2017年11月16日 星期四

R | ggplot: Histogram, Bar graph & Line plot

這篇介紹另外三種圖:histogram, bar graph 和 line graph

同樣,想看課堂講義請參考:R Graphics with Ggplot2 - Day1

想要更深入的可以參考這個網站:R for Data Science

上篇請看這:Ggplot | Point plot & Box plot


3. Histogram: geom_histogram()

Histogram 呈現的是單一數字參數的分佈情形,也就是只有 X-axis 是 variable,Y-axis 則是 X-axis 的數據。

ggplot(mpg, aes(cty)) + geom_histogram()



可以改每條的寬度,用 bins = 或是 binwidth =,放在 geom_histogram() 裡面。

bins 是數字越小越寬,預設是 30,我覺得剛剛好的寬度大概是 25 左右。

ggplot(mpg, aes(cty)) +
       geom_histogram(bins = 25, color = 'skyblue')

可以指定顏色,要放在  geom_histogram() 裡面,放在 ggplot() 裡面沒作用。

單用  color =' '  的話是外筐的顏色。



binwideth 的話是數字越大越寬,預設是 1。

指定顏色一樣是放後面,color = ' '  只有外筐,裡面顏色是用 fill = ' '

ggplot(mpg, aes(cty)) +
            geom_histogram(binwidth = 1.5,
            color = 'pink', fill = 'skyblue')



4. Frequency poligons: geom_freqpoly()

這個和 histogram 是一樣的,只是它是線條。

寬度的變化一樣是用 bins 或 binwidth。

ggplot(mpg, aes(cty)) + geom_freqpoly()



5. Bar graph: geom_bar()

和 histogram 不一樣的是 bar graph 的 X-axis 需要是 text (character),例如 drv, class 和 manufacturer。顏色一樣是放後面。

ggplot(mpg, aes(class)) +
       geom_bar(color = 'yellow', fill = 'skyblue')



6. Line graph: geom_line()

一連串的數字通常是用線圖,例如經濟成長圖、失業或就業率圖等等。

這裡用檔案資料 economics:data(economics)

ggplot(economics, aes(date, unemploy)) +
       geom_line(color = 'navy')



也可以兩種一起呈現,例如 line + point。

ggplot(economics, aes(date, unemploy)) +
       geom_point(color = 'pink') +
       geom_line(color = 'navy')




最後有兩個練習,有一個要用到檔案 diamonds,有興趣的可以試試。

Exercise 1: How is the drive train related to engine size and vehicle class?

ggplot(mpg, aes(displ, class, colour = drv)) + geom_point()



Exercise 2: Exercise: How does the price distribution in diamonds vary by cut?

data(diamonds)

ggplot(diamonds, aes(price, colour = cut)) +
       geom_freqpoly(bins = 50)




圖的部分大概是這六種,接下來下篇要介紹的是加趨勢線。



【 其他參考資料 】

R Graphics Cookbook - Chapter 3: Bar Graphs









2017年11月15日 星期三

R | ggplot: Point plot & Box plot

這個禮拜 UBC 開了一個關於 ggplot 的 workshops,因為是分成三堂講,所以比上次濃縮在兩個小時講完清楚,這邊會寫三篇先的介紹。

課堂講義請參考:R Graphics with Ggplot2 - Day1

想要更深入的可以參考這個網站:R for Data Science

好了,開始吧!

首先,你需要先安裝這幾個 packages 和檔案庫(dataset):

library(ggplot2)
library(MASS)
data(mpg)
data(economics)

檔案 mpg 裡面有幾個 variables: cty, cyl, displ, hwy, drv
可以用 class() 去看各個的型態

class(mpg$cty)
>[1] "integer"

class(mpg$displ)
>[1] "numeric"

class(mpg$drv)
>[1] "character"

class(mpg$class)
>[1] "function"

也可以用 levels() 查看各個的 level

levels(mpg$drv)
>NULL

levels(factor(mpg$drv))
>[1] "4" "f" "r"

levels(factor(mpg$cyl))
>[1] "4" "5" "6" "8"

因為 drv 和 cyl 不是 factor,所以顯示 NULL,但可以把它們設成 factor,於是 cyl 的四個整數就不再是數字。設成 factor 的原因之後會講到。

基本句法是:ggplot(data, aes(x, y)) + geom

data 是你想處理的檔案,在這裡是 mpg。
aes() 裡面是你要的 X-axis 和 Y-axis 參數,例如 drv。

可以把前面的 ggplot(data, aes()) 指定為一個 object,後面再加各種圖顯示看看,這樣就不用每次都要重複。例如:

p <- ggplot(mpg, aes(cyl, displ))
p + geom_point()

可以查看 p 是什麼型態

class(p)
>[1] "gg" "ggplot"

可以把圖存成 pdf 檔案

ggsave("file_name")


1. 點圖:geom_point()

即 Excel 中的 scatter plot,常見的點圖。

ggplot(mpg, aes(x = hwy, y = cty)) + geom_point()

可以把 x = 和 y = 省略,變成:ggplot(mpg, aes(hwy, cty) + geom_point()

可以把點設成有顏色的,放在 aes() 裡面就可以: colour = 
如果想要依照 class 的類別設顏色的話,就是 colour = class。

ggplot(mpg, aes(hwy, cty, colour = class)) + geom_point()

如果 variables 的型態是 factor 或 text 的話,每個參數會有不同的顏色。
例如:drv = "character",或是 class = "function"。



在 variables 的原本型態不是 factor 或 text 的情況下(通常是數字,包括  integer 和 numeric),會把數字以漸層的顏色顯示。例如:cyl = "integer"。

ggplot(mpg, aes(hwy, cty, colour = cyl)) + geom_point()



如果把 variables 設成 factor 的話,那每個參數就會變成一個 character,會以不同的顏色表示,而非色階。

ggplot(mpg, aes(hwy, cty, colour = factor(cyl))) +
            geom_point()



如果要指定所有數據點的顏色,就要把指令放在 geom_point() 裡面,用 color = ' '

ggplot(mpg, aes(displ, cty)) +
            geom_point(color = 'skyblue')



也可以用不同的形狀顯示數據點: shape = 

ggplot(mpg, aes(hwy, cty, shape = factor(year))) +
            geom_point()



也可以一點的大小呈現: size = 

下面同時呈現顏色和大小的不同。

ggplot(mpg, aes(hwy, cty, colour = cyl, size = displ)) +
       geom_point()



也可以同時用三種方式呈現三個不同的 variables。

ggplot(mpg, aes(hwy, cty, colour = cyl,
                          size = displ,
                          shape = factor(year))) +
            geom_point()



2. Boxplot: geom_boxplot()

Box plot 的中間那一條是 medium (中間值,不是平均值),就是一個數列中, 最中間的那一個。上面那條線代表數列中的 25th percentiles (百分位),也就是中間值到最大值間的中間值,叫 Q3;下面那條線則是數列中的 75th percentiles,就是中間值到最小值間的中間值 ,叫 Q1。Q1 和 Q3 之間的距離,也就是 Q3 - Q1,叫做 IQR (interquartile range)。(還是不懂的可以看這個影片

Box plot 的上下會有兩條鬚鬚,叫 whisker。它的長度在 R 裡的預設是 1.5,也就是:
To max end: Q3 + 1.5 * IQR
To min end: Q1 - 1.5 * IQR



X-axis 需要是 factor (function) 或是 text (character),例如 cyl 雖是整數,但沒把它設為 factor,就會變成下面這樣。

ggplot(mpg, aes(factor(cyl), cty)) + geom_boxplot()



如果每個點要有自己的 box,需要把 X-axis 設成:factor(cyl)

ggplot(mpg, aes(factor(cyl), cty)) + geom_boxplot()



如果是用 drv 或 class 當 X-axis,因為它本身就是 character,所以不用把它設成 factor。

ggplot(mpg, aes(drv, hwy)) + geom_boxplot()



如想想依其他參數的數據大小排的話,可以用 reorder(x, var),會由小至大(由左到右)排列,所以句法會是:aes(reorder (x, var), y))

ggplot(mpg, aes(reorder(drv, cty), cty)) + geom_boxplot()



上面是依 cty 的大小由左至右,由小至大排列,Y-axis 可以設為一樣是 cty,也可以設其他的,不需要一樣,例如設為 displ。

ggplot(mpg, aes(reorder(drv, cty), displ)) + geom_boxplot()



可以看到上面兩張圖都是依 cty 的大小排列,由左到右皆為 r - 4 - f,但是出來的卻不同。

如果想要依特別的順序排列,需要把參數設為 factor,包括 character (text) 也是,然後再用 levels = c(' ',' ',' ') 指定你要的排序,所以句法會是:aes(factor(x, levels = c()), y)

ggplot(mpg, aes(factor(drv, levels = c('f', 'r', '4')),
                       cty)) +
       geom_boxplot()



X-axis 依指定的 f - r - 4 的順序排列。


結果發現寫了兩個圖就太長了,剩下的放下篇吧。(這樣會超過三篇了說)

下篇的另外四種圖請看這:Ggplot | Histogram, Bar graph & Line plot









個人基因體定序結合電子化病歷的未來

隨著個人化醫療(Personalized Medicine)和精準醫療(Precision Medicine)越來越夯,基因定序有必要成為例行的醫療項目之一嗎?

此篇新聞中的這位護士 Dana Atkinson 做例行的抽血檢驗時,她的血液被送到紐約的生技公司 Regeneron Pharmaceuticals 做基因定序,結果不久後接到電話通知說她的基因帶有罕見疾病 Long QT syndrome 的突變,會出現心律不整的情形,嚴重時會出現暈眩、癲癇,甚至是死亡的情況。之後她到賓州的醫學中心複診,醫療顧問說她雖帶有致病的突變,但不一定會出現症狀,醫生也可以幫她降低病發的機率。

然而,Atkinson 並不是唯一因此接到通知人。過去兩年,在賓州有超過四百人接到類似的通知。這是全世界最大的臨床基因定序試驗,也是第一個想把基因定序成為固定醫療程序之一的計劃,叫做 MyCode Community Health Initiative,是由 Geisinger Health System (GHS) 策劃的。GHS 在 2014 年一月開始和 Regeneron Genetics Center 合作,預計在五年內募集到十萬位參與者,沒想到今年六月就有十五萬人同意加入,目前已有 166,000 位加入此計畫,於是目標重設到 25 萬人。今年十月初時他們完成了 92400 位的基因定序,其中有 417 位發現帶有基因突變。參與者可以決定如果定序結果發現帶有疾病基因,要不要被告知,有超過 85% 的人(超過九萬人)同意,這些人也同時是 Genome FIRST Return of Results 計畫的參與者。Regeneron 會付所有定序的費用,最為交換,他們可以用這些結果來做疾病分析,而經由這個計畫,也可以估測全基因體定序用在疾病預防上是否能夠省下未來的醫療費用。

這個計畫的緣由是什麼,又為什麼會辦在賓州呢?十八世紀早期的時候,賓州的東北部開始了採鐵和煤炭等礦業,到十九世紀中期,這兩個礦業變成了這個地區的經濟命脈。1915 年的時候正值傷寒(typhoid)爆發,採鐵產業中的鉅豪 George Geisinger 的妻子 Abigail 在他去世後,用他留下來的財產開了一間醫院 Geisinger Hospital,在接下來的幾十年,Geisinger 成為這個地區主要的醫療提供者,旗下包括了十三家醫院和兩個醫學研究中心。2001 年的時候,Geisinger 吸引了幾位學者和醫生來到賓州,因為 Geisinger 早在 1990 年就開始電子化醫療記錄(electronic health record, EHR),加上它龐大的醫療系統和這個地區穩定的人口(集合了祖孫三代的醫療記錄,共約三百萬位病患),很適合用來做基因分析和疾病追蹤。2007 年的時候,MyCode 計畫開始第一批病患的基因定序,那時病患只同意 Geisinger 分析他們的 DNA,Geisinger 也不會告知病患的定序結果。2013 年的時候,GenomeFIRST 計畫啟動,病患可以決定是否讓 Geisinger 告知定序結果,並由醫生解釋。2014 年的時候,Geisinger 開始和 Regeneron 合作,Regeneron 免費幫忙做定序,同時也把結果和病患的病史做連結,用以深入分析基因和疾病的關係。分析結果一出來,便會立即送到醫生手中,並附在病患的病歷裡。在醫生收到結果後一個禮拜,病患也會收到通知,請他們打給醫院,由醫院的人員解釋。醫院也會建議病患做家族史的診斷,然後請他們和醫生做進一步的討論。

2016 年的時候,Geisinger 和 Regeneron 合作的 DiscovEHR 計畫結果發表在 Science,五萬多位參與者為 GHS 系統裡的病患,也就是 MyCode Community Health Initiative 計畫裡的參與者,他們平均有十四年的 EHR 病歷記錄,因此定序結果可以直接和其病史做比對。分析結果顯示平均每個人有 21 個罕見的 LoF (loss-of-function)基因變異,這些 LoFs 的變異中有 43% 是 frameshift indel 造成的。參與者中有 3.5% 的基因變異達到問診的標準,而當查閱這些人的 EHR 時,發現有 65% 的確有看診記錄,顯示了定序結果和疾病表徵是相呼應的,例如被發現有 CSF2RB (colony-stimulating factor receptor 2β)基因變異的患者有長期咳嗽和非結核性分枝桿菌感染(pulmonary mycobacterial infection)的症狀,或是帶有 APOB (apolipoprotein B)基因變異的病患,其低密度膽固醇 LDL-C (low-density lipoprotein cholesterol)和甘油三酯(triglyceride)比較低,表示有肝細胞受損(hepatocyte injury)的狀況。

這個計畫到目前的結果和之前的 Human Knockout Project 差不多,定序出來的基因變異都可以對應到參加者顯示出來的病徵。這兩個計畫的目的除了用來幫助藥物研發和醫療研究外,也希望能更深入做到個人化醫療或精準醫療。另外,這些結合也可用在預防性治療,當你知道帶有某種可能治病的基因變異後,簡單點的可以藉由改變生活或飲食習慣達到預防的效果,也可以必免未來龐大的醫療費用,就像家族有糖尿病史的會在飲食上注意一樣。不過,目前的全基因體定序成本仍是不低,不是每個人都負擔得起,但如果列入基本醫療項目內的話,真的能為國家省到錢嗎?還有,這種預防性治療能有多少效果?(我是就算有 BRCA1 也不會先去做手術拿掉的那種,但如果是改變飲食可能可以避免疾病的話,我會改變生活和飲食習慣。)除此之外,還有隱私和醫療保險等等的問題需要考慮和討論。我個人認為如果可以降到兩百加幣以內的話,我願意自付,但要變成健保項目之一的話,我覺得沒那個必要。



延伸閱讀:

除了人類基因體計畫,還有另一種:Human Knockout Project

商業化的基因服務


Articles:

Geisinger Caring / MyCode Community Health Initiative hits another milestone; 150,000 signed up to largest health system sequencing project (June 2017)

Science / Is health care ready for routine DNA screening? A massive new trial will find out (2017)


Papers:

The Geisinger MyCode community health initiative: an electronic health record–linked biobank for precision medicine research. Genetics in Medicine (2016)

FE Dewey et al, Distribution and clinical impact of functional variants in 50,726 whole-exome sequences from the DiscovEHR study. Science (2016)










2017年11月14日 星期二

一歲多的嬰兒會從父母身上學習恆毅力

俗語說言教身教,小孩會學父母的言行,前幾個月有篇刊在 Science 上的研究顯示,小孩從一歲開始就能從父母的行為上擷取到努力是否有價值。

MIT 的心理發展學家,同時是此研究主持者 Julia Leonard 和其團隊想要知道,看到大人經過努力才得到成果或是輕易就獲得成功是否會影響他們解決問題的態度,他們認為看到大人經過努力才成功小孩,對事情的堅持和毅力會比看到大人輕易就獲得成功的小孩高。他們在波士頓的兒童博物館(Children's Museum)募集到 102 組願意參加試驗父母及其小孩(十三到十八個月大,平均約十五個約大的嬰兒),把他們分為三組,每組 34 個嬰兒。研究團隊讓嬰兒和照護者(即其父母)在一個有玩具的房間裡做實驗,房內有攝影機記錄小孩的行為。

第一個實驗中,Leonard 在取得小孩的注意力後,讓他看到自己試著把玩具青蛙從密閉的盒子裡拿出來,然後再看自己怎麼把鑰匙從鑰匙圈裡取出來。在第一組嬰兒面前,Leonard 用半分鐘的時間嘗試,並且會邊跟嬰兒對話,表現出自己努力嘗試的樣子,然後在三十秒的最後才成功的把問題解決(把青蛙從箱子裡拿出來,或把鑰匙從鑰匙圈中拿出來)。在第二組嬰兒面前,同樣有三十秒的時間,但 Leonard 會輕易的在十秒內解決玩具問題,並且再重複兩次,也就是在三十秒內順利的把青蛙拿出來三次或是把鑰匙拿出來三次。第三組的小孩則是什麼示範都沒有,直接進行到下一步音樂盒的試驗。

在示範過青蛙和鑰匙問題後,Leonard 在兩組嬰兒前面展示一個音樂盒,上面有個明顯但沒有任何作用的按鈕,他用隱藏的開關啟動那個音樂盒,讓嬰兒知道音樂盒啟動之後會有音樂出來。等音樂盒停了之後,把它給嬰兒玩,然後在接下來的兩分鐘觀察小孩如何玩音樂盒,並且記錄嬰兒嘗試了幾次(按了幾次按鈕)。

之前看 Leonard 努力解開玩具問題的那一組嬰兒會嘗試好幾次,想讓音樂盒出聲。這組嬰兒在兩分鐘內或放棄前(把音樂盒扔掉或給父母)嘗試的次數比第二組和第三組多一倍左右,而第二組和第三組嘗試的次數則差不多。這顯示如果嬰兒看到大人們試著努力解決問題,並且解開的話,他們會覺得努力是有用的,於是會更努力且持續的嘗試。

之後他們想知道嬰兒會努力嘗試是否是因為他們特意讓嬰兒看見他努力不懈的樣子,讓嬰兒們接受到他的暗示,於是在第二次的實驗中,他並沒有跟嬰兒有視線接觸,只是埋頭苦幹。結果和之前一樣,第一組嬰兒嘗試的次數比第二組多,只是效果沒那麼明顯,兩組嬰兒在放棄前嘗試的次數差不多,但是第一組嘗試的時間比較長。

這個實驗顯示嬰兒會從大人的行為上接收到某種訊息,然後應用在自己身上,例如在這個研究裡,嬰兒從大人的行為接受到「努力不懈是有用的、值得的」的暗示,然後當自己在嘗試新東西的時候,就會多試幾次。除此之外,這也許也表示毅力和恆心是可以從小培養的,並且是可以透過父母的身教學習得來的。

我個人是比較訝異一歲的小孩就可以懂大人的行為並且學習,不過同時也懷疑即便學習了,可以維持多久?父母若本身便是不輕易放棄型的,小孩可以透過身教不停地學習,並且堅持下去,那如果之後家庭發生變化了,小孩不再有學習的對象後,這個特質還會維持下去嗎?會有這個疑惑是因為我完全不記得小學以前的事,連小一小二發生什麼都只記得一兩件事而已,更別說一歲的事了。再者,很多時候父母工作時或解決問題時的樣子,小孩是看不到的,除非父母是會把工作帶回家的那種。

另外,第二組的嬰兒是否就代表他們是輕易放棄型的呢?還是因為他們看到大人可以在短時間內輕易解決問題,認為所有的問題都可以輕易解決,如果需要花時間的話,就是解決不了的,不需花太多時間在上面呢?例如在這個研究裡,他們可能認為問題在於音樂盒,如果按了幾次音樂盒卻沒聲音,就是音樂盒的問題,於是試了幾次就放棄了。要知道嬰兒是否能區分有用的或沒用的堅持和努力(valuable persistence or pointless perseveration),可能需要多加一組:大人表現只出試了十秒,覺得解決不了就放棄不再嘗試,然後再看嬰兒的反應。

這個研究的另一個目的,是想知道小孩對事情的恆毅力和熱情是否是可以透過父母的身教而從小學習和培養的,因為之前有研究顯示,擁有這兩種特質的小孩在未來有所成就的比例比較高。如果有注意這類研究的話,可能有看過 grit 這個字,grit 在心理學來講是可以為了達成長期目標而堅持下去的毅力(perseverance)和熱情(passion),有興趣的可以看 Angela Lee Duckworth 的演講。



Grit: the combination of perseverance and passion for long-term goals

Perseveration: 不斷地嘗試,但可能忽略的持續的嘗試是否有用,或是有沒有效率。

Persistence: 有目標性的堅持和嘗試



Articles:

Science / Slacker parents beware: Your babies may follow in your footsteps (2017)

LP Butler, The social origins of persistence. Science (2017)


Paper:

JA Leonard et al, Infants make more attempts to achieve a goal when they see adults persist. Science (2017)










2017年11月11日 星期六

用基改幹細胞治療表皮分解性水疱症

這個禮拜看到好幾個新聞報導這篇研究,今天終於有時間看看到底是什麼。

事情是這樣的,2015 年六月的時候有位病危的七歲男孩在德國接受治療,他患有罕見的皮膚病,叫 junctional epidermolysis bullosa (JEB),這類病患又被稱為蝴蝶小孩(butterfly children),因為他們的皮膚跟蝴蝶的翅膀一樣脆弱,稍稍用力就脫落了。這個疾病是基因突變造成的,LAMA3 (laminin α3), LAMB3 (laminin β3) 和 LAMC2 (laminin γ2)這三個基因只要有其中一個突變,就會致病。Laminin 是由三個不同蛋白組成的,分別為 subunits α, β 和 γ,而致病的這三個基因產生的蛋白會組成 laminin-332 (332 指的是這三個 subunits 的編號 ;aka laminin 5),這些蛋白負責把最上層表皮細胞(epidermis)銜接到下層的細胞(dermis),如果缺少這些蛋白,那表皮的細胞會因為輕輕的擦傷就脫落,因而容易造成感染。目前唯一的治療方法,就是不斷的包紮(就像燒傷病患那樣),光是這樣每年就要花費近十萬美元,有超過 40% 的小孩在進入青春期前就過世了。在美國,平均兩萬個小孩會有一個患有此病,也就是每年約有兩百位蝴蝶小孩。

這篇論文裡的患病男孩,突變的基因為 LAMB3,他背部和腿上的肌膚幾乎全無,其他部分的皮膚則是起泡化濃。此論文的作者,同時也是德國 Ruhr University 的整形外科醫生 Dr. Tobias Hirsch 說本來也以為這位男孩會死,因為那時男孩已遭受多重細菌感染,失去身上約 80% 的表皮細胞,而燒燙傷中心試著移植他父親的皮膚給他時,卻都出現排斥反應。最後他求助於義大利 University of Modena and Reggio Emilia 的幹細胞專家 Michele De Luca。De Luca 之前已治療過兩位 JEB 病患,他利用基改技術把正常的基因送進皮膚幹細胞,培養了以後移植到病患身上,不過那兩位的病患都沒這位七歲男孩這麼嚴重。2015 年九月,De Luca 和其研究團隊在男孩的腹股溝取出四平方公分(4 cm^2)的正常肌膚,培養其中的皮膚幹細胞,然後用病毒(retrovirus)把正常的 LAMB3 基因送進幹細胞,正常的 LAMB3 會嵌入幹細胞的基因體內。修正過後的幹細胞培被養成整片皮膚,培養的面積足以覆蓋住所有裸露(沒有表皮細胞)的部位,之後移植到男孩的身上,經過兩次的移植手術後,大部分的新皮膚開始增生,且新長出來的皮膚是正常的,不會起泡化濃。男孩在去年二月出院。

正常的 LAMB3 被送進幹細胞內後,會隨機嵌入基因體內不同的地方,因此有造成癌症的疑慮,Hirsch 和他同事在做此治療後,有取一些新增的表皮細胞做定序,發現大部分是嵌進 non-coding regions,少部分是嵌進和癌症沒關係的基因裡。他們也把嵌入的位置做比較,看哪幾個位置比較常發生。當體外培養這些幹細胞時,會出現三種細胞株:holoclones, parachlones 和 meroclones。Holoclones 是會不斷增生的,裡面有會自我更新(self-renewal)的為已分化細胞;paraclones 是分化過的細胞,只保有一點 self-renewal 的能力;meroclones 則是在兩者之間。Hirsch 他們比較了移植後不同時間點(四、八和 21 個月後)的細胞的定序結果,發現大部分的基改幹細胞在移植幾個月或消失,但有小部分則會繼續分裂增生,長成新的表皮細胞,這些少數的細胞就是 holoclones。

這個個案顯示基因治療結合幹細胞治療是可行的,之後在其他病症可以利用 CRISPR 修正幹細胞裡突變的基因。我覺得這個治療和之前日本用幹細胞治療黃斑病的有點類似,同樣是用自己的幹細胞治療患者本身無法持續細胞增生的部位,只是在這個病例中,移植的部位非常的大。



延伸閱讀:

日本的再次突破:用 iPS cells 於臨床治療(黃斑病)


Articles:

Science News / Scientists replaced 80 percent of a ‘butterfly’ boy’s skin (2017)

The Scientist / Child Receives Transgenic Skin Over Most of His Body (2017)

Science / A boy with a rare disease gets new skin, thanks to gene-corrected stem cells (Nov 2017)

Nature / Skin regeneration with insights (2017)

M Aragona & C Blanpain, Gene therapy: Transgenic stem cells replace skin. Nature (2017)


Papers:

T Hirsch et al, Regeneration of the entire human epidermis using transgenic stem cells. Nature (2017)

F Mavilio et al, Correction of junctional epidermolysis bullosa bytransplantation of genetically modified epidermalstem cells. Nature Medicine (2006)









2017年11月10日 星期五

論文常用字

這篇是之前寫的,這兩天想起來,整理一下後移到這邊來。這裡是一些寫 papers 時常用的字和句型,整理起來以備不時之需。XD


#1. To ____ whether xxx is yyy, we ..... (do what experiments)

determine
examine
test
prove
define
analyze

access
to this end


#2. To ____ that ~~~ (mechanism, etc...)

study
investigate
elucidate
understand
monitor


#3. Previous studies have ____ that ~~; Our data ___ that ~~

show
demonstrate
suggest
indicate
report
find
reveal
implicate
exhibit
support

#4. 總結: ___, the data suggest that ~~~

Collectively
Together
Taken together
In conclusion
In summary
Overall

In essence = basically

#5. 增加/減少:The protein levels (adv) ______

significantly / dramatically / drastically / markedly / substantially / sharply / robustly

increased
bolstered
augmented
enhanced
up-regulated

decreased
reduced
down-regulated


#6. 另外/而且:____, our data show that ~~/ previous studies have shown that ~~

In addition
Furthermore
Moreover

Consistent with ~~
In support of ~~
In line with ~~


#7. 然而: ___, the data showed that ~~

However
Nevertheless
Although
Nonetheless

Despite
In contrast


#8. 輔助副詞

Accordingly
Additionally
Amazingly
Alternatively
Admittedly
Curiously
Conceivably
Collectively
Decisively
Interestingly
Intriguingly
Importantly
Notably
Surprisingly
Significantly
Potentially
Remarkably
Conversely
Subsequently
Profoundly
Distinctly
Profoundly
Impressively














2017年11月6日 星期一

鴉片也有疫苗

北美的海洛因和 fentanyl 濫用很嚴重,每年都有很多人因為過量而死,近年 Scripps Research Institute 研發了鴉片類(opioid)疫苗,希望能解決因為海洛因和 fentanyl 過量致死的問題。

所謂的鴉片類疫苗是把八個和海洛因結構相似的 molecules 接到 tetanus toxoid core,加上做疫苗用的 adjuvants,一起打到體內,海洛因疫苗在體內會產生免疫反應。重複連打三次,刺激免疫系統後,身體會產生對抗海洛因的抗體,之後再打入海洛因的時候,抗體便會抓住海洛因,不讓它穿過 BBB (blood-brain barrier) 進到腦內,因此打了疫苗之後,再打海洛因也嗨不起來。他們前年發了篇研究是做 fentanyl 疫苗的,每個兩週幫老鼠施打一次疫苗,共施打三次,效果不錯,需要施打超過三十倍藥量的 fentanyl 才能激起神經迴路出現反應。今年六月又發了篇研究是海洛因疫苗的,這次是試在猴子身上,一樣是打三劑,施打後一個月內即有效用,並可維持八個月,沒出現不好的副作用,不過這個疫苗只對海洛因有用,對其他鴉片類藥物沒有效果。

是說我覺得這個疫苗可能只對尚未使用過鴉片類藥物的人有效,因為沒有過嗨的感覺,用了之後也不會嗨,便不會想再用,但是對嗨過的人來說,就算打了疫苗,藥物不會進到腦部,嗨不起來,但心理上仍然會追求嗨的感覺,所以反而會加量到有嗨的感覺呢?不過如果使用了很多還達不到嗨的感覺,一直嗨不起來的話,會不會累了就算了,然後就戒了呢?

如果是正在用藥的人,血中還含有海洛因的人,這時候打疫苗會不會有免疫的效果呢?還是要等戒掉了,血中的海洛因都清空了再打疫苗呢?如果可以利用疫苗清掉血中的海洛因,也許可以幫助戒藥,之後就算他戒到一半忍不住又用藥了也不會有影響,因為進不到腦部嗨不起來,只是如果利用這個疫苗戒藥物的話,應該還是會出現戒斷反應吧?



Articles:

TSRI News / TSRI Scientists Create Vaccine Against Dangerous Designer Opioids (2016)

Science / A Heroin Vaccine? (2017)

TSRI News / TSRI Anti-Heroin Vaccine Found Effective in Non-Human Primates (2017)

Science Alert / A New Vaccine Could Make The Brain Immune to Heroin And Opioids, Scientists Say (2017)


Papers:

PT Bremer et al, Combatting Synthetic Designer Opioids: A Conjugate Vaccine Ablates Lethal Doses of Fentanyl Class Drugs. Ange Chemie (2016)

PT Bremer et al, Development of a Clinically Viable Heroin Vaccine. JACS (2017)