s regional genomics centers through 2019–20;
* $7.66 million a year for 5 years in continuation funding for the Perimeter Institute for Theoretical Physics starting in 2017–18;
* $10.73 million over 2 years to create 825 business internships and fellowships;
* $15.32 million over 3 years in continuation funding for the Canada Brain Research Fund;
* $38.31 million over 5 years to the National Optics Institute to provide R&D and technical support for businesses operating in the areas of optics and photonics; and
* $9.19 million over 2 years for “research, training and outreach” activities at the Stem Cell Network.

Science Insider / Canada launches review of its research enterprise (June 2016)

Nature News / Scientific challenges loom for Canada’s popular prime minister (October 2016)

Neuron / Brain Canada: One Brain One Community (Nov 2016)

Science Insider / Canada's government scientists get anti-muzzling clause in contract (Dec 2016)

Science Insider / In Canada, case spurs concern over misconduct secrecy (Dec 2016)

Science Insider / Research stays frozen in Canadian budget (March 2017)

Nature News & Comment / Canada budget falls flat with scientists (March 2017)

Science Insider / Canada’s new genetic privacy law is causing huge headaches for Justin Trudeau (March 2017)

Nature / Billion-dollar boost sought for Canadian science (April 2017)

Science Insider / Review of Canadian science calls for better oversight, coordination—and more money (April 2017)